Centro de Biofotónica Avanzada de Waitt

Investigación

Instituto Salk de Estudios Biológicos - Centro de Biofotónica Avanzada Waitt - Investigación

PUBLICACIONES 2023


Kaneshiro, JM, Capitán, JS, Hetzer, MW La sobreexpresión de Lamin B1 altera la organización de la cromatina y la expresión génica. (2023) Núcleo. 14 (1): 2202548. DOI: 10.1080/19491034.2023.2202548

+ expandir resumen


Zhou, J., Zhang, Z., Wu, M., Liu, H., Pang, Y., Bartlett, A., Peng, Z., Ding, W., Rivkin, A., Lagos, WN, Williams , E., Lee, CT, Miyazaki, PA, Aldridge, A., Zeng, Q., Salinda, JLA, Claffey, N., Liem, M., Fitzpatrick, C., Boggeman, L., Yao, Z. , Smith, KA, Tasic, B., Altshul, J., Kenworthy, MA, Valadon, C., Nery, JR, Castanon, RG, Patne, NS, Vu, M., Rashid, M., Jacobs, M. , Ito, T., Osteen, J., Emerson, N., Lee, J., Cho, S., Rink, J., Huang, HH, Pinto-Duartec, A., Domínguez, B., Smith, JB , O'Connor, C., Zeng, H., Chen, S., Lee, KF, Mukamel, EA, Jin, X., Margarita Behrens, M., Ecker, JR, Callaway, EM Correspondencia en todo el cerebro de la epigenómica neuronal y las proyecciones distantes. (2023) Naturaleza. 624(7991):355-365. DOI: 10.1038/s41586-023-06823-w

+ expandir resumen


Zemke, NR, Armand, EJ, Wang, W., Lee, S., Zhou, J., Li, YE, Liu, H., Tian, ​​W., Nery, JR, Castanon, RG, Bartlett, A., Osteen, JK, Li, D., Zhuo, X., Xu, V., Chang, L., Dong, K., Indralingam, HS, Rink, JA, Xie, Y., Miller, M., Krienen, FM , Zhang, Q., Taskin, N., Ting, J., Feng, G., McCarroll, SA, Callaway, EM, Wang, T., Lein, ES, Behrens, MM, Ecker, JR, Ren, B. Programas reguladores de genes conservados y divergentes de la neocorteza de los mamíferos. (2023) Naturaleza. 624(7991):390-402. DOI: 10.1038/s41586-023-06819-6

+ expandir resumen


Patiño, M., Lagos, WN, Patne, NS, Miyazaki, PA, Bhamidipati, SK, Collman, F., Callaway, EM El tipo de célula postsináptica y la distancia sináptica no determinan la eficiencia de la propagación del virus de la rabia monosináptica medida en resolución sináptica. (2023) Elife. 12. DOI: 10.7554/eLife.89297

+ expandir resumen


Chung, B., Zia, M., Thomas, KA, Michaels, JA, Jacob, A., Pack, A., Williams, MJ, Nagapudi, K., Teng, LH, Arrambide, E., Ouellette, L. , Oey, N., Gibbs, R., Anschutz, P., Lu, J., Wu, Y., Kashefi, M., Oya, T., Kersten, R., Mosberger, AC, O'Connell, S ., Wang, R., Marques, H., Mendes, AR, Lenschow, C., Kondakath, G., Kim, JJ, Olson, W., Quinn, KN, Perkins, P., Gatto, G., Thanawalla , A., Coltman, S., Kim, T., Smith, T., Binder-Markey, B., Zaback, M., Thompson, CK, Giszter, S., Persona, A., Goulding, M., Azim, E., Thakor, N., O'Connor, D., Trimmer, B., Lima, SQ, Carey, MR, Pandarinath, C., Costa, RM, Pruszynski, JA, Bakir, M., Sober, SJ Matrices Myomatrix para registro muscular de alta definición. (2023) Elife. 12. DOI: 10.7554/eLife.88551

+ expandir resumen


Lainscsek, C., Salami, P., Carvalho, VR, Mendes, EMAM, Fan, M., Cash, SS, Sejnowski, TJ Análisis diferencial de retraso por motivos de red de la actividad cerebral durante las convulsiones. (2023) Caos. 33(12). DOI: 10.1063/5.0165904

+ expandir resumen


Garrison, MA, Jang, Y., Bae, T., Cherskov, A., Emery, SB, Fasching, L., Jones, A., Moldovan, JB, Molitor, C., Pochareddy, S., Peters, MA , Shin, JH, Wang, Y., Yang, X., Akbarian, S., Chess, A., Gage, FH, Gleeson, JG, Kidd, JM, McConnell, M., Mills, RE, Moran, JV, Park, PJ, Sestan, N., Urban, AE, Vaccarino, FM, Walsh, CA, Weinberger, DR, Wheelan, SJ, Abyzov, A. Recursos de datos genómicos de la Red de Mosaicismo Somático Cerebral para enfermedades neuropsiquiátricas. (2023) Datos de ciencia. 10(1):813. DOI: 10.1038/s41597-023-02645-7

+ expandir resumen


Tsuda, B., Richmond, BJ, Sejnowski, TJ Explorando las diferencias de estrategia entre humanos y monos con redes neuronales recurrentes. (2023) PLOS Biología Computacional. 19(11):e1011618. DOI: 10.1371/diario.pcbi.1011618

+ expandir resumen


Manole, A., Wong, T., Rhee, A., Novak, S., Chin, SM, Tsimring, K., Paucar, A., Williams, A., Newmeyer, TF, Schafer, ST, Rosh, I ., Kaushik, S., Hoffman, R., Chen, S., Wang, G., Snyder, M., Cuervo, AM, Andrade, L., Manor, U., Lee, K., Jones, JR, Stern, S., Marchetto, MC, Gage, FH Las mutaciones de NGLY1 provocan agregación de proteínas en las neuronas humanas. (2023) Informes de celda. 42(12):113466. DOI: 10.1016/j.celrep.2023.113466

+ expandir resumen


Álvarez-Kuglen, M., Rodríguez, D., Qin, H., Ninomiya, K., Fiengo, L., Farhy, C., Hsu, WM, Havas, A., Feng, GS, Roberts, AJ, Anderson , RM, Serrano, M., Adams, PD, Sharpee, TO, Terskikh, AV La cromatina y la edad epigenética basada en imágenes, ImAge, cuantifica el envejecimiento y el rejuvenecimiento. (2023) Plaza Res. DOI: 10.21203/rs.3.rs-3479973/v1

+ expandir resumen


Jorstad, NL, Close, J., Johansen, N., Yanny, AM, Barkan, ER, Travaglini, KJ, Bertagnolli, D., Campos, J., Casper, T., Crichton, K., Dee, N. , Ding, SL, Gelfand, E., Goldy, J., Hirschstein, D., Kiick, K., Kroll, M., Kunst, M., Lathia, K., Long, B., Martin, N., McMillen, D., Pham, T., Rimorin, C., Ruiz, A., Shapovalova, N., Shehata, S., Siletti, K., Somasundaram, S., Sulc, J., Tieu, M., Torkelson, A., Tung, H., Callaway, EM, Hof, PR, Keene, CD, Levi, BP, Linnarsson, S., Mitra, PP, Smith, K., Hodge, RD, Bakken, TE, Lein, ES La citoarquitectura transcriptómica revela los principios de la organización de la neocorteza humana. (2023) Ciencia. 382(6667):eadf6812. DOI: 10.1126/ciencia.adf6812

+ expandir resumen


Lainscsek, C., Mendes, EMAM, Salgado, GHO, Sejnowski, TJ Transformaciones que preservan la unicidad de la forma diferencial para sistemas tipo Lorenz. (2023) Caos. 33(10). DOI: 10.1063/5.0156237

+ expandir resumen


Klug, JR, Yan, X., Hoffman, HA, Engelhardt, MD, Osakada, F., Callaway, EM, Jin, X. Las proyecciones corticales asimétricas a las vías directas e indirectas del cuerpo estriatal controlan claramente las acciones. (2023) bioRxiv. DOI: 10.1101 / 2023.10.02.560589

+ expandir resumen


Daboussi, L., Costaguta, G., Gullo, M., Jasinski, N., Pessino, V., O'Leary, B., Lettieri, K., Driscoll, S., Pfaff, SL Mitf es un sensor de integridad axonal de células de Schwann que impulsa la reparación de los nervios. (2023) Informes de celda. 42(11):113282. DOI: 10.1016/j.celrep.2023.113282

+ expandir resumen


García, GC, Gupta, K., Bartol, TM, Sejnowski, TJ, Rangamani, P. La morfología mitocondrial gobierna la tasa de producción de ATP. (2023) J Gen Physiol. 155(9). DOI: 10.1085/jgp.202213263

+ expandir resumen


Cho, UH, Hetzer, MW Recorte del complejo de poros nucleares mediado por caspasa en la diferenciación celular y el estrés del retículo endoplásmico. (2023) Elife. 12. DOI: 10.7554/eLife.89066

+ expandir resumen


Globig, AM, Zhao, S., Roginsky, J., Maltez, VI, Guiza, J., Avina-Ochoa, N., Heeg, M., Araujo Hoffmann, F., Chaudhary, O., Wang, J. , Senturk, G., Chen, D., O'Connor, C., Pfaff, S., Germain, RN, Schalper, KA, Emu, B., Kaech, SM El receptor β-adrenérgico vincula los nervios simpáticos con el agotamiento de las células T. (2023) Naturaleza. DOI: 10.1038/s41586-023-06568-6

+ expandir resumen


Li, JS, Sarma, AA, Sejnowski, TJ, Doyle, JC La retroalimentación interna en el circuito cortical de percepción-acción permite un comportamiento rápido y preciso. (2023) Actas de la Academia Nacional de Ciencias de los Estados Unidos de América. 120(39):e2300445120. DOI: 10.1073/pnas.2300445120

+ expandir resumen


Wang, H., Dey, O., Lagos, WN, Behnam, N., Callaway, EM, Stafford, BK Vías paralelas que transportan señales retinianas selectivas de dirección y orientación a la capa 4 de la corteza visual del ratón. (2023) bioRxiv. DOI: 10.1101 / 2023.09.18.558281

+ expandir resumen


Chung, B., Zia, M., Thomas, KA, Michaels, JA, Jacob, A., Pack, A., Williams, MJ, Nagapudi, K., Teng, LH, Arrambide, E., Ouellette, L. , Oey, N., Gibbs, R., Anschutz, P., Lu, J., Wu, Y., Kashefi, M., Oya, T., Kersten, R., Mosberger, AC, O'Connell, S ., Wang, R., Marques, H., Mendes, AR, Lenschow, C., Kondakath, G., Kim, JJ, Olson, W., Quinn, KN, Perkins, P., Gatto, G., Thanawalla , A., Coltman, S., Kim, T., Smith, T., Binder-Markey, B., Zaback, M., Thompson, CK, Giszter, S., Persona, A., Goulding, M., Azim, E., Thakor, N., O'Connor, D., Trimmer, B., Lima, SQ, Carey, MR, Pandarinath, C., Costa, RM, Pruszynski, JA, Bakir, M., Sober, SJ Matrices Myomatrix para registro muscular de alta definición. (2023) bioRxiv. DOI: 10.1101 / 2023.02.21.529200

+ expandir resumen


Sharma, R., Hetzer, MW El enlace disulfuro en SUN2 regula la remodelación dinámica de los complejos LINC en la envoltura nuclear. (2023) Alianza de Ciencias de la Vida. 6(8). DOI: 10.26508/lsa.202302031

+ expandir resumen


Okur, MN, Sahbaz, BD, Kimura, R., Manor, U., Patel, J., Park, JH, Andrade, L., Puligilla, C., Croteau, DL, Bohr, VA La suplementación a largo plazo con NAD+ previene la progresión de la pérdida auditiva relacionada con la edad en ratones. (2023) Envejecimiento celular. DOI: 10.1111/acel.13909

+ expandir resumen


Mizrahi, L., Choudhary, A., Ofer, P., Goldberg, G., Milanesi, E., Kelsoe, JR, Gurwitz, D., Alda, M., Gage, FH, Stern, S. Los genes de inmunoglobulina expresados ​​en líneas celulares linfoblastoides distinguen y predicen la respuesta al litio en pacientes con trastorno bipolar. (2023) Psiquiatría Molecular. DOI: 10.1038 / s41380-023, 02183-z

+ expandir resumen


Traxler, L., Lucciola, R., Herdy, JR, Jones, JR, Mertens, J., Gage, FH Cambios en el estado de las células neuronales y pérdida del destino en el envejecimiento y las enfermedades relacionadas con la edad. (2023) Nat Rev Neurol. DOI: 10.1038/s41582-023-00815-0

+ expandir resumen


Schafer, ST, Mansour, AA, Schlachetzki, JCM, Pena, M., Ghassemzadeh, S., Mitchell, L., Mar, A., Quang, D., Stumpf, S., Ortiz, IS, Lana, AJ, Baek, C., Zaghal, R., Glass, CK, Nimmerjahn, A., Gage, FH Un modelo de organoide neuroinmune in vivo para estudiar fenotipos de microglía humana. (2023) Cell. 186(10):2111-2126.e20. DOI: 10.1016/j.cell.2023.04.022

+ expandir resumen


Arlotta, P., Gage, FH Organoides neurales y la búsqueda para comprender y tratar las enfermedades psiquiátricas. (2023) Psiquiatría biológica. 93(7):588-589. DOI: 10.1016/j.biopsych.2023.01.021


Glavis-Bloom, C., Vanderlip, C., Weiser Novak, S., Kuwajima, M., Kirk, L., Harris, KM, Manor, U., Reynolds, JH La violación del principio de tamaño ultraestructural en la corteza prefrontal dorsolateral subyace al deterioro de la memoria de trabajo en el tití común envejecido (Callithrix jacchus) (2023) Fronteras en la neurociencia del envejecimiento. 15. DOI: doi.org/10.3389/fnagi.2023.1146245

+ expandir resumen


Zemke, NR, Armand, EJ, Wang, W., Lee, S., Zhou, J., Li, YE, Liu, H., Tian, ​​W., Nery, JR, Castanon, RG, Bartlett, A., Osteen, JK, Li, D., Zhuo, X., Xu, V., Miller, M., Krienen, FM, Zhang, Q., Taskin, N., Ting, J., Feng, G., McCarroll, SA, Callaway, EM, Wang, T., Behrens, MM, Lein, ES, Ecker, JR, Ren, B. Análisis epigenómico comparativo de células individuales de los programas reguladores de genes en la neocorteza de roedores y primates. (2023) bioRxiv. DOI: 10.1101 / 2023.04.08.536119

+ expandir resumen


Malik, N., Ferreira, BI, Hollstein, PE, Curtis, SD, Trefts, E., Weiser Novak, S., Yu, J., Gilson, R., Hellberg, K., Fang, L., Sheridan, A., Hah, N., Shadel, GS, Manor, U., Shaw, RJ Inducción de biogénesis lisosomal y mitocondrial por fosforilación AMPK de FNIP1. (2023) Ciencia. 380(6642):eabj5559. DOI: 10.1126/ciencia.abj5559

+ expandir resumen


Kobayashi, Y., Shigyo, M., Platoshyn, O., Marsala, S., Kato, T., Takamura, N., Yoshida, K., Kishino, A., Bravo-Hernandez, M., Juhas, S. ., Juhasova, J., Studenovska, H., Proks, V., Driscoll, SP, Glenn, TD, Pfaff, SL, Ciacci, JD, Marsala, M. Precursores neuronales iPSC humanos reprogramados con el virus Sendai expandible: Caracterización de la seguridad posterior al injerto en ratas y cerdos adultos. (2023) Trasplante de células. 32:9636897221107009. DOI: 10.1177/09636897221107009

+ expandir resumen


Pham, TB, Boussaty, EC, Currais, A., Maher, P., Schubert, DR, Manor, U., Friedman, RA Atenuación de la deficiencia auditiva relacionada con la edad en ratones propensos a 8 ratones acelerados por la senescencia (SAMP8) tratados con el inhibidor de la sintasa de ácidos grasos CMS121. (2023) Revista de Neurociencia Molecular. DOI: 10.1007 / s12031-023-02119-w

+ expandir resumen


Mishra, HK, Wei, H., Rohr, KE, Ko, I., Nievergelt, CM, Maihofer, AX, Shilling, PD, Alda, M., Berrettini, WH, Brennand, KJ, Calabrese, JR, Coryell, WH , Frye, M., Gage, F., Gershon, E., McInnis, MG, Nurnberger, J., Oedegaard, KJ, Zandi, PP, Kelsoe, JR, McCarthy, MJ Contribuciones de los genes del reloj circadiano a la supervivencia celular en modelos de fibroblastos del trastorno bipolar sensible al litio. (2023) Eur Neuropsychopharmacol. 74:1-14. DOI: 10.1016/j.euroneuro.2023.04.009

+ expandir resumen


Shekhmeyster, P., Duarte, D., Carey, EM, Ngo, A., Gao, G., Olmstead, JA, Nelson, NA, Nimmerjahn, A. Imágenes transegmentarias en la médula espinal de ratones que se comportan. (2023) Biotecnología de la naturaleza. DOI: 10.1038/s41587-023-01700-3

+ expandir resumen


Kempermann, G., Song, H., Gage, FH Neurogénesis adulta en el hipocampo. (2023) Hipocampo. DOI: 10.1002/hipo.23525


Shekhmeyster, P., Carey, EM, Duarte, D., Ngo, A., Gao, G., Nelson, NA, Clark, CL, Nimmerjahn, A. Imágenes translaminares multiplex en la médula espinal de ratones que se comportan. (2023) Nature Communications. 14(1):1427. DOI: 10.1038/s41467-023-36959-2

+ expandir resumen


Zador, A., Escola, S., Richards, B., Ölveczky, B., Bengio, Y., Boahen, K., Botvinick, M., Chklovskii, D., Churchland, A., Clopath, C., DiCarlo, J., Ganguli, S., Hawkins, J., Körding, K., Koulakov, A., LeCun, Y., Lillicrap, T., Marblestone, A., Olshausen, B., Pouget, A., Savin, C., Sejnowski, T., Simoncelli, E., Solla, S., Sussillo, D., Tolias, AS, Tsao, D. Catalizando la inteligencia artificial de próxima generación a través de NeuroAI. (2023) Nature Communications. 14(1):1597. DOI: 10.1038/s41467-023-37180-x

+ expandir resumen


Niemsiri, V., Rosenthal, SB, Nievergelt, CM, Maihofer, AX, Marchetto, MC, Santos, R., Shekhtman, T., Alliey-Rodriguez, N., Anand, A., Balaraman, Y., Berrettini, WH, Bertram, H., Burdick, KE, Calabrese, JR, Calkin, CV, Conroy, C., Coryell, WH, DeModena, A., Eyler, LT, Feeder, S., Fisher, C., Frazier, N ., Frye, MA, Gao, K., Garnham, J., Gershon, ES, Goes, FS, Goto, T., Harrington, GJ, Jakobsen, P., Kamali, M., Kelly, M., Leckband, SG, Lohoff, FW, McCarthy, MJ, McInnis, MG, Craig, D., Millett, CE, Mondimore, F., Morken, G., Nurnberger, JI, Donovan, CO, Øedegaard, KJ, Ryan, K., Schinagle, M., Shilling, PD, Slaney, C., Stapp, EK, Stautland, A., Tarwater, B., Zandi, PP, Alda, M., Fisch, KM, Gage, FH, Kelsoe, JR La adhesión focal se asocia con la respuesta al litio en el trastorno bipolar: evidencia de un análisis multiómico basado en redes. (2023) Psiquiatría Molecular. DOI: 10.1038/s41380-022-01909-9

+ expandir resumen


Little, JC, Kaaronen, RO, Hukkinen, JI, Xiao, S., Sharpee, T., Farid, AM, Nilchiani, R., Barton, CM Sistemas terrestres a sistemas antropocenos: un paradigma evolutivo, de sistema de sistemas, de convergencia para desafíos sociales interdependientes. (2023) Medio Ambiente Sci Technol. DOI: 10.1021 / acs.est.2c06203

+ expandir resumen


Ren, X., Liu, S., Virlogeux, A., Kang, SJ, Brusch, J., Liu, Y., Dymecki, SM, Han, S., Goulding, M., Acton, D. Identificación de una vía espinoparabraquial esencial para el prurito mecánico. (2023) Neuron. DOI: 10.1016 / j.neuron.2023.03.013

+ expandir resumen


Hayashi, M., Gullo, M., Senturk, G., Di Costanzo, S., Nagasaki, SC, Kageyama, R., Imayoshi, I., Goulding, M., Pfaff, SL, Gatto, G. Una sinergia espinal de neuronas excitadoras e inhibidoras coordina los movimientos corporales ipsilaterales. (2023) bioRxiv. DOI: 10.1101 / 2023.03.21.533603

+ expandir resumen


Sejnowski, TJ Grandes modelos de lenguaje y la prueba de Turing inversa. (2023) Computación neuronal.:1-34 DOI: 10.1162/neco_a_01563

+ expandir resumen


Parylak, SL, Qiu, F., Linker, SB, Gallina, IS, Lim, CK, Preciado, D., McDonald, AH, Zhou, X., Gage, FH La transcripción relacionada con la actividad neuronal se atenúa en las células granulares dentadas inmaduras en comparación con las maduras. (2023) Hipocampo. DOI: 10.1002/hipo.23515

+ expandir resumen


Yang, JY, O'Connell, TF, Hsu, WM, Bauer, MS, Dylla, KV, Sharpee, TO, Hong, EJ Reestructuración de las representaciones olfativas en el cerebro de la mosca en torno a las relaciones olfativas en fuentes naturales. (2023) bioRxiv. DOI: 10.1101 / 2023.02.15.528627

+ expandir resumen


Bermperidis, T., Schafer, S., Gage, FH, Sejnowski, T., Torres, EB El interrogatorio dinámico de las trayectorias del transcriptoma estocástico utilizando genes asociados a enfermedades revela distintos orígenes de trastornos neurológicos y psiquiátricos. (2023) Fronteras en neurociencia. 16:884707. DOI: 10.3389/fnins.2022.884707

+ expandir resumen


Fischer, KB, Collins, HK, Pang, Y., Roy, DS, Zhang, Y., Feng, G., Li, SJ, Kepecs, A., Callaway, EM Restricción monosináptica de la cepa H129 del virus del herpes simple anterógrado para el rastreo del circuito neural. (2023) Revista de Neurología Comparada. DOI: 10.1002/cne.25451

+ expandir resumen


Pérez-García, G., Bicak, M., Haure-Mirande, JV, Pérez, GM, Otero-Pagan, A., Gama Sosa, MA, De Gasperi, R., Sano, M., Barlow, C., Gage, FH, Readhead, B., Ehrlich, ME, Gandy, S., Elder, GA BCI-838, un profármaco antagonista del receptor mGluR2/3 activo por vía oral, rescata los déficits de comportamiento de aprendizaje en el modelo de tauopatía del ratón PS19 MAPT. (2023) Neurosci Lett.:137080 DOI: 10.1016/j.neulet.2023.137080

+ expandir resumen


Wang, M., Gage, FH, Schafer, ST Estrategias de trasplante para mejorar la madurez y la complejidad celular en organoides cerebrales. (2023) Psiquiatría biológica. DOI: 10.1016 / j.biopsych.2023.01.004

+ expandir resumen