Jesse Dixon, MD, PhD

Professor adjunto

Laboratório de Expressão Gênica

Cadeira de Desenvolvimento Helen McLoraine

Jesse Dixon
Instituto Salk de Estudos Biológicos - Publicações

todas as publicações


Popay, TM, Pant, A., Munting, F., Tastemel, M., Black, ME, Haghani, N., Dixon, Jr. A depleção aguda de NIPBL revela a dinâmica in vivo da extrusão de alças e seu papel na ativação da transcrição. (2026) Genética da Natureza. DOI: 10.1038 / s41588-026-02516-y

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Zhou, J., Wu, Y., Liu, H., Tian, W., Castanon, RG, Bartlett, A., Zhang, Z., Yao, G., Shi, D., Clock, B., Marcotte, S., Nery, JR, Liem, M., Claffey, N., Boggeman, L., Barragan, C., Drigo, RAE, Weimer, AK, Shi, M., Cooper-Knock, J., Zhang, S., Snyder, MP, Preissl, S., Ren, B., O'Connor, C., Chen, S., Luo, C., Dixon, Jr., Ecker, JR Atlas unicelular do corpo humano da organização do genoma 3D e metilação do DNA. (2025) bioRxiv. DOI: 10.1101 / 2025.03.23.644697

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Ashkin, EL, Tang, YJ, Xu, H., Hung, KL, Belk, JA, Cai, H., Lopez, SS, Dolcen, DN, Hebert, JD, Li, R., Ruiz, PA, Keal, T ., Andrejka, L., Chang, HY, Petrov, DA, Dixon, Jr., Xu, Z., Winslow, MM Um eixo STAG2-PAXIP1/PAGR1 suprime a tumorigênese pulmonar. (2025) Revista de Medicina Experimental. 222(1). DOI: 10.1084/jem.20240765

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Heffel, MG, Zhou, J., Zhang, Y., Lee, DS, Hou, K., Pastor-Alonso, O., Abuhanna, KD, Galasso, J., Kern, C., Tai, CY, Garcia- Padilla, C., Nafisi, M., Zhou, Y., Schmitt, AD, Li, T., Haeussler, M., Wick, B., Zhang, MJ, Xie, F., Ziffra, RS, Mukamel, EA , Eskin, E., Nowakowski, TJ, Dixon, Jr., Pasaniuc, B., Ecker, JR, Zhu, Q., Bintu, B., Paredes, MF, Luo, C. Dinâmica multiômica 3D temporalmente distinta no cérebro humano em desenvolvimento. (2024) Natureza. DOI: 10.1038/s41586-024-08030-7

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Liu, H., Zeng, Q., Zhou, J., Bartlett, A., Wang, BA, Berube, P., Tian, ​​W., Kenworthy, M., Altshul, J., Nery, JR, Chen, H., Castanon, RG, Zu, S., Li, YE, Lucero, J., Osteen, JK, Pinto-Duarte, A., Lee, J., Rink, J., Cho, S., Emerson, N ., Nunn, M., O'Connor, C., Wu, Z., Stoica, I., Yao, Z., Smith, KA, Tasic, B., Luo, C., Dixon, Jr., Zeng, H., Ren, B., Behrens, MM, Ecker, JR. Metilome de DNA unicelular e atlas multiômico 3D do cérebro de camundongo adulto. (2023) Natureza. 624(7991):366-377. DOI: 10.1038/s41586-023-06805-y

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Liu, Z., Lee, DS, Liang, Y., Zheng, Y., Dixon, Jr. Foxp3 orquestra a reorganização da arquitetura da cromatina para estabelecer a identidade regulatória das células T. (2023) Nature Communications. 14(1):6943. DOI: 10.1038/s41467-023-42647-y

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Chapman, OS, Luebeck, J., Sridhar, S., Wong, IT, Dixit, D., Wang, S., Prasad, G., Rajkumar, U., Pagadala, MS, Larson, JD, He, BJ, Hung, KL, Lange, JT, Dehkordi, SR, Chandran, S., Adam, M., Morgan, L., Wani, S., Tiwari, A., Guccione, C., Lin, Y., Dutta, A. ., Lo, YY, Juarez, E., Robinson, JT, Korshunov, A., Michaels, JA, Cho, YJ, Malicki, DM, Coufal, NG, Levy, ML, Hobbs, C., Scheuermann, RH, Crawford , JR, Pomeroy, SL, Rico, JN, Zhang, X., Chang, HY, Dixon, Jr., Bagchi, A., Deshpande, AJ, Carter, H., Fraenkel, E., Mischel, PS, Wechsler-Reya, RJ, Bafna, V., Mesirov, JP, Chavez, L. DNA extracromossômico circular promove heterogeneidade tumoral em meduloblastoma de alto risco. (2023) Genética da Natureza. DOI: 10.1038/s41588-023-01551-3

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Okonechnikov, K., Camgöz, A., Chapman, O., Wani, S., Park, DE, Hübner, JM, Chakraborty, A., Pagadala, M., Bump, R., Chandran, S., Kraft, K., Acuna-Hidalgo, R., Reid, D., Sikkink, K., Mauermann, M., Juarez, EF, Jenseit, A., Robinson, JT, Pajtler, KW, Milde, T., Jäger, N ., Fiesel, P., Morgan, L., Sridhar, S., Coufal, NG, Levy, M., Malicki, D., Hobbs, C., Kingsmore, S., Nahas, S., Snuderl, M. , Crawford, J., Wechsler-Reya, RJ, Davidson, TB, Cotter, J., Michaiel, G., Fleischhack, G., Mundlos, S., Schmitt, A., Carter, H., Michealraj, KA, Kumar, SA, Taylor, MD, Rich, J., Buchholz, F., Mesirov, JP, Pfister, SM, Ay, F., Dixon, Jr., Kool, M., Chávez, L. O mapeamento do genoma 3D identifica conformações cromossômicas específicas de subgrupos e genes de dependência tumoral no ependimoma. (2023) Nature Communications. 14(1):2300. DOI: 10.1038/s41467-023-38044-0

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Liu, H., Zeng, Q., Zhou, J., Bartlett, A., Wang, BA, Berube, P., Tian, ​​W., Kenworthy, M., Altshul, J., Nery, JR, Chen, H., Castanon, RG, Zu, S., Li, YE, Lucero, J., Osteen, JK, Pinto-Duarte, A., Lee, J., Rink, J., Cho, S., Emerson, N ., Nunn, M., O'Connor, C., Yao, Z., Smith, KA, Tasic, B., Zeng, H., Luo, C., Dixon, Jr., Ren, B., Behrens, MM, Ecker, JR Metiloma de DNA de célula única e Atlas Multi-ômico 3D do Cérebro de Camundongo Adulto. (2023) bioRxiv. DOI: 10.1101 / 2023.04.16.536509

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Liu, Z., Lee, DS, Liang, Y., Zheng, Y., Dixon, Jr. Foxp3 orquestra a reorganização da arquitetura da cromatina para estabelecer a identidade regulatória das células T. (2023) bioRxiv. DOI: 10.1101 / 2023.02.22.529589

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Xu, Z., Lee, DS, Chandran, S., Le, VT, Bump, R., Yasis, J., Dallarda, S., Marcotte, S., Clock, B., Haghani, N., Cho, CY, Akdemir, KC, Tyndale, S., Futreal, PA, McVicker, G., Wahl, GM, Dixon, Jr. Variantes estruturais conduzem a ativação de oncogenes dependentes de contexto no câncer. (2022) Natureza. DOI: 10.1038/s41586-022-05504-4

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Shah, R., Gallardo, CM, Jung, YH, Relógio, B., Dixon, Jr., McFadden, WM, Majumder, K., Pintel, DJ, Corces, VG, Torbett, BE, Tedbury, PR, Sarafianos, SG A ativação de provírus HIV-1 aumenta a acessibilidade à cromatina a jusante. (2022) iCiência. 25(12):105490. DOI: 10.1016/j.isci.2022.105490

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Popay, TM, Dixon, Jr. Coming full circle: sobre a origem e evolução do modelo de looping para comunicação intensificador-promotor. (2022) Jornal de Química Biológica.:102117 DOI: 10.1016/j.jbc.2022.102117

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Luo, C., Liu, H., Xie, F., Armand, EJ, Siletti, K., Bakken, TE, Fang, R., Doyle, WI, Stuart, T., Hodge, RD, Hu, L. , Wang, BA, Zhang, Z., Preissl, S., Lee, DS, Zhou, J., Niu, SY, Castanon, R., Bartlett, A., Rivkin, A., Wang, X., Lucero, J., Nery, JR, Davis, DA, Mash, DC, Satija, R., Dixon, Jr., Linnarsson, S., Lein, E., Behrens, MM, Ren, B., Mukamel, EA, Ecker, JR A multi-ômica de núcleo único identifica a diversidade do genoma regulador da célula cortical humana. (2022) Genoma Celular. 2(3). DOI: 10.1016/j.xgen.2022.100107

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Liu, H., Zhou, J., Tian, ​​W., Luo, C., Bartlett, A., Aldridge, A., Lucero, J., Osteen, JK, Nery, JR, Chen, H., Rivkin, A., Castanon, RG, Clock, B., Li, YE, Hou, X., Poirion, OB, Preissl, S., Pinto-Duarte, A., O'Connor, C., Boggeman, L., Fitzpatrick , C., Nunn, M., Mukamel, EA, Zhang, Z., Callaway, EM, Ren, B., Dixon, Jr., Behrens, MM, Ecker, JR Atlas de metilação do DNA do cérebro do camundongo em resolução de célula única. (2021) Natureza. 598(7879):120-128. DOI: 10.1038/s41586-020-03182-8

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Canção, F., Xu, J., DIXON, J., Yue, F. Análise de dados Hi-C para descoberta de variações estruturais no câncer. (2021) Métodos em Biologia Molecular. 2301:143-161. DOI: 10.1007/978-1-0716-1390-0_7

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Reid, DA, Reed, PJ, Schlachetzki, JCM, Nitulescu, II, Chou, G., Tsui, Chandran, S., Jones, JR, Lu, AT, McClain, CA, Ooi, JH, Wang, TW, Lana, Linker, SB, Ricciardulli, AS, Lau, S., Schafer, S., Horvath, S., Dixon, Jr., Hah, N., Vidro, CK, Gage, FH A incorporação de um análogo de nucleosídeo mapeia os locais de reparo do genoma em neurônios humanos pós-mitóticos. (2021) Ciência. 372(6537):91-94. DOI: 10.1126/science.abb9032

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Kubo, N., Ishii, H., Xiong, X., Bianco, S., Meitinger, F., Hu, R., Hocker, JD, Conte, M., Gorkin, D., Yu, M., Li , B., Dixon, Jr., Hu, M., Nicodemi, M., Zhao, H., Ren, B. A ligação CTCF promotor-proximal promove a ativação do gene dependente do intensificador distal. (2021) Natureza Biologia Molecular e Estrutural. DOI: 10.1038/s41594-020-00539-5

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Akdemir, KC, Le, VT, Kim, JM, Killcoyne, S., King, DA, Lin, YP, Tian, ​​Y., Inoue, A., Amin, SB, Robinson, FS, Nimmakayalu, M., Herrera, RE, Lynn, EJ, Chan, K., Seth, S., Klimczak, LJ, Gerstung, M., Gordenin, DA, O'Brien, J., Li, L., Deribe, YL, Verhaak, RG, Campbell , PJ, Fitzgerald, R., Morrison, AJ, Dixon, Jr., Andrew Futreal, P. As distribuições de mutações somáticas em genomas de câncer variam com a estrutura tridimensional da cromatina. (2020) Genética da Natureza. DOI: 10.1038/s41588-020-0708-0

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Kang, H., Shokhirev, MN, Xu, Z., Chandran, S., Dixon, Jr., Hetzer, MW Regulação dinâmica de modificações de histonas e interações cromossômicas de longo alcance durante a reativação transcricional pós-mitótica. (2020) Genes e desenvolvimento. DOI: 10.1101/gad.335794.119

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Akdemir, KC, Le, VT, Chandran, S., Li, Y., Verhaak, RG, Beroukhim, R., Campbell, PJ, Chin, L., Dixon, Jr., Futreal, PA Perturbação dos domínios de dobramento da cromatina por rearranjos genômicos somáticos no câncer humano. (2020) Genética da Natureza. DOI: 10.1038 / s41588-019-0564-y

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Dixon, Jr. TADs para a vida: a organização do domínio da cromatina regula o tempo de vida em C. elegans. (2019) célula de desenvolvimento. 51(2):131-132. DOI: 10.1016/j.devcel.2019.09.021

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Lee, DS, Luo, C., Zhou, J., Chandran, S., Rivkin, A., Bartlett, A., Nery, JR, Fitzpatrick, C., O'Connor, C., Dixon, Jr., Ecker, JR Perfil simultâneo da estrutura do genoma 3D e metilação do DNA em células humanas únicas. (2019) Métodos da natureza. DOI: 10.1038 / s41592-019-0547-z

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Song, M., Yang, X., Ren, X., Maliskova, L., Li, B., Jones, IR, Wang, C., Jacob, F., Wu, K., Traglia, M., Tam , TW, Jamieson, K., Lu, SY, Ming, GL, Li, Y., Yao, J., Weiss, LA, Dixon, Jr., Juiz, LM, Conklin, BR, Song, H., Gan, L., Shen, Y. O mapeamento de contatos de cromatina cis-reguladores em células neurais liga variantes de risco de transtorno neuropsiquiátrico a genes-alvo. (2019) Genética da Natureza. 51(8):1252-1262. DOI: 10.1038/s41588-019-0472-1

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Yang, Y., Zhang, Y., Ren, B., Dixon, Jr., Mãe, J. Comparando a organização do genoma 3D em várias espécies usando Phylo-HMRF. (2019) Sistemas de células. DOI: 10.1016/j.cels.2019.05.011

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Zhou, J., Ma, J., Chen, Y., Cheng, C., Bao, B., Peng, J., Sejnowski, TJ, Dixon, Jr., Ecker, JR Agrupamento Hi-C robusto de célula única por imputação baseada em convolução e caminhada aleatória. (2019) Anais da Academia Nacional de Ciências dos Estados Unidos da América. DOI: 10.1073 / pnas.1901423116

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Barbosa, K., Deshpande, A., Chen, BR, Ghosh, A., Sun, Y., Dutta, S., Weetall, M., DIXON, J., Armstrong, SA, Bohlander, SK, Deshpande, AJ A leucemia mielóide aguda impulsionada pelo gene de fusão CALM-AF10 depende do IMC1. (2019) Hematologia Experimental.:42-54 DOI: 10.1016/j.exphem.2019.04.003

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Gatchalian, J., Malik, S., Ho, J., Lee, DS, Kelso, TWR, Shokhirev, MN, Dixon, Jr., Hargreaves, DC Um complexo de remodelação da cromatina BAF contendo BRD9 não canônico regula a pluripotência ingênua em células-tronco embrionárias de camundongos. (2018) Nature Communications. 9(1):5139. DOI: 10.1038/s41467-018-07528-9

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Dixon, Jr., Xu, J., Dileep, V., Zhan, Y., Song, F., Le, VT, Yardımcı, GG, Chakraborty, A., Bann, DV, Wang, Y., Clark, R., Zhang, L., Yang, H., Liu, T., Iyyanki, S., An, L., Pool, C., Sasaki, T., Rivera-Mulia, JC, Ozadam, H., Lajoie, BR, Kaul, R., Buckley, M., Lee, K., Diegel, M., Pezic, D., Ernst, C., Hadjur, S., Odom, DT, Stamatoyannopoulos, JA, Broach, JR, Hardison, RC, Ay , F., Noble, WS, Dekker, J., Gilbert, DM, Yue, F. Detecção integrativa e análise de variação estrutural em genomas de câncer. (2018) Genética da Natureza.:1388-1403 DOI: 10.1038/s41588-018-0195-8

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Du, Z., Zheng, H., Huang, B., Ma, R., Wu, J., Zhang, X., He, J., Xiang, Y., Wang, Q., Li, Y., Ma, J., Zhang, X., Zhang, K., Wang, Y., Zhang, MQ, Gao, J., Dixon, Jr., Wang, X., Zeng, J., Xie, W. Reprogramação alélica da arquitetura da cromatina 3D durante o desenvolvimento inicial dos mamíferos. (2017) Natureza. 547(7662):232-235. DOI: 10.1038/nature23263

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Dixon, Jr., Gorkin, DU, Ren, B. Domínios da cromatina: a unidade de organização dos cromossomos. (2016) Célula Molecular. 62(5):668-80. DOI: 10.1016/j.molcel.2016.05.018

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Diao, Y., Li, B., Meng, Z., Jung, I., Lee, AY, DIXON, J., Maliskova, L., Guan, KL, Shen, Y., Ren, B. Uma nova classe de potencializadores fenotípicos temporários identificados por triagem genética mediada por CRISPR/Cas9. (2016) Pesquisa do Genoma. 26(3):397-405. DOI: 10.1101/gr.197152.115

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Selvaraj, S., Schmitt, AD, Dixon, Jr., Ren, B. Faseamento completo do haplótipo dos loci MHC e KIR com HaploSeq direcionado. (2015) BMC Genômica. 16:900. DOI: 10.1186/s12864-015-1949-7

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Ren, B., Dixon, Jr. Uma conexão CRISPR entre a topologia da cromatina e distúrbios genéticos. (2015) Célula 161(5):955-957. DOI: 10.1016/j.cell.2015.04.047

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Dixon, Jr*, Jung, I.*, Selvaraj, S.*, Shen, Y., Antosiewicz-Bourget, JE, Lee, AY, Ye, Z., Kim, A., Rajagopal, N., Xie, W., Diao, Y., Liang, J., Zhao, H., Lobanenkov, VV, Ecker, JR, Thomson, JA, Ren, B. Reorganização da arquitetura da cromatina durante a diferenciação de células-tronco. (2015) Natureza. 518(7539):331-6. DOI: 10.1038/nature14222

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Li, Y., Rivera, CM, Ishii, H., Jin, F., Selvaraj, S., Lee, AY, Dixon, Jr., Ren, B. O CRISPR revela um superestimulador distal necessário para a expressão de Sox2 em células-tronco embrionárias de camundongos. (2014) PLOS Um. 9(12):e114485. DOI: 10.1371/journal.pone.0114485

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Attanasio, C., Nord, AS, Zhu, Y., Blow, MJ, Biddie, SC, Mendenhall, EM, DIXON, J., Wright, C., Hosseini, R., Akiyama, JA, Holt, A., Plajzer-Frick, I., Shoukry, M., Afzal, V., Ren, B., Bernstein, BE, Rubin, EM, Visel, A., Pennacchio, LA Ligação SMARCA4 específica de tecido a elementos reguladores ativos e reprimidos durante a embriogênese. (2014) Pesquisa do Genoma. 24(6):920-9. DOI: 10.1101/gr.168930.113

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Zuin, J.*, Dixon, Jr*, van der Reijden, MI, Ye, Z., Kolovos, P., Brouwer, RW, van de Corput, MP, van de Werken, HJ, Knoch, TA, van IJcken, WF, Grosveld, FG, Ren, B. , Wendt, KS Coesina e CTCF afetam diferencialmente a arquitetura da cromatina e a expressão gênica em células humanas. (2014) Anais da Academia Nacional de Ciências dos Estados Unidos da América. 111(3):996-1001. DOI: 10.1073/pnas.1317788111

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Selvaraj, S.*, Dixon, Jr*, Bansal, V., Ren, B. Reconstrução de haplótipos de todo o genoma usando ligação de proximidade e sequenciamento shotgun. (2013) Biotecnologia da Natureza. 31(12):1111-8. DOI: 10.1038/nbt.2728

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Jin, F., Li, Y., Dixon, Jr., Selvaraj, S., Ye, Z., Lee, AY, Yen, CA, Schmitt, AD, Espinoza, CA, Ren, B. Um mapa de alta resolução do interactoma tridimensional da cromatina em células humanas. (2013) Natureza. 503(7475):290-4. DOI: 10.1038/nature12644

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Hu, M., Deng, K., Qin, Z., DIXON, J., Selvaraj, S., Fang, J., Ren, B., Liu, JS Inferência bayesiana de organizações espaciais de cromossomos. (2013) Biologia Computacional PLOS. 9(1):e1002893. DOI: 10.1371/journal.pcbi.1002893

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Shen, Y., Yue, F., McCleary, DF, Ye, Z., Edsall, L., Kuan, S., Wagner, U., DIXON, J., Lee, L., Lobanenkov, VV, Ren, B. Um mapa das sequências reguladoras cis no genoma do camundongo. (2012) Natureza. 488(7409):116-20. DOI: 10.1038/nature11243

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Dixon, Jr., Selvaraj, S., Yue, F., Kim, A., Li, Y., Shen, Y., Hu, M., Liu, JS, Ren, B. Domínios topológicos em genomas de mamíferos identificados por análise de interações de cromatina. (2012) Natureza. 485(7398):376-80. DOI: 10.1038/nature11082

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Barish, GD, Yu, RT, Karunasiri, M., Ocampo, CB, DIXON, J., Benner, C., Dent, AL, Tangirala, RK, Evans, RM Os cistromes Bcl-6 e NF-kappaB medeiam a regulação oposta da resposta imune inata. (2010) Genes e desenvolvimento. 24(24):2760-5. DOI: 10.1101/gad.1998010

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Pagliarini, DJ, Wiley, SE, Kimple, ME, Dixon, Jr., Kelly, P., Worby, CA, Casey, PJ, Dixon, JE Envolvimento de uma fosfatase mitocondrial na regulação da produção de ATP e secreção de insulina em células beta pancreáticas. (2005) Célula Molecular. 19(2):197-207. DOI: 10.1016/j.molcel.2005.06.008

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Educação

AB, Universidade de Princeton
PhD, Universidade da Califórnia em San Diego
MD, Universidade da Califórnia em San Diego
Helmsley-Salk Fellow, Instituto Salk de Estudos Biológicos


Prêmios e homenagens

  • Pew Biomedical Scholar, 2024
  • Bolsista do Prêmio Fundação Rita Allen, 2023
  • Pesquisador altamente citado, 2022
  • Prêmio de Independência Antecipada do NIH (DP5), 2016-2021
  • Medalha de Dissertação do Reitor da Universidade da Califórnia em San Diego para Estudos Biológicos, 2014
  • Prêmio de Dissertação de Destaque do Departamento de Ciências Biomédicas da Universidade da Califórnia em San Diego, 2013
  • Bolsa de pré-doutorado do California Institute for Regenerative Medicine, 2010-2012