Julie Law, PhD

Professor adjunto

Laboratório de Biologia Molecular e Celular Vegetal

julie lei
Instituto Salk de Estudos Biológicos - Publicações

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Xu, G., Chen, Y., Martins, LM, Li, E., Wang, F., Magana, T., Ruan, J., Direito, J.A. Os fatores de transcrição instruem os padrões de metilação do DNA nos tecidos reprodutivos das plantas. (2025) Natureza Biologia Celular. DOI: 10.1038/s41556-025-01808-5

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Raeisi Dehkordi, S., Wong, IT, Ni, J., Luebeck, J., Zhu, K., Prasad, G., Krockenberger, L., Xu, G., Chowdhury, B., Rajkumar, U., Caplin, A., Muliaditan, D., Gnanasekar, A., Coruh, C., Jin, Q., Turner, K., Teo, SX, Pang, AWC, Alexandrov, LB, Chua, CEL, Furnari, FB, Maciejowski, J., Paulson, TG, Direito, J.A., Chang, HY, Yue, F., DasGupta, R., Zhao, J., Mischel, PS, Bafna, V. Os ciclos de fusão de quebra de pontes geram alto número de oncogenes com heterogeneidade intratumoral moderada. (2025) Nature Communications. 16(1):1497. DOI: 10.1038/s41467-025-56670-8

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Miller, CN, Jarrell-Hurtado, S., Haag, MV, Sara Ye, Y., Simenc, M., Alvarez-Maldonado, P., Behnami, S., Zhang, L., Swift, J., Papikian, A., Yu, J., Colt, K., Ecker, JR, Michael, TP, Direito, J.A., Busch, W. Um censo do transcriptoma de núcleo único da raiz em maturação de Arabidopsis identifica que MYB67 controla a maturação das células do felema. (2025) célula de desenvolvimento. DOI: 10.1016/j.devcel.2024.12.025

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Felgines, L., Rymen, B., Martins, LM, Xu, G., Matteoli, C., Himber, C., Zhou, M., Eis, J., Coruh, C., Böhrer, M., Kuhn, L., Chicher, J., Pandey, V., Hammann, P., Wohlschlegel, J., Waltz, F., Direito, J.A., Blevins, T. O encaixe do CLSY na Pol IV requer um domínio conservado essencial para a biogênese de pequenos RNAs e o silenciamento do transposon. (2024) Nature Communications. 15(1):10298. DOI: 10.1038/s41467-024-54268-0

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Xu, G., Direito, J.A. Loops, crosstalk e compartimentalização: são necessárias muitas camadas para regular a metilação do DNA. (2024) Opinião atual em Genética e Desenvolvimento. 84:102147. DOI: 10.1016/j.gde.2023.102147

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Dehkordi, SR, Wong, IT, Ni, J., Luebeck, J., Zhu, K., Prasad, G., Krockenberger, L., Xu, G., Chowdhury, B., Rajkumar, U., Caplin, A., Muliaditan, D., Coruh, C., Jin, Q., Turner, K., Teo, SX, Pang, AWC, Alexandrov, LB, Chua, C.E.L., Furnari, FB, Paulson, TG, Direito, J.A., Chang, HY, Yue, F., DasGupta, R., Zhao, J., Mischel, PS, Bafna, V. Os ciclos de pontes de fusão quebradas geram um alto número de cópias do oncogene, mas não a heterogeneidade genética intratumoral ou a rápida mudança do genoma do câncer. (2023) bioRxiv. DOI: 10.1101 / 2023.12.12.571349

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Martins, L. M., Direito, J.A. Alvos móveis: Mecanismos que regulam a produção de siRNA e metilação do DNA durante o desenvolvimento das plantas. (2023) Opinião atual em biologia vegetal. 75:102435. DOI: 10.1016/j.pbi.2023.102435

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Hung, KL, Luebeck, J., Dehkordi, SR, Colón, CI, Li, R., Wong, IT, Coruh, C., Dharanipragada, P., Lomeli, SH, Weiser, NE, Moriceau, G., Zhang , X., Bailey, C., Houlahan, KE, Yang, W., González, RC, Swanton, C., Curtis, C., Jamal-Hanjani, M., Henssen, AG, Direito, J.A., Greenleaf, WJ, Lo, RS, Mischel, PS, Bafna, V., Chang, HY Perfil direcionado de DNA extracromossômico humano por CRISPR-CATCH. (2022) Genética da Natureza. DOI: 10.1038/s41588-022-01190-0

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Gabrieli, T., Michaeli, Y., Avraham, S., Torchinsky, D., Margalit, S., Schütz, L., Juhasz, M., Coruh, C., Arbib, N., Zhou, ZS, Direito, J.A., Weinhold, E., Ebenstein, Y. Rotulagem quimioenzimática de padrões de metilação de DNA para mapeamento epigenético de molécula única. (2022) Pesquisa de Ácidos Nucleicos. DOI: 10.1093/nar/gkac460

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Zhou, M., Coruh, C., Xu, G., Martins, LM, Bourbousse, C., Lambolez, A., Direito, J.A. A família CLASSY controla os padrões de metilação do DNA específicos do tecido em Arabidopsis. (2022) Nature Communications. 13(1):244. DOI: 10.1038/s41467-021-27690-x

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Luebeck, J., Coruh, C., Dehkordi, SR, Lange, JT, Turner, KM, Deshpande, V., Pai, DA, Zhang, C., Rajkumar, U., Direito, J.A., Mischel, PS, Bafna, V. AmpliconReconstructor integra NGS e mapeamento óptico para resolver as estruturas complexas de amplificações focais. (2020) Nature Communications. 11(1):4374. DOI: 10.1038/s41467-020-18099-z

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Wu, S., Turner, KM, Nguyen, N., Raviram, R., Erb, M., Santini, J., Luebeck, J., Rajkumar, U., Diao, Y., Li, B., Zhang , W., Jameson, N., Corces, MR, Granja, JM, Chen, X., Coruh, C., Abnousi, A., Houston, J., Ye, Z., Hu, R., Yu, M ., Kim, H., Direito, J.A., Verhaak, RGW, Hu, M., Furnari, FB, Chang, HY, Ren, B., Bafna, V., Mischel, PS O ecDNA circular promove cromatina acessível e alta expressão oncogênica. (2019) Natureza. 575(7784):699-703. DOI: 10.1038/s41586-019-1763-5

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Argueso, CT, Assmann, SM, Birnbaum, KD, Chen, S., Dinneny, JR, Doherty, CJ, Eveland, AL, Friesner, J., Greenlee, VR, Direito, J.A., Marshall-Colón, A., Mason, GA, O'Lexy, R., Peck, SC, Schmitz, RJ, Song, L., Stern, D., Varagona, MJ, Walley, JW, Williams, CM Direções para pesquisa e treinamento em fitomics: Big Questions e Big Data. (2019) Planta Direta. 3(4):e00133. DOI: 10.1002/pld3.133

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Bourbousse, C., Vegesna, N., Direito, J.A. O ativador SOG1 e os repressores MYB3R regulam uma complexa rede de danos ao DNA em . (2018) Anais da Academia Nacional de Ciências dos Estados Unidos da América. DOI: 10.1073 / pnas.1810582115

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Zhou, M., Palanca, AMS, Direito, J.A. Controle específico do locus da via de metilação do DNA de novo em Arabidopsis pela família CLASSY. (2018) Genética da Natureza. 50(6). DOI: 10.1038/s41588-018-0115-y

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Li, D., Palanca, AMS, Won, SY, Gao, L., Feng, Y., Vashisht, AA, Liu, L., Zhao, Y., Liu, X., Wu, X., Li, S ., Le, B., Kim, YJ, Yang, G., Li, S., Liu, J., Wohlschlegel, JA, Guo, H., Mo, B., Chen, X., Direito, J.A. O complexo MBD7 promove a expressão de transgenes metilados sem alterar significativamente seu status de metilação. (2017) Vida. 6. DOI: 10.7554/eLife.19893

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Zhou, M., Direito, J.A. RNA Pol IV e V no silenciamento de genes: polimerases rebeldes evoluindo fora das regras de Pol II. (2015) Opinião atual em biologia vegetal. 27:154-64. DOI: 10.1016/j.pbi.2015.07.005

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Direito, J.A., Du, J., Hale, CJ, Feng, S., Krajewski, K., Palanca, AM, Strahl, BD, Patel, DJ, Jacobsen, SE A ocupação da polimerase IV nos locais de metilação do DNA dirigidos por RNA requer SHH1. (2013) Natureza. 498(7454):385-9. DOI: 10.1038/nature12178

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Zhong, X., Hale, CJ, Direito, J.A., Johnson, LM, Feng, S., Tu, A., Jacobsen, SE O complexo DDR facilita a associação global da RNA polimerase V aos promotores e transposons evolutivamente jovens. (2012) Natureza Biologia Molecular e Estrutural. 19(9):870-5. DOI: 10.1038/nsmb.2354

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Direito, J.A., Vashisht, AA, Wohlschlegel, JA, Jacobsen, SE SHH1, uma proteína do homeodomínio necessária para a metilação do DNA, bem como RDR2, RDM4 e fatores de remodelação da cromatina, associados à RNA polimerase IV. (2011) Genética PLOS. 7(7):e1002195. DOI: 10.1371/journal.pgen.1002195

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Greenberg, MV, Ausin, I., Chan, SW, Cokus, SJ, Cuperus, JT, Feng, S., Direito, J.A., Chu, C., Pellegrini, M., Carrington, JC, Jacobsen, SE Identificação de genes necessários para a metilação de novo do DNA em Arabidopsis. (2011) Epigenética. 6 (3): 344-54.

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Rajakumara, E., Direito, J.A., Simanshu, DK, Voigt, P., Johnson, LM, Reinberg, D., Patel, DJ, Jacobsen, SE Um mecanismo flip-out duplo para reconhecimento de 5mC pelo domínio Arabidopsis SUVH5 SRA e seu impacto na metilação do DNA e na dimetilação H3K9 in vivo. (2011) Genes e desenvolvimento. 25(2):137-52. DOI: 10.1101/gad.1980311

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Guo, L., Yu, Y., Direito, J.A., Zhang, X. SET DOMAIN GROUP2 é a principal histona H3 lisina [corrigida] 4 trimetiltransferase em Arabidopsis. (2010) Anais da Academia Nacional de Ciências dos Estados Unidos da América. 107(43):18557-62. DOI: 10.1073/pnas.1010478107

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Direito, J.A., Ausin, I., Johnson, LM, Vashisht, AA, Zhu, JK, Wohlschlegel, JA, Jacobsen, SE Um complexo proteico necessário para transcrições da polimerase V e metilação do DNA dirigida por RNA em Arabidopsis. (2010) Biologia atual. 20(10):951-6. DOI: 10.1016/j.cub.2010.03.062

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Direito, J.A., Jacobsen, SE Estabelecer, manter e modificar os padrões de metilação do DNA em plantas e animais. (2010) Nature Reviews Genética. 11(3):204-20. DOI: 10.1038/nrg2719

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Direito, J.A., Jacobsen, SE Biologia molecular. Metilação dinâmica do DNA. (2009) Ciência. 323(5921):1568-9. DOI: 10.1126/science.1172782


Johnson, LM, Direito, J.A., Khattar, A., Henderson, IR, Jacobsen, SE Proteínas de domínio SRA necessárias para metilação de DNA de novo mediada por DRM2. (2008) Genética PLOS. 4(11):e1000280. DOI: 10.1371/journal.pgen.1000280

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Direito, J.A., O'Hearn, SF, Sollner-Webb, B. A proteína de edição de RNA do Trypanosoma brucei TbMP42 (banda VI) é crucial para as clivagens endonucleolíticas, mas não para as etapas subsequentes de deleção e inserção de U. (2008) RNA. 14(6):1187-200. DOI: 10.1261/rna.899508

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Direito, J.A., O'Hearn, S., Sollner-Webb, B. Na edição de RNA do Trypanosoma brucei, TbMP18 (banda VII) é crítico para a integridade do editossoma e para clivagens de inserção e deleção. (2007) Biologia Molecular e Celular. 27(2):777-87. DOI: 10.1128/MCB.01460-06

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Zhelonkina, AG, O'Hearn, SF, Direito, J.A., Cruz-Reyes, J., Huang, CE, Alatortsev, VS, Sollner-Webb, B. Edição de RNA de T. brucei: ação da U-insercional TUTase dentro de um ciclo de U-deleção. (2006) RNA. 12(3):476-87. DOI: 10.1261/rna.2243206

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Direito, J.A., Huang, CE, O'Hearn, SF, Sollner-Webb, B. Na edição do RNA do Trypanosoma brucei, a banda II permite o reconhecimento especificamente em cada etapa do ciclo de inserção do U. (2005) Biologia Molecular e Celular. 25(7):2785-94. DOI: 10.1128/MCB.25.7.2785-2794.2005

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Educação

BS, Bioquímica e Biofísica, Oregon State University
PhD, Bioquímica, Johns Hopkins University School of Medicine
Pós-doutorado, Universidade da Califórnia, Los Angeles


Prêmios e homenagens

  • Prêmio Acadêmico Rita Allen, 2015
  • Prêmio do Serviço Nacional de Pesquisa Ruth L. Kirschstein, Institutos Nacionais de Saúde, 2007
  • Bolsista de verão do Howard Hughes Medical Institute, Oregon State University, 2000