El Razavi Newman
Núcleo de Genómica Integrativa y Bioinformática

Tutoriales

Por favor, consulta la wiki de IGC para obtener información adicional sobre el análisis central y genómico. Nuestro sitio web del taller de 2017 tiene diapositivas e información adicional sobre análisis genómicos básicos, y también te animamos a consultar estos valiosos recursos sobre secuenciación de próxima generación y análisis genómicos:

• Tutorial de secuenciación de próxima generación HOMER
• Referencia de comandos de Linux
• Mejores prácticas de RNA-Seq
• Importancia de los réplicados biológicos
• Réplicas vs. Profundidad de secuenciación
• Comparación de herramientas populares de expresión diferencial
• ¿Cuáles son las herramientas disponibles para el análisis de expresión a nivel de isoforma?
• Diseño y Análisis de ChIP-Seq: Descripción General
• Artículo original de HiC de Lieberman-Aiden et al. (2009)
• Herramientas del Proyecto 4D Nucleome

Herramientas de Análisis

Existen muchas herramientas para ayudarte a analizar datos. Tenemos muchas herramientas de línea de comandos instaladas en nuestros servidores compartidos y hay muchas herramientas en línea disponibles, así que contáctanos si tienes preguntas específicas. Aquí te presentamos algunas de nuestras favoritas:

• Navegador del Genoma UCSC es una potente herramienta de visualización en línea para todos tus conjuntos de datos genómicos lineales.
• GSEA: El Análisis de Enriquecimiento de Conjuntos de Genes se utiliza para encontrar firmas de enriquecimiento de conjuntos de genes en tus conjuntos de datos de genes.
• WebGestalt: La herramienta de análisis de conjuntos de genes basada en la web también se utiliza para verificar si hay vías o términos GO enriquecidos en sus listas de genes.
• Rick: Kit interactivo de computación RNA para análisis automatizado de RNA-Seq a partir de una tabla de recuentos brutos.
• BART: Herramienta de Investigación de Arreglos Bioinformáticos para análisis automatizado de microarreglos.

Secuenciación

IGC no es un núcleo de secuenciación. El enfoque actual de IGC es el análisis de datos genómicos. El núcleo NGS es responsable de la generación de datos de secuenciación de próxima generación, incluida la preparación de librerías, la cuantificación y la secuenciación propiamente dicha.http://ngs.salk.edu/. Sin embargo, IGC puede ayudar a asesorar a los grupos sobre sus opciones y coordinar los esfuerzos de secuenciación entre múltiples grupos para ayudar a minimizar los costos.

IGC puede ofrecer asesoramiento sobre el diseño experimental, incluida la selección de los ensayos genómicos apropiados, los protocolos de preparación de bibliotecas y las estrategias de secuenciación. Si su grupo es nuevo en la secuenciación, es una buena idea hablar sobre sus planes con anticipación para comprender qué opciones están disponibles y asegurarse de que sus planes de secuenciación coincidan con el tipo de análisis de datos que espera realizar después de recibir sus datos.

Ayuda de TI

El IGC trabaja de cerca con el NGS core y el departamento de TI de Salk para asegurar que todos los recursos computacionales y datos se mantengan adecuadamente. Si perdió el enlace de sus datos de secuenciación, o necesita verificar detalles de secuenciación, por favor contacte al NGS core. Si tiene problemas para ejecutar análisis bioinformáticos o tiene inconvenientes con herramientas relacionadas con la bioinformática, por favor contacte al IGC. Si tiene problemas para acceder a un servidor, necesita ayuda con la VPN de Salk, o tiene problemas generales con su computadora, correo electrónico o teléfonos, por favor contacte a TI de Salk.