Waitt Advanced Biophotonics Center

Forschung

Salk Institute for Biological Studies – Waitt Advanced Biophotonics Center – Forschung

PUBLIKATIONEN 2023


alle Veröffentlichungen


Zhou, J., Zhang, Z., Wu, M., Liu, H., Pang, Y., Bartlett, A., Peng, Z., Ding, W., Rivkin, A., Lagos, W.N., Williams , E., Lee, C.T., Miyazaki, P.A., Aldridge, A., Zeng, Q., Salinda, J.L.A., Claffey, N., Liem, M., Fitzpatrick, C., Boggeman, L., Yao, Z. , Smith, K.A., Tasic, B., Altshul, J., Kenworthy, M.A., Valadon, C., Nery, J.R., Castanon, R.G., Patne, N.S., Vu, M., Rashid, M., Jacobs, M. , Ito, T., Osteen, J., Emerson, N., Lee, J., Cho, S., Rink, J., Huang, H.H., Pinto-Duartec, A., Dominguez, B., Smith, J.B. , O'Connor, C., Zeng, H., Chen, S., Lee, K.F., Mukamel, E.A., Jin, X., Margarita Behrens, M., Ecker, J.R., Callaway, E.M. Gehirnweite Korrespondenz neuronaler Epigenomik und Fernprojektionen. (2023) Natur. 624(7991):355-365. DOI: 10.1038/s41586-023-06823-w

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Zemke, N.R., Armand, E.J., Wang, W., Lee, S., Zhou, J., Li, Y.E., Liu, H., Tian, ​​W., Nery, J.R., Castanon, R.G., Bartlett, A., Osteen, J.K., Li, D., Zhuo, X., Xu, V., Chang, L., Dong, K., Indralingam, H.S., Rink, J.A., Xie, Y., Miller, M., Krienen, F.M. , Zhang, Q., Taskin, N., Ting, J., Feng, G., McCarroll, S.A., Callaway, E.M., Wang, T., Lein, E.S., Behrens, M.M., Ecker, J.R., Ren, B. Konservierte und divergente Genregulationsprogramme des Neokortex von Säugetieren. (2023) Natur. 624(7991):390-402. DOI: 10.1038/s41586-023-06819-6

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Patiño, M., Lagos, WN, Patne, NS, Miyazaki, PA, Bhamidipati, SK, Collman, F., Callaway, EM Der postsynaptische Zelltyp und der synaptische Abstand bestimmen nicht die Effizienz der Ausbreitung des monosynaptischen Tollwutvirus, gemessen bei synaptischer Auflösung. (2023) Elife. 12. DOI: 10.7554/eLife.89297

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Chung, B., Zia, M., Thomas, KA, Michaels, JA, Jacob, A., Pack, A., Williams, MJ, Nagapudi, K., Teng, LH, Arrambide, E., Ouellette, L. , Oey, N., Gibbs, R., Anschutz, P., Lu, J., Wu, Y., Kashefi, M., Oya, T., Kersten, R., Mosberger, AC, O'Connell, S ., Wang, R., Marques, H., Mendes, AR, Lenschow, C., Kondakath, G., Kim, JJ, Olson, W., Quinn, KN, Perkins, P., Gatto, G., Thanawalla , A., Coltman, S., Kim, T., Smith, T., Binder-Markey, B., Zaback, M., Thompson, CK, Giszter, S., Person, A., Goulding, M., Azim, E., Thakor, N., O'Connor, D., Trimmer, B., Lima, SQ, Carey, MR, Pandarinath, C., Costa, RM, Pruszynski, JA, Bakir, M., Sober, SJ Myomatrix-Arrays für hochauflösende Muskelaufzeichnung. (2023) Elife. 12. DOI: 10.7554/eLife.88551

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Lainscsek, C., Salami, P., Carvalho, VR, Mendes, EMAM, Fan, M., Cash, SS, Sejnowski, TJ Differenzielle Netzwerkmotiv-Verzögerungsanalyse der Gehirnaktivität während Anfällen. (2023) Chaos. 33(12). DOI: 10.1063/5.0165904

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Garrison, M.A., Jang, Y., Bae, T., Cherskov, A., Emery, S.B., Fasching, L., Jones, A., Moldovan, J.B., Molitor, C., Pochareddy, S., Peters, M.A. , Shin, J.H., Wang, Y., Yang, X., Akbarian, S., Chess, A., Gage, F.H., Gleeson, J.G., Kidd, J.M., McConnell, M., Mills, R.E., Moran, J.V. Park, P.J., Sestan, N., Urban, A.E., Vaccarino, F.M., Walsh, C.A., Weinberger, D.R., Wheelan, S.J., Abyzov, A. Genomische Datenressourcen des Brain Somatic Mosaism Network für neuropsychiatrische Erkrankungen. (2023) Sci-Daten. 10(1):813. DOI: 10.1038/s41597-023-02645-7

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Tsuda, B., Richmond, BJ, Sejnowski, TJ Erforschung der Strategieunterschiede zwischen Menschen und Affen mit wiederkehrenden neuronalen Netzen. (2023) PLOS Computational Biology. 19(11):e1011618. DOI: 10.1371/journal.pcbi.1011618

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Manole, A., Wong, T., Rhee, A., Novak, S., Chin, S.M., Tsimring, K., Paucar, A., Williams, A., Newmeyer, T.F., Schafer, S.T., Rosh, I ., Kaushik, S., Hoffman, R., Chen, S., Wang, G., Snyder, M., Cuervo, A.M., Andrade, L., Manor, U., Lee, K., Jones, J.R., Stern, S., Marchetto, M.C., Gage, F.H. NGLY1-Mutationen verursachen eine Proteinaggregation in menschlichen Neuronen. (2023) Zellenberichte 42(12):113466. DOI: 10.1016/j.celrep.2023.113466

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Alvarez-Kuglen, M., Rodriguez, D., Qin, H., Ninomiya, K., Fiengo, L., Farhy, C., Hsu, W.M., Havas, A., Feng, G.S., Roberts, A.J., Anderson , R.M., Serrano, M., Adams, P.D., Sharpee, T.O., Terskikh, A.V. Bildgebendes Chromatin und epigenetisches Alter, ImAge, quantifiziert Alterung und Verjüngung. (2023) Res. qm. DOI: 10.21203/rs.3.rs-3479973/v1

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Jorstad, NL, Close, J., Johansen, N., Yanny, AM, Barkan, ER, Travaglini, KJ, Bertagnolli, D., Campos, J., Casper, T., Crichton, K., Dee, N. , Ding, SL, Gelfand, E., Goldy, J., Hirschstein, D., Kiick, K., Kroll, M., Kunst, M., Lathia, K., Long, B., Martin, N., McMillen, D., Pham, T., Rimorin, C., Ruiz, A., Shapovalova, N., Shehata, S., Siletti, K., Somasundaram, S., Sulc, J., Tieu, M., Torkelson, A., Tung, H., Callaway, EM, Hof, PR, Keene, CD, Levi, BP, Linnarsson, S., Mitra, PP, Smith, K., Hodge, RD, Bakken, TE, Lein, ES Die transkriptomische Zytoarchitektur enthüllt Prinzipien der menschlichen Neocortex-Organisation. (2023) Science. 382(6667):eadf6812. DOI: 10.1126/science.adf6812

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Lainscsek, C., Mendes, EMAM, Salgado, GHO, Sejnowski, TJ Transformationen, die die Einzigartigkeit der Differentialform für Lorenz-ähnliche Systeme bewahren. (2023) Chaos. 33(10). DOI: 10.1063/5.0156237

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Klug, JR, Yan, X., Hoffman, HA, Engelhardt, MD, Osakada, F., Callaway, EM, Jin, X. Asymmetrische kortikale Projektionen auf direkte und indirekte Striatalbahnen steuern die Aktionen eindeutig. (2023) bioRxiv. DOI: 10.1101 / 2023.10.02.560589

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Daboussi, L., Costaguta, G., Gullo, M., Jasinski, N., Pessino, V., O'Leary, B., Lettieri, K., Driscoll, S., Pfaff, SL Mitf ist ein Schwann-Zellsensor für die axonale Integrität, der die Nervenreparatur vorantreibt. (2023) Zellenberichte 42(11):113282. DOI: 10.1016/j.celrep.2023.113282

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Garcia, GC, Gupta, K., Bartol, TM, Sejnowski, TJ, Rangamani, P. Die mitochondriale Morphologie bestimmt die ATP-Produktionsrate. (2023) J. Gen. Physiol. 155(9). DOI: 10.1085/jgp.202213263

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Globig, AM, Zhao, S., Roginsky, J., Maltez, VI, Guiza, J., Avina-Ochoa, N., Heeg, M., Araujo Hoffmann, F., Chaudhary, O., Wang, J. , Senturk, G., Chen, D., O'Connor, C., Pfaff, S., Germain, RN, Schalper, KA, Emu, B., Kaech, SM Der β-adrenerge Rezeptor verknüpft sympathische Nerven mit der Erschöpfung von T-Zellen. (2023) Natur. DOI: 10.1038/s41586-023-06568-6

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Li, JS, Sarma, AA, Sejnowski, TJ, Doyle, JC Internes Feedback in der kortikalen Wahrnehmungs-Aktions-Schleife ermöglicht schnelles und genaues Verhalten. (2023) Proceedings der Nationalen Akademie der Wissenschaften der Vereinigten Staaten von Amerika. 120(39):e2300445120. DOI: 10.1073/pnas.2300445120

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Wang, H., Dey, O., Lagos, WN, Behnam, N., Callaway, EM, Stafford, BK Parallele Bahnen, die richtungs- und orientierungsselektive Netzhautsignale zur Schicht 4 des visuellen Kortex der Maus übertragen. (2023) bioRxiv. DOI: 10.1101 / 2023.09.18.558281

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Mizrahi, L., Choudhary, A., Ofer, P., Goldberg, G., Milanesi, E., Kelsoe, JR, Gurwitz, D., Alda, M., Gage, FH, Stern, S. In lymphoblastoiden Zelllinien exprimierte Immunglobulingene erkennen und prognostizieren die Lithiumreaktion bei Patienten mit bipolarer Störung. (2023) Molecular Psychiatry. DOI: 10.1038 / s41380-023-02183-z

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Traxler, L., Lucciola, R., Herdy, JR, Jones, JR, Mertens, J., Gage, FH Veränderungen des Zustands neuronaler Zellen und Schicksalsverlust im Alter und bei altersbedingten Krankheiten. (2023) Nat Rev. Neurol. DOI: 10.1038/s41582-023-00815-0

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Schafer, ST, Mansour, AA, Schlachetzki, JCM, Pena, M., Ghassemzadeh, S., Mitchell, L., Mar, A., Quang, D., Stumpf, S., Ortiz, IS, Lana, AJ, Baek, C., Zaghal, R., Glass, CK, Nimmerjahn, A., Gage, FH Ein in vivo neuroimmunes Organoidmodell zur Untersuchung menschlicher Mikroglia-Phänotypen. (2023) Zelle 186(10):2111-2126.e20. DOI: 10.1016/j.cell.2023.04.022

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Arlotta, P., Gage, FH Neuronale Organoide und die Suche nach dem Verständnis und der Behandlung psychiatrischer Erkrankungen. (2023) Biologische Psychiatrie. 93(7):588-589. DOI: 10.1016/j.biopsych.2023.01.021


Zemke, NR, Armand, EJ, Wang, W., Lee, S., Zhou, J., Li, YE, Liu, H., Tian, ​​W., Nery, JR, Castanon, RG, Bartlett, A., Osteen, JK, Li, D., Zhuo, X., Xu, V., Miller, M., Krienen, FM, Zhang, Q., Taskin, N., Ting, J., Feng, G., McCarroll, SA, Callaway, EM, Wang, T., Behrens, MM, Lein, ES, Ecker, JR, Ren, B. Vergleichende epigenomische Einzelzellanalyse von Genregulationsprogrammen im Neocortex von Nagetieren und Primaten. (2023) bioRxiv. DOI: 10.1101 / 2023.04.08.536119

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Kobayashi, Y., Shigyo, M., Platoshyn, O., Marsala, S., Kato, T., Takamura, N., Yoshida, K., Kishino, A., Bravo-Hernandez, M., Juhas, S ., Juhasova, J., Studenovska, H., Proks, V., Driscoll, SP, Glenn, TD, Pfaff, SL, Ciacci, JD, Marsala, M. Erweiterbare Sendai-Virus-reprogrammierte menschliche iPSC-neuronale Vorläufer: Sicherheitscharakterisierung nach der Transplantation bei Ratten und erwachsenen Schweinen. (2023) Zelltransplantation. 32:9636897221107009. DOI: 10.1177/09636897221107009

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Mishra, HK, Wei, H., Rohr, KE, Ko, I., Nievergelt, CM, Maihofer, AX, Shilling, PD, Alda, M., Berrettini, WH, Brennand, KJ, Calabrese, JR, Coryell, WH , Frye, M., Gage, F., Gershon, E., McInnis, MG, Nurnberger, J., Oedegaard, KJ, Zandi, PP, Kelsoe, JR, McCarthy, MJ Beiträge zirkadianer Uhrgene zum Zellüberleben in Fibroblastenmodellen einer auf Lithium reagierenden bipolaren Störung. (2023) Eur Neuropsychopharmacol. 74:1-14. DOI: 10.1016/j.euroneuro.2023.04.009

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Shekhtmeyster, P., Duarte, D., Carey, EM, Ngo, A., Gao, G., Olmstead, JA, Nelson, NA, Nimmerjahn, A. Transsegmentale Bildgebung im Rückenmark von sich verhaltenden Mäusen. (2023) Naturbiotechnologie. DOI: 10.1038/s41587-023-01700-3

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Kempermann, G., Song, H., Gage, FH Adulte Neurogenese im Hippocampus. (2023) Hippocampus. DOI: 10.1002/hipo.23525


Shekhtmeyster, P., Carey, EM, Duarte, D., Ngo, A., Gao, G., Nelson, NA, Clark, CL, Nimmerjahn, A. Multiplex-translaminare Bildgebung im Rückenmark von sich verhaltenden Mäusen. (2023) Nature Communications. 14(1):1427. DOI: 10.1038/s41467-023-36959-2

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Zador, A., Escola, S., Richards, B., Ölveczky, B., Bengio, Y., Boahen, K., Botvinick, M., Chklovskii, D., Churchland, A., Clopath, C., DiCarlo, J., Ganguli, S., Hawkins, J., Körding, K., Koulakov, A., LeCun, Y., Lillicrap, T., Marblestone, A., Olshausen, B., Pouget, A., Savin, C., Sejnowski, T., Simoncelli, E., Solla, S., Sussillo, D., Tolias, AS, Tsao, D. Katalyse der künstlichen Intelligenz der nächsten Generation durch NeuroAI. (2023) Nature Communications. 14(1):1597. DOI: 10.1038/s41467-023-37180-x

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Niemsiri, V., Rosenthal, SB, Nievergelt, CM, Maihofer, AX, Marchetto, MC, Santos, R., Shekhtman, T., Alliey-Rodriguez, N., Anand, A., Balaraman, Y., Berrettini, WH, Bertram, H., Burdick, KE, Calabrese, JR, Calkin, CV, Conroy, C., Coryell, WH, DeModena, A., Eyler, LT, Feeder, S., Fisher, C., Frazier, N ., Frye, MA, Gao, K., Garnham, J., Gershon, ES, Goes, FS, Goto, T., Harrington, GJ, Jakobsen, P., Kamali, M., Kelly, M., Leckband, SG, Lohoff, FW, McCarthy, MJ, McInnis, MG, Craig, D., Millett, CE, Mondimore, F., Morken, G., Nurnberger, JI, Donovan, CO, Øedegaard, KJ, Ryan, K., Schinagle, M., Shilling, PD, Slaney, C., Stapp, EK, Stautland, A., Tarwater, B., Zandi, PP, Alda, M., Fisch, KM, Gage, FH, Kelsoe, JR Fokale Adhäsion ist mit der Lithiumreaktion bei bipolarer Störung verbunden: Beweise aus einer netzwerkbasierten Multi-Omics-Analyse. (2023) Molecular Psychiatry. DOI: 10.1038/s41380-022-01909-9

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Little, JC, Kaaronen, RO, Hukkinen, JI, Xiao, S., Sharpee, T., Farid, AM, Nilchiani, R., Barton, CM Erdsysteme zu anthropozänen Systemen: Ein evolutionäres System-von-Systems-Konvergenzparadigma für voneinander abhängige gesellschaftliche Herausforderungen. (2023) Umwelt-Sci-Technol. DOI: 10.1021/acs.est.2c06203

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Ren, X., Liu, S., Virlogeux, A., Kang, SJ, Brusch, J., Liu, Y., Dymecki, SM, Han, S., Goulding, M., Acton, D. Identifizierung einer wesentlichen spinoparabrachialen Bahn für mechanischen Juckreiz. (2023) Neuron. DOI: 10.1016 / j.neuron.2023.03.013

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Hayashi, M., Gullo, M., Senturk, G., Di Costanzo, S., Nagasaki, SC, Kageyama, R., Imayoshi, I., Goulding, M., Pfaff, SL, Gatto, G. Eine spinale Synergie erregender und hemmender Neuronen koordiniert ipsilaterale Körperbewegungen. (2023) bioRxiv. DOI: 10.1101 / 2023.03.21.533603

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Sejnowski, TJ Große Sprachmodelle und der Reverse-Turing-Test. (2023) Neuronale Berechnung.:1-34 DOI: 10.1162/neco_a_01563

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Parylak, SL, Qiu, F., Linker, SB, Gallina, IS, Lim, CK, Preciado, D., McDonald, AH, Zhou, X., Gage, FH Die mit der neuronalen Aktivität in Zusammenhang stehende Transkription ist in unreifen Zellen im Vergleich zu reifen dentatalen Körnerzellen abgeschwächt. (2023) Hippocampus. DOI: 10.1002/hipo.23515

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Yang, JY, O'Connell, TF, Hsu, WM, Bauer, MS, Dylla, KV, Sharpee, TO, Hong, EJ Umstrukturierung olfaktorischer Repräsentationen im Fliegengehirn anhand von Geruchsbeziehungen in natürlichen Quellen. (2023) bioRxiv. DOI: 10.1101 / 2023.02.15.528627

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Bermperidis, T., Schafer, S., Gage, FH, Sejnowski, T., Torres, EB Dynamische Abfrage stochastischer Transkriptom-Trajektorien unter Verwendung krankheitsassoziierter Gene enthüllt eindeutige Ursprünge neurologischer und psychiatrischer Störungen. (2023) Grenzen in den Neurowissenschaften. 16:884707. DOI: 10.3389/fnins.2022.884707

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Fischer, KB, Collins, HK, Pang, Y., Roy, DS, Zhang, Y., Feng, G., Li, SJ, Kepecs, A., Callaway, EM Monosynaptische Restriktion des anterograden Herpes-simplex-Virusstamms H129 zur Verfolgung neuronaler Schaltkreise. (2023) Journal für vergleichende Neurologie. DOI: 10.1002/cne.25451

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Perez-Garcia, G., Bicak, M., Haure-Mirande, JV, Perez, GM, Otero-Pagan, A., Gama Sosa, MA, De Gasperi, R., Sano, M., Barlow, C., Gage, FH, Readhead, B., Ehrlich, ME, Gandy, S., Elder, GA BCI-838, ein oral aktives mGluR2/3-Rezeptorantagonist-Prodrug, behebt Lernverhaltensdefizite im PS19 MAPT-Mausmodell der Tauopathie. (2023) Neurosci Lett.:137080 DOI: 10.1016/j.neulet.2023.137080

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Wang, M., Gage, FH, Schafer, ST Transplantationsstrategien zur Verbesserung der Reife und Zellkomplexität in Gehirnorganoiden. (2023) Biologische Psychiatrie. DOI: 10.1016 / j.biopsych.2023.01.004

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