Dmitry Lyumkis, PhD

Profesor Asociado

Laboratorio de Genética

Presidencia de Desarrollo de las Fundaciones Hearst

Instituto Salk de Estudios Biológicos - Publicaciones

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Martyn, G.D., Kalagiri, R., Veggiani, G., Stanfield, R.L., Choudhuri, I., Sala, M., Meisenhelder, J., Chen, C., Biswas, A., Levy, R.M., Lyumkis, D., Wilson, I.A., Hunter, T., Sidhu, S.S. Uso de la presentación de fagos para la ingeniería racional de un anticuerpo humanizado de mayor afinidad específico para 3' fosfohistidina. (2025) Química Común. 8(1):381. DOI: 10.1038/s42004-025-01768-9

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Jing, T., Shan, Z., Dinh, T., Biswas, A., Jang, S., Greenwood, J., Li, M., Zhang, Z., Gray, G., Shin, H.J., Zhou, B., Passos, D., Strutzenberg, T.S., Aiyer, S., Andrade, L., Zhang, Y., Li, Z., Craigie, R., Engelman, A.N., Kvaratskhelia, M., Lyumkis, D. Estructuras oligoméricas de la integrasa del VIH-1 revelan plasticidad funcional para el ensamblaje del intasoma y la unión al ARN. (2025) Nature Communications. 16(1):9430. DOI: 10.1038/s41467-025-64479-8

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Zhao, X.Z., Li, M., Smith, S.J., Karbasi, A., Choudhuri, I., Jing, T., Lyumkis, D., Craigie, R., Burke, T.R. Las interacciones de apilamiento pi-pi con el ADN viral contribuyen a la potencia de los inhibidores de la integrasa basados en naftiridina contra el VIH-1. (2025) NAR Mol Med. 2(4):ugaf039. DOI: 10.1093/narmme/ugaf039

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Li, Z., Burgos-Bravo, F., Xu, K., Li, C., Kwan, K.Y., Tong, A.B., Shan, Z., Wang, H., Takaku, M., Li, J., Shi, Z., Lyumkis, D., Bustamante, C., Fei, J. Los condensados NDF-FACT separados por fases facilitan la elongación de la transcripción en la cromatina. (2025) Naturaleza y Biología Celular. DOI: 10.1038/s41556-025-01778-8

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Rodríguez, Z.K., Andino-Moncada, J.R., Buth, S.A., Mehrani, A., Ranaweera, A., Shi, J., Andrade, L.R., Singh, S.P., Strutzenberg, T.S., Marín, M., Guerrero-Ferreira, R., Rahmani, H., Grotjahn, D.A., Stagg, S., Melikyan, G.B., Lyumkis, D., Francis, A.C. Imágenes de fluorescencia resuelta en el tiempo y tomografía crioelectrónica correlativa para estudiar los cambios estructurales de la cápside del VIH-1. (2025) ACS Nano. DOI: 10.1021/acsnano.5c06724

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Sheng, K., Dong, X., Aiyer, S., Lee, J., Đorđević-Marquardt, S., Lyumkis, D., Williamson, J.R. Sondeo de oligonucleótidos antisentido como plataforma estructural para el estudio del ensamblaje de complejos ribonucleoproteicos. (2025) Nature Communications. 16(1):6642. DOI: 10.1038/s41467-025-61640-1

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Sol, Q., Aiyer, S., Biswas, A., Haldane, A., Chatterjee, S., Matubayasi, N., Lyumkis, D., Levy, R.M. Hidratación De Novo de Reconstrucciones de Cryo-EM mediante Simulaciones de Dinámica Molecular del Potencial Químico Excedente. (2025) bioRxiv. DOI: 10.1101/2025.05.23.655847

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Biswas, A., Choudhuri, I., Huang, K., Sun, Q., Sali, A., Echeverria, I., Haldane, A., Levy, R.M., Lyumkis, D. Secuencia evolutiva y base estructural de los orígenes epistáticos de la resistencia a los medicamentos en el VIH. (2025) bioRxiv. DOI: 10.1101/2025.04.30.651576

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Strutzenberg, T.S., Mann, M.D., Li, X., Shin, H., Kelsey, J., Aiyer, S., Yu, J., Gray, G., Zhang, Z., Shan, Z., Zhou, B., Zheng, Y., Griffin, P.R., Lyumkis, D. La Interacción con el Nucleosoma Regula la Estructura y Dinámica del RORγt. (2025) bioRxiv. DOI: 10.1101/2025.03.10.642251

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Horton, N.C., Lyumkis, D. Estructuras, mecanismos y ventajas cinéticas del mecanismo de formación del filamento SgrAI. (2024) Critical Reviews in Biochemistry and Molecular Biology.:1-39 DOI: 10.1080/10409238.2024.2440315

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Martyn, G.D., Kalagiri, R., Veggiani, G., Stanfield, R.L., Choudhuri, I., Sala, M., Meisenhelder, J., Chen, C., Biswas, A., Levy, R.M., Lyumkis, D., Wilson, I.A., Hunter, T., Sidhu, S.S. Uso de phage display para la ingeniería racional de un anticuerpo humanizado de mayor afinidad específico para 3' fosfohistidina. (2024) bioRxiv. DOI: 10.1101/2024.11.04.621849

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Shan, Z., Rivero-Gamez, A., Lyumkis, D., Horton, N.C. Mecanismo de dos iones metálicos en la escisión del ADN por la SgrAI filamentosa activada. (2024) Revista de Química Biológica.:107576 DOI: 10.1016/j.jbc.2024.107576

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Dong, X., Sheng, K., Gebert, L.F.R., Aiyer, S., MacRae, I.J., Lyumkis, D., Williamson, J.R. Ensamblaje del ribosoma bacteriano con ARNr con permutación circular. (2024) Investigación de Ácidos Nucleicos. DOI: 10.1093/nar/gkae636

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Van Veen, D., Galaz-Montoya, J.G., Shen, L., Baldwin, P., Chaudhari, A.S., Lyumkis, D., Schmid, M.F., Chiu, W., Pauly, J. Completado de cuña faltante mediante aprendizaje no supervisado con redes de coordenadas. (2024) Int J Mol Sci. 25(10). DOI: 10.3390/ijms25105473

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Sheng, K., Dong, X., Aiyer, S., Lee, J., Marquardt, S. D., Lyumkis, D., Williamson, J.R. Consolidación de dominios en el ensamblaje de la subunidad 50S bacteriana revelada mediante el análisis con oligonucleótidos antisentido. (2024) bioRxiv. DOI: 10.1101/2024.05.08.593220

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Biswas, A., Choudhuri, I., Arnold, E., Lyumkis, D., Haldane, A., Levy, R.M. Los modelos cinéticos de coevolución predicen la aparición temporal de mutaciones de resistencia al VIH-1 bajo la presión selectiva de los fármacos. (2024) Actas de la Academia Nacional de Ciencias de los Estados Unidos de América. 121(15):e2316662121. DOI: 10.1073/pnas.2316662121

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Dong, X., Sheng, K., Gebert, L.F.R., Aiyer, S., MacRae, I.J., Lyumkis, D. Ensamblaje del ribosoma bacteriano con ARN ribosómico permutado circularmente (2024) bioRxiv. DOI: https://doi.org/10.1101/2024.04.10.588894

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Van Veen, D., Galaz-Montoya, J.G., Shen, L., Baldwin, P., Chaudhari, A.S., Lyumkis, D., Schmid, M.F., Chiu, W., Pauly, J. Completado de cuña faltante mediante aprendizaje no supervisado con redes de coordenadas. (2024) bioRxiv. DOI: 10.1101/2024.04.12.589090

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Aiyer, S., Baldwin, P.R., Tan, S.M., Shan, Z., Oh, J., Mehrani, A., Bowman, M.E., Louie, G., Passos, D.O., Đorđević-Marquardt, S., Mietzsch, M., Hull, J.A., Hoshika, S., Barad, B.A., Grotjahn, D.A., McKenna, R., Agbandje-McKenna, M., Benner, S.A., Noel, J.A.P., Wang, D., Tan, Y.Z., Lyumkis, D. Superar la pérdida de resolución durante la adquisición de datos de criomicroscopía electrónica con inclinación. (2024) Nature Communications. 15(1):389. DOI: 10.1038/s41467-023-44555-7

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Sun, Q., Biswas, A., Lyumkis, D., Levy, R., Deng, N. Elucidación de los determinantes moleculares de los modos de unión de un inhibidor de transferencia de cadena del VIH-1 de tercera generación: la importancia de la reorganización de cadenas laterales y el disolvente. (2024) Virus. 16(1). DOI: 10.3390/v16010076

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Jing, T., Shan, Z., Dinh, T., Biswas, A., Jang, S., Greenwood, J., Li, M., Zhang, Z., Gray, G., Shin, H.J., Zhou, B., Passos, D., Aiyer, S., Li, Z., Craigie, R., Engelman, A.N., Kvaratskhelia, M., Lyumkis, D. Estructuras Oligoméricas de la Integrasa del VIH-1 Revelan Plasticidad Funcional para el Ensamblaje del Intasoma y la Unión al ARN. (2024) bioRxiv. DOI: 10.1101/2024.01.26.577436

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Haack, D.B., Rudolfs, B., Zhang, C., Lyumkis, D., Toor, N. Base estructural del ramificado durante el empalme de ARN. (2023) Nature Structural & Molecular Biology. DOI: 10.1038/s41594-023-01150-0

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Oh, J., Shan, Z., Hoshika, S., Xu, J., Chong, J., Benner, S. A., Lyumkis, D., Wang, D. Una geometría unificada de Watson-Crick impulsa la transcripción de alfabetos de ADN expandidos de seis letras por la ARN polimerasa de E. coli. (2023) Nature Communications. 14(1):8219. DOI: 10.1038/s41467-023-43735-9

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Xie, L., Bowman, M.E., Louie, G.V., Zhang, C., Ardejani, M.S., Huang, X., Chu, Q., Donaldson, C.J., Vaughan, J.M., Shan, H., Powers, E.T., Kelly, J.W., Lyumkis, D., Noel, J.P., Saghatelian, A. Bioquímica e Interacciones Proteicas del Microproteína CYREN. (2023) Bioquímica. DOI: 10.1021/acs.biochem.3c00397

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Sheng, K., Li, N., Rabuck-Gibbons, J.N., Dong, X., Lyumkis, D., Williamson, J.R. Paisaje de ensamblaje para la subunidad ribosómica grande bacteriana. (2023) Nature Communications. 14(1):5220. DOI: 10.1038/s41467-023-40859-w

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Li, M., Oliveira Passos, D., Shan, Z., Smith, S.J., Sun, Q., Biswas, A., Choudhuri, I., Strutzenberg, T.S., Haldane, A., Deng, N., Li, Z., Zhao, X.Z., Briganti, L., Kvaratskhelia, M., Burke, T.R., Levy, R.M., Hughes, S.H., Craigie, R., Lyumkis, D. Mecanismos de resistencia de la integrasa del VIH-1 a dolutegravir e inhibición potente de variantes resistentes a fármacos. (2023) Avances en Ciencia. 9(29):eadg5953. DOI: 10.1126/sciadv.adg5953

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Dong, X., Doerfel, L., Lyumkis, D., Williamson, J.R. El ensamblaje in vitro de ribosomas 50S en condiciones casi fisiológicas implica vías paralelas. (2023) Investigación de Ácidos Nucleicos. DOI: 10.1

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Lyumkis, D., Horton, N.C. El papel de la filamentación en la activación y la especificidad de la secuencia del ADN de la endonucleasa específica de secuencia SgrAI. (2022) Actas de la Sociedad Bioquímica. DOI: 10.1042/BST20220547

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Sheng, K., Li, N., Rabuck-Gibbons, J. N., Ding, X., Lyumkis, D., Williamson, J.R. Segmentación no supervisada basada en vóxeles revela un panorama del ensamblaje temprano de la subunidad grande del ribosoma bacteriano (2022) bioRiv. DOI: https://doi.org/10.1101/2022.11.09.515851

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Jóźwik, I.K., Li, W., Zhang, D.W., Wong, D., Grawenhoff, J., Ballandras-Colas, A., Aiyer, S., Cherepanov, P., Engelman, A.N., Lyumkis, D. Transición B-a-A en el ADN diana durante la integración retroviral. (2022) Investigación de Ácidos Nucleicos. 10.1093/nar/gkac644

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Harrison, J.J.E.K., Oliveira Passos, D., Bruhn, J.F., Bauman, J.D., Tuberty, L., DeStefano, J.J., Xavier Ruiz, F., Lyumkis, D., Arnold, E. La estructura de la poliproteína Pol del VIH-1 por crio-EM proporciona información sobre la maduración del virión (2022) Avances en Ciencia. DOI: https://doi.org/10.1126/sciadv.abn9874

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Aiyer, S., Strutzenberg, T.S., Bowman, M.E., Noel, J.P., Lyumkis, D. Recolección de datos de crio-EM de partícula única con inclinación del platillo usando Leginon. (2022) JoVE.DOI: 10.3791/64136

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Ballandras-Colas, A., Chivukula, V., Gruszka, D.T., Shan, Z., Singh, P.K., Pye, V.E., McLean, R.K., Bedwell, G.J., Li, W., Nans, A., Cook, N.J., Fadel, H.J., Poeschla, E.M., Griffiths, D.J., Vargas, J., Taylor, I.A., Lyumkis, D., Yardimci, H., Engelman, A.N., Cherepanov, P. Interacciones multivalentes esenciales para la función de la integrasa lentiviral. (2022) Nature Communications. 13(1):2416. DOI: 10.1038/s41467-022-29928-8

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Horton, N., Ghadirian, N., Shan, Z., Lyumkis, D. Mecanismo de Activación de SgrAI mediante Filamentos Enzimáticos y Mecanismo de Expansión de la Especificidad de Secuencia de ADN. (2022) Revista FASEB. 36 Supl 1: ESTO ES SOLO UN RESUMEN. DOI: 10.1096/fasebj.2022.36.S1.0R839

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Rabuck-Gibbons, J.N., Lyumkis, D., Williamson, J.R. Análisis cuantitativo de la heterogeneidad composicional en conjuntos de datos de criomicroscopía electrónica de intermedios del ensamblaje ribosómico. (2022) Estructura. DOI: 10.1016/j.str.2021.12.005

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Shan, Z., Ghadirian, N., Lyumkis, D., Horton, N.C. Los estados previos a la transición y las estructuras de la apo de la enzima formadora de filamentos SgrAI aclaran los mecanismos de activación y la especificidad de sustrato. (2022) Revista de Química Biológica.:101760 DOI: 10.1016/j.jbc.2022.101760

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Passos, D.O., Li, M., Craigie, R., Lyumkis, D. Capítulo de libro: Integrasa retroviral: estructura, mecanismo e inhibición (2021) Las enzimas. 50:249-300. DOI: https://doi.org/10.1016/bs.enz.2021.06.007

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Lyumkis, D. Capítulo del libro: Orientación preferida. Cómo reconocer y tratar los efectos adversos. (2021) Criomicroscopía electrónica de partículas individuales de macromoléculas biológicas. DOI: 10.1088/978-0-7503-3039-8


Smith, S.J., Zhao, X.Z., Passos, D.O., Pye, V.E., Cherepanov, P., Lyumkis, D., Burke, T.R., Hughes, S.H. Inhibidores de la integrasa del VIH-1 con modificaciones que afectan a su potencia frente a mutantes de la integrasa resistentes a los fármacos. (2021) ACS Infect Dis. DOI: 10.1021/acsinfecdis.0c00819

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Smith, S.J., Zhao, X.Z., Passos, D.O., Lyumkis, D., Burke, T.R., Hughes, S.H. Los inhibidores de la transferencia de cadenas de la integrasa son medicamentos eficaces contra el VIH. (2021) Virus. 13(2). DOI: 10.3390/v13020205

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Aiyer, S., Zhang, C., Baldwin, P.R., Lyumkis, D. Evaluación de la resolución local y direccional de mapas de densidad de Cryo-EM. (2020) Métodos en Biología Molecular. 2215:161-187. DOI: 10.1007/978-1-0716-0966-8_8

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Jóźwik, I.K., Passos, D.O., Lyumkis, D. Biología Estructural de los Inhibidores de Transferencia de Cadena de la Integrasa del VIH. (2020) Tendencias en Ciencias Farmacológicas. DOI: 10.1016/j.tips.2020.06.003

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Baldwin, P.R., Lyumkis, D. Herramientas para visualizar y analizar el muestreo del espacio de Fourier en crio-EM. (2020) Progreso en Biofísica y Biología Molecular. DOI: 10.1016/j.pbiomolbio.2020.06.003

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Brugger, C., Zhang, C., Suhanovsky, M.M., Kim, D.D., Sinclair, A.N., Lyumkis, D., Deaconescu, A.M. Determinantes moleculares para la translocación de ADN de doble cadena por el factor Mfd de acoplamiento transcripción-reparación y evolubilidad. (2020) Nature Communications. 11(1):3740. DOI: 10.1038/s41467-020-17457-1

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Smith, S.J., Zhao, X.Z., Passos, D.O., Lyumkis, D., Burke, T.R., Hughes, S.H. Inhibidores de la Integrasa del VIH-1 que son activos contra Mutantes de Integrasa Resistentes a Medicamentos. (2020) Agentes y Quimioterapia Antimicrobianos. DOI: 10.1128/AAC.00611-20

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Passos, D.O., Li, M., Jóźwik, I.K., Zhao, X.Z., Santos-Martins, D., Yang, R., Smith, S.J., Jeon, Y., Forli, S., Hughes, S.H., Burke, T.R., Craigie, R., Lyumkis, D. Base estructural para la unión de inhibidores de transferencia de hebra a integrasas del VIH. (2020) Ciencia. DOI: 10.1126/science.aay8015

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Rabuck-Gibbons, J.N., Popova, A.M., Greene, E.M., Cervantes, C.F., Lyumkis, D., Williamson, J.R. SrmB Rescata Intermediarios Atrapados del Ensamblaje Ribosómico. (2019) Revista de Biología Molecular. DOI: 10.1016/j.jmb.2019.12.013

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Baldwin, P.R., Lyumkis, D. La no uniformidad de las distribuciones de proyección atenúa la resolución en la criomicroscopía electrónica. (2019) Prog. Biofís. Mol. Biol. DOI: 10.1016/j.pbiomolbio.2019.09.002

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Polley, S., Lyumkis, D., Horton, N.C. Mecanismo de Activación Alostérica de la Endonucleasa SgrAI Inducida por Filamentos. (2019) Estructura. 27(10):1497-1507. DOI: 10.1016/j.str.2019.08.001

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Haack, D.B., Yan, X., Zhang, C., Hingey, J., Lyumkis, D., Baker, T.S., Toor, N. Estructuras crio-EM de un intrón del Grupo II al realizar un empalme inverso en ADN. (2019) Móvil. 178(3):612-623.e12. DOI: 10.1016/j.cell.2019.06.035

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Koneru, P.C., Francis, A.C., Deng, N., Rebensburg, S.V., Hoyte, A.C., Lindenberger, J., Adu-Ampratwum, D., Larue, R.C., Wempe, M.F., Engelman, A.N., Lyumkis, D., Fuchs, J.R., Levy, R.M., Melikyan, G.B., Kvaratskhelia, M. Los tetrámeros de la integrasa del VIH-1 son el objetivo antiviral de los inhibidores alostéricos de la integrasa basados en piridina. (2019) Elife. 8. DOI: 10.7554/eLife.46344

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Lyumkis, D. Desafíos y Oportunidades en el Análisis de Partículas Únicas por Criomicroscopía Electrónica. (2019) Revista de Química Biológica. DOI: 10.1074/jbc.REV118.005602

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Zhang, C., Cantara, W., Jeon, Y., Musier-Forsyth, K., Grigorieff, N., Lyumkis, D. Análisis de la variabilidad local discreta y la covarianza estructural en ensamblajes macromoleculares mediante Cryo-EM y clasificación enfocada. (2018) Ultramicroscopía. DOI: 10.1016/j.ultramic.2018.11.016

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Tan, Y.Z., Aiyer, S., Mietzsch, M., Hull, J.A., McKenna, R., Grieger, J., Samulski, R.J., Baker, T.S., Agbandje-McKenna, M., Lyumkis, D. Estructura corregida de curvatura de Ewald sub-2 Å de una variante de la cápside AAV2. (2018) Nature Communications. 9(1):3628. DOI: 10.1038/s41467-018-06076-6

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Zhang, C., Konermann, S., Brideau, N.J., Lotfy, P., Wu, X., Novick, S.J., Strutzenberg, T., Griffin, P.R., Hsu, P.D., Lyumkis, D. Base estructural para la actividad de ribonucleasa guiada por ARN de CRISPR-Cas13d. [Pubmed] (2018) Móvil. 175(1):212-223.e17. DOI: 10.1016/j.cell.2018.09.001

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Tan, Y.Z., Baldwin, P.R., Davis, J.H., Williamson, J.R., Potter, C.S., Carragher, B., Lyumkis, D. Abordar la orientación preferida de las muestras en la crio-microscopía electrónica de partícula única mediante inclinación. (2017) Nature Methods. 14(8):793-796. DOI: 10.1038/nmeth.4347

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Ozorowski, G., Pallesen, J., de Val, N., Lyumkis, D., Cottrell, C.A., Torres, J.L., Copps, J., Stanfield, R.L., Cupo, A., Pugach, P., Moore, J.P., Wilson, I.A., Ward, A.B. Las estructuras abiertas y cerradas revelan alostería y flexibilidad en la espícula de envoltura del VIH-1. (2017) Naturaleza. 547(7663):360-363. DOI: 10.1038/nature23010

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Passos, D.O., Li, M., Yang, R., Rebensburg, S.V., Ghirlando, R., Jeon, Y., Shkriabai, N., Kvaratskhelia, M., Craigie, R., Lyumkis, D. Estructuras de. (2017) Ciencia. 355(6320):89-92. DOI: 10.1126/science.aah5163

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Davis, J.H., Tan, Y.Z., Carragher, B., Potter, C.S., Lyumkis, D., Williamson, J.R. Ensamblaje Modular de la Subunidad Ribosomal Grande Bacteriana. (2016) Móvil. 167(6):1610-1622.e15. DOI: 10.1016/j.cell.2016.11.020

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Polley, S., Passos, D.O., Huang, D.B., Mulero, M.C., Mazumder, A., Biswas, T., Verma, I.M., Lyumkis, D., Ghosh, G. Base estructural para la activación de IKK1/α. (2016) Cell Reports. 17(8):1907-1914. DOI: 10.1016/j.celrep.2016.10.067

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Ballandras-Colas, A., Brown, M., Cook, N.J., Dewdney, T.G., Demeler, B., Cherepanov, P., Lyumkis, D., Engelman, A.N. La crio-EM revela una nueva estructura octamérica de integrasa para la función del intasoma de betaretrovirus. (2016) Naturaleza. 530(7590):358-61. DOI: 10.1038/nature16955

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Passos, D.O., Lyumkis, D. Análisis de crio-EM de partícula única a resolución casi atómica a partir de varios miles de subunidades asimétricas. (2015) Revista de Biología Estructural. 192(2):235-44. DOI: 10.1016/j.jsb.2015.10.002

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Lee, J.H., de Val, N., Lyumkis, D., Ward, A.B. Construcción y refin. (2015) Estructura. 23(10):1943-51. DOI: 10.1016/j.str.2015.07.020

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Lyumkis, D., Oliveira dos Passos, D., Tahara, E.B., Webb, K., Bennett, E.J., Vinterbo, S., Potter, C.S., Carragher, B., Joazeiro, C.A. Base estructural para la vigilancia de la traducción por el complejo de control de calidad de proteínas asociado a la subunidad ribosomal grande. (2014) Actas de la Academia Nacional de Ciencias de los Estados Unidos de América. 111(45):15981-6. DOI: 10.1073/pnas.1413882111

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Sashital, D.G., Greeman, C.A., Lyumkis, D., Potter, C.S., Carragher, B., Williamson, J.R. Un análisis cuantitativo combinado de espectrometría de masas y microscopía electrónica del ensamblaje de la subunidad ribosomal 30S en E. coli. (2014) Elife. 3. DOI: 10.7554/eLife.04491

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Lyumkis, D., Julien, J.P., de Val, N., Cupo, A., Potter, C.S., Klasse, P.J., Burton, D.R., Sanders, R.W., Moore, J.P., Carragher, B., Wilson, I.A., Ward, A.B. Estructura de criomicroscopía electrónica de un trímero de envoltura del VIH-1 soluble y escindido completamente glicosilado. (2013) Ciencia. 342(6165):1484-90. DOI: 10.1126/science.1245627

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Julien, J.P., Cupo, A., Sok, D., Stanfield, R.L., Lyumkis, D., Deller, M.C., Klasse, P.J., Burton, D.R., Sanders, R.W., Moore, J.P., Ward, A.B., Wilson, I.A. Estructura cristalina de un trímero de envoltura de VIH-1 escindido y soluble. (2013) Ciencia. 342(6165):1477-83. DOI: 10.1126/science.1245625

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Lyumkis, D., Vinterbo, S., Potter, C.S., Carragher, B. Optimod: un enfoque automatizado para construir y optimizar modelos iniciales para microscopía electrónica de partícula única. (2013) Revista de Biología Estructural. 184(3):417-26. DOI: 10.1016/j.jsb.2013.10.009

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Lyumkis, D., Talley, H. Regulación alostérica de la escisión de ADN y especificidad de secuencia a través de la oligomerización por extensión. (2013) Estructura. 21(10):1848-58. DOI: 10.1016/j.str.2013.08.012

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Lyumkis, D., Brilot, A.F., Theobald, D.L., Grigorieff, N. Clasificación basada en verosimilitud de imágenes de crio-EM usando FREALIGN. (2013) Revista de Biología Estructural. 183(3):377-388. DOI: 10.1016/j.jsb.2013.07.005

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Yoshioka, C., Lyumkis, D., Carragher, B., Potter, C.S. Maskiton: Clasificación interactiva basada en web de imágenes de microscopía electrónica de partículas únicas. (2013) Revista de Biología Estructural. 182(2):155-63. DOI: 10.1016/j.jsb.2013.02.007

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Lyumkis, D., Doamekpor, S.K., Bengtson, M.H., Lee, J.W., Toro, T.B., Petroski, M.D., Lima, C.D., Potter, C.S., Carragher, B., Joazeiro, C.A. La microscopía electrónica de partícula única revela una variabilidad conformacional extensa de la ligasa E3 Ltn1. (2013) Actas de la Academia Nacional de Ciencias de los Estados Unidos de América. 110(5):1702-7. DOI: 10.1073/pnas.1210041110

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Campbell, M.G., Cheng, A., Brilot, A.F., Moeller, A., Lyumkis, D., Veesler, D., Pan, J., Harrison, S.C., Potter, C.S., Carragher, B., Grigorieff, N. Las películas de partículas embebidas en hielo mejoran la resolución en la crio-microscopía electrónica. (2012) Estructura. 20(11):1823-8. DOI: 10.1016/j.str.2012.08.026

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Milazzo, A.C., Cheng, A., Moeller, A., Lyumkis, D., Jacovetty, E., Polukas, J., Ellisman, M.H., Xuong, N.H., Carragher, B., Potter, C.S. Evaluación inicial de un detector de dispositivo de detección directa para criomicroscopía de partícula única. (2011) Revista de Biología Estructural. 176(3):404-8. DOI: 10.1016/j.jsb.2011.09.002

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Voss, N.R., Lyumkis, D., Chen, A., Lau, P.W., Mulder, A., Lander, G.C., Brignole, E.J., Fellmann, D., Irving, C., Jacovetty, E.L., Leung, A., Pulokas, J., Quispe, J.D., Winkler, H., Yoshioka, C., Carragher, B., Potter, C.S. Una caja de herramientas para reconstrucciones ab initio de 3D en microscopía electrónica de partícula única. (2010) Revista de Biología Estructural. 169(3):389-98. DOI: 10.1016/j.jsb.2009.12.005

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Lyumkis, D., Moeller, A., Cheng, A., Herold, A., Hou, E., Irving, C., Jacovetty, E.L., Lau, P.W., Mulder, A.M., Pulokas, J., Quispe, J.D., Voss, N.R., Potter, C.S., Carragher, B. Automatización en microscopía electrónica de partícula única conectando las piezas. (2010) Metodología enzimológica. 483:291-338. DOI: 10.1016/S0076-6879(10)83015-0

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Lander, G.C., Stagg, S.M., Voss, N.R., Cheng, A., Fellmann, D., Pulokas, J., Yoshioka, C., Irving, C., Mulder, A., Lau, P.W., Lyumkis, D., Potter, C.S., Carragher, B. Appion: una tubería integrada y basada en bases de datos para facilitar el procesamiento de imágenes de microscopía electrónica. (2009) Revista de Biología Estructural. 166(1):95-102. DOI: 10.1016/j.jsb.2009.01.002

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Educación

BS, Universidad de California en San Diego
Doctorado, The Scripps Research Institute


Premios y distinciones

  • Premio para Jóvenes Investigadores en Enfermedades Infecciosas ACS, 2025
  • Medalla MSA Burton, 2025
  • Premio Margaret C. Etter para Jóvenes Científicos de la American Crystallographic Association, 2025
  • Premio CAREER (Faculty Early Career Development) de la NSF, 2020
  • Becario Helmsley-Salk, 2014-2017
  • Premio a la Independencia Temprana del Director del Instituto Nacional de Salud, 2015
  • Premio George Palade, 2016