Professeur agrégé
Laboratoire de Génétique
Laboratoire de biologie intégrative
Lorenzini, MH, Balderson, B., Sajeev, K., Ho, AJ, McVicker, G. Le profilage unicellulaire conjoint des modifications et des transcriptomes de Cas9 révèle des événements hors cible généralisés et des effets sur l'expression des gènes. (2025) bioRxiv. DOI: 10.1101 / 2025.02.07.636966
Balderson, B., Tule, S., Okino, ML, Rieger, WJ, Corban, S., Jaureguy, J., Palpant, N., Gaulton, KJ, Bodén, M., McVicker, G. Cartographie complète de l'impact moléculaire des variantes courantes et rares aux loci GWAS. (2025) bioRxiv. DOI: 10.1101 / 2025.06.05.658079
Arthur, TD, Nguyen, JP, Henson, BA, D'Antonio-Chronowska, A., Jaureguy, J., Silva, N., , Panopoulos, AD, Izpisua Belmonte, JC, D'Antonio, M., McVicker, G., Frazer, KA La cartographie QTL multiomique révèle la complexité phénotypique des loci GWAS et donne la priorité aux variantes causales putatives. (2025) Génome cellulaire:100775 DOI: 10.1016/j.xgen.2025.100775
Laub, D., Ho, A., Jaureguy, J., Klie, A., Salem, RM, McVicker, G., Carter, H. GenVarLoader : un chargeur de données accéléré pour appliquer l’apprentissage profond à la génomique personnalisée. (2025) bioRxiv. DOI: 10.1101 / 2025.01.15.633240
Zhou, JL, Guruvayurappan, K., Toneyan, S., Chen, HV, Chen, AR, Koo, P., McVicker, G. L’analyse des perturbations CRISPR à cellule unique indique que les activateurs agissent principalement de manière multiplicative. (2024) Génome cellulaire:100672 DOI: 10.1016/j.xgen.2024.100672
Arthur, TD, Nguyen, JP, D'Antonio-Chronowska, A., Jaureguy, J., Silva, N., Henson, B., , Panopoulos, AD, Belmonte, JCI, D'Antonio, M., McVicker, G., Frazer, KA La cartographie QTL multi-omique dans les tissus de développement précoce révèle la complexité phénotypique et temporelle des variantes régulatrices sous-jacentes aux loci GWAS. (2024) bioRxiv. DOI: 10.1101 / 2024.04.10.588874
Zhou, JL, de Guglielmo, G., Ho, AJ, Kallupi, M., Pokhrel, N., Li, HR, Chitre, AS, Munro, D., Mohammadi, P., Carrette, LLG, George, O., Palmer, AA, McVicker, G., Telese, F. La génomique mononucléaire chez des rats consanguins présentant des comportements divergents de type dépendance à la cocaïne révèle des changements dans l'inhibition GABAergique de l'amygdale génétique. (2023) Nature Neuroscience. DOI: 10.1038 / s41593-023-01452-y
Zhou, J., Guruvayurappan, K., Chen, HV, Chen, AR, McVicker, G. L’analyse à l’échelle du génome des perturbations CRISPR indique que les activateurs agissent de manière multiplicative et sans interactions de type épistatique. (2023) bioRxiv. DOI: 10.1101 / 2023.04.26.538501
Chen, HV, Lorenzini, MH, Lavalle, SN, Sajeev, K., Fonseca, A., Fiaux, PC, Sen, A., Luthra, I., Ho, AJ, Chen, AR, Guruvayurappan, K., O'Connor, C., McVicker, G. La cartographie de la délétion des éléments régulateurs de GATA3 dans les cellules T révèle un activateur distal impliqué dans les maladies allergiques. (2023) Journal américain de génétique humaine. DOI : 10.1016/j.ajhg.2023.03.008
Xu, Z., Lee, DS, Chandran, S., Le, VT, Bump, R., Yasis, J., Dallarda, S., Marcotte, S., Clock, B., Haghani, N., Cho, CY, Akdemir, KC, Tyndale, S., Futreal, PA, McVicker, G., Wahl, directeur général, Dixon, JR Les variantes structurelles entraînent une activation oncogène dépendante du contexte dans le cancer. (2022) Nature. DOI: 10.1038/s41586-022-05504-4
Chen, PB, Fiaux, PC, Zhang, K., Li, B., Kubo, N., Jiang, S., Hu, R., Rooholfada, E., Wu, S., Wang, M., Wang, W., McVicker, G., Mischel, PS, Ren, B. Découverte systématique et dissection fonctionnelle des activateurs nécessaires à la prolifération et à la santé des cellules cancéreuses. (2022) Rapports de cellule 41(6):111630. DOI : 10.1016/j.celrep.2022.111630
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Schmiedel, BJ, Singh, D., Madrigal, A., Valdovino-Gonzalez, AG, White, BM, Zapardiel-Gonzalo, J., Ha, B., Altay, G., Greenbaum, JA, McVicker, G., Seumois, G., Rao, A., Kronenberg, M., Peters, B., Vijayanand, P. Impact des polymorphismes génétiques sur l’expression des gènes des cellules immunitaires humaines. (2018) Téléphone DOI : 10.1016/j.cell.2018.10.022
Martin, RL, Maiorano, J., Beitel, GJ, Marko, JF, McVicker, G., Fondufe-Mittendorf, YN Comparaison de l'organisation des nucléosomes dans les lignées cellulaires de drosophile. (2017) PLOS One. 12(6):e0178590. DOI : 10.1371/journal.pone.0178590
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Nalabothula, N.*, McVicker, G.*, Maiorano, J., Martin, R., Pritchard, JK, Fondufe-Mittendorf, YN Les protéines architecturales de la chromatine HMGD1 et H1 se lient réciproquement et ont des effets opposés sur la structure de la chromatine et la régulation des gènes. (2014) BMC Génomique. 15:92. DOI: 10.1186/1471-2164-15-92
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McVicker, G.*, van de Geijn, B.*, Degner, JF, Cain, CE, Banovich, NE, Raj, A., Lewellen, N., Myrthil, M., Gilad, Y., Pritchard, JK Identification des variantes génétiques qui affectent les modifications des histones dans les cellules humaines. (2013) Science. 342(6159):747-9. DOI : 10.1126/science.1242429
Gaffney, DJ*, McVicker, G.*, Pai, AA, Fondufe-Mittendorf, YN, Lewellen, N., Michelini, K., Widom, J., Gilad, Y., Pritchard, JK Contrôles du positionnement des nucléosomes dans le génome humain. (2012) PLOS Génétique. 8(11):e1003036. DOI : 10.1371/journal.pgen.1003036
George, RD, McVicker, G., Diederich, R., Ng, SB, MacKenzie, AP, Swanson, WJ, Shendure, J., Thomas, JH La capture transgénomique et le séquençage des exomes de primates révèlent de nouvelles cibles de sélection positive. (2011) Recherche sur le génome. 21(10):1686-1694. DOI : 10.1101/gr.121327.111
D'Souza, CA, Kronstad, JW, Taylor, G., Warren, R., Yuen, M., Hu, G., Jung, WH, Sham, A., Kidd, SE, Tangen, K., Lee, N., Zeilmaker, T., Sawkins, J., McVicker, G., Shah, S., Gnerre, S., Griggs, A., Zeng, Q., Bartlett, K., Li, W., Wang, X., Heitman, J., Stajich, JE, Fraser, JA, Meyer, W., Carter, D., Schein, J., Krzywinski, M., Kwon-Chung, KJ, Varma, A., Wang, J., Brunham, R., Fyfe, M., Ouellette, BF, Siddiqui, A., Marra, M., Jones, S., Holt, R., Birren, BW, Galagan, JE, Cuomo, CA Variation du génome chez Cryptococcus gattii, un pathogène émergent des hôtes immunocompétents. (2011) MBio. 2(1):e00342-10. DOI: 10.1128/mBio.00342-10
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Hubbard, T., Andrews, D., Caccamo, M., Cameron, G., Chen, Y., Clamp, M., Clarke, L., Coates, G., Cox, T., Cunningham, F., Curwen, V., Cutts, T., Down, T., Durbin, R., Fernandez-Suarez, XM, Gilbert, J., Hammond, M., Herrero, J., Hotz, H., Howe, K., Iyer, V., Jekosch, K., Kahari, A., Kasprzyk, A., Keefe, D., Keenan, S., Kokocinsci, F., London, D., Longden, I., McVicker, G.Français , Melsopp, C., Meidl, P., Potter, S., Proctor, G., Rae, M., Rios, D., Schuster, M., Searle, S., Severin, J., Slater, G., Smedley, D., Smith, J., Spooner, W., Stabenau, A., Stalker, J., Storey, R., Trevanion, S., Ureta-Vidal, A., Vogel, J., White, S., Woodwark, C., Birney, E. Ensemble 2005. (2005) Recherche sur les acides nucléiques. 33 (Base de données i) : D447-D453. DOI : 10.1093/nar/gki138
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Shah, SP, McVicker, médecin généraliste, Mackworth, AK, Rogic, S., Ouellette, BF GeneComber : combiner les résultats des programmes de prédiction génétique pour de meilleurs résultats. (2003) Bioinformatique . 19 (10): 1296-1297.
B.Sc. en informatique, Université de la Colombie-Britannique
Doctorat, sciences du génome, Université de Washington
Chercheur postdoctoral, Université de Chicago
Chercheur postdoctoral, Université de Stanford