Centro Avançado de Biofotônica Waitt

Pesquisa

Salk Institute for Biological Studies - Waitt Advanced Biophotonics Center - Research

PUBLICAÇÕES 2015


todas as publicações


Geeven, G., Zhu, Y., Kim, BJ, Bartholdy, BA, Yang, SM, Macfarlan, TS, Gifford, WD, Pfaff, SL, Verstegen, MJ, Pinto, H., Vermunt, MW, Creyghton, MP , Wijchers, PJ, Stamatoyannopoulos, JA, Skoultchi, AI, de Laat, W. Alterações no compartimento local e alterações na paisagem regulatória em células com depleção de histona H1. (2015) Biologia do Genoma. 16:289. DOI: 10.1186/s13059-015-0857-0

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Harrison, BJ, Venkat, G., Hutson, T., Rau, KK, Bunge, MB, Mendell, LM, Gage, FH, Johnson, RD, Hill, C., Rouchka, EC, Moon, L., Petruska, JC Alterações transcricionais nos gânglios sensoriais associadas ao brotamento colateral do axônio aferente primário em modelo de dermátomo poupado. (2015) Dados Genómicos. 6:249-52. DOI: 10.1016/j.gdata.2015.10.005

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Amin, ND, Bai, G., Klug, JR, Bonanomi, D., Pankratz, MT, Gifford, WD, Hinckley, CA, Sternfeld, MJ, Driscoll, SP, Dominguez, B., Lee, KF, Jin, X ., Pfaff, SL A perda do microRNA-218 específico do motoneurônio causa falha neuromuscular sistêmica. (2015) Ciência. 350(6267):1525-9. DOI: 10.1126/science.aad2509

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Kim, EJ, Juavinett, AL, Kyubwa, EM, Jacobs, MW, Callaway, EM Três tipos de neurônios corticais da camada 5 que diferem na conectividade e função de todo o cérebro. (2015) Neurônio. 88(6):1253-1267. DOI: 10.1016/j.neuron.2015.11.002

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Brennand, KJ, Marchetto, MC, Benvenisty, N., Brüstle, O., Ebert, A., Izpisua Belmonte, JC, Kaykas, A., Lancaster, MA, Livesey, FJ, McConnell, MJ, McKay, RD, Morrow , EM, Muotri, AR, Panchision, DM, Rubin, LL, Sawa, A., Soldner, F., Song, H., Studer, L., Temple, S., Vaccarino, FM, Wu, J., Vanderhaeghen , P., Gage, FH, Jaenisch, R. Criando células neurais específicas do paciente para o estudo in vitro de distúrbios cerebrais. (2015) Relatórios de células-tronco. 5(6):933-45. DOI: 10.1016/j.stemcr.2015.10.011

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Veltz, R., Sejnowski, TJ Forçamento Periódico de Redes Estabilizadas por Inibição: Ressonâncias Não Lineares e Acoplamento Fase-Amplitude. (2015) Computação Neural. 27(12):2477-509. DOI: 10.1162/NECO_a_00786

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Mertens, J., Paquola, AC, Ku, M., Hatch, E., Böhnke, L., Ladjevardi, S., McGrath, S., Campbell, B., Lee, H., Herdy, JR, Gonçalves, JT, Toda, T., Kim, Y., Winkler, J., Yao, J., Hetzer, MW, Gage, FH Neurônios humanos diretamente reprogramados retêm assinaturas transcriptômicas associadas ao envelhecimento e revelam defeitos nucleocitoplasmáticos relacionados à idade. (2015) Célula-tronco. 17(6):705-18. DOI: 10.1016/j.stem.2015.09.001

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Bartol, TM, Bromer, C., Kinney, J., Chirillo, MA, Bourne, JN, Harris, KM, Sejnowski, TJ Limite superior nanoconectômico na variabilidade da plasticidade sináptica. (2015) Vida. 4:e10778. DOI: 10.7554/eLife.10778

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Kim, HJ, Denli, AM, Wright, R., Baul, TD, Clemenson, GD, Morcos, AS, Zhao, C., Schafer, ST, Gage, FH, Kagalwala, MN REST Regula a Diferenciação Neuronal Não Autônoma de Células e a Maturação de Células Progenitoras Neurais via Secretogranina II. (2015) Journal of Neuroscience. 35(44):14872-84. DOI: 10.1523/JNEUROSCI.4286-14.2015

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Pan, FC, Brissova, M., Powers, AC, Pfaff, S., Wright, CV A inativação do gene permanente do diabetes neonatal Mnx1 muda as células β produtoras de insulina para um destino semelhante ao δ e revela uma capacidade proliferativa facultativa em células β envelhecidas. (2015) Desenvolvimento. 142(21):3637-48. DOI: 10.1242/dev.126011

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Mertens, J., Wang, QW, Kim, Y., Yu, DX, Pham, S., Yang, B., Zheng, Y., Diffenderfer, KE, Zhang, J., Soltani, S., Eames, T ., Schafer, ST, Boyer, L., Marchetto, MC, Nurnberger, JI, Calabrese, JR, Ødegaard, KJ, McCarthy, MJ, Zandi, PP, Alda, M., Alba, M., Nievergelt, CM, , Mi, S., Brennand, KJ, Kelsoe, JR, Gage, FH, Yao, J. Respostas diferenciais ao lítio em neurônios hiperexcitáveis ​​de pacientes com transtorno bipolar. (2015) Natureza. 527(7576):95-9. DOI: 10.1038/nature15526

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Bourane, S., Duan, B., Koch, SC, Dalet, A., Britz, O., Garcia-Campmany, L., Kim, E., Cheng, L., Ghosh, A., Ma, Q. , Goulding, M. Controle do portão da coceira mecânica por uma subpopulação de interneurônios da medula espinhal. (2015) Ciência. 350(6260):550-4. DOI: 10.1126/science.aac8653

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He, W., Bai, G., Zhou, H., Wei, N., White, NM, Lauer, J., Liu, H., Shi, Y., Dumitru, CD, Lettieri, K., Shubayev, V., Jordanova, A., Guergueltcheva, V., Griffin, PR, Burgess, RW, Pfaff, SL, Yang, XL A neuropatia CMT2D está ligada à atividade de ligação neomórfica da glicil-tRNA sintetase. (2015) Natureza. 526(7575):710-4. DOI: 10.1038/nature15510

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Bartol, TM, Keller, DX, Kinney, JP, Bajaj, CL, Harris, KM, Sejnowski, TJ, Kennedy, MB Reconstituição computacional de transientes de cálcio da coluna de proteínas individuais. (2015) Neurosci sinápticos frontais. 7:17. DOI: 10.3389/fnsyn.2015.00017

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Denli, AM, Narvaiza, I., Kerman, BE, Pena, M., Benner, C., Marchetto, MC, Diedrich, JK, Aslanian, A., Ma, J., Moresco, JJ, Moore, L., Hunter, T., Saghatelian, A., Gage, FH A ORF0 específica de primatas contribui para a diversidade mediada por retrotransposon. (2015) Célula 163(3):583-93. DOI: 10.1016/j.cell.2015.09.025

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Mu, Y., Zhao, C., Toni, N., Yao, J., Gage, FH Papéis distintos dos receptores NMDA em diferentes estágios de desenvolvimento de células granulares no cérebro adulto. (2015) Vida. 4:e07871. DOI: 10.7554/eLife.07871

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Britz, O., Zhang, J., Grossmann, KS, Dyck, J., Kim, JC, Dymecki, S., Gosgnach, S., Goulding, M. Uma assimetria geneticamente definida está subjacente ao controle inibitório dos movimentos locomotores flexores-extensores. (2015) Vida. 4. DOI: 10.7554/eLife.04718

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Wang, X., Pinto-Duarte, A., Behrens, MM, Zhou, X., Sejnowski, TJ Caracterização de potenciais relacionados a eventos epidurais espaço-temporais para modelos de camundongos de transtornos psiquiátricos. (2015) Relatórios Científicos. 5:14964. DOI: 10.1038/srep14964

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Barnes, SA, Pinto-Duarte, A., Kappe, A., Zembrzycki, A., Metzler, A., Mukamel, EA, Lucero, J., Wang, X., Sejnowski, TJ, Markou, A.*, Behrens, MM* A interrupção de mGluR5 em interneurônios positivos para parvalbumina induz características centrais de distúrbios do neurodesenvolvimento. (2015) Psiquiatria Molecular. 20(10):1161-72. DOI: 10.1038/mp.2015.113

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Pawar, K., Cummings, BJ, Thomas, A., Shea, LD, Levine, A., Pfaff, S., Anderson, AJ As pontes de biomateriais permitem a regeneração e a reentrada dos axônios do trato corticospinal na medula espinhal caudal após a lesão medular: associação com a recuperação da função dos membros anteriores. (2015) Biomateriais. 65:1-12. DOI: 10.1016/j.biomaterials.2015.05.032

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Tashiro, A., Zhao, C., Suh, H., Gage, FH Preparação e uso de vetores retrovirais para marcação, geração de imagens e manipulação genética de células. (2015) Protocolos Cold Spring Harbor. 2015(10):883-8. DOI: 10.1101/pdb.top086363

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Tashiro, A., Zhao, C., Suh, H., Gage, FH Análise da motilidade da coluna vertebral de células granulares recém-nascidas em fatias agudas do cérebro. (2015) Protocolos Cold Spring Harbor. 2015(10):934-6. DOI: 10.1101/pdb.prot086397

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Tashiro, A., Zhao, C., Suh, H., Gage, FH Geração de imagens de células granulares recém-nascidas em seções fixas. (2015) Protocolos Cold Spring Harbor. 2015(10):932-3. DOI: 10.1101/pdb.prot086389

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Tashiro, A., Zhao, C., Suh, H., Gage, FH Purificação e Injeção de Vetores Retrovirais. (2015) Protocolos Cold Spring Harbor. 2015(10):925-31. DOI: 10.1101/pdb.prot086371

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González, OC, Krishnan, GP, Chauvette, S., Timofeev, I., Sejnowski, T., Bazhenov, M. Modelagem da epileptogênese dependente da idade por escalonamento sináptico homeostático diferencial. (2015) Journal of Neuroscience. 35(39):13448-62. DOI: 10.1523/JNEUROSCI.5038-14.2015

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Prescott, SL, Srinivasan, R., Marchetto, MC, Grishina, I., Narvaiza, I., Selleri, L., Gage, FH, Swigut, T., Wysocka, J. Divergência Enhancer e evolução cis-regulatória na crista neural humana e chimpanzé. (2015) Célula 163(1):68-83. DOI: 10.1016/j.cell.2015.08.036

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Hinckley, CA, Alaynick, WA, Gallarda, BW, Hayashi, M., Hilde, KL, Driscoll, SP, Dekker, JD, Tucker, HO, Sharpee, TO, Pfaff, SL Os circuitos locomotores da coluna se desenvolvem usando regras hierárquicas baseadas na posição e identidade do neurônio motor. (2015) Neurônio. 87(5):1008-21. DOI: 10.1016/j.neuron.2015.08.005

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Kempermann, G., Song, H., Gage, FH Neurogênese no Hipocampo Adulto. (2015) Perspectivas de Cold Spring Harbor em Biologia. 7(9):a018812. DOI: 10.1101/cshperspect.a018812

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Jovičić, A., Mertens, J., Boeynaems, S., Bogaert, E., Chai, N., Yamada, SB, Paul, JW, Sun, S., Herdy, JR, Bieri, G., Kramer, NJ , Gage, FH, Van Den Bosch, L., Robberecht, W., Gitler, AD Modificadores da toxicidade repetida do dipeptídeo C9orf72 conectam defeitos de transporte nucleocitoplasmático a FTD/ALS. (2015) Nature Neuroscience. 18(9):1226-9. DOI: 10.1038/nn.4085

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Firth, AL, Menon, T., Parker, GS, Qualls, SJ, Lewis, BM, Ke, E., Dargitz, CT, Wright, R., Khanna, A., Gage, FH, Verma, IM Correção genética funcional para fibrose cística em células epiteliais pulmonares geradas a partir de iPSCs de pacientes. (2015) Relatórios de células 12(9):1385-90. DOI: 10.1016/j.celrep.2015.07.062

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Wang, J., Telese, F., Tan, Y., Li, W., Jin, C., He, X., Basnet, H., Ma, Q., Merkurjev, D., Zhu, X., Liu, Z., Zhang, J., Ohgi, K., Taylor, H., White, RR, Tazearslan, C., Suh, Y., Macfarlan, TS, Pfaff, SL, Rosenfeld, MG LSD1n é uma demetilase H4K20 que regula a formação da memória por meio do controle do alongamento transcricional. (2015) Nature Neuroscience. 18(9):1256-64. DOI: 10.1038/nn.4069

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Deng, W., Gage, FH O efeito das células granulares dentadas nascidas em adultos imaturos no comportamento hiponeofágico está relacionado com o seu papel na aprendizagem e na memória. (2015) Fronteiras em Neurociência de Sistemas. 9:34. DOI: 10.3389/fnsys.2015.00034

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Coggan, JS, Sejnowski, TJ, Prescott, SA A cooperação entre locais remotos de spiking ectópico permite que a pós-descarga seja iniciada e mantida em locais diferentes. (2015) Jornal de Neurociência Computacional. 39(1):17-28. DOI: 10.1007/s10827-015-0562-8

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Huh, D., Sejnowski, TJ Espectro de leis de potência para movimentos curvos da mão. (2015) Anais da Academia Nacional de Ciências dos Estados Unidos da América. 112(29):E3950-8. DOI: 10.1073/pnas.1510208112

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Han, J., Sarkar, A., Gage, FH MIR137: grandes impactos de pequenas mudanças. (2015) Nature Neuroscience. 18(7):931-3. DOI: 10.1038/nn.4045


Schultz, MD, He, Y., Whitaker, JW, Hariharan, M., Mukamel, EA, Leung, D., Rajagopal, N., Nery, JR, Urich, MA, Chen, H., Lin, S., Lin, Y., Jung, I., Schmitt, AD, Selvaraj, S., Ren, B., Sejnowski, TJ, Wang, W., Ecker, JR Mapas de epigenoma do corpo humano revelam variações não canônicas de metilação do DNA. (2015) Natureza. 523(7559):212-6. DOI: 10.1038/nature14465

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Lainscsek, C., Weyhenmeyer, J., Sejnowski, TJ, Letellier, C. Descobrir parâmetros independentes em sistemas dinâmicos complexos. (2015) Fractais Chaos Solitons. 76:182-189. DOI: 10.1016/j.chaos.2015.04.001

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Lee, H., Kim, M., Kim, N., Macfarlan, T., Pfaff, SL, Masstick, GS, Song, MR A sinalização de fenda e semaforina governada por fatores de transcrição de ilhotas posiciona somados de neurônios motores dentro do tubo neural. (2015) Neurologia Experimental. 269:17-27. DOI: 10.1016/j.expneurol.2015.03.024

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Zhao, C., Jou, J., Wolff, LJ, Sun, H., Gage, FH A morfogênese da coluna vertebral nas células granulares recém-nascidas é regulada diferencialmente nas camadas moleculares externa e intermediária. (2015) Jornal de Neurologia Comparativa. 523(10):1588. DOI: 10.1002/cne.23800


Krzisch, M., Temprana, SG, Mongiat, LA, Armida, J., Schmutz, V., Virtanen, MA, Kocher-Braissant, J., Kraftsik, R., Vutskits, L., Conzelmann, KK, Bergami, M., Gage, FH, Schinder, AF, Toni, N. Astrócitos pré-existentes formam processos perisinápticos funcionais em neurônios gerados no hipocampo adulto. (2015) Estrutura e função do cérebro. 220(4):2027-42. DOI: 10.1007/s00429-014-0768-y

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Mo, A., Mukamel, EA, Davis, FP, Luo, C., Henry, GL, Picard, S., Urich, MA, Nery, JR, Sejnowski, TJ, Lister, R., Eddy, SR, Ecker, JR, Nathans, J. Assinaturas epigenômicas da diversidade neuronal no cérebro de mamíferos. (2015) Neurônio. 86(6):1369-84. DOI: 10.1016/j.neuron.2015.05.018

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Callaway, EM, Luo, L. Rastreamento de circuito monossináptico com vírus da raiva com deleção de glicoproteína. (2015) Journal of Neuroscience. 35(24):8979-8985. DOI: 10.1523/JNEUROSCI.0409-15.2015


Juavinett, AL, Callaway, EM Respostas de movimento padrão e componente em áreas corticais visuais do mouse. (2015) Biologia atual. 25(13):1759-1764. DOI: 10.1016/j.cub.2015.05.028

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Kerman, BE, Kim, HJ, Padmanabhan, K., Mei, A., Georges, S., Joens, MS, Fitzpatrick, JA, Jappelli, R., Chandross, KJ, August, P., Gage, FH Formação in vitro de mielina usando células-tronco embrionárias. (2015) Desenvolvimento. 142(12):2213-25. DOI: 10.1242/dev.116517

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Nimmerjahn, A., Bergles, DE Registro em grande escala da atividade dos astrócitos. (2015) Opinião atual em Neurobiologia. 32:95-106. DOI: 10.1016/j.conb.2015.01.015

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Johnson, T., Bartol, T., Sejnowski, T., Mjolsness, E. Redução de modelo para cinética de reação estocástica CaMKII em sinapses por dinâmica de correlação com restrição de gráfico. (2015) Física Biol. 12(4):045005. DOI: 10.1088/1478-3975/12/4/045005

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Mukherjee, S., Hsieh, WL, Smith, N., Goulding, M., Heikenfeld, J. Pixels eletrocinéticos com tintas biprimárias para telas coloridas e janelas inteligentes com ajuste de temperatura de cor. (2015) Opção de aplicação 54 (17): 5603-5609.

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Sejnowski, TJ Vernon Mountcastle: Pai da neurociência. (2015) Anais da Academia Nacional de Ciências dos Estados Unidos da América. 112(21):6523-4. DOI: 10.1073/pnas.1506644112


Izpisua Belmonte, JC, Callaway, EM, Caddick, SJ, Churchland, P., Feng, G., Homanics, GE, Lee, KF, Leopold, DA, Miller, CT, Mitchell, JF, Mitalipov, S., Moutri, AR, Movshon, JA, Okano, H., Reynolds, JH, Ringach, D., Sejnowski, TJ, Silva, AC, Strick, PL, Wu, J., Zhang, F. Cérebros, genes e primatas. (2015) Neurônio. 86(3):617-31. DOI: 10.1016/j.neuron.2015.03.021

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Bardy, C., van den Hurk, M., Eames, T., Marchand, C., Hernandez, RV, Kellogg, M., Gorris, M., Galet, B., Palomares, V., Brown, J. , Bang, AG, Mertens, J., Böhnke, L., Boyer, L., Simon, S., Gage, FH Meio neuronal que suporta funções sinápticas básicas e atividade de neurônios humanos in vitro. (2015) Anais da Academia Nacional de Ciências dos Estados Unidos da América. 112(20):E2725-34. DOI: 10.1073/pnas.1504393112

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Jorgenson, LA, Newsome, WT, Anderson, DJ, Bargmann, CI, Brown, EN, Deisseroth, K., Donoghue, JP, Hudson, KL, Ling, GS, MacLeish, PR, Marder, E., Normann, RA, Sanes, JR, Schnitzer, MJ, Sejnowski, TJ, Tank, DW, Tsien, RY, Ugurbil, K., Wingfield, JC A Iniciativa BRAIN: desenvolvendo tecnologia para catalisar a descoberta da neurociência. (2015) Philos. Trans. R. Soc. Lond., B, Biol. ciência 370 (1668). DOI: 10.1098/rstb.2014.0164

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Calhoun, AJ, Tong, A., Pokala, N., Fitzpatrick, JA, Sharpee, TO, Chalasani, SH Mecanismos neurais para avaliar a variabilidade ambiental em Caenorhabditis elegans. (2015) Neurônio. 86(2):428-41. DOI: 10.1016/j.neuron.2015.03.026

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Pei, L., Mu, Y., Leblanc, M., Alaynick, W., Barish, GD, Pankratz, M., Tseng, TW, Kaufman, S., Liddle, C., Yu, RT, Downes, M ., Pfaff, SL, Auwerx, J., Gage, FH, Evans, RM Dependência da função do hipocampo no metabolismo mitocondrial regulado por ERRγ. (2015) Metabolismo celular. 21(4):628-36. DOI: 10.1016/j.cmet.2015.03.004

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Adamowicz, DH, Mertens, J., Gage, FH Doença de Alzheimer: estágios distintos no declínio neurogênico? (2015) Psiquiatria Biológica. 77(8):680-2. DOI: 10.1016/j.biopsych.2015.02.021


Amador-Arjona, A., Cimadamore, F., Huang, CT, Wright, R., Lewis, S., Gage, FH, Terskikh, AV SOX2 prepara a paisagem epigenética em precursores neurais, permitindo a ativação adequada do gene durante a neurogênese do hipocampo. (2015) Anais da Academia Nacional de Ciências dos Estados Unidos da América. 112(15):E1936-45. DOI: 10.1073/pnas.1421480112

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Schafer, ST, Han, J., Pena, M., von Bohlen Und Halbach, O., Peters, J., Gage, FH A proteína adaptadora Wnt ATP6AP2 regula vários estágios da neurogênese do hipocampo adulto. (2015) Journal of Neuroscience. 35(12):4983-98. DOI: 10.1523/JNEUROSCI.4130-14.2015

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Li, PH, Gauthier, JL, Schiff, M., Sher, A., Ahn, D., Field, GD, Greschner, M., Callaway, EM, Litke, AM, Chichilnisky, EJ Identificação anatômica de células registradas extracelularmente em gravações multieletrodos em grande escala. (2015) Journal of Neuroscience. 35(11):4663-4675. DOI: 10.1523/JNEUROSCI.3675-14.2015

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Lainscsek, C., Sejnowski, TJ Análise diferencial de atraso de séries temporais. (2015) Computação Neural. 27(3):594-614. DOI: 10.1162/NECO_a_00706

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Clemenson, GD, Lee, SW, Deng, W., Barrera, VR, Iwamoto, KS, Fanselow, MS, Gage, FH O enriquecimento resgata o déficit de discriminação contextual associado ao choque imediato. (2015) Hipocampo. 25(3):385-92. DOI: 10.1002/hipo.22380

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Lainscsek, C., Hernandez, ME, Poizner, H., Sejnowski, TJ Atrasar a análise diferencial de dados eletroencefalográficos. (2015) Computação Neural. 27(3):615-27. DOI: 10.1162/NECO_a_00656

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Brennand, K., Savas, JN, Kim, Y., Tran, N., Simone, A., Hashimoto-Torii, K., Beaumont, KG, Kim, HJ, Topol, A., Ladran, I., Abdelrahim , M., Matikainen-Ankney, B., Chao, SH, Mrksich, M., Rakic, P., Fang, G., Zhang, B., Yates, JR, Gage, FH Diferenças fenotípicas em hiPSC NPCs derivados de pacientes com esquizofrenia. (2015) Psiquiatria Molecular. 20(3):361-8. DOI: 10.1038/mp.2014.22

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Aljadeff, J., Stern, M., Sharpee, T. Transição para o caos em redes aleatórias com conectividade específica do tipo de célula. (2015) Física Rev. Lett. 114(8):088101. DOI: 10.1103/PhysRevLett.114.088101

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Moldakarimov, S., Bazhenov, M., Sejnowski, TJ O feedback estabiliza a propagação de picos síncronos em redes neurais corticais. (2015) Anais da Academia Nacional de Ciências dos Estados Unidos da América. 112(8):2545-50. DOI: 10.1073/pnas.1500643112

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Kastner, DB, Baccus, SA, Sharpee, TO Codificação crítica e maximamente informativa entre populações neurais na retina. (2015) Anais da Academia Nacional de Ciências dos Estados Unidos da América. 112(8):2533-8. DOI: 10.1073/pnas.1418092112

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Tanaka, H., Sejnowski, TJ Adaptação motora e generalização de movimentos de alcance usando primitivas motoras baseadas em coordenadas espaciais. (2015) Jornal de Neurofisiologia. 113(4):1217-33. DOI: 10.1152/jn.00002.2014

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Frost, WN, Brandon, CJ, Bruno, AM, Humphries, MD, Moore-Kochlacs, C., Sejnowski, TJ, Wang, J., Hill, ES Monitorando a atividade de pico de muitos neurônios individuais em gânglios de invertebrados. (2015) Avanços em Medicina Experimental e Biologia. 859:127-45. DOI: 10.1007/978-3-319-17641-3_5

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Sejnowski, TJ Consciência. (2015) Daedalus 144(1):123-132. DOI: 10.1162/DAED_a_00321

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Bourane, S., Grossmann, KS, Britz, O., Dalet, A., Del Barrio, MG, Stam, FJ, Garcia-Campmany, L., Koch, S., Goulding, M. Identificação de um circuito espinhal para toque leve e controle motor fino. (2015) Célula 160(3):503-15. DOI: 10.1016/j.cell.2015.01.011

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