Katherine Jones, PhD

Hoogleraar Emerita

Salk Instituut voor Biologische Studies - Publicaties

alle publicaties


Podvin, S., Jones, J., Kang, A., Goodman, R., Reed, P., Lietz, CB, Then, J., Lee, KC, Eyler, LT, Jeste, DV, Gage, FH, Hook, V. Het menselijke iN-neuronale model van schizofrenie vertoont ontregeling van chromogranine B en gerelateerde neuropeptidezendersignaturen. (2024) Molecular Psychiatry. DOI: 10.1038 / s41380-024-02422-x

+ samenvatting uitvouwen


Traxler, L., Lucciola, R., Herdy, JR, Jones, Jr, Mertens, J., Gage, FH Neurale celtoestandsverschuivingen en lotverlies bij veroudering en leeftijdsgerelateerde ziekten. (2023) Nat Rev. Neurol. DOI: 10.1038/s41582-023-00815-0

+ samenvatting uitvouwen


Stronati, E., Giraldez, S., Huang, L., Abraham, E., McGuire, GR, Hsu, HT, Jones, KA, Estaras, C. YAP1 reguleert de zelfgeorganiseerde lotpatronen van hESC-afgeleide gastruloïden. (2022) Stamcelrapporten. DOI: 10.1016/j.stemcr.2021.12.012

+ samenvatting uitvouwen


Choi, SH, Kim, S., Jones, KA Regulatie van genexpressie door CDK12: een veelzijdige kinase bij kanker met functies die verder gaan dan CTD-fosforylering. (2020) Experimentele en moleculaire geneeskunde. DOI: 10.1038/s12276-020-0442-9

+ samenvatting uitvouwen


Choi, SH, Martinez, TF, Kim, S., Donaldson, C., Shokhirev, MN, Saghatelian, A., Jones, KA CDK12 fosforyleert 4E-BP1 om mTORC1-afhankelijke vertaling en mitotische genoomstabiliteit mogelijk te maken. (2019) Genen en ontwikkeling. 33(7-8):418-435. DOI: 10.1101/gad.322339.118

+ samenvatting uitvouwen


Hsu, HT, Estarás, C., Huang, L., Jones, KA Specificatie van de Anterior Primitive Streak door YAP1-niveaus in menselijke pluripotente stamcellen te moduleren. (2018) Stamcelrapporten. 11(6):1357-1364. DOI: 10.1016/j.stemcr.2018.10.013

+ samenvatting uitvouwen


Xu, M., Moresco, JJ, Chang, M., Mukim, A., Smith, D., Diedrich, JK, Yates, JR, Jones, KA SHMT2 en de BRCC36 / BRISC-deubiquitinase reguleren de alomtegenwoordigheid en vernietiging van HIV-1 Tat K63 door autofagie. (2018) PLOS-pathogenen. 14(5):e1007071. DOI: 10.1371/journal.ppat.1007071

+ samenvatting uitvouwen


Estarás, C., Hsu, HT, Huang, L., Jones, KA YAP-repressie van het WNT3-gen regelt hESC-differentiatie langs de cardiale mesodermlijn. (2017) Genen en ontwikkeling. 31(22):2250-2263. DOI: 10.1101/gad.307512.117

+ samenvatting uitvouwen


Estaras, C., Benner, C., Jones, KA SMAD's en YAP strijden om de verlenging van β-catenine:LEF-1-aangeworven RNAPII tijdens hESC-differentiatie. (2015) Moleculaire cel. 58(5):780-93. DOI: 10.1016/j.molcel.2015.04.001

+ samenvatting uitvouwen


Chen, Y., Zhang, L., Estarás, C., Choi, SH, Moreno, L., Karn, J., Moresco, JJ, Yates, JR, Jones, KA Een genspecifieke rol voor de Ssu72 RNAPII CTD-fosfatase bij HIV-1 Tat-transactivatie. (2014) Genen en ontwikkeling. 28(20):2261-75. DOI: 10.1101/gad.250449.114

+ samenvatting uitvouwen


Jones, KA De kern van transcriptie veranderen. (2014) leven. 3: e03575.

+ samenvatting uitvouwen


Choi, SH, Estarás, C., Moresco, JJ, Yates, JR, Jones, KA α-Catenine interageert met APC om β-catenine proteolyse en transcriptionele repressie van Wnt-doelgenen te reguleren. (2013) Genen en ontwikkeling. 27(22):2473-88. DOI: 10.1101/gad.229062.113

+ samenvatting uitvouwen


Türbachova, I., Schwachula, T., Vasconcelos, I., Mustea, A., Baldinger, T., Jones, KA, Bujard, H., Olek, A., Olek, K., Gellhaus, K., Braicu, I., Könsgen, D., Fryer, C., Ravot, E., Hellwag, A., Westerfeld, N. , Gruss, OJ, Meissner, M., Hasan, MT, Weber, M., Hoffmüller, U., Zimmermann, S., Loddenkemper, C., Mahner, S., Babel, N., Berns, E., Adams , R., Zeilinger, R., Baron, U., Vergote, I., Maughan, T., Marme, F., Dickhaus, T., Sehouli, J., Olek, S. De cellulaire verhouding van immuuntolerantie (immunoCRIT) is een duidelijke marker voor agressiviteit van solide tumoren en kan de verspreidingspatronen van tumoren verklaren. (2013) Epigenetica. 8(11):1226-35. DOI: 10.4161/epi.26334

+ samenvatting uitvouwen


Jones, KA Een SirT'N-repressie voor Notch. (2011) Moleculaire cel. 42(5):559-60. DOI: 10.1016/j.molcel.2011.05.017

+ samenvatting uitvouwen


Chen, Y., Zhang, L., Jones, KA SKIP gaat p53-gemedieerde apoptose tegen via selectieve regulatie van p21Cip1-mRNA-splitsing. (2011) Genen en ontwikkeling. 25(7):701-16. DOI: 10.1101/gad.2002611

+ samenvatting uitvouwen


Jones, KA Een meesterbrein te slim af zijn. (2009) Ontwikkelingscel. 17(6):750-2. DOI: 10.1016/j.devcel.2009.12.002

+ samenvatting uitvouwen


Brès, V., Yoshida, T., Pickle, L., Jones, KA SKIP werkt samen met c-Myc en Menin om de transactivatie van HIV-1 Tat te bevorderen. (2009) Moleculaire cel. 36(1):75-87. DOI: 10.1016/j.molcel.2009.08.015

+ samenvatting uitvouwen


Yoh, SM, Lucas, JS, Jones, KA Het Iws1:Spt6:CTD-complex regelt cotranscriptionele mRNA-biosynthese en HYPB/Setd2-gemedieerde histon H3K36-methylering. (2008) Genen en ontwikkeling. 22(24):3422-34. DOI: 10.1101/gad.1720008

+ samenvatting uitvouwen


Jones, KA, Kemp, CR Wnt-geïnduceerde proteolytische targeting. (2008) Genen en ontwikkeling. 22(22):3077-81. DOI: 10.1101/gad.1741008

+ samenvatting uitvouwen


Brès, V., Yoh, SM, Jones, KA Het multi-tasking P-TEFb-complex. (2008) Huidige mening in celbiologie. 20(3):334-40. DOI: 10.1016/j.ceb.2008.04.008

+ samenvatting uitvouwen


Jones, KA Transcriptiestrategieën in terminaal gedifferentieerde cellen: tot op het bot geschud. (2007) Genen en ontwikkeling. 21(17):2113-7. DOI: 10.1101/gad.1598007


Yoh, SM, Cho, H., Augurk, L., Evans, RM, Jones, KA Het Spt6 SH2-domein bindt Ser2-P RNAPII om Iws1-afhankelijke mRNA-splitsing en -export te sturen. (2007) Genen en ontwikkeling. 21(2):160-74. DOI: 10.1101/gad.1503107

+ samenvatting uitvouwen


Wang, S., Jones, KA CK2 regelt de rekrutering van Wnt-regulatoren om zich in vivo op genen te richten. (2006) Huidige biologie. 16(22):2239-44. DOI: 10.1016/j.cub.2006.09.034

+ samenvatting uitvouwen


Willert, K., Jones, KA Wnt signalering: zit het feest in de kern? (2006) Genen en ontwikkeling. 20(11):1394-404. DOI: 10.1101/gad.1424006

+ samenvatting uitvouwen


Sierra, J., Yoshida, T., Joazeiro, CA, Jones, KA De APC-tumorsuppressor gaat bèta-catenine-activering en H3K4-methylatie bij Wnt-doelgenen tegen. (2006) Genen en ontwikkeling. 20(5):586-600. DOI: 10.1101/gad.1385806

+ samenvatting uitvouwen


Brès, V., Gomes, N., Pickle, L., Jones, KA Een menselijke splitsingsfactor, SKIP, associeert met P-TEFb en verbetert de verlenging van de transcriptie door HIV-1 Tat. (2005) Genen en ontwikkeling. 19(10):1211-26. DOI: 10.1101/gad.1291705

+ samenvatting uitvouwen


Friteuse, CJ, Wit, JB, Jones, KA Mastermind werft CycC:CDK8 aan om de Notch ICD te fosforyleren en activering met omzet te coördineren. (2004) Moleculaire cel. 16(4):509-20. DOI: 10.1016/j.molcel.2004.10.014

+ samenvatting uitvouwen


Gomes, N., Garber, ME, Jones, KA Technieken om de HIV-1 Tat en TAR RNA-afhankelijke rekrutering en activering van de cycline T1: CDK9 (P-TEFb) transcriptie-verlengingsfactor te analyseren. (2003) Methoden in de enzymologie. 371:324-36. DOI: 10.1016/S0076-6879(03)71024-6


Orlando, V., Jones, KA Wild chromatine: regulatie van eukaryotische genen in hun natuurlijke chromatinecontext. (2002) Genen en ontwikkeling. 16(16):2039-44. DOI: 10.1101/gad.1017402


Fryer, CJ, Lamar, E., Turbachova, I., Kintner, C., Jones, KA Mastermind bemiddelt chromatine-specifieke transcriptie en omzet van het Notch-versterkercomplex. (2002) Genen en ontwikkeling. 16(11):1397-411. DOI: 10.1101/gad.991602

+ samenvatting uitvouwen


Tutter, AV, Fryer, CJ, Jones, KA Chromatine-specifieke regulatie van LEF-1-bèta-catenine-transcriptieactivering en -remming in vitro. (2001) Genen en ontwikkeling. 15(24):3342-54. DOI: 10.1101/gad.946501

+ samenvatting uitvouwen


Zhang, J., Tamilarasu, N., Hwang, S., Garber, ME, Huq, I., Jones, KA, Rana, TM HIV-1 TAR RNA versterkt de interactie tussen Tat en cycline T1. (2000) Tijdschrift voor biologische chemie. 275(44):34314-9. DOI: 10.1074/jbc.M006804200

+ samenvatting uitvouwen


Kadam, S., McAlpine, GS, Phelan, ML, Kingston, RE, Jones, KA, Emerson, BM Functionele selectiviteit van recombinante SWI/SNF-subeenheden van zoogdieren. (2000) Genen en ontwikkeling. 14 (19) 2441-51.

+ samenvatting uitvouwen


Garber, ME, Mayall, TP, Suess, EM, Meisenhelder, J., Thompson, NE, Jones, KA CDK9-autofosforylering reguleert binding met hoge affiniteit van het humaan immunodeficiëntievirus type 1 tat-P-TEFb-complex aan TAR-RNA. (2000) Moleculaire en celbiologie. 20 (18) 6958-69.

+ samenvatting uitvouwen


Jones, KA, Kadonaga, JT Onderzoek naar de transcriptie-chromatine-interface. (2000) Genen en ontwikkeling. 14 (16) 1992-6.


Garber, ik, Jones, KA HIV-1 Tat: omgaan met negatieve verlengingsfactoren. (1999) Huidige mening in de immunologie. 11(4):460-5. DOI: 10.1016/S0952-7915(99)80077-6

+ samenvatting uitvouwen


Tutter, A., McAlpine, GS, Jones, KA Mechanisme van chromatineherkenning en transcriptionele regulatie door LEF-1 en het op Wnt/Wg reagerende LEF-1:beta-cateninecomplex. (1999) Cold Spring Harbor Symposia over kwantitatieve biologie. 64: 445-452.


Garber, ME, Wei, P., Caderas, G., Jones, KA Eiwit- en RNA-affiniteitsselectietechnieken met behulp van HIV-1 Tat. (1999) Methoden in de enzymologie. 306: 352-64.


Herrmann, CH, Carroll, RG, Wei, P., Jones, KA, Rijst, AP Tat-geassocieerde kinase, TAK, activiteit wordt gereguleerd door verschillende mechanismen in perifere bloedlymfocyten en promonocytische cellijnen. (1998) Tijdschrift voor Virologie. 72 (12) 9881-8.

+ samenvatting uitvouwen


Garber, ME, Wei, P., KewalRamani, VN, Mayall, TP, Herrmann, CH, rijst, AP, Littman, DR, Jones, KA De interactie tussen HIV-1 Tat en humaan cycline T1 vereist zink en een kritieke cysteïnerest die niet is geconserveerd in het murine CycT1-eiwit. (1998) Genen en ontwikkeling. 12 (22) 3512-27.

+ samenvatting uitvouwen


Tutter, A., Jones, KA Chemicaliën die DNA-voetafdruk maken: HIV-1 raken in de kleine groef. (1998) Proceedings van de National Academy of Sciences in de Verenigde Staten van Amerika. 95 (22) 12739-41.


Garber, ME, Wei, P., Jones, KA HIV-1 Tat interageert met cycline T1 om het P-TEFb CTD-kinasecomplex naar TAR-RNA te sturen. (1998) Cold Spring Harbor Symposia over kwantitatieve biologie. 63: 371-380.


Wei, P., Garber, ME, Fang, SM, Fischer, WH, Jones, KA Een nieuwe CDK9-geassocieerde C-type cycline interageert direct met HIV-1 Tat en medieert zijn lus-specifieke binding met hoge affiniteit aan TAR RNA. (1998) Cel 92 (4) 451-462.

+ samenvatting uitvouwen


Sheridan, PL, Mayall, TP, Verdin, E., Jones, KA Histon-acetyltransferasen reguleren de HIV-1-versterkeractiviteit in vitro. (1997) Genen en ontwikkeling. 11 (24) 3327-40.

+ samenvatting uitvouwen


Jones, KA Een nieuwe TAK nemen op tat-transactivatie. (1997) Genen en ontwikkeling. 11 (20) 2593-9.


Mayall, TP, Sheridan, PL, Montminy, MR, Jones, KA Verschillende rollen voor P-CREB en LEF-1 bij de assemblage en activering van TCR-alfa-enhancers op chromatine-templates in vitro. (1997) Genen en ontwikkeling. 11 (7) 887-99.

+ samenvatting uitvouwen


Jones, KA Tat eruit halen. (1996) Natuur Biotechnologie. 14(11):1542-3. DOI: 10.1038/nbt1196-1542


Okamoto, H., Sheline, CT, Corden, JL, Jones, KA, Peterlin, BM Transactivering door Tat-eiwit van het humaan immunodeficiëntievirus vereist het C-terminale domein van RNA-polymerase II. (1996) Proceedings van de National Academy of Sciences in de Verenigde Staten van Amerika. 93 (21) 11575-9.

+ samenvatting uitvouwen


Pazin, MJ, Sheridan, PL, Cannon, K., Cao, Z., Keck, JG, Kadonaga, JT, Jones, KA NF-kappa B-gemedieerde chromatine-herconfiguratie en transcriptionele activering van de HIV-1-versterker in vitro. (1996) Genen en ontwikkeling. 10 (1) 37-49.

+ samenvatting uitvouwen


Sheridan, PL, Sheline, CT, Cannon, K., Voz, ML, Pazin, MJ, Kadonaga, JT, Jones, KA Activering van de HIV-1-versterker door het LEF-1 HMG-eiwit op nucleosoom-geassembleerd DNA in vitro. (1995) Genen en ontwikkeling. 9 (17) 2090-104.

+ samenvatting uitvouwen


Lin, Y., Sheridan, PL, Jones, KA, Evans, GA Het HIP116 SNF2/SW12-gerelateerde transcriptiefactorgen (SNF2L3) bevindt zich op menselijk chromosoom 3q25.1-q26.1. (1995) Genomica. 27(2):381-2. DOI: 10.1006/geno.1995.1064


Sheridan, PL, Schorpp, M., Voz, ML, Jones, KA Klonering van een SNF2/SWI2-gerelateerd eiwit dat specifiek bindt aan de SPH-motieven van de SV40-versterker en aan de HIV-1-promoter. (1995) Tijdschrift voor biologische chemie. 270 (9) 4575-87.

+ samenvatting uitvouwen


Jones, KA, Peterlin, BM Controle van RNA-initiatie en verlenging bij de HIV-1-promoter. (1994) Jaaroverzicht van de biochemie. 63:717-43. DOI: 10.1146/annurev.bi.63.070194.003441


Carlsson, P., Waterman, ML, Jones, KA Het hLEF/TCF-1 alfa HMG-eiwit bevat een contextafhankelijk transcriptioneel activeringsdomein dat de TCR alfa-enhancer in T-cellen induceert. (1993) Genen en ontwikkeling. 7(12A):2418-30.

+ samenvatting uitvouwen


Zenzie-Gregory, B., Sheridan, P., Jones, KA, Smale, ST De HIV-1-kernpromotor mist een eenvoudig initiatorelement, maar bevat een bipartiete activator op de transcriptiestartplaats. (1993) Tijdschrift voor biologische chemie. 268 (21) 15823-32.

+ samenvatting uitvouwen


Jones, KA Tat en de HIV-1-promoter. (1993) Huidige mening in celbiologie. 5 (3) 461-8.

+ samenvatting uitvouwen


Sheridan, PL, Sheline, CT, Milocco, LH, Jones, KA Tat en de HIV-1-promoter: een model voor RNA-gemedieerde regulatie van transcriptie (1993) Seminaries in de virologie. 4(1):690808. DOI: 10.1016/1044-5773(93)80010-L

+ samenvatting uitvouwen


Sheline, CT, Milocco, LH, Jones, KA Twee verschillende nucleaire transcriptiefactoren herkennen lus- en uitstulpingsresiduen van de HIV-1 TAR RNA-haarspeld. (1991) Genen en ontwikkeling. 5(12B):2508-20.

+ samenvatting uitvouwen


Waterman, ML, Fischer, WH, Jones, KA Een thymus-specifiek lid van de HMG-eiwitfamilie reguleert de menselijke T-celreceptor C-alfa-enhancer. (1991) Genen en ontwikkeling. 5 (4) 656-69.

+ samenvatting uitvouwen


Waterman, ML, Jones, KA Zuivering van TCF-1 alfa, een T-cel-specifieke transcriptiefactor die de C-alfa-genversterker van de T-celreceptor op een contextafhankelijke manier activeert. (1990) Nieuwe bioloog. 2 (7) 621-636.

+ samenvatting uitvouwen


Jones, KA HIV-transactiverings- en transcriptiecontrolemechanismen. (1989) Nieuwe bioloog. 1 (2) 127-135.

+ samenvatting uitvouwen


Toohey, MG, Jones, KA In vitro vorming van korte RNA-polymerase II-transcripten die eindigen in de HIV-1- en HIV-2-promotor-proximale stroomafwaartse regio's. (1989) Genen en ontwikkeling. 3 (3) 265-82.

+ samenvatting uitvouwen


Jones, KA, Luciw, PA, Duchange, N. Structurele arrangementen van transcriptiecontroledomeinen binnen de 5'-onvertaalde leiderregio's van de HIV-1- en HIV-2-promotors. (1988) Genen en ontwikkeling. 2 (9) 1101-14.

+ samenvatting uitvouwen


Dinter, H., Chiu, R., Imagawa, M., Karin, M., Jones, KA In vitro activering van de HIV-1-versterker in extracten van cellen die zijn behandeld met een forbolester-tumorpromotor. (1987) EMBO-journaal. 6 (13) 4067-71.

+ samenvatting uitvouwen


Jones, KA, Kadonaga, JT, Rosenfeld, PJ, Kelly, TJ, Tjian, R. Een cellulair DNA-bindend eiwit dat eukaryotische transcriptie en DNA-replicatie activeert. (1987) Cel 48 (1) 79-89.

+ samenvatting uitvouwen


Jones, KA, Kadonaga, JT, Luciw, PA, Tjian, R. Activering van de AIDS-retroviruspromotor door de cellulaire transcriptiefactor, Sp1. (1986) Science. 232 (4751) 755-9.

+ samenvatting uitvouwen


Kadonaga, JT, Jones, KA, Tjian, R. Promotorspecifieke activering van RNA-polymerase II-transcriptie door Sp1 (1986) Trends in de biochemische wetenschappen. 11(1):20-23. DOI: 10.1016/0968-0004(86)90226-4

+ samenvatting uitvouwen


Jones, KA, Tjian, R. Sp1 bindt zich aan promotorsequenties en activeert in vitro de 'onmiddellijk vroege' gentranscriptie van het herpes simplex-virus. (1985) Natuur. 317 (6033) 179-82.

+ samenvatting uitvouwen


Jones, KA, Yamamoto, KR, Tjian, R. Twee verschillende transcriptiefactoren binden in vitro aan de HSV-thymidinekinasepromoter. (1985) Cel 42 (2) 559-72.

+ samenvatting uitvouwen


Jones, KA, Myers, RM, Tjian, R. Mutatie-analyse van apenvirus 40 grote T-antigeen DNA-bindingsplaatsen. (1984) EMBO-journaal. 3 (13) 3247-55.

+ samenvatting uitvouwen


Jones, KA, Tjian, R. Essentiële contactresiduen binnen SV40 grote T-antigeenbindingsplaatsen I en II geïdentificeerd door alkyleringsinterferentie. (1984) Cel 36 (1) 155-62.

+ samenvatting uitvouwen


Educatie

PhD, Biochemie, Universiteit van Californië, Riverside
Postdoctoraal onderzoek, Universiteit van Californië, Berkeley