Centro de Biofotónica Avanzada de Waitt

Investigación

Instituto Salk de Estudios Biológicos - Centro de Biofotónica Avanzada Waitt - Investigación

PUBLICACIONES 2021


Chassefeyre, R., Chaiamarit, T., Verhelle, A., Novak, SW, Andrade, LR, Leitão, ADG, Manor, U., Encalada, SE La clasificación endosomal impulsa la formación de endoggresomas de proteínas priónicas axonales. (2021) Avances de la ciencia. 7(52):eabg3693. DOI: 10.1126/sciadv.abg3693

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Liu, J., Hetzer, MW Mantenimiento del complejo de poros nucleares e implicaciones para las enfermedades relacionadas con la edad. (2021) Tendencias en Biología Celular. DOI: 10.1016/j.tcb.2021.10.001

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calibre, FH Neurogénesis adulta en enfermedades neurológicas. [Publicado] (2021) Ciencia. 374(6571):1049-1050. DOI: 10.1126/ciencia.abm7468

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Heard, KJ, Shokhirev, MN, Becronis, C., Fredlender, C., Zahid, N., Le, AT, Ji, Y., Skime, M., Nelson, T., Hall-Flavin, D., Weinshilboum , R., Gage, FH, Vadodaria, KC El cortisol crónico afecta diferencialmente a los astrocitos derivados de células madre de pacientes con trastorno depresivo mayor. (2021) Transl Psiquiatría. 11(1):608. DOI: 10.1038/s41398-021-01733-9

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Wagner, M., Bartol, TM, Sejnowski, TJ, Cauwenberghs, G. Abstracciones de la cadena de Markov de la reacción-difusión electroquímica en la transmisión sináptica para la computación neuromórfica. (2021) Fronteras en neurociencia. 15:698635. DOI: 10.3389/fnins.2021.698635

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Mendelsohn, R., García, GC, Bartol, TM, Lee, CT, Khandelwal, P., Liu, E., Spencer, DJ, Husar, A., Bushong, EA, Phan, S., Perkins, G., Ellisman, MH, Skupin, A., Sejnowski, TJ, Rangamani, P. Principios morfológicos de las mitocondrias neuronales. (2021) Revista de Neurología Comparada. DOI: 10.1002/cne.25254

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Liu, H., Zhou, J., Tian, ​​W., Luo, C., Bartlett, A., Aldridge, A., Lucero, J., Osteen, JK, Nery, JR, Chen, H., Rivkin, A., Castanon, RG, Clock, B., Li, YE, Hou, X., Poirion, OB, Preissl, S., Pinto-Duarte, A., O'Connor, C., Boggeman, L., Fitzpatrick , C., Nunn, M., Mukamel, EA, Zhang, Z., Callaway, EM, Ren, B., Dixon, JR, Behrens, MM, Ecker, JR Atlas de metilación del ADN del cerebro del ratón con resolución unicelular. (2021) Naturaleza. 598(7879):120-128. DOI: 10.1038/s41586-020-03182-8

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Zhang, Z., Zhou, J., Tan, P., Pang, Y., Rivkin, AC, Kirchgessner, MA, Williams, E., Lee, CT, Liu, H., Franklin, AD, Miyazaki, PA, Bartlett, A., Aldridge, AI, Vu, M., Boggeman, L., Fitzpatrick, C., Nery, JR, Castanon, RG, Rashid, M., Jacobs, MW, Ito-Cole, T., O' Connor, C., Pinto-Duartec, A., Domínguez, B., Smith, JB, Niu, SY, Lee, KF, Jin, X., Mukamel, EA, Behrens, MM, Ecker, JR, Callaway, EM Diversidad epigenómica de las neuronas de proyección cortical en el cerebro del ratón. (2021) Naturaleza. 598(7879):167-173. DOI: 10.1038/s41586-021-03223-w

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Davis, ZW, Benigno, GB, Fletterman, C., Desbordes, T., Steward, C., Sejnowski, TJ, Reynolds, JH, Muller, L. Las ondas viajeras espontáneas emergen naturalmente de los retardos de tiempo de la fibra horizontal y viajan a través de estados localmente asincrónicos-irregulares. (2021) Nature Communications. 12(1):6057. DOI: 10.1038/s41467-021-26175-1

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Ma, Z., Lytle, NK, Chen, B., Jyotsana, N., Novak, SW, Cho, CJ, Caplan, L., Ben-Levy, O., Neininger, AC, Burnette, DT, Trinh, VQ , Tan, MCB, Patterson, EA, Arrojo E Drigo, R., Giraddi, RR, Ramos, C., Means, AL, Matsumoto, I., Manor, U., Mills, JC, Goldenring, JR, Lau, KS , Wahl, GM, DelGiorno, KE La transcriptómica unicelular revela un programa de metaplasia conservada en la lesión pancreática. (2021) Gastroenterología. DOI: 10.1053/j.gastro.2021.10.027

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Li, Y., Kim, R., Sejnowski, TJ Aprendizaje de la dinámica de membrana sináptica e intrínseca que subyace a la memoria de trabajo en modelos de redes neuronales de picos. (2021) Computación neuronal.:1-24 DOI: 10.1162/neco_a_01409

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Krishna, S., Arrojo E Drigo, R., Capitanio, JS, Ramachandra, R., Ellisman, M., Hetzer, MW La identificación de proteínas de larga vida en las mitocondrias revela una mayor estabilidad de la cadena de transporte de electrones. (2021) célula en desarrollo. DOI: 10.1016 / j.devcel.2021.10.008

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Lainscsek, C., Cash, SS, Sejnowski, TJ, Kurths, J. Ergodicidad dinámica DDA revela estructura causal en series de tiempo. (2021) Caos. 31 (10): 103108. DOI: 10.1063/5.0063724

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Kirchgessner, MA, Franklin, AD, Callaway, EM Distintas influencias "impulsoras" versus "moduladoras" de diferentes vías corticotalámicas visuales. (2021) Biología actual. DOI: 10.1016 / j.cub.2021.09.025

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Gorbunova, V., Seluanov, A., Mita, P., McKerrow, W., Fenyö, D., Boeke, JD, Linker, SB, Gage, FH, Kreiling, JA, Petrashen, AP, Woodham, TA, Taylor , JR, Helfand, SL, Sedivy, JM El papel de los elementos retrotransponibles en el envejecimiento y las enfermedades asociadas a la edad. https://rdcu.be/ct1i3 Texto completo proporcionado por la iniciativa de intercambio de contenido Springer Nature SharedIt [Publicado] (2021) Naturaleza. 596(7870):43-53. DOI: 10.1038/s41586-021-03542-y

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Shadel, GS, Adams, PD, Berggren, WT, Diedrich, JK, Diffenderfer, KE, Gage, FH, Hah, N., Hansen, M., Hetzer, MW, Molina, AJA, Manor, U., Marek, K ., O'Keefe, DD, Pinto, AFM, Sacco, A., Sharpee, TO, Shokriev, MN, Zambetti, S. El Nathan Shock Center de San Diego: abordar la heterogeneidad del envejecimiento. (2021) Gerociencia. DOI: 10.1007 / s11357-021-00426-x

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Amin, ND, Senturk, G., Costaguta, G., Driscoll, S., O'Leary, B., Bonanomi, D., Pfaff, SL Un umbral oculto en las redes de genes de neuronas motoras revelado por la modulación de la dosis de miR-218. (2021) Neuron. DOI: 10.1016 / j.neuron.2021.07.028

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Hayes, TL, Krishnan, GP, Bazhenov, M., Siegelmann, HT, Sejnowski, TJ, Kanan, C. Reproducción en aprendizaje profundo: enfoques actuales y elementos biológicos faltantes. (2021) Computación neuronal.:1-44 DOI: 10.1162/neco_a_01433

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Johnston, S., Parylak, S., Kim, S., Mac, N., Lim, C., Gallina, I., Bloyd, C., Newberry, A., Saavedra, CD, Novak, O., Goncalves , JT, Gage, FH, Shtrahman, M. AAV elimina la neurogénesis en el hipocampo murino adulto. (2021) Elife. 10. DOI: 10.7554/eLife.59291

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Nakahira, Y., Liu, Q., Sejnowski, TJ, Doyle, JC Puntos dulces habilitados por la diversidad en arquitecturas en capas y compensaciones de precisión de velocidad en el control sensoriomotor. (2021) Actas de la Academia Nacional de Ciencias de los Estados Unidos de América. 118(22). DOI: 10.1073/pnas.1916367118

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Tan, K., Kim, ME, Song, HW, Skarbrevik, D., Babajanian, E., Bedrosian, TA, Gage, FH, Wilkinson, MF El grupo de genes Rhox suprime la transposición de la línea germinal LINE1. (2021) Actas de la Academia Nacional de Ciencias de los Estados Unidos de América. 118(23). DOI: 10.1073/pnas.2024785118

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Faulkner, RL, pared, NR, Callaway, EM, Cline, HT Aplicación del virus de la rabia recombinante al cerebro de renacuajo de Xenopus. (2021) eNeuro. DOI: 10.1523 / ENEURO.0477-20.2021

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Chafer, ST, calibre, FH Comer o no comer, esa es la cuestión: las células madre neurales escapan a la fagocitosis en el autismo con macrocefalia. (2021) Actas de la Academia Nacional de Ciencias de los Estados Unidos de América. 118(19). DOI: 10.1073/pnas.2104888118


Compans, B., Camus, C., Kallergi, E., Sposini, S., Martineau, M., Butler, C., Kechkar, A., Klaassen, RV, Retailleau, N., Sejnowski, TJ, Smit, AB, Sibarita, JB, Bartol, TM, Perrais, D., Nikoletopoulou, V., Choquet, D., Hosy, E. La depresión a largo plazo dependiente de NMDAR se asocia con una mayor plasticidad a corto plazo a través de la pérdida de PSD-95 mediada por autofagia. (2021) Nature Communications. 12(1):2849. DOI: 10.1038/s41467-021-23133-9

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Dias, GP, Murphy, T., Stangl, D., Ahmet, S., Morisse, B., Nix, A., Aimone, LJ, Aimone, JB, Kuro-O, M., Gage, FH, Thuret, S. El ayuno intermitente mejora la consolidación de la memoria a largo plazo, la neurogénesis del hipocampo en adultos y la expresión del gen de la longevidad Klotho. (2021) Psiquiatría Molecular. DOI: 10.1038/s41380-021-01102-4

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Hsu, WM, Kastner, DB, Baccus, SA, Sharpee, TO Cómo las neuronas inhibitorias aumentan la transmisión de información bajo la modulación del umbral. (2021) Informes de celda. 35(8):109158. DOI: 10.1016/j.celrep.2021.109158

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Reid, DA, Reed, PJ, Schlachetzki, JCM, Nitulescu, II, Chou, G., Tsui, Chandran, S., Jones, JR, Lu, AT, McClain, CA, Ooi, JH, Wang, TW, Lana, Linker, SB, Ricciardulli, AS, Lau, S., Schafer, S., Horvath, S., Dixon, JR, Hah, N., Glass, CK, Gage, FH La incorporación de un análogo de nucleósido mapea los sitios de reparación del genoma en neuronas humanas posmitóticas. (2021) Ciencia. 372 (6537): 91-94. DOI: 10.1126/ciencia.abb9032

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Huang, Y., Happonen, KE, Burrola, PG, O'Connor, C., Hah, N., Huang, L., Nimmerjahn, A., Lemke, G. Microglia utiliza receptores TAM para detectar y engullir placas de β amiloide. (2021) Inmunología de la naturaleza. DOI: 10.1038/s41590-021-00913-5

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Osseward, PJ, Amin, ND, Moore, JD, Temple, BA, Barriga, BK, Bachmann, LC, Beltran, F., Gullo, M., Clark, RC, Driscoll, SP, Pfaff, SL, Hayashi, M. Las firmas genéticas conservadas parcelan las clases de neuronas espinales cardinales en subconjuntos locales y de proyección. (2021) Ciencia. 372 (6540): 385-393. DOI: 10.1126/ciencia.abe0690

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Mertens, J., Herdy, JR, Traxler, L., Schafer, ST, Schlachetzki, JCM, Böhnke, L., Reid, DA, Lee, H., Zangwill, D., Fernandes, DP, Agarwal, RK, Lucciola , R., Zhou-Yang, L., Karbacher, L., Edenhofer, F., Stern, S., Horvath, S., Paquola, ACM, Glass, CK, Yuan, SH, Ku, M., Szücs, A., Goldstein, LSB, Galasko, D., Gage, FH Inestabilidad dependiente de la edad del destino neuronal maduro en neuronas inducidas de pacientes con Alzheimer. (2021) Célula madre celular. DOI: 10.1016 / j.stem.2021.04.004

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Chafer, ST, calibre, FH El Cuándo y Dónde: Convergencia Molecular y Celular en el Autismo. (2021) Psiquiatría biológica. 89(5):419-420. DOI: 10.1016/j.biopsych.2020.12.016


Mishra, HK, Ying, NM, Luis, A., Wei, H., Nguyen, M., Nakhla, T., Vandenburgh, S., Alda, M., Berrettini, WH, Brennand, KJ, Calabrese, JR, Coryell, WH, Frye, MA, Gage, FH, Gershon, ES, McInnis, MG, Nievergelt, CM, Nurnberger, JI, Shilling, PD, Oedegaard, KJ, Zandi, PP, Kelsoe, JR, Welsh, DK, McCarthy , MJ Los ritmos circadianos en las neuronas derivadas del paciente con trastorno bipolar predicen la respuesta al litio: estudios preliminares. (2021) Psiquiatría Molecular. DOI: 10.1038/s41380-021-01048-7

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Fang, L., Monroe, F., Novak, SW, Kirk, L., Schiavon, CR, Yu, SB, Zhang, T., Wu, M., Kastner, K., Latif, AA, Lin, Z. , Shaw, A., Kubota, Y., Mendenhall, J., Zhang, Z., Pekkurnaz, G., Harris, K., Howard, J., Manor, U. Imágenes de superresolución de escaneo de puntos basadas en aprendizaje profundo. (2021) Métodos de la naturaleza. DOI: 10.1038 / s41592-021, 01080-z

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Zhou, Y., Sharpee, TO Geometría hiperbólica de la expresión génica. (2021) iCiencia. 24(3):102225. DOI: 10.1016/j.isci.2021.102225

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Nakatsuka, N., Heard, KJ, Faillétaz, A., Momotenko, D., Vörös, J., Gage, FH, Vadodaria, KC Detección de serotonina secretada por neuronas serotoninérgicas humanas utilizando nanopipetas modificadas con aptámeros. (2021) Psiquiatría Molecular. DOI: 10.1038/s41380-021-01066-5

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Lei, Y., Zhang, J., Schiavon, CR, He, M., Chen, L., Shen, H., Zhang, Y., Yin, Q., Cho, Y., Andrade, L., Shadel , GS, Hepokoski, M., Lei, T., Wang, H., Zhang, J., Yuan, JX, Malhotra, A., Manor, U., Wang, S., Yuan, ZY, Shyy, JY La proteína Spike del SARS-CoV-2 afecta la función endotelial a través de la regulación a la baja de ACE2. (2021) Investigación de la circulación. DOI: 10.1161/CIRCRESAHA.121.318902


Bedrosian, TA, Houtman, J., Eguiguren, JS, Ghassemzadeh, S., Rund, N., Novaresi, NM, Hu, L., Parylak, SL, Denli, AM, Randolph-Moore, L., Namba, T ., Gage, FH, Toda, T. La disminución de Lamin B1 subyace a la pérdida relacionada con la edad de la neurogénesis del hipocampo adulto. (2021) Revista EMBA. 40(3):e105819. DOI: 10.15252/embj.2020105819

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Fukuda, S., Varshney, A., Fowler, BJ, Wang, SB, Narendran, S., Ambati, K., Yasuma, T., Magagnoli, J., Leung, H., Hirahara, S., Nagasaka, Y., Yasuma, R., Apicella, I., Pereira, F., Makin, RD, Magner, E., Liu, X., Sun, J., Wang, M., Baker, K., Marion, KM , Huang, X., Baghdasaryan, E., Ambati, M., Ambati, VL, Pandey, A., Pandya, L., Cummings, T., Banerjee, D., Huang, P., Yerramothu, P., Tolstonog, GV, Held, U., Erwin, JA, Paquola, ACM, Herdy, JR, Ogura, Y., Terasaki, H., Oshika, T., Darwish, S., Singh, RK, Mozaffari, S., Bhattarai, D., Kim, KB, Hardin, JW, Bennett, CL, Hinton, DR, Hanson, TE, Röver, C., Parang, K., Kerur, N., Liu, J., Werner, BC, Sutton , SS, Sadda, SR, Schumann, GG, Gelfand, BD, Gage, FH, Ambati, J. Síntesis citoplasmática de ADN complementario endógeno mediante transcripción inversa e implicaciones en la degeneración macular relacionada con la edad. (2021) Actas de la Academia Nacional de Ciencias de los Estados Unidos de América. 118(6). DOI: 10.1073/pnas.2022751118

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Schiavon, CR, Shadel, GS, Manor, U. Deterioro de la movilidad mitocondrial en la enfermedad de Charcot-Marie-Tooth. (2021) Biol de desarrollo de células frontales. 9:624823. DOI: 10.3389/fcell.2021.624823

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Singh, N., Bartol, T., Levine, H., Sejnowski, T., Nadkarni, S. El retículo endoplásmico presináptico regula la plasticidad a corto plazo en las sinapsis del hipocampo. (2021) Biología de las Comunicaciones. 4(1):241. DOI: 10.1038/s42003-021-01761-7

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Vadodaria, KC, Mendes, APD, Mei, A., Racha, V., Erikson, G., Shokhirev, MN, Oefner, R., Heard, KJ, McCarthy, MJ, Eyler, L., Kelsoe, JR, Santos , R., Marchetto, MC, Gage, FH Apoyo Neuronal Alterado Y Respuesta Inflamatoria En Trastorno Bipolar Derivados De Pacientes Astrocytes. (2021) Informes de células madre. DOI: 10.1016/j.stemcr.2021.02.004

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Santos, R., Linker, SB, Stern, S., Mendes, APD, Shokhirev, MN, Erikson, G., Randolph-Moore, L., Racha, V., Kim, Y., Kelsoe, JR, Bang, AG, Alda, M., Marchetto, MC, Gage, FH La expresión deficiente de LEF1 se asocia con resistencia al litio e hiperexcitabilidad en neuronas derivadas de pacientes con trastorno bipolar. (2021) Psiquiatría Molecular. DOI: 10.1038/s41380-020-00981-3

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Lehman, BJ, Lopez-Diaz, FJ, Santisakultarm, TP, Fang, L., Shokhirev, MN, Diffenderfer, KE, Manor, U., Emerson, BM Regulación dinámica de la estabilidad de CTCF y localización subnuclear en respuesta al estrés. (2021) Genética PLOS. 17(1):e1009277. DOI: 10.1371/journal.pgen.1009277

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Zholudeva, LV, Abraira, VE, Satkunendrarajah, K., McDevitt, TC, Goulding, MD, Magnuson, DSK, Lane, MA Interneuronas espinales como guardianes de la neuroplasticidad después de una lesión o enfermedad. (2021) Journal of Neuroscience. DOI: 10.1523 / JNEUROSCI.1654-20.2020

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Trujillo, CA, Adams, JW, Negraes, PD, Carromeu, C., Tejwani, L., Acab, A., Tsuda, B., Thomas, CA, Sodhi, N., Fichter, KM, Romero, S., Zanella, F., Sejnowski, TJ, Ulrich, H., Muotri, AR Reversión farmacológica de patología sináptica y de red en neuronas humanas MECP2-KO y organoides corticales. (2021) EMBO Medicina Molecular. 13(1):e12523. DOI: 10.15252/emmm.202012523

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