Graham McVicker, Ph.D.

Professeur agrégé
Laboratoire de Génétique
Laboratoire de biologie intégrative

Institut Salk d'études biologiques - Publications

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Lorenzini, MH, Balderson, B., Sajeev, K., Ho, AJ, McVicker, G. Le profilage unicellulaire conjoint des modifications et des transcriptomes de Cas9 révèle des événements hors cible généralisés et des effets sur l'expression des gènes. (2025) bioRxiv. DOI: 10.1101 / 2025.02.07.636966

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Balderson, B., Tule, S., Okino, ML, Rieger, WJ, Corban, S., Jaureguy, J., Palpant, N., Gaulton, KJ, Bodén, M., McVicker, G. Cartographie complète de l'impact moléculaire des variantes courantes et rares aux loci GWAS. (2025) bioRxiv. DOI: 10.1101 / 2025.06.05.658079

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Arthur, TD, Nguyen, JP, Henson, BA, D'Antonio-Chronowska, A., Jaureguy, J., Silva, N., , Panopoulos, AD, Izpisua Belmonte, JC, D'Antonio, M., McVicker, G., Frazer, KA La cartographie QTL multiomique révèle la complexité phénotypique des loci GWAS et donne la priorité aux variantes causales putatives. (2025) Génome cellulaire:100775 DOI: 10.1016/j.xgen.2025.100775

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Laub, D., Ho, A., Jaureguy, J., Klie, A., Salem, RM, McVicker, G., Carter, H. GenVarLoader : un chargeur de données accéléré pour appliquer l’apprentissage profond à la génomique personnalisée. (2025) bioRxiv. DOI: 10.1101 / 2025.01.15.633240

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Zhou, JL, Guruvayurappan, K., Toneyan, S., Chen, HV, Chen, AR, Koo, P., McVicker, G. L’analyse des perturbations CRISPR à cellule unique indique que les activateurs agissent principalement de manière multiplicative. (2024) Génome cellulaire:100672 DOI: 10.1016/j.xgen.2024.100672

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Arthur, TD, Nguyen, JP, D'Antonio-Chronowska, A., Jaureguy, J., Silva, N., Henson, B., , Panopoulos, AD, Belmonte, JCI, D'Antonio, M., McVicker, G., Frazer, KA La cartographie QTL multi-omique dans les tissus de développement précoce révèle la complexité phénotypique et temporelle des variantes régulatrices sous-jacentes aux loci GWAS. (2024) bioRxiv. DOI: 10.1101 / 2024.04.10.588874

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Zhou, JL, de Guglielmo, G., Ho, AJ, Kallupi, M., Pokhrel, N., Li, HR, Chitre, AS, Munro, D., Mohammadi, P., Carrette, LLG, George, O., Palmer, AA, McVicker, G., Telese, F. La génomique mononucléaire chez des rats consanguins présentant des comportements divergents de type dépendance à la cocaïne révèle des changements dans l'inhibition GABAergique de l'amygdale génétique. (2023) Nature Neuroscience. DOI: 10.1038 / s41593-023-01452-y

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Zhou, J., Guruvayurappan, K., Chen, HV, Chen, AR, McVicker, G. L’analyse à l’échelle du génome des perturbations CRISPR indique que les activateurs agissent de manière multiplicative et sans interactions de type épistatique. (2023) bioRxiv. DOI: 10.1101 / 2023.04.26.538501

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Chen, HV, Lorenzini, MH, Lavalle, SN, Sajeev, K., Fonseca, A., Fiaux, PC, Sen, A., Luthra, I., Ho, AJ, Chen, AR, Guruvayurappan, K., O'Connor, C., McVicker, G. La cartographie de la délétion des éléments régulateurs de GATA3 dans les cellules T révèle un activateur distal impliqué dans les maladies allergiques. (2023) Journal américain de génétique humaine. DOI : 10.1016/j.ajhg.2023.03.008

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Xu, Z., Lee, DS, Chandran, S., Le, VT, Bump, R., Yasis, J., Dallarda, S., Marcotte, S., Clock, B., Haghani, N., Cho, CY, Akdemir, KC, Tyndale, S., Futreal, PA, McVicker, G., Wahl, directeur général, Dixon, JR Les variantes structurelles entraînent une activation oncogène dépendante du contexte dans le cancer. (2022) Nature. DOI: 10.1038/s41586-022-05504-4

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Chen, PB, Fiaux, PC, Zhang, K., Li, B., Kubo, N., Jiang, S., Hu, R., Rooholfada, E., Wu, S., Wang, M., Wang, W., McVicker, G., Mischel, PS, Ren, B. Découverte systématique et dissection fonctionnelle des activateurs nécessaires à la prolifération et à la santé des cellules cancéreuses. (2022) Rapports de cellule 41(6):111630. DOI : 10.1016/j.celrep.2022.111630

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Sen, A., Huo, Y., Elster, J., Zage, PE, McVicker, G. L'expression spécifique des allèles révèle des gènes présentant des altérations cis-régulatrices récurrentes dans le neuroblastome à haut risque. (2022) Biologie du génome. 23(1):71. DOI: 10.1186/s13059-022-02640-y

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Sen, A., Prager, BC, Zhong, C., Park, D., Zhu, Z., Gimple, RC, Wu, Q., Bernatchez, JA, Beck, S., Clark, AE, Siqueira-Neto, JL, Rich, JN, McVicker, G. Exploiter l'expression spécifique des allèles pour la découverte de gènes de réponse thérapeutique dans le glioblastome. (2021) Recherche sur le cancer. DOI: 10.1158/0008-5472.CAN-21-0810

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Massarat, AR, Sen, A., Jaureguy, J., Tyndale, ST, Fu, Y., Erikson, G., McVicker, G. Découverte de variantes et d'indels de nucléotides simples à partir d'ATAC-seq en masse et à cellule unique. (2021) Recherche sur les acides nucléiques. DOI : 10.1093/nar/gkab621

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Fiaux, PC, Chen, HV, Chen, PB, Chen, AR, McVicker, G. Découverte de séquences fonctionnelles avec RELICS, une méthode d'analyse pour les criblages CRISPR. (2020) Biologie computationnelle PLOS. 16(9):e1008194. DOI : 10.1371/journal.pcbi.1008194

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Nott, A., Holtman, IR, Coufal, NG, Schlachetzki, JCM, Yu, M., Hu, R., Han, CZ, Pena, M., Xiao, J., Wu, Y., Keulen, Z., Pasillas, MP, O'Connor, C., Nickl, CK, Schafer, ST, Shen, Z., Rissman, RA, Brewer, JB, Gosselin, D., Gonda, DD, Levy, ML, Rosenfeld, MG, McVicker, G., Gage, FH, Ren, B., Glass, CK Cartes de l'interactome activateur-promoteur spécifique au type de cellule cérébrale et association avec le risque de maladie. (2019) Science. 366(6469):1134-1139. DOI : 10.1126/science.aay0793

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Schmiedel, BJ, Singh, D., Madrigal, A., Valdovino-Gonzalez, AG, White, BM, Zapardiel-Gonzalo, J., Ha, B., Altay, G., Greenbaum, JA, McVicker, G., Seumois, G., Rao, A., Kronenberg, M., Peters, B., Vijayanand, P. Impact des polymorphismes génétiques sur l’expression des gènes des cellules immunitaires humaines. (2018) Téléphone DOI : 10.1016/j.cell.2018.10.022

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Martin, RL, Maiorano, J., Beitel, GJ, Marko, JF, McVicker, G., Fondufe-Mittendorf, YN Comparaison de l'organisation des nucléosomes dans les lignées cellulaires de drosophile. (2017) PLOS One. 12(6):e0178590. DOI : 10.1371/journal.pone.0178590

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Elyashiv, E., Sattath, S., Hu, TT, Strutsovsky, A., McVicker, G., Andolfatto, P., Coop, G., Sella, G. Une carte génomique des effets de la sélection liée chez la drosophile. (2016) PLOS Génétique. 12(8):e1006130. DOI : 10.1371/journal.pgen.1006130

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van de Geijn, B.*, McVicker, G.*, Gilad, Y., Pritchard, JK WASP : logiciel spécifique aux allèles pour la découverte robuste de locus de caractères quantitatifs moléculaires. (2015) Méthodes de la nature. 12(11):1061-1063. DOI : 10.1038/nmeth.3582

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Banovich, NE, Lan, X., McVicker, G., van de Geijn, B., Degner, JF, Blischak, JD, Roux, J., Pritchard, JK, Gilad, Y. Les QTL de méthylation sont associés à des changements coordonnés dans la liaison des facteurs de transcription, aux modifications des histones et aux niveaux d'expression des gènes. (2014) PLOS Génétique. 10(9):e1004663. DOI : 10.1371/journal.pgen.1004663

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Nalabothula, N.*, McVicker, G.*, Maiorano, J., Martin, R., Pritchard, JK, Fondufe-Mittendorf, YN Les protéines architecturales de la chromatine HMGD1 et H1 se lient réciproquement et ont des effets opposés sur la structure de la chromatine et la régulation des gènes. (2014) BMC Génomique. 15:92. DOI: 10.1186/1471-2164-15-92

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Raj, A., McVicker, G. Le génome montre son côté sensible. (2014) Méthodes de la nature. 11(1):39-40. DOI : 10.1038/nmeth.2770


McVicker, G.*, van de Geijn, B.*, Degner, JF, Cain, CE, Banovich, NE, Raj, A., Lewellen, N., Myrthil, M., Gilad, Y., Pritchard, JK Identification des variantes génétiques qui affectent les modifications des histones dans les cellules humaines. (2013) Science. 342(6159):747-9. DOI : 10.1126/science.1242429

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Gaffney, DJ*, McVicker, G.*, Pai, AA, Fondufe-Mittendorf, YN, Lewellen, N., Michelini, K., Widom, J., Gilad, Y., Pritchard, JK Contrôles du positionnement des nucléosomes dans le génome humain. (2012) PLOS Génétique. 8(11):e1003036. DOI : 10.1371/journal.pgen.1003036

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George, RD, McVicker, G., Diederich, R., Ng, SB, MacKenzie, AP, Swanson, WJ, Shendure, J., Thomas, JH La capture transgénomique et le séquençage des exomes de primates révèlent de nouvelles cibles de sélection positive. (2011) Recherche sur le génome. 21(10):1686-1694. DOI : 10.1101/gr.121327.111

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D'Souza, CA, Kronstad, JW, Taylor, G., Warren, R., Yuen, M., Hu, G., Jung, WH, Sham, A., Kidd, SE, Tangen, K., Lee, N., Zeilmaker, T., Sawkins, J., McVicker, G., Shah, S., Gnerre, S., Griggs, A., Zeng, Q., Bartlett, K., Li, W., Wang, X., Heitman, J., Stajich, JE, Fraser, JA, Meyer, W., Carter, D., Schein, J., Krzywinski, M., Kwon-Chung, KJ, Varma, A., Wang, J., Brunham, R., Fyfe, M., Ouellette, BF, Siddiqui, A., Marra, M., Jones, S., Holt, R., Birren, BW, Galagan, JE, Cuomo, CA Variation du génome chez Cryptococcus gattii, un pathogène émergent des hôtes immunocompétents. (2011) MBio. 2(1):e00342-10. DOI: 10.1128/mBio.00342-10

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McVicker, G., Vert, P. Signatures génomiques de l'expression des gènes germinaux. (2010) Recherche sur le génome. 20(11):1503-1511. DOI : 10.1101/gr.106666.110

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McVicker, G., Gordon, D., Davis, C., Green, P. Signatures génomiques généralisées de la sélection naturelle dans l'évolution des hominidés. (2009) PLOS Génétique. 5(5):e1000471. DOI : 10.1371/journal.pgen.1000471

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Hubbard, T., Andrews, D., Caccamo, M., Cameron, G., Chen, Y., Clamp, M., Clarke, L., Coates, G., Cox, T., Cunningham, F., Curwen, V., Cutts, T., Down, T., Durbin, R., Fernandez-Suarez, XM, Gilbert, J., Hammond, M., Herrero, J., Hotz, H., Howe, K., Iyer, V., Jekosch, K., Kahari, A., Kasprzyk, A., Keefe, D., Keenan, S., Kokocinsci, F., London, D., Longden, I., McVicker, G.Français , Melsopp, C., Meidl, P., Potter, S., Proctor, G., Rae, M., Rios, D., Schuster, M., Searle, S., Severin, J., Slater, G., Smedley, D., Smith, J., Spooner, W., Stabenau, A., Stalker, J., Storey, R., Trevanion, S., Ureta-Vidal, A., Vogel, J., White, S., Woodwark, C., Birney, E. Ensemble 2005. (2005) Recherche sur les acides nucléiques. 33 (Base de données i) : D447-D453. DOI : 10.1093/nar/gki138

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Stabenau, A., McVicker, G., Melsopp, C., Proctor, G., Clamp, M., Birney, E. Les bibliothèques logicielles de base d'Ensembl. (2004) Recherche sur le génome. 14(5):929-933. DOI : 10.1101/gr.1857204

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Birney, E., Andrews, TD, Bevan, P., Caccamo, M., Chen, Y., Clarke, L., Coates, G., Cuff, J., Curwen, V., Cutts, T., Down, T., Eyras, E., Fernandez-Suarez, XM, Gane, P., Gibbins, B., Gilbert, J., Hammond, M., Hotz, HR, Iyer, V., Jekosch, K., Kahari, A., Kasprzyk, A., Keefe, D., Keenan, S., Lehvaslaiho, H., McVicker, G.Français , Melsopp, C., Meidl, P., Mongin, E., Pettett, R., Potter, S., Proctor, G., Rae, M., Searle, S., Slater, G., Smedley, D., Smith, J., Spooner, W., Stabenau, A., Stalker, J., Storey, R., Ureta-Vidal, A., Woodwark, KC, Cameron, G., Durbin, R., Cox, A., Hubbard, T., Clamp, M. Un aperçu d'Ensembl. (2004) Recherche sur le génome. 14(5):925-8. DOI : 10.1101/gr.1860604

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Birney, E., Andrews, D., Bevan, P., Caccamo, M., Cameron, G., Chen, Y., Clarke, L., Coates, G., Cox, T., Cuff, J., Curwen, V., Cutts, T., Down, T., Durbin, R., Eyras, E., Fernandez-Suarez, XM, Gane, P., Gibbins, B., Gilbert, J., Hammond, M., Hotz, H., Iyer, V., Kahari, A., Jekosch, K., Kasprzyk, A., Keefe, D., Keenan, S., Lehvaslaiho, H., McVicker, G.Français , Melsopp, C., Meidl, P., Mongin, E., Pettett, R., Potter, S., Proctor, G., Rae, M., Searle, S., Slater, G., Smedley, D., Smith, J., Spooner, W., Stabenau, A., Stalker, J., Storey, R., Ureta-Vidal, A., Woodwark, C., Clamp, M., Hubbard, T. Ensemble 2004. (2004) Recherche sur les acides nucléiques. 32 (Base de données i) : D468-D470. DOI : 10.1093/nar/gkh038

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Shah, SP, McVicker, médecin généraliste, Mackworth, AK, Rogic, S., Ouellette, BF GeneComber : combiner les résultats des programmes de prédiction génétique pour de meilleurs résultats. (2003) Bioinformatique . 19 (10): 1296-1297.

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Éducation

B.Sc. en informatique, Université de la Colombie-Britannique
Doctorat, sciences du génome, Université de Washington
Chercheur postdoctoral, Université de Chicago
Chercheur postdoctoral, Université de Stanford


Prix ​​et distinctions

  • Prix de l'innovateur génomique de l'Institut national de recherche sur le génome humain, 2021
  • Bourse d'études supérieures du Conseil de recherches en sciences naturelles et en génie (CRSNG) (PGS-D2), 2007
  • Bourse d'études supérieures du Conseil de recherches en sciences naturelles et en génie (CRSNG) (PGS-M), 2005