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manoj hariharan

Laboratorio de Análisis Genómico

manoj hariharan
Instituto Salk de Estudios Biológicos - Manoj Hariharan
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manoj hariharan

Científico sénior del personal
Laboratorio de Análisis Genómico

La expresión génica es un evento intrincadamente coordinado. La regulación espacio-temporal de la expresión génica se controla en varios niveles. Me concentro en tres facetas: las capas de regulación génica epigenética, transcripcional y postranscripcional. Como biólogo computacional, analizo datos genómicos generados por tecnologías de alto rendimiento en un esfuerzo por descubrir estas conexiones moleculares, con especial atención a la salud y las enfermedades humanas.

La modificación química selectiva (adición de un grupo metilo) en el quinto átomo de carbono de la citosina en el ADN (comúnmente conocida como metilación del ADN) es un aspecto epigenético clave que tiene efectos directos en la regulación génica. En el laboratorio de Ecker, trabajo para desentrañar la mecánica de cómo la metilación del ADN afecta la regulación génica en una variedad de sistemas. Formamos parte del Proyecto del Consorcio ENCODE (fase 3), donde analizamos los patrones de metilación diferenciales en varios órganos (espaciales) en etapas seleccionadas (temporales) del desarrollo embrionario de ratón y estudiamos su efecto en la expresión génica. Estas etapas corresponden a aquellas en las que se manifiestan varios trastornos del desarrollo humano. Recientemente hemos descubierto varios patrones novedosos de metilación del ADN que afirman sus efectos en los perfiles de expresión génica de varios órganos en cuatro individuos.

Trabajando en estrecha colaboración con varios grupos de investigación en el Instituto Salk, desempeñé un papel importante en varios proyectos de investigación, incluidos modelos de esquizofrenia en ratones, síndrome de progeria humana, reprogramación embrionaria mediante transferencia nuclear de células somáticas y transferencia de cuerpos polares, etc. También fui el investigador principal en el Centro para la Excelencia en Genómica de Células Madre financiado por CIRM, donde nos coordinamos con varios investigadores de células madre en California para producir conjuntos de datos multiómicos. Actualmente dirijo un equipo de investigadores para trabajar en la identificación del papel de la metilación del ADN en la regulación de genes, especialmente en proyectos financiados por el Departamento de Defensa de EE. UU. (DoD): ECHO, MBA y PHITE. También formo parte de Wu Tsai Human Performance Alliance y del consorcio MOTrPaC donde estudiamos los mecanismos epigenéticos durante el entrenamiento y el ejercicio.

Para obtener más información sobre mis actividades de investigación (incluidas investigaciones anteriores) y antecedentes, visite mi sitio web por haciendo clic aquí»

Educación

Asociado postdoctoral, Universidad de Stanford, CA
Becario postdoctoral, Universidad de Yale, CT
Doctorado en Biotecnología, Universidad de Pune, Pune, India (Trabajo de bioinformática realizado en el Instituto CSIR de Genómica y Biología Integrativa, Delhi)
Maestría en Bioinformática, Universidad de Bharathiar, Coimbatore, India.
Licenciatura en Biotecnología, Facultad de Ciencias Dr. GRD, Coimbatore, India.

Publicaciones Seleccionadas

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  • Schultz MD, He Y, Whitaker J, Hariharan M, Mukamel EA, Leung D, Rajagopal N, Nery J, Urich M, Chen H, Lin S, Lin Y, Jung I, Schmitt A, Selvaraj S, Ren B, Sejnowski T , Wang W, Ecker JR. (2015) Los mapas del epigenoma del cuerpo humano revelan una variación no canónica de la metilación del ADN. Naturaleza; en prensa.
  • Leung D, Jung I, Rajagopal N, Schmitt A, Selvaraj S, Lee AY, Yen CA, Lin S, Lin Y, Qiu Y, Xie W, Yue F, Hariharan M, Ray P, Kuan S, Edsall L, Yang H , Chi NC, Zhang MQ, Ecker JR, Ren B. (2015) Análisis integrador de epigenomas resueltos por haplotipos en tejidos humanos. Naturaleza; 518(7539):350-4
    • Hoja de ruta del Consorcio de Epigenómica. (2015) Análisis integrativo de 111 epigenomas humanos de referencia. Naturaleza; 518 (7539): 317-30.
  • Ma H, Morey R, O'Neil RC, He Y, Daughtry B, Schultz MD, Hariharan M, Nery JR, Castanon R, Sabatini K, Thiagarajan RD, Tachibana M, Kang E, Tippner-Hedges R, Ahmed R, Gutierrez NM, Van Dyken C, Polat A, Sugawara A, Sparman M, Gokhale S, Amato P, Wolf DP, Ecker JR, Laurent LC, Mitalipov S. (2014) Naturaleza; 511 (7508): 177-83.
  • Laddha SV, Nayak S, Paul D, Reddy R, Sharma C, Jha P, Hariharan M, Agrawal A, Chowdhury S, Sarkar C, Mukhopadhyay A. El análisis de todo el genoma revela una regulación a la baja del grupo miR-379/miR-656 en humanos cánceres (2013) biol directo; 8: 10.
  • Pronto WW, Hariharan M, Snyder MP. (2013) Secuenciación de alto rendimiento para biología y medicina. Mol Syst Biol. ;9:640.
  • Gerstein, MB, Kundaje, A., Hariharan, M., Landt, SG, Yan, K., Cheng, C., Mu, X., Khurana, E., Rozowsky, J., Alves, P., Abyzov, A., Addleman, N., Alexander, R., Bhardwaj, N., Boyle, AB, Cayting, P., Charos, A., Cheng, Y., Clarke, D., Eastman, C., Euskirchen, G. ., Frietze, S., Gertz, J., Grubert, F., Harmanci, A., Jain, P., Kasowski, M., Lacroute, P., Leng J., Lian, J., Min, R. , Monahan, H., O'Geen, H., Ouyang, Z., Partridge, EC, Patacsil, D., Pauli, F., Raha, D., Ramirez, L., Reddy, TE, Reed, B. , Shi, M., Slifer, T., Wang, C., Wu, L., Yang, X., Yip, K., Zilberman-Schapira, G., Batzoglou, S., Sidow, A., Farnham, PJ, Myers, R., Weissman, SM y Snyder, M. (2012) Arquitectura de la red reguladora humana derivada de datos ENCODE. Naturaleza 489 (7414): 91 100-.
  • El Consorcio del Proyecto ENCODE. (2012) Una enciclopedia integrada de elementos de ADN en el genoma humano. Naturaleza 489 (7414): 57 74-.
  • Boyle, AP, Hong, EL, Hariharan, M., Cheng, Y., Schaub, MA, Karczewski, KJ, Park, J., Hitz, BC, Weng, S., Cherry, JM y Snyder, M. (2012 ) Anotación de variación funcional en genomas personales utilizando RegulomeDB. Genoma Res. 22 (9): 1790 7-.
  • Chen, R., Mias, GI, Li-Pook-Than, J., Lam, H., Jiang, L., Chen, R, Miriami, E., Karczewski, K., Hariharan, M., Dewey, FE , Lin, S., Habegger, H., Clark, MJ, Balasubramanian, S., Cheng, Y., O'Huallachain, M., Dudley, J., Hillemenyer, S., Haraksingh, R., Sharon, D ., Euskirchen, G., Lacroute, P., Bettinger, K., Im, H., Boyle, AP, Kasowski, M., Grubert, F., Seki, S., García, M., Whirl-Carrillo, M., Gallardo, M., Blasco, MA, Greenberg.PL, Snyder, P., Klein, TE, Altman, RB, Butte, A., Ashley, EA, Nadeau, K., Gerstein, M., Tang, H. y Snyder, M. (2012) El perfil ómico personal revela fenotipos moleculares y médicos dinámicos. Celular 148, 1293-1307.
  • Wu, J., Seay, M., Schulz, V., Hariharan, M., Tuck, D., Lian J., Du, J., Shi, M., Ye, Z., Gerstein, M., Snyder , M., Weissman, S. (2012) TCF7 es un regulador importante del cambio de autorrenovación y diferenciación en una línea celular hematopoyética multipotencial. Genética PLoS 8 (3): e1002565.
  • Gokhale, S., Hariharan, M., Brahmachari, SK y Gadgil, C. (2012) Un método simple para incorporar los efectos dinámicos de la regulación mediada por miARN intrónico. Biosistema Mol. 8 (8): 2145 52-.
  • Kasowski M., Grubert F., Heffelfinger C., Hariharan M., Asabere A., Waszak, SM, Habegger L., Rozowsky J., Shi M., Urban A., Hong MY, Weissman SM, Gerstein M., Korbel, J. y Snyder M (2010) Variación en la unión del factor de transcripción entre humanos. Ciencia: 328 (5975): 232 5-.
  • Bargaje, R., Hariharan, M., Scaria, V., Pillai, B. (2010) Perfiles de expresión de miARN de consenso derivados de la normalización entre plataformas de datos de micromatrices. moléculas de ARN 16 (1) 16-25.
  • Ahluwalia, JK, Hariharan, M., Bargaje, R., Pillai, B. y Brahmachari, V. (2009) Penetrancia incompleta y expresividad variable: ¿hay una conexión de microARN? Bioessays 31 (9): 981 982-
  • Hariharan, M., Scaria, V. y Brahmachari, SK (2008) dbSMR: un recurso novedoso de SNP de todo el genoma que afectan la regulación mediada por microARN. BMC Bioinformática;10:108
  • Sharma, A., Kumar, M., Aich, J., Hariharan, M. y Brahmachari, SK, Agrawal, A. y Ghosh, B. (2008) Regulación postranscripcional de la expresión de interleucina-10 por hsa-miR- 106a. Proc Natl Acad Sci US A. 106(14):5761-6.
  • Ahluwalia, JK, Khan, SZ, Soni, K., Gupta, A., Hariharan, M., Scaria, V., Patowary, A., Lalwani, M., Sivasubbu, S., Pillai, B., Mitra, D. y Brahmachari, SK (2008) El microARN celular humano hsa-miR-29a interfiere con la expresión de la proteína nef viral y la replicación del VIH-1. Retrovirología; 23;5:117
  • Arora, A., Dutkiewicz, M., Scaria, V., Hariharan, M., Maiti, S y Kurreck, J. (2008) Inhibición de la traducción en células eucariotas vivas por un motivo RNA G-quadruplex. moléculas de ARN. 7: 1290-6.
  • Consorcio de variación del genoma indio. (2008) Paisaje genético de la gente de la India: un lienzo para la exploración de genes de enfermedades. J. Genet. 87 (1): 3 20-.
  • Hariharan, M., Scaria, V., Pillai, B. y Brahmachari, SK (2005) Objetivos para microARN codificados por humanos en genes del VIH. Biochem.Biophys.Res.Commun. 337: 1214-1218.