Liu, H., Zeng, Q., Zhou, J., Bartlett, A., Wang, BA, Berube, P., Tian, ​​W., Kenworthy, M., Altshul, J., Nery, JR, Chen, H., Castanon, RG, Zu, S., Li, YE, Lucero, J., Osteen, JK, Pinto-Duarte, A., Lee, J., Rink, J., Cho, S., Emerson, N ., Nunn, M., O'Connor, C., Wu, Z., Stoica, I., Yao, Z., Smith, KA, Tasic, B., Luo, C., Dixon, J.R., Zeng, H., Ren, B., Behrens, MM, Ecker, JR Metiloma de ADN unicelular y atlas multiómico 3D del cerebro de un ratón adulto. (2023) Naturaleza. 624(7991):366-377. DOI: 10.1038/s41586-023-06805-y

Liu, Z., Lee, DS, Liang, Y., Zheng, Y., Dixon, J.R. Foxp3 organiza la reorganización de la arquitectura de la cromatina para establecer la identidad de las células T reguladoras. (2023) Nature Communications. 14(1):6943. DOI: 10.1038/s41467-023-42647-y

Chapman, OS, Luebeck, J., Sridhar, S., Wong, IT, Dixit, D., Wang, S., Prasad, G., Rajkumar, U., Pagadala, MS, Larson, JD, He, BJ, Hung, KL, Lange, JT, Dehkordi, SR, Chandran, S., Adam, M., Morgan, L., Wani, S., Tiwari, A., Guccione, C., Lin, Y., Dutta, A ., Lo, YY, Juarez, E., Robinson, JT, Korshunov, A., Michaels, JA, Cho, YJ, Malicki, DM, Coufal, NG, Levy, ML, Hobbs, C., Scheuermann, RH, Crawford , JR, Pomeroy, SL, Rich, JN, Zhang, X., Chang, HY, Dixon, J.R., Bagchi, A., Deshpande, AJ, Carter, H., Fraenkel, E., Mischel, PS, Wechsler-Reya, RJ, Bafna, V., Mesirov, JP, Chávez, L. El ADN extracromosómico circular promueve la heterogeneidad tumoral en el meduloblastoma de alto riesgo. (2023) Genética de la naturaleza. DOI: 10.1038/s41588-023-01551-3

Okonechnikov, K., Camgöz, A., Chapman, O., Wani, S., Park, DE, Hübner, JM, Chakraborty, A., Pagadala, M., Bump, R., Chandran, S., Kraft, K., Acuna-Hidalgo, R., Reid, D., Sikkink, K., Mauermann, M., Juarez, EF, Jenseit, A., Robinson, JT, Pajtler, KW, Milde, T., Jäger, N ., Fiesel, P., Morgan, L., Sridhar, S., Coufal, NG, Levy, M., Malicki, D., Hobbs, C., Kingsmore, S., Nahas, S., Snuderl, M. , Crawford, J., Wechsler-Reya, RJ, Davidson, TB, Cotter, J., Michaiel, G., Fleischhack, G., Mundlos, S., Schmitt, A., Carter, H., Michealraj, KA, Kumar, SA, Taylor, MD, Rich, J., Buchholz, F., Mesirov, JP, Pfister, SM, Ay, F., Dixon, J.R., Kool, M., Chávez, L. El mapeo 3D del genoma identifica conformaciones cromosómicas específicas de subgrupos y genes de dependencia tumoral en el ependimoma. (2023) Nature Communications. 14(1):2300. DOI: 10.1038/s41467-023-38044-0

Liu, H., Zeng, Q., Zhou, J., Bartlett, A., Wang, BA, Berube, P., Tian, ​​W., Kenworthy, M., Altshul, J., Nery, JR, Chen, H., Castanon, RG, Zu, S., Li, YE, Lucero, J., Osteen, JK, Pinto-Duarte, A., Lee, J., Rink, J., Cho, S., Emerson, N ., Nunn, M., O'Connor, C., Yao, Z., Smith, KA, Tasic, B., Zeng, H., Luo, C., Dixon, J.R., Ren, B., Behrens, MM, Ecker, JR Metiloma de ADN unicelular y Atlas multiómico 3D del cerebro de ratón adulto. (2023) bioRxiv. DOI: 10.1101 / 2023.04.16.536509

Liu, Z., Lee, DS, Liang, Y., Zheng, Y., Dixon, J.R. Foxp3 organiza la reorganización de la arquitectura de la cromatina para establecer la identidad de las células T reguladoras. (2023) bioRxiv. DOI: 10.1101 / 2023.02.22.529589

Xu, Z., Lee, DS, Chandran, S., Le, VT, Bump, R., Yasis, J., Dallarda, S., Marcotte, S., Clock, B., Haghani, N., Cho, CY, Akdemir, KC, Tyndale, S., Futreal, Pensilvania, McVicker, G., Wahl, GM, Dixon, J.R. Las variantes estructurales impulsan la activación del oncogén dependiente del contexto en el cáncer. (2022) Naturaleza. DOI: 10.1038/s41586-022-05504-4

Shah, R., Gallardo, CM, Jung, YH, Reloj, B., Dixon, J.R., McFadden, WM, Majumder, K., Pintel, DJ, Corces, VG, Torbett, BE, Tedbury, PR, Sarafianos, SG La activación de los provirus del VIH-1 aumenta la accesibilidad de la cromatina aguas abajo. (2022) iCiencia. 25(12):105490. DOI: 10.1016/j.isci.2022.105490

Popay, TM, Dixon, J.R. Cerrando el círculo: sobre el origen y la evolución del modelo de bucle para la comunicación potenciador-promotor. (2022) Revista de Química Biológica.:102117 DOI: 10.1016/j.jbc.2022.102117

Luo, C., Liu, H., Xie, F., Armand, EJ, Siletti, K., Bakken, TE, Fang, R., Doyle, WI, Stuart, T., Hodge, RD, Hu, L. , Wang, BA, Zhang, Z., Preissl, S., Lee, DS, Zhou, J., Niu, SY, Castanon, R., Bartlett, A., Rivkin, A., Wang, X., Lucero, J., Nery, JR, Davis, DA, Mash, DC, Satija, R., Dixon, J.R., Linnarsson, S., Lein, E., Behrens, MM, Ren, B., Mukamel, EA, Ecker, JR La multiómica de un solo núcleo identifica la diversidad del genoma regulador de las células corticales humanas. (2022) Genoma celular. 2(3). DOI: 10.1016/j.xgen.2022.100107

Liu, H., Zhou, J., Tian, ​​W., Luo, C., Bartlett, A., Aldridge, A., Lucero, J., Osteen, JK, Nery, JR, Chen, H., Rivkin, A., Castanon, RG, Clock, B., Li, YE, Hou, X., Poirion, OB, Preissl, S., Pinto-Duarte, A., O'Connor, C., Boggeman, L., Fitzpatrick , C., Nunn, M., Mukamel, EA, Zhang, Z., Callaway, EM, Ren, B., Dixon, J.R., Behrens, MM, Ecker, JR Atlas de metilación del ADN del cerebro del ratón con resolución unicelular. (2021) Naturaleza. 598(7879):120-128. DOI: 10.1038/s41586-020-03182-8

Canción, F., Xu, J., dixon, j., Yue, F. Análisis de datos de Hi-C para el descubrimiento de variaciones estructurales en el cáncer. (2021) Métodos en Biología Molecular. 2301:143-161. DOI: 10.1007/978-1-0716-1390-0_7

Reid, DA, Reed, PJ, Schlachetzki, JCM, Nitulescu, II, Chou, G., Tsui, Chandran, S., Jones, JR, Lu, AT, McClain, CA, Ooi, JH, Wang, TW, Lana, Linker, SB, Ricciardulli, AS, Lau, S., Schafer, S., Horvath, S., Dixon, J.R., Ja, N., Vidrio, CK, Gage, FH La incorporación de un análogo de nucleósido mapea los sitios de reparación del genoma en neuronas humanas posmitóticas. (2021) Ciencia. 372 (6537): 91-94. DOI: 10.1126/ciencia.abb9032

Kubo, N., Ishii, H., Xiong, X., Bianco, S., Meitinger, F., Hu, R., Hocker, JD, Conte, M., Gorkin, D., Yu, M., Li , B., Dixon, J.R., Hu, M., Nicodemi, M., Zhao, H., Ren, B. La unión de CTCF proximal al promotor promueve la activación del gen dependiente del potenciador distal. (2021) Naturaleza Biología Estructural y Molecular. DOI: 10.1038/s41594-020-00539-5

Akdemir, KC, Le, VT, Kim, JM, Killcoyne, S., King, DA, Lin, YP, Tian, ​​Y., Inoue, A., Amin, SB, Robinson, FS, Nimmakayalu, M., Herrera, RE, Lynn, EJ, Chan, K., Seth, S., Klimczak, LJ, Gerstung, M., Gordenin, DA, O'Brien, J., Li, L., Deribe, YL, Verhaak, RG, Campbell , PJ, Fitzgerald, R., Morrison, AJ, Dixon, J.R., Andrés Futreal, P. Las distribuciones de mutaciones somáticas en los genomas del cáncer varían con la estructura tridimensional de la cromatina. (2020) Genética de la naturaleza. DOI: 10.1038/s41588-020-0708-0

Kang, H., Shokhirev, MN, Xu, Z., Chandran, S., Dixon, J.R., Hetzer, MW Regulación dinámica de modificaciones de histonas e interacciones cromosómicas de largo alcance durante la reactivación transcripcional posmitótica. (2020) Genes y desarrollo. DOI: 10.1101/gad.335794.119

Akdemir, KC, Le, VT, Chandran, S., Li, Y., Verhaak, RG, Beroukhim, R., Campbell, PJ, Chin, L., Dixon, J.R., Futreal, Pensilvania Interrupción de los dominios de plegamiento de la cromatina por reordenamientos genómicos somáticos en el cáncer humano. (2020) Genética de la naturaleza. DOI: 10.1038 / s41588-019-0564-y

Dixon, J.R. TADs for Life: la organización del dominio de cromatina regula la vida útil en C. elegans. (2019) célula en desarrollo. 51(2):131-132. DOI: 10.1016/j.devcel.2019.09.021

Lee, DS, Luo, C., Zhou, J., Chandran, S., Rivkin, A., Bartlett, A., Nery, JR, Fitzpatrick, C., O'Connor, C., Dixon, J.R., Ecker, JR Perfilado simultáneo de la estructura del genoma 3D y la metilación del ADN en células humanas individuales. (2019) Métodos de la naturaleza. DOI: 10.1038 / s41592-019, 0547-z

Song, M., Yang, X., Ren, X., Maliskova, L., Li, B., Jones, IR, Wang, C., Jacob, F., Wu, K., Traglia, M., Tam , TW, Jamieson, K., Lu, SY, Ming, GL, Li, Y., Yao, J., Weiss, LA, Dixon, J.R., Judge, LM, Conklin, BR, Song, H., Gan, L., Shen, Y. El mapeo de los contactos de cromatina reguladores en cis en las células neurales vincula las variantes de riesgo de trastornos neuropsiquiátricos con los genes diana. (2019) Genética de la naturaleza. 51(8):1252-1262. DOI: 10.1038/s41588-019-0472-1

Yang, Y., Zhang, Y., Ren, B., Dixon, J.R., ma, j. Comparación de la organización del genoma 3D en múltiples especies usando Phylo-HMRF. (2019) Sistemas celulares. DOI: 10.1016/j.cels.2019.05.011

Zhou, J., Ma, J., Chen, Y., Cheng, C., Bao, B., Peng, J., Sejnowski, TJ, Dixon, J.R., Ecker, JR Agrupación robusta de Hi-C de una sola celda mediante imputación basada en convolución y paseo aleatorio. (2019) Actas de la Academia Nacional de Ciencias de los Estados Unidos de América. DOI: 10.1073 / pnas.1901423116

Barbosa, K., Deshpande, A., Chen, BR, Ghosh, A., Sun, Y., Dutta, S., Weetall, M., dixon, j., Armstrong, SA, Bohlander, SK, Deshpande, AJ La leucemia mieloide aguda impulsada por el gen de fusión CALM-AF10 depende del IMC1. (2019) Hematología experimental.:42-54 DOI: 10.1016/j.exphem.2019.04.003

Gatchalian, J., Malik, S., Ho, J., Lee, DS, Kelso, TWR, Shokhirev, MN, Dixon, J.R., Hargreaves, DC Un complejo de remodelación de cromatina BAF que contiene BRD9 no canónico regula la pluripotencialidad ingenua en células madre embrionarias de ratón. (2018) Nature Communications. 9(1):5139. DOI: 10.1038/s41467-018-07528-9

Dixon, J.R., Xu, J., Dileep, V., Zhan, Y., Song, F., Le, VT, Yardımcı, GG, Chakraborty, A., Bann, DV, Wang, Y., Clark, R., Zhang, L., Yang, H., Liu, T., Iyyanki, S., An, L., Pool, C., Sasaki, T., Rivera-Mulia, JC, Ozadam, H., Lajoie, BR, Kaul, R., Buckley, M., Lee, K., Diegel, M., Pezic, D., Ernst, C., Hadjur, S., Odom, DT, Stamatoyannopoulos, JA, Broach, JR, Hardison, RC, Ay , F., Noble, WS, Dekker, J., Gilbert, DM, Yue, F. Detección integrativa y análisis de la variación estructural en los genomas del cáncer. (2018) Genética de la naturaleza.:1388-1403 DOI: 10.1038/s41588-018-0195-8

Du, Z., Zheng, H., Huang, B., Ma, R., Wu, J., Zhang, X., He, J., Xiang, Y., Wang, Q., Li, Y., Ma, J., Zhang, X., Zhang, K., Wang, Y., Zhang, MQ, Gao, J., Dixon, J.R., Wang, X., Zeng, J., Xie, W. Reprogramación alélica de la arquitectura de la cromatina 3D durante el desarrollo temprano de los mamíferos. (2017) Naturaleza. 547 (7662): 232-235. DOI: 10.1038/naturaleza23263

Dixon, J.R., Gorkin, DU, Ren, B. Dominios de cromatina: la unidad de organización cromosómica. (2016) célula molecular. 62(5):668-80. DOI: 10.1016/j.molcel.2016.05.018

Diao, Y., Li, B., Meng, Z., Jung, I., Lee, AY, dixon, j., Maliskova, L., Guan, KL, Shen, Y., Ren, B. Una nueva clase de potenciadores fenotípicos temporales identificados mediante cribado genético mediado por CRISPR/Cas9. (2016) Investigación del genoma. 26(3):397-405. DOI: 10.1101/gr.197152.115

Selvaraj, S., Schmitt, AD, Dixon, J.R., Ren, B. Complete la fase de haplotipos de los loci MHC y KIR con HaploSeq específico. (2015) BMC Genómica. 16:900. DOI: 10.1186/s12864-015-1949-7

Ren, B, Dixon, J.R. Una conexión CRISPR entre la topología de la cromatina y los trastornos genéticos. (2015) Cell. 161(5):955-957. DOI: 10.1016/j.cell.2015.04.047

Dixon, JR*, Jung, I.*, Selvaraj, S.*, Shen, Y., Antosiewicz-Bourget, JE, Lee, AY, Ye, Z., Kim, A., Rajagopal, N., Xie, W., Diao, Y., Liang, J., Zhao, H., Lobanenkov, VV, Ecker, JR, Thomson, JA, Ren, B. Reorganización de la arquitectura de la cromatina durante la diferenciación de células madre. (2015) Naturaleza. 518 (7539): 331-6. DOI: 10.1038/naturaleza14222

Li, Y., Rivera, CM, Ishii, H., Jin, F., Selvaraj, S., Lee, AY, Dixon, J.R., Ren, B. CRISPR revela un superpotenciador distal necesario para la expresión de Sox2 en células madre embrionarias de ratón. (2014) Más uno. 9(12):e114485. DOI: 10.1371/journal.pone.0114485

Attanasio, C., Nord, AS, Zhu, Y., Blow, MJ, Biddie, SC, Mendenhall, EM, dixon, j., Wright, C., Hosseini, R., Akiyama, JA, Holt, A., Plajzer-Frick, I., Shoukry, M., Afzal, V., Ren, B., Bernstein, BE, Rubin, EM, Visel, A., Pennacchio, LA Unión de SMARCA4 específica de tejido en elementos reguladores activos y reprimidos durante la embriogénesis. (2014) Investigación del genoma. 24(6):920-9. DOI: 10.1101/gr.168930.113

Zuin, J.*, Dixon, JR*, van der Reijden, MI, Ye, Z., Kolovos, P., Brouwer, RW, van de Corput, MP, van de Werken, HJ, Knoch, TA, van IJcken, WF, Grosveld, FG, Ren, B. , Wendt, Kansas La cohesina y el CTCF afectan de manera diferente la arquitectura de la cromatina y la expresión génica en las células humanas. (2014) Actas de la Academia Nacional de Ciencias de los Estados Unidos de América. 111(3):996-1001. DOI: 10.1073/pnas.1317788111

Selvaraj, S.*, Dixon, JR*, Bansal, V., Ren, B. Reconstrucción de haplotipos del genoma completo mediante ligadura de proximidad y secuenciación de escopeta. (2013) Biotecnología de la naturaleza. 31(12):1111-8. DOI: 10.1038/nbt.2728

Jin, F., Li, Y., Dixon, J.R., Selvaraj, S., Ye, Z., Lee, AY, Yen, CA, Schmitt, AD, Espinoza, CA, Ren, B. Un mapa de alta resolución del interactoma de cromatina tridimensional en células humanas. (2013) Naturaleza. 503 (7475): 290-4. DOI: 10.1038/naturaleza12644

Hu, M., Deng, K., Qin, Z., dixon, j., Selvaraj, S., Fang, J., Ren, B., Liu, JS Inferencia bayesiana de organizaciones espaciales de cromosomas. (2013) PLOS Biología Computacional. 9(1):e1002893. DOI: 10.1371/diario.pcbi.1002893

Shen, Y., Yue, F., McCleary, DF, Ye, Z., Edsall, L., Kuan, S., Wagner, U., dixon, j., Lee, L., Lobanenkov, VV, Ren, B. Un mapa de las secuencias reguladoras en cis en el genoma del ratón. (2012) Naturaleza. 488 (7409): 116-20. DOI: 10.1038/naturaleza11243

Dixon, J.R., Selvaraj, S., Yue, F., Kim, A., Li, Y., Shen, Y., Hu, M., Liu, JS, Ren, B. Dominios topológicos en genomas de mamíferos identificados mediante análisis de interacciones de cromatina. (2012) Naturaleza. 485 (7398): 376-80. DOI: 10.1038/naturaleza11082

Barish, GD, Yu, RT, Karunasiri, M., Ocampo, CB, dixon, j., Benner, C., Dent, Alabama, Tangirala, RK, Evans, RM Los cistomas Bcl-6 y NF-kappaB median la regulación opuesta de la respuesta inmune innata. (2010) Genes y desarrollo. 24(24):2760-5. DOI: 10.1101/gad.1998010

Pagliarini, DJ, Wiley, SE, Kimple, YO, Dixon, J.R., Kelly, P., Worby, California, Casey, PJ, Dixon, JE Participación de una fosfatasa mitocondrial en la regulación de la producción de ATP y la secreción de insulina en las células beta pancreáticas. (2005) célula molecular. 19(2):197-207. DOI: 10.1016/j.molcel.2005.06.008