Alan Saghatelian, doctorado

Profesor

Laboratorios de la Fundación Clayton para Biología de Péptidos

Cátedra Dr. Frederik Paulsen

Instituto Salk de Estudios Biológicos - Publicaciones

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Rocha, AL, Pai, V., Perkins, G., Chang, T., Ma, J., Chu, Q., Vaughan, JM, Diedrich, JK, Ellisman, MH, Saghatelian, A. Una microproteína de la membrana mitocondrial interna del ORF aguas arriba de SLC35A4 regula el metabolismo celular. (2024) Revista de Biología Molecular.:168559 DOI: 10.1016/j.jmb.2024.168559

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Noguchi, GM, Castillo, VC, Donaldson, CJ, Flesher, MR, Momen, AT, Saghatelian, A., Huising, MO La urocortina3 contribuye a la inhibición paracrina de las células alfa de los islotes en ratones. (2024) Diario de endocrinología. DOI: 10.1530/JOE-24-0018

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Köberlin, MS, Fan, Y., Liu, C., Chung, M., Pinto, AFM, Jackson, PK, Saghatelian, A., Meyer, T. Un punto de control de lípidos de acción rápida en G1 previene los defectos mitóticos. (2024) Nature Communications. 15(1):2441. DOI: 10.1038/s41467-024-46696-9

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Riecan, M., Domanska, V., Lupu, C., Patel, M., Vondrackova, M., Rossmeisl, M., Saghatelian, A., Lupu, F., Kuda, O. Diferencia de sexo específica de tejido en el metabolismo de los ésteres de ácidos grasos de los hidroxiácidos grasos. (2023) bioRxiv. DOI: 10.1101 / 2023.11.15.567158

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Xie, L., Bowman, ME, Louie, GV, Zhang, C., Ardejani, MS, Huang, X., Chu, Q., Donaldson, CJ, Vaughan, JM, Shan, H., Powers, ET, Kelly , JW, Lyumkis, D., Noel, JP, Saghatelian, A. Bioquímica e interacciones proteicas de la microproteína CYREN. (2023) Bioquímica. DOI: 10.1021 / acs.biochem.3c00397

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de Souza, EV, Bookout, AL, Barnes, CA, Miller, B., Machado, P., Basso, LA, Bizarro, CV, Saghatelian, A. La integración de la proteogenómica y la elaboración de perfiles de ribosomas evita limitaciones clave para aumentar la cobertura y la confianza de las nuevas microproteínas. (2023) bioRxiv. DOI: 10.1101 / 2023.09.27.559809

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Lazear, MR, Remsberg, JR, Jaeger, MG, Rothamel, K., Her, HL, DeMeester, KE, Njomen, E., Hogg, SJ, Rahman, J., Whitby, LR, Won, SJ, Schafroth, MA , Ogasawara, D., Yokoyama, M., Lindsey, GL, Li, H., Germain, J., Barbas, S., Vaughan, J., Hanigan, TW, Vartabedian, VF, Reinhardt, CJ, Dix, MM , Koo, SJ, Heo, I., Teijaro, JR, Simon, GM, Ghosh, B., Abdel-Wahab, O., Ahn, K., Saghatelian, A., Melillo, B., Schreiber, SL, Yeo, GW, Cravatt, BF Descubrimiento proteómico de sondas químicas que perturban complejos proteicos en células humanas. (2023) célula molecular. DOI: 10.1016 / j.molcel.2023.03.026

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Morgado-Palacin, L., Brown, JA, Martinez, TF, Garcia-Pedrero, JM, Forouhar, F., Quinn, SA, Reglero, C., Vaughan, J., Heydary, YH, Donaldson, C., Rodriguez -Perales, S., Allonca, E., Granda-Diaz, R., Fernandez, AF, Fraga, MF, Kim, AL, Santos-Juanes, J., Owens, DM, Rodrigo, JP, Saghatelian, A., Ferrando, AA La microproteína similar a la ubiquitina TINCR es un supresor de tumores en el carcinoma de células escamosas. (2023) Nature Communications. 14(1):1328. DOI: 10.1038/s41467-023-36713-8

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Martinez, TF, Lyons-Abbott, S., Bookout, AL, De Souza, EV, Donaldson, C., Vaughan, JM, Lau, C., Abramov, A., Baquero, AF, Baquero, K., Friedrich, D., Huard, J., Davis, R., Kim, B., Koch, T., Mercer, AJ, Misquith, A., Murray, SA, Perry, S., Pino, LK, Sanford, C., Simon, A., Zhang, Y., Zipp, G., Bizarro, CV, Shokhirev, MN, Whittle, AJ, Searle, BC, MacCoss, MJ, Saghatelian, A., Barnes, California Perfiles de adipocitos marrones y blancos de ratón para identificar pequeños ORF metabólicamente relevantes y microproteínas funcionales. (2023) Metabolismo Celular. 35(1):166-183.e11. DOI: 10.1016/j.cmet.2022.12.004

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Tan, D., Konduri, S., Erikci Ertunc, M., Zhang, P., Wang, J., Chang, T., Pinto, AFM, Rocha, A., Donaldson, CJ, Vaughan, JM, Ludwig, RG, Willey, E., Iyer, M., Gray, PC, Maher, P., Allen, NJ, Zuchero, JB, Dillin, A., Mori, MA, Kohama, SG, Siegel, D., Saghatelian, A. Una clase de lípidos antiinflamatorios disminuye con el envejecimiento en el sistema nervioso central. (2022) Naturaleza Química Biología. DOI: 10.1038/s41589-022-01165-6

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Miller, B., Kim, SJ, Mehta, HH, Cao, K., Kumagai, H., Thumaty, N., Leelaprachakul, N., Jiao, H., Vaughan, J., Diedrich, J., Saghatelian, A., Arpawong, TE, Crimmins, EM, Ertekin-Taner, N., Tubi, MA, Hare, ET, Braskie, MN, Décarie-Spain, L., Kanoski, SE, Grodstein, F., Bennett, DA, Zhao, L., Toga, AW, Wan, J., Yen, K., Cohen, P. La variación del ADN mitocondrial en la enfermedad de Alzheimer revela una microproteína única llamada SHMOOSE. (2022) Psiquiatría Molecular. DOI: 10.1038/s41380-022-01769-3

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Russell, BJ, Brown, SD, Siguenza, N., Mai, I., Saran, AR, Lingaraju, A., Maissy, ES, Dantas Machado, AC, Pinto, AFM, Sanchez, C., Rossitto, LA, Miyamoto , Y., Richter, RA, Ho, SB, Eckmann, L., Hasty, J., González, DJ, Saghatelian, A., Knight, R., Zarrinpar, A. La entrega de transgenes intestinales con chasis nativo de E. coli permite cambios fisiológicos persistentes. (2022) Cell. DOI: 10.1016/j.cell.2022.06.050

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Faust, B., Billesbølle, CB, Suomivuori, CM, Singh, I., Zhang, K., Hoppe, N., Pinto, AFM, Diedrich, JK, Muftuoglu, Y., Szkudlinski, MW, Saghatelian, A., Dror, RO, Cheng, Y., Manglik, A. Mimetismo de autoanticuerpos de la acción de la hormona en el receptor de tirotropina. (2022) Naturaleza. DOI: 10.1038/s41586-022-05159-1

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Dantas Machado, AC, Brown, SD, Lingaraju, A., Sivaganesh, V., Martino, C., Chaix, A., Zhao, P., Pinto, AFM, Chang, MW, Richter, RA, Saghatelian, A., Saltiel, AR, Knight, R., Panda, S., Zarrinpar, A. La dieta y el patrón de alimentación modulan la dinámica diurna del microbioma y transcriptoma ileal. (2022) Informes de celda. 40(1):111008. DOI: 10.1016/j.celrep.2022.111008

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Mudge, JM, Ruiz-Orera, J., Prensner, JR, Brunet, MA, Calvet, F., Jungreis, I., Gonzalez, JM, Magrane, M., Martinez, TF, Schulz, JF, Yang, YT, Albà, MM, Aspden, JL, Baranov, PV, Bazzini, AA, Bruford, E., Martin, MJ, Calviello, L., Carvunis, AR, Chen, J., Couso, JP, Deutsch, EW, Flicek, P ., Frankish, A., Gerstein, M., Hubner, N., Ingolia, NT, Kellis, M., Menschaert, G., Moritz, RL, Ohler, U., Roucou, X., Saghatelian, A., Weissman, JS, van Heesch, S. Anotación estandarizada de marcos de lectura abiertos traducidos. (2022) Biotecnología de la naturaleza. DOI: 10.1038/s41587-022-01369-0


Patel, R., Santoro, A., Hofer, P., Tan, D., Oberer, M., Nelson, AT, Konduri, S., Siegel, D., Zechner, R., Saghatelian, A., Kahn, BB ATGL es una enzima biosintética para ésteres de ácidos grasos de ácidos grasos hidroxi. (2022) Naturaleza. DOI: 10.1038 / s41586-022-04787-x

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de Souza, EV, Dalberto, PF, Machado, VP, Canedo Miranda, A., Saghatelian, A., Machado, P., Basso, LA, Bizarro, CV µProteInS: una tubería de proteogenómica para encontrar nuevas microproteínas bacterianas codificadas por pequeños ORF. (2022) Bioinformática. DOI: 10.1093/bioinformática/btac115

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Sancar, G., Liu, S., Gasser, E., Alvarez, JG, Moutos, C., Kim, K., van Zutphen, T., Wang, Y., Huddy, TF, Ross, B., Dai , Y., Zepeda, D., Collins, B., Tilley, E., Kolar, MJ, Yu, RT, Atkins, AR, van Dijk, TH, Saghatelian, A., Jonker, JW, Downes, M., Evans, RM FGF1 e insulina controlan la lipólisis por vías convergentes. (2022) Metabolismo Celular. 34(1):171-183.e6. DOI: 10.1016/j.cmet.2021.12.004

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Lewandowski, D., Foik, AT, Smidak, R., Choi, EH, Zhang, J., Hoang, T., Tworak, A., Suh, S., Leinonen, H., Dong, Z., Pinto, AF, Tom, E., Luu, JC, Lee, JY, Ma, X., Bieberich, E., Blackshaw, S., Saghatelian, A., Lyon, DC, Skowronska-Krawczyk, D., Tabaka, M., Palczewski, K. La inhibición de la acumulación de ceramida en ratones AdipoR1-/- aumenta la supervivencia de los fotorreceptores y mejora la visión. (2022) Perspectiva de la JCI. DOI: 10.1172/jci.insight.156301

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Sander, CL, Sears, AE, Pinto, AFM, Choi, EH, Kahremany, S., Gao, F., Salom, D., Jin, H., Pardon, E., Suh, S., Dong, Z. , Steyaert, J., Saghatelian, A., Skowronska-Krawczyk, D., Kiser, PD, Palczewski, K. La resolución a escala nanométrica de las membranas de discos de bastoncillos nativos de la retina revela diferencias en la composición de lípidos. (2021) Revista de Biología Celular. 220(8). DOI: 10.1083/jcb.202101063

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Aryal, P., Syed, I., Lee, J., Patel, R., Nelson, AT, Siegel, D., Saghatelian, A., Kahn, BB Distintas actividades biológicas de isómeros de diferentes familias de ésteres de ácidos grasos ramificados de ácidos grasos hidroxi (FAHFA). (2021) Revista de investigación de lípidos.:100108 DOI: 10.1016/j.jlr.2021.100108

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Koh, M., Ahmad, I., Ko, Y., Zhang, Y., Martinez, TF, Diedrich, JK, Chu, Q., Moresco, JJ, Erb, MA, Saghatelian, A., Schultz, PG, Bollong, MJ Un regulador transcripcional codificado en ORF corto. (2021) Actas de la Academia Nacional de Ciencias de los Estados Unidos de América. 118(4). DOI: 10.1073/pnas.2021943118

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Dasyani, M., Gao, F., Xu, Q., Van Fossan, D., Zhang, E., FM Pinto, A., Saghatelian, A., Skowronska-Krawczyk, D., Chao, DL Se requiere Elovl2 para una función visual robusta en Zebrafish. (2020) Células. 9(12). DOI: 10.3390/celdas9122583

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Becuwe, M., Bond, LM, Pinto, AFM, Boland, S., Mejhert, N., Elliott, SD, Cicconet, M., Graham, MM, Liu, XN, Ilkayeva, O., Saghatelian, A., Walther, TC, Farese, RV FIT2 es una acil-coenzima A difosfatasa crucial para la homeostasis del retículo endoplásmico. (2020) Revista de Biología Celular. 219(10). DOI: 10.1083/jcb.202006111

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Muthusamy, T., Cordes, T., Handzlik, MK, You, L., Lim, EW, Gengatharan, J., Pinto, AFM, Badur, MG, Kolar, MJ, Wallace, M., Saghatelian, A., Metallo, CM La restricción de serina altera la diversidad de esfingolípidos para restringir el crecimiento tumoral. (2020) Naturaleza. 586(7831):790-795. DOI: 10.1038/s41586-020-2609-x

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Chen, PB, Black, AS, Sobel, AL, Zhao, Y., Mukherjee, P., Molparia, B., Moore, NE, Alemán Muench, GR, Wu, J., Chen, W., Pinto, AFM, Maryanoff, BE, Saghatelian, A., Soroosh, P., Torkamani, A., Leman, LJ, Ghadiri, MR La remodelación dirigida del microbioma intestinal del ratón inhibe el desarrollo de la aterosclerosis. (2020) Biotecnología de la naturaleza. DOI: 10.1038/s41587-020-0549-5

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Charron, MJ, Williams, L., Seki, Y., Du, XQ, Chaurasia, B., Saghatelian, A., Summers, SA, Katz, EB, Vuguin, PM, Reznik, SE Los efectos antioxidantes de la N-acetilcisteína previenen la enfermedad metabólica programada en ratones. (2020) Diabetes DOI: 10.2337/db19-1129

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Erikci Ertunc, M., Kok, BP, Parsons, WH, Wang, JG, Tan, D., Donaldson, CJ, Pinto, AFM, Vaughan, JM, Ngo, N., Lum, KM, Henry, CL, Coppola, AR, Niphakis, MJ, Cravatt, BF, Sáez, E., Saghatelian, A. AIG1 y ADTRP son hidrolasas endógenas de ésteres de ácidos grasos de hidroxiácidos grasos (FAHFA) en ratones. (2020) Revista de Química Biológica. DOI: 10.1074/jbc.RA119.012145

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Chen, D., Chao, DL, Rocha, L., Kolar, M., Nguyen Huu, VA, Krawczyk, M., Dasyani, M., Wang, T., Jafari, M., Jabari, M., Ross , KD, Saghatelian, A., Hamilton, BA, Zhang, K., Skowronska-Krawczyk, D. La enzima de elongación de lípidos ELOVL2 es un regulador molecular del envejecimiento en la retina. (2020) Envejecimiento celular.:e13100 DOI: 10.1111/acel.13100

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Chu, Q., Martinez, TF, Novak, SW, Donaldson, CJ, Tan, D., Vaughan, JM, Chang, T., Diedrich, JK, Andrade, L., Kim, A., Zhang, T., Manor, U., Saghatelian, A. Regulación de la respuesta al estrés del RE por una microproteína mitocondrial. (2019) Nature Communications. 10(1):4883. DOI: 10.1038/s41467-019-12816-z

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Syed, I., Rubinde Celis, MF, Mohan, JF, Moraes-Vieira, PM, Vijayakumar, A., Nelson, AT, Siegel, D., Saghatelian, A., Mathis, D., Kahn, BB Los PAHSA atenúan las respuestas inmunitarias y promueven la supervivencia de las células β en ratones diabéticos autoinmunes. (2019) Revista de investigación clínica. 129. DOI: 10.1172/JCI122445

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Zhou, P., Santoro, A., Peroni, OD, Nelson, AT, Saghatelian, A., Siegel, D., Kahn, BB Los PAHSA mejoran la sensibilidad a la insulina hepática y sistémica a través de mecanismos directos e indirectos. (2019) Revista de investigación clínica. 129(10):4138-4150. DOI: 10.1172/JCI127092

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Choi, SH, Martínez, TF, Kim, S., Donaldson, C., Shokhirev, MN, Saghatelian, A., Jones, CA CDK12 fosforila 4E-BP1 para permitir la traducción dependiente de mTORC1 y la estabilidad del genoma mitótico. (2019) Genes y desarrollo. 33(7-8):418-435. DOI: 10.1101/gad.322339.118

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Syed, I., Lee, J., Peroni, OD, Yore, MM, Moraes-Vieira, PM, Santoro, A., Wellenstein, K., Smith, U., McGraw, TE, Saghatelian, A., Kahn, BB Problemas metodológicos en el estudio de la biología de PAHSA: enmascaramiento de los efectos de PAHSA. (2018) Metabolismo Celular. DOI: 10.1016 / j.cmet.2018.09.007

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Mamá, J., Saghatelian, A., Shokhirev, MN La influencia del ensamblaje de la transcripción en el descubrimiento proteogenómico de las microproteínas. (2018) Más uno. 13(3):e0194518. DOI: 10.1371/journal.pone.0194518

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Syed, I., Lee, J., Moraes-Vieira, PM, Donaldson, CJ, Sontheimer, A., Aryal, P., Wellenstein, K., Kolar, MJ, Nelson, AT, Siegel, D., Mokrosinski, J., Farooqi, IS, Zhao, JJ, Yore, MM, Peroni, OD, Saghatelian, A., Kahn, BB Los ácidos hidroxiesteáricos del ácido palmítico activan el GPR40, que participa en sus efectos beneficiosos sobre la homeostasis de la glucosa. (2018) Metabolismo Celular. 27(2):419-427.e4. DOI: 10.1016/j.cmet.2018.01.001

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Mesci, P., Macia, A., Moore, SM, Shiryaev, SA, Pinto, A., Huang, CT, Tejwani, L., Fernandes, IR, Suarez, NA, Kolar, MJ, Montefusco, S., Rosenberg , SC, Herai, RH, Cugola, FR, Russo, FB, Sheets, N., Saghatelian, A., Shresta, S., Momper, JD, Siqueira-Neto, JL, Corbett, KD, Beltrão-Braga, PCB, Terskikh, AV, Muotri, AR Bloqueo de la transmisión vertical del virus Zika. (2018) Informes Científicos. 8(1):1218. DOI: 10.1038/s41598-018-19526-4

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Saison-Ridinger, M., DelGiorno, KE, Zhang, T., Kraus, A., French, R., Jaquish, D., Tsui, C., Erikson, G., Spike, BT, Shokhirev, MN, Liddle , C., Yu, RT, Downes, M., Evans, RM, Saghatelian, A., Lowy, AM, Wahl, GM Reprogramación de células estrelladas pancreáticas a través de la activación de p53: un objetivo putativo para la terapia del cáncer de páncreas. (2017) Más uno. 12(12):e0189051. DOI: 10.1371/journal.pone.0189051

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Educación

BS, Química, Universidad de California, Los Ángeles
PhD, Química, The Scripps Research Institute, La Jolla, Ca
Merck Postdoctoral Fellow de la Life Sciences Research Foundation, 2003


Afiliaciones


Premios y honores

  • Premio Mark Foundation for Cancer Research Endeavour, 2022
  • Becarios de la Asociación Estadounidense para el Avance de la Ciencia, 2020
  • Miembro de la Fundación Sloan, 2011
  • Premio del Programa de Becarios Searle, 2008
  • Premio Nuevo Innovador, Institutos Nacionales de Salud, 2007
  • Premio Burroughs Wellcome Fund Career Award en Ciencias Biomédicas, 2005