John Thomas desarrolló un Drosophila (mosca de la fruta) modelo de tumores cerebrales para estudiar las moléculas que ayudan al cerebro a crecer en un embrión en desarrollo y que luego se reactivan en muchos cánceres agresivos del sistema nervioso.

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Thomas descubrió algunas de las señales de tráfico químicas que guían a las neuronas en crecimiento en su camino a través del cerebro en un embrión en desarrollo. Las pistas que toman estas neuronas finalmente dan forma a los pensamientos y comportamientos de los organismos por el resto de sus vidas. También mostró cómo las mutaciones en dos genes, EGFR y PI3K, desencadenan una cascada de eventos que provocan el crecimiento de glioblastomas, uno de los tipos más comunes de tumores cerebrales, en las moscas. Thomas demostró cómo un paso en esta cascada, la activación de un conjunto de proteínas, podría bloquearse con medicamentos para debilitar el cáncer. Además, examinó cómo las vías moleculares del cerebro están involucradas en el metabolismo, para comprender mejor la diabetes y la obesidad.

Thomas obtuvo su título universitario en la Universidad de Washington en St. Louis y su doctorado en la Universidad de Yale. También completó una beca postdoctoral en la Universidad de Stanford. Ha sido reconocido con varios premios prestigiosos, que incluyen una beca de investigación Alfred P. Sloan, una beca Pew y una beca Basil O'Connor de March of Dimes.