Instrumentação e Serviços
O Núcleo do BPHO oferece treinamento e equipamentos para microscopia óptica e eletrônica, processamento de amostras, geração de imagens e análise. Além da Diretora, Dra. Daniela Boassa, o BPHO conta com duas especialistas em geração de imagens em tempo integral, Dra. Elsie Quansah e Chynna Bowman, com experiência em microscopia óptica e eletrônica, bem como em análise de dados.
Materiais de treinamento, protocolos e manuais
A Biophotonics Center Core Facility existe para fornecer ao corpo docente da Salk suporte técnico e acesso logístico a tecnologias de imagem de ponta para permitir a próxima geração de avanços biológicos no Instituto.
Existem três LSM 880s com Airyscan no Core (chamados de 880-1, 880-2, 880-3). Eles são equipados com as seguintes linhas de laser: 405, 458, 488, 514, 561, 594 e 633 nm. Eles têm um detector GAsP interno de 34 elementos resfriado a líquido para imagens espectrais completas sensíveis a moléculas únicas no espectro visível e um detector de luz transmitida para imagens DIC. Esses microscópios ostentam o módulo Airyscan FAST para resolução rápida e aprimorada (~1.7x maior do que os microscópios confocais padrão). Estágio motorizado X, Y e estágio de foco Z galvo. O software de aquisição é Zen Black (Zen 2.3).
880-1 (invertido)
Objetivas: 10x/0.45, 20x/0.8, 40x/1.0 W, 40x/1.0 Óleo, 63x/1.4 Óleo – Equipadas com um módulo de Foco Definido e incubação para imagens de células vivas em lapso de tempo prolongado. A câmara de incubação permite a regulação da temperatura e do CO2.
880-2 (invertido)
Objetivas: 10x/0.3, 20x/0.8, 40x/1.0 W, 63x/1.4 Óleo, 63x/1.46 Óleo – Equipadas com um módulo de Foco Definido e incubação para imagens de células vivas em lapso de tempo prolongado. A câmara de incubação permite a regulação da temperatura e do CO₂.
880-3 (vertical)
Objetivas: 10x/0.45, 20x/0.8, 20x/1.0 W, 63x/1.4 Óleo – Não configurada para imagens de células vivas.
Este microscópio invertido é equipado com as seguintes linhas de laser: 405, 458, 488, 514, 561, 594 e 633 nm. Ele também é equipado com um detector interno de 34 elementos para imagens espectrais completas sobre o espectro visível e um detector de luz transmitida para imagens DIC. Equipado com um módulo Definite Focus. O software de aquisição é o Zen Black (ZEN 2.3).
Objetivos: 10x/0.45, 20x/0.8, 20x/1.0 W, 63x/1.4 Óleo
Este microscópio invertido é equipado com as seguintes linhas de laser: 405, 488, 561 e 635 nm, e um cabeçote de varredura de disco giratório Yokogawa com uma câmera EM-CCD e um sistema de incubação de topo de palco para imagens confocal de alta velocidade de células vivas em cultura. O software de aquisição é o Zen Blue (ZEN 2.3).
Objetivos: 5x/0.25, 10x/0.45, 20x/0.8, 40x/1.3 Óleo, 63x/1.4, Óleo, 100x/1.4 Óleo
Microscópio invertido com linhas de laser: 405, 445, 488, 514, 561, 594, 640, 730 nm. As capacidades de detecção de comprimento de onda para a região NIR de até 890 nm por meio de um conjunto de detectores NIR GaAs sensíveis a NIR cuidadosamente projetados permitem até 6 canais para imagens multiplexadas de violeta para NIR (400 nm – 890 nm), scanner ressonante para imagens de lapso de tempo. Objetivas de silicone de longa distância de trabalho permitem imagens microscópicas detalhadas em profundidade. Equipado com câmara de incubação Tokai Hit para manter temperatura, CO2 e umidade ideais para imagens de células vivas. Sistema de compensação de desvio Z TruFocus que mantém o foco durante imagens de células vivas, apesar de mudanças na temperatura ou reagentes adicionados. O software de aquisição é o FV31S-SW.
Objetivos: 4x/0.16, 20x/0.8, 30x/1.05 Sil, 40x/1.25 Sil, 60x/1.5 Óleo, 100x/1.35 Sil.
O CellVoyager é um sistema de imagem confocal de disco giratório duplo de alto conteúdo, projetado para imagens 3D rápidas e de alta qualidade de células vivas e fixas, organelas e amostras de tecido. Ele integra recursos de incubação para regulação de temperatura, CO₂ e umidade.
O sistema possui quatro comprimentos de onda de excitação do laser (405, 488, 561 e 640 nm) e quatro conjuntos de filtros de emissão (BP447/60, BP525/50, BP599/44 e BP710/80). A geração de imagens é realizada por meio de duas câmeras sCMOS de alta sensibilidade que suportam excitação simultânea de dois comprimentos de onda. Cada câmera oferece uma resolução de 2000 × 2000 pixels.
Acomoda uma ampla variedade de placas de amostra, incluindo placas multipoços (6 a 1536 poços), lâminas de vidro, câmaras de lamínula e placas de 35 mm. Suporta modalidades de imagem confocal, epifluorescência e campo claro com foco automático baseado em laser e imagem, garantindo aquisição de imagem estável por longos períodos. O software de aquisição é o CQ Measurement.
Objetivas: 4x/0.16, 10x/0.4, 20x/0.45, 20x/1.0 W, 40x/0.95 e 60x/1.2 W com opções de trabalho a seco, imersão em água e longa distância.
Este microscópio é equipado com linhas de laser de 405, 445, 488, 515, 561 e 638 nm. É ideal para imagens de grande volume 3D ou 4D. É um sistema de caixa selada autônomo com controle de temperatura e CO2. Ele também tem duas câmeras PCO.Edge sCMOS. O software de aquisição é o Zen Black (ZEN 2014 SP1).
Objetivas de iluminação: duas 5x/0.1 e duas 10x/0.2
Objetivas de detecção: 5x/0.16, 10x/0.5 e 20x/1.0 para CLAREZA e imersão em água.
Este scanner de slide virtual é equipado com um carregador automatizado de 100 slides e várias modalidades de imagem. Os cubos de filtro fluorescente incluem: DAPI, FITC, TRITC e CY5. O sistema também aproveita uma roda de filtro de emissão adicional, permitindo o uso de um excitador de banda quádrupla. Além disso, este sistema pode gerar imagens com Brightfield (histologia). O software de aquisição é VS-ASW.
Objetivos: 2x/0.08, 4x/0.16, 10x/0.4, 20x/0.75 e 40x/0.95.
Digitalização automatizada de até 100 slides em uma única execução. Possibilidade de imagens de fluorescência e campo claro. Este sistema é equipado com fonte de luz LED Colibri 7 com excitação em 385, 430, 475, 555, 590, 630, 735 nm. Imagens de campo claro com câmera colorida Axiocam 705 e imagens fluorescentes com câmera Axiocam 712. Ele tem uma roda de filtro de 10 posições consistindo em conjuntos de filtros de banda única para imagens específicas: FS96 para DAPI, FS38 para AF488, FS43 para AF555, FS64 para AF594, FS50 para AF647 e conjuntos de filtros multibanda para imagens rápidas: FS90- DAPI, AF488, AF555, AF647 e FS110- DAPI, AF488, AF594, AF750. O software de aquisição é o Zen Blue (ZEN 3.9).
Objetivos: 5x/0.25, 10x/0.45, 20x/0.5, 20x/0.8, 40x/0.95.
Digitalização automatizada de até 100 slides em uma única execução. Possibilidade de imagens de fluorescência e campo claro. Este sistema é equipado com fonte de luz LED Colibri 7 com excitação em 385, 430, 475, 555, 590, 630, 735 nm. Imagens de campo claro com câmera colorida Axiocam 705 e imagens fluorescentes com câmera Orca Flash. Ele tem uma roda de filtro de 6 posições consistindo de conjunto de filtros de banda única para imagens específicas: FS90 para AF488, AF555, AF647, FS64 para AF594 e conjuntos de filtros multibanda para imagens rápidas: FS110 para imagens rápidas de DAPI, AF488, AF594, AF750. O software de aquisição é o Zen Blue (ZEN 3.10).
Objetivos: 5x/0.25, 10x/0.45, 20x/0.8, 40x/0.9
Este microscópio invertido é equipado com as seguintes linhas de laser: 405, 488, 561 e 635 nm, e quatro conjuntos de filtros coloridos para imagens de super-resolução PAL-M e SR-SIM. Ele é equipado com duas câmeras EM-CCD, uma câmera Andor iXon3 897 512×512 35 fps para imagens PAL-M no modo TIRF e uma câmera Andor iXon3 888 1024×1024 9 fps para 3D SR-SIM. O microscópio também tem uma estação de trabalho de processamento off-line dedicada para a reconstrução de conjuntos de dados de imagens de super-resolução. O software de aquisição é o Zen Black (Zen 2.3 SP1).
Objetivos: 10x/0.3, 63x/1.4, 100x/1.46, 100x/1.57
Este microscópio invertido é configurado para TIRF, epifluorescência, iluminação HILO e imagens de super resolução PALM/STORM. Ele é equipado com as seguintes linhas de laser: 405 nm, 488, 561 e 640. Duas bandas de imagem simultâneas e conjuntos de filtros de laser. Alinhamento automático TIRF, foco automático e compensação de deriva/vibração são todos integrados. O software inclui análise smFRET, rastreamento de partículas individuais, localização em tempo real, programação a laser, interface de script python e análise de colocalização.
Objetivo: 100x/1.45
Este microscópio de microdissecção aproveita lâminas de membrana especializadas para cortar e coletar seções microscópicas de tecido, ou células únicas em tampas adesivas de tubos eppendorf. Análises adicionais nas sub-regiões escolhidas ou células isoladas podem ser processadas para análise de DNA, RNA e proteína. O software de aquisição é o PALMRobo V4.5
Objetivos: 5x/0.25, 10x/0.5, 40x/0.6
Microscópio Eletrônico de Transmissão Filtrado por Energia Carl Zeiss Libra 120kV PLUS (TEM) equipado com uma câmera CCD YAG acoplada por fibra óptica de 2kx2k capaz de montar imagens em alta sensibilidade e filtro de energia na coluna que produz imagens de alto contraste, melhora as relações sinal-ruído em imagens, bem como Espectroscopia de Perda de Energia de Elétrons (EELS), que permite a análise elementar de amostras. Além disso, o TEM também é equipado com um suporte de espécime inclinado (+/- 75 graus) para imagens tomográficas, um filtro de energia na coluna para perda de elétrons e imagens de alto contraste de amostras biológicas e estágio resfriado criogenicamente para imagens nativas de proteínas e seções congeladas e hidratadas. O estágio também é projetado para inclinação de eixo único para realizar criotomografia.
Microscópio eletrônico de varredura Carl Zeiss SIGMA Variable Pressure Field Emission Gun (SEM) equipado com detectores de elétrons secundários (SE), elétrons retrodispersos (BSE) e pressão variável (VPSE), detector STEM e estágio frio. O sistema também é equipado com hardware/software para o módulo de imagem de montagem ATLAS e o módulo de navegação de microscopia correlativa Shuttle and Find para gerar grandes imagens em mosaico e fluxo de trabalho de alto rendimento.
O Gatan 3View é um sistema de Microscópio Eletrônico de Varredura de Face de Bloco Serial (SBFSEM) totalmente automatizado. Um ultramicrótomo é montado dentro da câmara de vácuo do SIGMA SEM. O 3View secciona e faz imagens automaticamente da face do bloco exposto. Os conjuntos de dados gerados podem ser combinados para criar z-stacks de um volume e posteriormente segmentados.
O núcleo BPHO tem um espaço dedicado para preparação de amostras dentro da instalação, incluindo processamento para microscopia eletrônica. A instrumentação para preparação de amostras inclui:
Por favor, entre em contato para mais informações: bpho@salk.edu.
O núcleo de BPHO fornece processamento de amostras por equipe treinada por especialistas usando protocolos estabelecidos, descritos abaixo:
O BPHO mantém uma gama de softwares personalizados, comerciais e de código aberto para processamento e análise de imagens multimodais para aplicações em microscopia óptica e microscopia eletrônica. O núcleo é equipado com servidores de armazenamento para armazenamento de dados de curto e longo prazo e seis estações de trabalho para análise de imagens. Essas estações de trabalho são integradas a softwares de microscópio da Zeiss (ZEN), Olympus, Gatan, bem como soluções de software de código aberto baseadas em aprendizado de máquina. Além disso, as estações de trabalho são equipadas com pacotes de software como Imaris, ImageJ/Fiji e QuPath.
