Graham McVicker, doctorado

Profesor adjunto
Laboratorio de Genética
Laboratorio de Biología Integrativa

Instituto Salk de Estudios Biológicos - Publicaciones

todas las publicaciones


Zhou, JL, de Guglielmo, G., Ho, AJ, Kallupi, M., Pokhrel, N., Li, HR, Chitré, AS, Munro, D., Mohammadi, P., Carrette, LLG, George, O. , Palmer, AA, McVicker, G., Telese, F. La genómica de un solo núcleo en ratas consanguíneas con comportamientos divergentes similares a la adicción a la cocaína revela cambios en la inhibición del gen GABAérgico de la amígdala. (2023) Neurociencia de la naturaleza. DOI: 10.1038 / s41593-023-01452-y

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Zhou, J., Guruvayurappan, K., Chen, HV, Chen, AR, McVicker, G. El análisis de todo el genoma de las perturbaciones CRISPR indica que los potenciadores actúan de forma multiplicativa y sin interacciones de tipo epistático. (2023) bioRxiv. DOI: 10.1101 / 2023.04.26.538501

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Chen, HV, Lorenzini, MH, Lavalle, SN, Sajeev, K., Fonseca, A., Fiaux, PC, Sen, A., Luthra, I., Ho, AJ, Chen, AR, Guruvayurappan, K., O 'Connor, C., McVicker, G. El mapeo de eliminación de elementos reguladores para GATA3 en células T revela un potenciador distal involucrado en enfermedades alérgicas. (2023) Revista americana de genética humana. DOI: 10.1016/j.ajhg.2023.03.008

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Xu, Z., Lee, DS, Chandran, S., Le, VT, Bump, R., Yasis, J., Dallarda, S., Marcotte, S., Clock, B., Haghani, N., Cho, CY, Akdemir, KC, Tyndale, S., Futreal, Pensilvania, McVicker, G., Wahl, GM, Dixon, JR Las variantes estructurales impulsan la activación del oncogén dependiente del contexto en el cáncer. (2022) Naturaleza. DOI: 10.1038/s41586-022-05504-4

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Chen, PB, Fiaux, PC, Zhang, K., Li, B., Kubo, N., Jiang, S., Hu, R., Rooholfada, E., Wu, S., Wang, M., Wang, W, McVicker, G., Mischel, PS, Ren, B. Descubrimiento sistemático y disección funcional de potenciadores necesarios para la aptitud y proliferación de células cancerosas. (2022) Informes de celda. 41(6):111630. DOI: 10.1016/j.celrep.2022.111630

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Sen, A., Huo, Y., Elster, J., Zage, PE, McVicker, G. La expresión específica de alelo revela genes con alteraciones reguladoras cis recurrentes en neuroblastoma de alto riesgo. (2022) Biología del genoma. 23(1):71. DOI: 10.1186/s13059-022-02640-y

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Sen, A., Prager, BC, Zhong, C., Park, D., Zhu, Z., Gimple, RC, Wu, Q., Bernatchez, JA, Beck, S., Clark, AE, Siqueira-Neto, JL, Rich, JN, McVicker, G. Aprovechamiento de la expresión específica de alelo para el descubrimiento de genes de respuesta terapéutica en glioblastoma. (2021) Investigación sobre el cáncer. DOI: 10.1158/0008-5472.CAN-21-0810

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Massarat, AR, Sen, A., Jaureguy, J., Tyndale, ST, Fu, Y., Erikson, G., McVicker, G. Descubrimiento de variantes de un solo nucleótido e indeles de ATAC-seq a granel y de una sola célula. (2021) Investigación de ácidos nucleicos. DOI: 10.1093/nar/gkab621

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Fiaux, PC, Chen, HV, Chen, PB, Chen, AR, McVicker, G. Descubriendo secuencias funcionales con RELICS, un método de análisis para pantallas CRISPR. (2020) PLOS Biología Computacional. 16(9):e1008194. DOI: 10.1371/diario.pcbi.1008194

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Nott, A., Holtman, IR, Coufal, NG, Schlachetzki, JCM, Yu, M., Hu, R., Han, CZ, Pena, M., Xiao, J., Wu, Y., Keulen, Z. , Pasillas, MP, O'Connor, C., Nickl, CK, Schafer, ST, Shen, Z., Rissman, RA, Brewer, JB, Gosselin, D., Gonda, DD, Levy, ML, Rosenfeld, MG, McVicker, G., Gage, FH, Ren, B., Vidrio, CK Mapas de interactoma potenciador-promotor específico de tipo de célula cerebral y asociación de riesgo de enfermedad. (2019) Ciencia. 366 (6469): 1134-1139. DOI: 10.1126/ciencia.aay0793

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Schmiedel, BJ, Singh, D., Madrigal, A., Valdovino-Gonzalez, AG, White, BM, Zapardiel-Gonzalo, J., Ha, B., Altay, G., Greenbaum, JA, McVicker, G., Seumois, G., Rao, A., Kronenberg, M., Peters, B., Vijayanand, P. Impacto de los polimorfismos genéticos en la expresión génica de células inmunitarias humanas. (2018) Cell. DOI: 10.1016/j.cell.2018.10.022

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Martin, RL, Maiorano, J., Beitel, GJ, Marko, JF, McVicker, G., Fondufe-Mittendorf, YN Una comparación de la organización de nucleosomas en líneas celulares de Drosophila. (2017) Más uno. 12(6):e0178590. DOI: 10.1371/journal.pone.0178590

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Elyashiv, E., Sattath, S., Hu, TT, Strutsovsky, A., McVicker, G., Andolfatto, P., Coop, G., Sella, G. Un mapa genómico de los efectos de la selección vinculada en Drosophila. (2016) Genética PLOS. 12(8):e1006130. DOI: 10.1371/journal.pgen.1006130

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van de Geijn, B.*, McVicker, G.*, Gilad, Y., Pritchard, JK WASP: software específico de alelo para el descubrimiento robusto de locus de rasgos cuantitativos moleculares. (2015) Métodos de la naturaleza. 12(11):1061-1063. DOI: 10.1038/nmet.3582

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Banovich, NE, Lan, X., McVicker, G., van de Geijn, B., Degner, JF, Blischak, JD, Roux, J., Pritchard, JK, Gilad, Y. Los QTL de metilación están asociados con cambios coordinados en la unión del factor de transcripción, modificaciones de histonas y niveles de expresión génica. (2014) Genética PLOS. 10(9):e1004663. DOI: 10.1371/journal.pgen.1004663

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Nalabothula, N.*, McVicker, G.*, Maiorano, J., Martin, R., Pritchard, JK, Fondufe-Mittendorf, YN Las proteínas arquitectónicas de la cromatina HMGD1 y H1 se unen recíprocamente y tienen efectos opuestos sobre la estructura de la cromatina y la regulación génica. (2014) BMC Genómica. 15:92. DOI: 10.1186/1471-2164-15-92

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Raj, A., McVicker, G. El genoma muestra su lado sensible. (2014) Métodos de la naturaleza. 11(1):39-40. DOI: 10.1038/nmet.2770


McVicker, G.*, van de Geijn, B.*, Degner, JF, Cain, CE, Banovich, NE, Raj, A., Lewellen, N., Myrthil, M., Gilad, Y., Pritchard, JK Identificación de variantes genéticas que afectan a las modificaciones de histonas en células humanas. (2013) Ciencia. 342 (6159): 747-9. DOI: 10.1126/ciencia.1242429

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Gaffney, DJ*, McVicker, G.*, Pai, AA, Fondufe-Mittendorf, YN, Lewellen, N., Michelini, K., Widom, J., Gilad, Y., Pritchard, JK Controles de posicionamiento de nucleosomas en el genoma humano. (2012) Genética PLOS. 8(11):e1003036. DOI: 10.1371/journal.pgen.1003036

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Jorge, RD, McVicker, G., Diederich, R., Ng, SB, MacKenzie, AP, Swanson, WJ, Shendure, J., Thomas, JH La captura transgenómica y la secuenciación de exomas de primates revela nuevos objetivos de selección positiva. (2011) Investigación del genoma. 21(10):1686-1694. DOI: 10.1101/gr.121327.111

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D'Souza, CA, Kronstad, JW, Taylor, G., Warren, R., Yuen, M., Hu, G., Jung, WH, Sham, A., Kidd, SE, Tangen, K., Lee, N., Zeilmaker, T., Sawkins, J., McVicker, G., Shah, S., Gnerre, S., Griggs, A., Zeng, Q., Bartlett, K., Li, W., Wang, X., Heitman, J., Stajich, JE, Fraser, JA, Meyer , W., Carter, D., Schein, J., Krzywinski, M., Kwon-Chung, KJ, Varma, A., Wang, J., Brunham, R., Fyfe, M., Ouellette, BF, Siddiqui , A., Marra, M., Jones, S., Holt, R., Birren, BW, Galagan, JE, Cuomo, CA Variación del genoma en Cryptococcus gattii, un patógeno emergente de huéspedes inmunocompetentes. (2011) MBío. 2(1):e00342-10. DOI: 10.1128/mBio.00342-10

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McVicker, G., verde, p. Firmas genómicas de la expresión génica de la línea germinal. (2010) Investigación del genoma. 20(11):1503-1511. DOI: 10.1101/gr.106666.110

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McVicker, G., Gordon, D., Davis, C., Green, P. Firmas genómicas generalizadas de la selección natural en la evolución de los homínidos. (2009) Genética PLOS. 5(5):e1000471. DOI: 10.1371/journal.pgen.1000471

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Hubbard, T., Andrews, D., Caccamo, M., Cameron, G., Chen, Y., Clamp, M., Clarke, L., Coates, G., Cox, T., Cunningham, F., Curwen, V., Cutts, T., Down, T., Durbin, R., Fernandez-Suarez, XM, Gilbert, J., Hammond, M., Herrero, J., Hotz, H., Howe, K. , Iyer, V., Jekosch, K., Kahari, A., Kasprzyk, A., Keefe, D., Keenan, S., Kokocinsci, F., London, D., Longden, I., McVicker, G., Melsopp, C., Meidl, P., Potter, S., Proctor, G., Rae, M., Rios, D., Schuster, M., Searle, S., Severin, J., Slater, G. , Smedley, D., Smith, J., Spooner, W., Stabenau, A., Stalker, J., Storey, R., Trevanion, S., Ureta-Vidal, A., Vogel, J., White, S., Woodwark, C., Birney, E. Conjunto 2005. (2005) Investigación de ácidos nucleicos. 33 (Base de datos i):D447-D453. DOI: 10.1093/nar/gki138

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Stabenau, A., McVicker, G., Melsopp, C., Proctor, G., Clamp, M., Birney, E. Las bibliotecas de software básico de Ensembl. (2004) Investigación del genoma. 14(5):929-933. DOI: 10.1101/gr.1857204

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Birney, E., Andrews, TD, Bevan, P., Caccamo, M., Chen, Y., Clarke, L., Coates, G., Cuff, J., Curwen, V., Cutts, T., Down , T., Eyras, E., Fernandez-Suarez, XM, Gane, P., Gibbins, B., Gilbert, J., Hammond, M., Hotz, HR, Iyer, V., Jekosch, K., Kahari , A., Kasprzyk, A., Keefe, D., Keenan, S., Lehvaslaiho, H., McVicker, G., Melsopp, C., Meidl, P., Mongin, E., Pettett, R., Potter, S., Proctor, G., Rae, M., Searle, S., Slater, G., Smedley, D. , Smith, J., Spooner, W., Stabenau, A., Stalker, J., Storey, R., Ureta-Vidal, A., Woodwark, KC, Cameron, G., Durbin, R., Cox, A ., Hubbard, T., Abrazadera, M. Una visión general de Ensembl. (2004) Investigación del genoma. 14(5):925-8. DOI: 10.1101/gr.1860604

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Birney, E., Andrews, D., Bevan, P., Caccamo, M., Cameron, G., Chen, Y., Clarke, L., Coates, G., Cox, T., Cuff, J., Curwen, V., Cutts, T., Down, T., Durbin, R., Eyras, E., Fernandez-Suarez, XM, Gane, P., Gibbins, B., Gilbert, J., Hammond, M. , Hotz, H., Iyer, V., Kahari, A., Jekosch, K., Kasprzyk, A., Keefe, D., Keenan, S., Lehvaslaiho, H., McVicker, G., Melsopp, C., Meidl, P., Mongin, E., Pettett, R., Potter, S., Proctor, G., Rae, M., Searle, S., Slater, G., Smedley, D. , Smith, J., Spooner, W., Stabenau, A., Stalker, J., Storey, R., Ureta-Vidal, A., Woodwark, C., Clamp, M., Hubbard, T. Conjunto 2004. (2004) Investigación de ácidos nucleicos. 32 (Base de datos i):D468-D470. DOI: 10.1093/nar/gkh038

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Sha, SP, McVicker, médico de cabecera, Mackworth, AK, Rogic, S., Ouellette, BF GeneComber: combinación de resultados de programas de predicción de genes para obtener mejores resultados. (2003) Bioinformática. 19 (10): 1296 1297-.

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Educación

Licenciatura en Ciencias de la Computación, Universidad de Columbia Británica
PhD, Ciencias del Genoma, Universidad de Washington
Becaria Postdoctoral, Universidad de Chicago
Becaria Postdoctoral, Universidad de Stanford


Premios y honores

  • Premio al Innovador Genómico del Instituto Nacional de Investigación del Genoma Humano, 2021
  • Premio de viaje para estudiantes graduados de la Sociedad de Biología Molecular y Evolución, 2009
  • Beca de posgrado del Consejo de Investigación de Ciencias Naturales e Ingeniería, 2005
  • Beca de Iniciativa para Estudiantes Sobresalientes de la Universidad de Columbia Británica, 1997