Centro Waitt de Biofotónica Avanzada

Investigación

Instituto Salk de Estudios Biológicos - Center Avanzado de Biofotónica Waitt - Investigación

2024 PUBLICATIONS


Todas las publicaciones


Pașca, S.P., Arlotta, P., Bateup, H.S., Camp, J.G., Cappello, S., Gage, F.H., Knoblich, J.A., Kriegstein, A.R., Lancaster, M.A., Ming, G.L., Novarino, G., Okano, H., Parmar, M., Park, I.H., Reiner, O., Song, H., Studer, L., Takahashi, J., Temple, S., Testa, G., Treutlein, B., Vaccarino, F.M., Vanderhaeghen, P., Young-Pearse, T. Un marco para estudios de organoides neuronales, ensambloides y trasplantes. (2024) Naturaleza. DOI: 10.1038/s41586-024-08487-6

+ expandir resumen


Praturu, A., Sharpee, T.O. Adaptive data embedding for curved spaces. (2024) iCiencia. 27(12):111266. DOI: 10.1016/j.isci.2024.111266

+ expandir resumen


Hirakis, S.P., Bartol, T.M., Autin, L., Amaro, R.E., Sejnowski, T.J. Electrophysical cardiac remodeling at the molecular level: insights into Ryanodine Receptor activation and calcium-induced calcium release from a stochastic explicit-particle model. (2024) Biophysical Journal. DOI: 10.1016/j.bpj.2024.09.029

+ expandir resumen


Patel, D., Sejnowski, T., Siegelmann, H. Optimizing Attention and Cognitive Control Costs Using Temporally Layered Architectures. (2024) Computación neuronal.:1-30 DOI: 10.1162/neco_a_01718

+ expandir resumen


Son, G., Na, Y., Kim, Y., Son, J.H., Clemenson, G.D., Schafer, S.T., Yoo, J.Y., Parylak, S.L., Paquola, A., Do, H., Kim, D., Ahn, I., Ju, M., Kang, C.S., Ju, Y., Jung, E., McDonald, A.H., Park, Y., Kim, G., Paik, S.B., Hur, J., Kim, J., Han, Y.M., Lee, S.H., Gage, F.H., Kim, J.S., Han, J. El miR-124 coordina reguladores metabólicos que actúan en las etapas tempranas de la neurogénesis humana. (2024) Comunicaciones Biología. 7(1):1393. DOI: 10.1038/s42003-024-07089-2

+ expandir resumen


Barykina, N.V., Carey, E.M., Oliinyk, O.S., Nimmerjahn, A., Verkhusha, V.V. Destabilized near-infrared fluorescent nanobodies enable background-free targeting of GFP-based biosensors for imaging and manipulation. (2024) Nature Communications. 15(1):7788. DOI: 10.1038/s41467-024-51857-x

+ expandir resumen


Muller, L., Churchland, P.S., Sejnowski, T.J. Transformers and cortical waves: encoders for pulling in context across time. (2024) Trends in Neurosciences. DOI: 10.1016/j.tins.2024.08.006

+ expandir resumen


Comstock, L., Carvalho, V.R., Lainscsek, C., Fallah, A., Sejnowski, T.J. Transcranial Magnetic Stimulation Facilitates Neural Speech Decoding. (2024) Brain Sci. 14(9). DOI: 10.3390/brainsci14090895

+ expandir resumen


Patiño, M., Rossa, M.A., Lagos, W.N., Patne, N.S., Callaway, E.M. Transcriptomic cell-type specificity of local cortical circuits. (2024) Neurona. DOI: 10.1016/j.neuron.2024.09.003

+ expandir resumen


Fernandes, S., Revanna, J., Pratt, J., Hayes, N., Marchetto, M.C., Gage, F.H. Modelado de la enfermedad de Alzheimer utilizando organoides cerebrales derivados de células humanas y modelos 3D. (2024) Fronteras en Neurociencia. 18:1434945. DOI: 10.3389/fnins.2024.1434945

+ expandir resumen


Minhas, P.S., Jones, J.R., Latif-Hernandez, A., Sugiura, Y., Durairaj, A.S., Wang, Q., Mhatre, S.D., Uenaka, T., Crapser, J., Conley, T., Ennerfelt, H., Jung, Y.J., Liu, L., Prasad, P., Jenkins, B.C., Ay, Y.A., Matrongolo, M., Goodman, R., Newmeyer, T., Heard, K., Kang, A., Wilson, E.N., Yang, T., Ullian, E.M., Serrano, G.E., Beach, T.G., Wernig, M., Rabinowitz, J.D., Suematsu, M., Longo, F.M., McReynolds, M.R., Gage, F.H., Andreasson, K.I. Restaurar el metabolismo de la glucosa en el hipocampo rescata la cognición a través de patologías de la enfermedad de Alzheimer. (2024) Ciencia. 385(6711):eabm6131. DOI: 10.1126/science.abm6131

+ expandir resumen


Alvarez-Kuglen, M., Ninomiya, K., Qin, H., Rodriguez, D., Fiengo, L., Farhy, C., Hsu, W.M., Kirk, B., Havas, A., Feng, G.S., Roberts, A.J., Anderson, R.M., Serrano, M., Adams, P.D., Sharpee, T.O., Terskikh, A.V. ImAge quantitates aging and rejuvenation. (2024) Nat Aging. DOI: 10.1038/s43587-024-00685-1

+ expandir resumen


Su, Y., Xu, J., Zhu, Z., Chin, J., Xu, L., Yu, H., Nudell, V., Dash, B., Moya, E.A., Ye, L., Nimmerjahn, A., Sun, X. Brainstem Dbh neurons control allergen-induced airway hyperreactivity. (2024) Naturaleza. DOI: 10.1038/s41586-024-07608-5

+ expandir resumen


Perez Garcia, G., Bicak, M., Buros, J., Haure-Mirande, J.V., Perez, G.M., Otero-Pagan, A., Gama Sosa, M.A., De Gasperi, R., Sano, M., Gage, F.H., Barlow, C., Dudley, J.T., Glicksberg, B.S., Wang, Y., Readhead, B., Ehrlich, M.E., Elder, G.A., Gandy, S. Efectos beneficiosos del ejercicio físico y un profármaco oralmente activo antagonista de mGluR2/3 sobre la neurogénesis y el comportamiento en un modelo de amiloidosis de Alzheimer. (2024) Frente Dement. 2:1198006. DOI: 10.3389/frdem.2023.1198006

+ expandir resumen


Carvalho, V.R., Mendes, E.M.A.M., Fallah, A., Sejnowski, T.J., Comstock, L., Lainscsek, C. Decoding imagined speech with delay differential analysis. (2024) Frontiers in Human Neuroscience. 18:1398065. DOI: 10.3389/fnhum.2024.1398065

+ expandir resumen


Schmidt, T.T., Tyer, C., Rughani, P., Haggblom, C., Jones, J.R., Dai, X., Frazer, K.A., Gage, F.H., Juul, S., Hickey, S., Karlseder, J. La secuenciación de telómeros de lectura larga de alta resolución revela mecanismos dinámicos en el envejecimiento y el cáncer. (2024) Nature Communications. 15(1):5149. DOI: 10.1038/s41467-024-48917-7

+ expandir resumen


Chen, Y., Zhang, H., Cameron, M., Sejnowski, T. Predictive sequence learning in the hippocampal formation. (2024) Neurona. DOI: 10.1016/j.neuron.2024.05.024

+ expandir resumen


Phang, H.J., Heimler, S.R., Scandalis, L.M., Wing, D., Moran, R., Nichols, J.F., Moreno, D., Shadel, G.S., Gage, F.H., Molina, A.J.A. Protocolo para la Cohorte Clínica del Centro Nathan Shock de San Diego: un nuevo recurso para estudios de envejecimiento humano. (2024) BMJ Open. 14(6):e082659. DOI: 10.1136/bmjopen-2023-082659

+ expandir resumen


Herdy, J.R., Mertens, J., Gage, F.H. La senescencia neuronal puede impulsar el envejecimiento cerebral. ENLACE AL TEXTO COMPLETO GRATUITO https://www.science.org/stoken/author-tokens/ST-1962/full [Pubmed] (2024) Ciencia. 384(6703):1404-1406. DOI: 10.1126/science.adi3450

+ expandir resumen


Minhas, P.S., Jones, J.R., Latif-Hernandez, A., Sugiura, Y., Durairaj, A.S., Uenaka, T., Wang, Q., Mhatre, S.D., Liu, L., Conley, T., Ennerfelt, H., Jung, Y.J., Prasad, P., Jenkins, B.C., Goodman, R., Newmeyer, T., Heard, K., Kang, A., Wilson, E.N., Ullian, E.M., Serrano, G.E., Beach, T.G., Rabinowitz, J.D., Wernig, M., Suematsu, M., Longo, F.M., McReynolds, M.R., Gage, F.H., Andreasson, K.I. Restaurar el metabolismo de la glucosa en el hipocampo rescata la cognición a través de patologías de la enfermedad de Alzheimer. (2024) bioRxiv. DOI: 10.1101/2024.06.23.598940

+ expandir resumen


Stern, S., Zhang, L., Wang, M., Wright, R., Rosh, I., Hussein, Y., Stern, T., Choudhary, A., Tripathi, U., Reed, P., Sadis, H., Nayak, R., Shemen, A., Agarwal, K., Cordeiro, D., Peles, D., Hang, Y., Mendes, A.P.D., Baul, T.D., Roth, J.G., Coorapati, S., Boks, M.P., McCombie, W.R., Hulshoff Pol, H., Brennand, K.J., Réthelyi, J.M., Kahn, R.S., Marchetto, M.C., Gage, F.H. Gemelos monocigóticos discordantes para esquizofrenia difieren en maduración y transmisión sináptica. (2024) Psiquiatría Molecular. DOI: 10.1038/s41380-024-02561-1

+ expandir resumen


Wu, Y., Temple, B.A., Sevilla, N., Zhang, J., Zhu, H., Zolotavin, P., Jin, Y., Duarte, D., Sanders, E., Azim, E., Nimmerjahn, A., Pfaff, S.L., Luan, L., Xie, C. Ultraflexible electrodes for recording neural activity in the mouse spinal cord during motor behavior. (2024) Cell Reports. 43(5):114199. DOI: 10.1016/j.celrep.2024.114199

+ expandir resumen


Tripathi, U., Rosh, I., Ben Ezer, R., Nayak, R., Hussein, Y., Choudhary, A., Djamus, J., Manole, A., Houlden, H., Gage, F.H., Stern, S. Genes de MEC regulados al alza y aumento de la actividad sináptica en neuronas dopaminérgicas humanas con mutaciones en PINK1/PRKN en la enfermedad de Parkinson. (2024) NPJ Parkinson's Dis. 10(1):103. DOI: 10.1038/s41531-024-00715-0

+ expandir resumen


Mi, X., Chen, A.B., Duarte, D., Carey, E., Taylor, C.R., Braaker, P.N., Bright, M., Almeida, R.G., Lim, J.X., Rutten, V.M., Zheng, W., Wang, M., Reitman, M.E., Wang, Y., Poskanzer, K.E., Lyons, D.A., Nimmerjahn, A., Ahrens, M.B., Yu, G. Fast, Accurate, and Versatile Data Analysis Platform for the Quantification of Molecular Spatiotemporal Signals. (2024) bioRxiv. DOI: 10.1101/2024.05.02.592259

+ expandir resumen


Zocher, S., McCloskey, A., Karasinsky, A., Schulte, R., Friedrich, U., Lesche, M., Rund, N., Gage, F.H., Hetzer, M.W., Toda, T. Persistencia de ARN nucleares a lo largo de la vida en el cerebro de ratón. (2024) Ciencia. 384(6691):53-59. DOI: 10.1126/science.adf3481

+ expandir resumen


Samavat, M., Bartol, T.M., Harris, K.M., Sejnowski, T.J. Synaptic Information Storage Capacity Measured With Information Theory. (2024) Computación neuronal. 36(5):781-802. DOI: 10.1162/neco_a_01659

+ expandir resumen


Husar, A., Ordyan, M., Garcia, G.C., Yancey, J.G., Saglam, A.S., Faeder, J.R., Bartol, T.M., Kennedy, M.B., Sejnowski, T.J. MCell4 with BioNetGen: A Monte Carlo simulator of rule-based reaction-diffusion systems with Python interface. (2024) PLOS Biología Computacional. 20(4):e1011800. DOI: 10.1371/journal.pcbi.1011800

+ expandir resumen


Adusei, M., Callaway, E.M., Usrey, W.M., Briggs, F. Parallel streams of direct corticogeniculate feedback from mid-level extrastriate cortex in the macaque monkey. (2024) eNeuro. DOI: 10.1523/ENEURO.0364-23.2024

+ expandir resumen


Podvin, S., Jones, J., Kang, A., Goodman, R., Reed, P., Lietz, C.B., Then, J., Lee, K.C., Eyler, L.T., Jeste, D.V., Gage, F.H., Hook, V. El modelo neuronal humano de esquizofrenia muestra desregulación de la cromogranina B y firmas de transmisores de neuropéptidos relacionados. (2024) Psiquiatría Molecular. DOI: 10.1038/s41380-024-02422-x

+ expandir resumen


Toda, T., Bedrosian, T.A., Schafer, S.T., Cuoco, M.S., Linker, S.B., Ghassemzadeh, S., Mitchell, L., Whiteley, J.T., Novaresi, N., McDonald, A.H., Gallina, I.S., Yoon, H., Hester, M.E., Pena, M., Lim, C., Suljic, E., AlFatah Mansour, A., Boulard, M., Parylak, S.L., Gage, F.H. Los elementos nucleares largos intercalados protegen a los progenitores neuronales de la diferenciación precoz. (2024) Cell Reports. 43(2):113774. DOI: 10.1016/j.celrep.2024.113774

+ expandir resumen


Bartol, T.M., Ordyan, M., Sejnowski, T.J., Rangamani, P., Kennedy, M.B. A spatial model of autophosphorylation of CaMKII in a glutamatergic spine suggests a network-driven kinetic mechanism for bistable changes in synaptic strength. (2024) bioRxiv. DOI: 10.1101/2024.02.02.578696

+ expandir resumen


Rosh, I., Tripathi, U., Hussein, Y., Rike, W.A., Djamus, J., Shklyar, B., Manole, A., Houlden, H., Winkler, J., Gage, F.H., Stern, S. Disfunción sináptica y desregulación de la matriz extracelular en neuronas dopaminérgicas de pacientes con enfermedad de Parkinson esporádica y con mutación E326K en el gen GBA1. (2024) NPJ Parkinson's Dis. 10(1):38. DOI: 10.1038/s41531-024-00653-x

+ expandir resumen


Wang, H., Dey, O., Lagos, W.N., Behnam, N., Callaway, E.M., Stafford, B.K. Parallel pathways carrying direction-and orientation-selective retinal signals to layer 4 of the mouse visual cortex. (2024) Cell Reports. 43(3):113830. DOI: 10.1016/j.celrep.2024.113830

+ expandir resumen


Miao, S., Fourgeaud, L., Burrola, P.G., Stern, S., Zhang, Y., Happonen, K.E., Novak, S.W., Gage, F.H., Lemke, G. Tyro3 promueve la maduración de las sinapsis glutamatérgicas. (2024) Fronteras en Neurociencia. 18:1327423. DOI: 10.3389/fnins.2024.1327423

+ expandir resumen


Wang, M., Zhang, L., Novak, S.W., Yu, J., Gallina, I.S., Xu, L.L., Lim, C.K., Fernandes, S., Shokhirev, M.N., Williams, A.E., Saxena, M.D., Coorapati, S., Parylak, S.L., Quintero, C., Molina, E., Andrade, L.R., Manor, U., Gage, F.H. Diversificación morfológica y maduración funcional de astrocitos humanos en organoides corticales enriquecidos con glía trasplantados en cerebros de ratón. (2024) Nature Biotechnology. DOI: 10.1038/s41587-024-02157-8

+ expandir resumen


Sameni, S., Bartol, T.M., Corey-Bloom, J., Sejnowski, T.J. Computer simulations predict the impact of neuronal atrophy on the calcium dynamics in Huntington's disease. (2024) PNAS Nexus. 3(1):pgad443. DOI: 10.1093/pnasnexus/pgad443

+ expandir resumen


Samavat, M., Bartol, T.M., Bromer, C., Hubbard, D.D., Hanka, D.C., Kuwajima, M., Mendenhall, J.M., Parker, P.H., Bowden, J.B., Abraham, W.C., Sejnowski, T.J., Harris, K.M. Long-Term Potentiation Produces a Sustained Expansion of Synaptic Information Storage Capacity in Adult Rat Hippocampus. (2024) bioRxiv. DOI: 10.1101/2024.01.12.574766

+ expandir resumen


Zhang, L.A., Li, P., Callaway, E.M. High-Resolution Laminar Identification in Macaque Primary Visual Cortex Using Neuropixels Probes. (2024) bioRxiv. DOI: 10.1101/2024.01.23.576944

+ expandir resumen