Логотип Института Солка

Манодж Харихаран

Лаборатория геномного анализа

Манодж Харихаран
Институт биологических исследований Солка - Манодж Харихаран
Назад к штатным ученым

Манодж Харихаран

Старший научный сотрудник
Лаборатория геномного анализа

Экспрессия генов представляет собой сложно координируемое событие. Пространственно-временная регуляция экспрессии генов контролируется на нескольких уровнях. Я фокусируюсь на трех аспектах — эпигенетическом, транскрипционном и посттранскрипционном уровнях регуляции генов. Как вычислительный биолог, я анализирую геномные данные, полученные с помощью высокопроизводительных технологий, чтобы выявить эти молекулярные связи, уделяя особое внимание здоровью и болезням человека.

Селективная химическая модификация (добавление метильной группы) у пятого атома углерода цитозина в ДНК (обычно называемая метилированием ДНК) является ключевым эпигенетическим аспектом, оказывающим прямое влияние на регуляцию генов. В лаборатории Экера я работаю над разгадкой механизма того, как метилирование ДНК влияет на регуляцию генов в различных системах. Мы являемся частью проекта консорциума ENCODE (этап 3), где мы изучаем дифференциальные модели метилирования в различных органах (пространственные) на выбранных стадиях (временные) эмбрионального развития мыши и изучаем их влияние на экспрессию генов. Эти стадии соответствуют тем, на которых проявляются некоторые нарушения развития человека. Недавно мы обнаружили несколько новых паттернов метилирования ДНК, которые подтверждают свое влияние на профили экспрессии генов в различных органах у четырех человек.

Работая в тесном контакте с различными исследовательскими группами в Институте Солка, я играл важную роль в нескольких исследовательских проектах, включая модели шизофрении на мышах, синдром прогерии человека, репрограммирование эмбрионов с использованием переноса ядра соматических клеток и переноса полярного тельца и т. д. Я также был ведущим исследователем в Центр передового опыта в области геномики стволовых клеток, финансируемый CIRM, где мы координировали свои действия с несколькими исследователями стволовых клеток в Калифорнии для создания мультиомических наборов данных. В настоящее время я возглавляю группу исследователей, которые работают над определением роли метилирования ДНК в регуляции генов, особенно в проектах, финансируемых Министерством обороны США (DoD) — ECHO, MBA и PHITE. Я также являюсь членом Wu Tsai Human Performance Alliance и консорциума MOTrPaC, где мы изучаем эпигенетические механизмы во время тренировок и упражнений.

Для получения дополнительной информации о моей исследовательской деятельности (включая прошлые исследования) и предыстории, пожалуйста, посетите мой веб-сайт по адресу нажмите здесь»

Образование

Постдокторант, Стэнфордский университет, Калифорния
Постдокторант, Йельский университет, Коннектикут
Кандидат биотехнологий, Университет Пуны, Пуна, Индия (работа в области биоинформатики, выполненная в Институте геномики и интегративной биологии CSIR, Дели)
Магистр биоинформатики, Университет Бхаратиар, Коимбатур, Индия.
Бакалавр биотехнологии, Научный колледж доктора GRD, Коимбатур, Индия.

Избранные публикации

  • Полный список пожалуйста, нажмите здесь»
  • Шульц М.Д., Хе Ю., Уитакер Дж., Харихаран М., Мукамель Э.А., Леунг Д., Раджагопал Н., Нери Дж., Урих М., Чен Х., Лин С., Лин Ю., Юнг И., Шмитт А., Селварадж С., Рен Б., Сейновски Т. , Ван В, Экер Дж.Р. (2015) Карты эпигенома человеческого тела показывают неканоническую вариацию метилирования ДНК. Природа; в прессе.
  • Люн Д., Юнг И., Раджагопал Н., Шмитт А., Селварадж С., Ли А.И., Йен КА, Линь С., Линь И., Цю И., Се В., Юэ Ф., Харихаран М., Рэй П., Куан С., Эдсолл Л., Ян Х. , Chi NC, Zhang MQ, Ecker JR, Ren B. (2015) Интегративный анализ эпигеномов с разрешением гаплотипов в тканях человека. Природа; 518 (7539): 350-4
    • Консорциум эпигеномики дорожной карты. (2015) Интегративный анализ 111 эталонных эпигеномов человека. Природа; 518 (7539): 317-30.
  • Ма Х., Мори Р., О'Нил Р.С., Хе И., Дотри Б., Шульц М.Д., Харихаран М., Нери Дж.Р., Кастанон Р., Сабатини К., Тиагараджан Р.Д., Татибана М., Канг Э., Типпнер-Хеджес Р., Ахмед Р., Гутьеррес Н.М., Ван Дайкен С., Полат А., Сугавара А., Спарман М., Гокхале С., Амато П., Вольф Д.П., Экер Дж.Р., Лоран Л.С., Миталипов С. (2014) Природа; 511 (7508): 177-83.
  • Ладдха С.В., Наяк С., Пол Д., Редди Р., Шарма С., Джха П., Харихаран М., Агравал А., Чоудхури С., Саркар С., Мухопадхьяй А. Анализ всего генома выявил подавление кластера миР-379/миР-656 у человека раки. (2013) Биол Директ; 8: 10.
  • Вскоре В.В., Харихаран М., Снайдер М.П. (2013) Высокопроизводительное секвенирование для биологии и медицины. Мол Сист Биол. ;9:640.
  • Герштейн М.Б., Кундадже А., Харихаран М., Ландт С.Г., Ян К., Ченг С., Му Х., Хурана Э., Розовский Дж., Алвес П., Абызов, А., Аддлман, Н., Александр, Р., Бхардвадж, Н., Бойл, А.Б., Кейтинг, П., Чарос, А., Ченг, Ю., Кларк, Д., Истман, К., Ойскирхен, Г. ., Frietze, S., Gertz, J., Grubert, F., Harmanci, A., Jain, P., Kasowski, M., Lacroute, P., Leng J., Lian, J., Min, R. , Монахан, Х., О'Гин, Х., Оуян, З., Партридж, Э.К., Патаксил, Д., Паули, Ф., Раха, Д., Рамирес, Л., Редди, Т.Э., Рид, Б. , Ши, М., Слифер, Т., Ван, К., Ву, Л., Ян, X., Ип, К., Зильберман-Шапира, Г., Бацоглу, С., Сидоу, А., Фарнхэм, П.Дж., Майерс, Р., Вайсман, С.М. и Снайдер, М. (2012) Архитектура регуляторной сети человека, полученная на основе данных ENCODE. Природа 489 (7414): 91-100.
  • Консорциум проекта ENCODE. (2012) Интегрированная энциклопедия элементов ДНК в геноме человека. Природа 489 (7414): 57-74.
  • Бойл, А.П., Хонг, Э.Л., Харихаран, М., Ченг, Ю., Шауб, М.А., Карчевски, К.Дж., Парк, Дж., Хитц, Б.К., Венг, С., Черри, Дж.М. и Снайдер, М. (2012 г. ) Аннотация функциональных вариаций в личных геномах с использованием RegulomeDB. Геном Res. 22 (9): 1790-7.
  • Чен Р., Миас Г.И., Ли-Пук-Тан Дж., Лам Х., Цзян Л., Чен Р., Мириами Э., Карчевски К., Харихаран М., Дьюи Ф.Е. , Лин, С., Хабеггер, Х., Кларк, М.Дж., Баласубраманян, С., Ченг, Ю., О'Хуаллачейн, М., Дадли, Дж., Хиллеменьер, С., Хараксинг, Р., Шарон, Д. ., Ойскирхен Г., Лакрут П., Беттингер К., Им Х., Бойл А.П., Касовски М., Груберт Ф., Секи С., Гарсия М., Уирл-Каррильо, М., Галлардо М., Бласко М.А., Гринберг П.Л., Снайдер П., Кляйн Т.Е., Альтман Р.Б., Бьют А., Эшли Э.А., Надо К., Герштейн М., Танг, Х. и Снайдер, М. (2012) Профилирование личных омик выявляет динамические молекулярные и медицинские фенотипы. Ячейка 148, 1293-1307.
  • Ву, Дж., Сей, М., Шульц, В., Харихаран, М., Так, Д., Лиан Дж., Ду, Дж., Ши, М., Йе, З., Герштейн, М., Снайдер , М., Вайсман, С. (2012) TCF7 является важным регулятором переключения самообновления и дифференцировки в мультипотенциальной кроветворной клеточной линии. Генетика PLoS 8 (3): e1002565.
  • Гокхале, С., Харихаран, М., Брахмачари, С.К. и Гадгил, К. (2012) Простой метод включения динамических эффектов регуляции, опосредованной интронной микроРНК. Мол Биосист. 8 (8): 2145-52.
  • Касовски М., Груберт Ф., Хеффельфингер К., Харихаран М., Асабере А., Васзак С.М., Хабеггер Л., Розовски Дж., Ши М., Урбан А., Хонг М.Ю., Вайсман С.М., Герштейн М., Корбел, Дж. и Снайдер М. (2010) Различия в связывании факторов транскрипции у людей. Наука 328 (5975): 232-5.
  • Bargaje, R., Hariharan, M., Scaria, V., Pillai, B. (2010) Консенсусные профили экспрессии микроРНК, полученные на основе межплатформенной нормализации данных микрочипов. РНК 16 (1): 16-25.
  • Ahluwalia, JK, Hariharan, M., Bargaje, R., Pillai, B., and Brahmachari, V. (2009) Неполная пенетрантность и переменная экспрессивность: существует ли связь микроРНК? Bioessays 31 (9): 981-982
  • Харихаран, М., Скария, В., и Брахмачари, С.К. (2008) dbSMR: новый ресурс полногеномных SNP, влияющих на регуляцию, опосредованную микроРНК. BMC Биоинформатика10:108
  • Шарма А., Кумар М., Айч Дж., Харихаран М. и Брахмачари С.К., Агравал А. и Гош Б. (2008) Посттранскрипционная регуляция экспрессии интерлейкина-10 с помощью hsa-miR- 106а. Proc Natl Acad Sci США А. 106 (14): 5761-6.
  • Ахлувалия Дж.К., Хан С.З., Сони К., Гупта А., Харихаран М., Скария В., Патовари А., Лалвани М., Сивасуббу С., Пиллаи Б., Митра, Д. и Брахмачари, С.К. (2008) Человеческая клеточная микроРНК hsa-miR-29a препятствует экспрессии вирусного белка nef и репликации ВИЧ-1. ретровирусологии; 23;5:117
  • Арора, А., Дуткевич, М., Скария, В., Харихаран, М., Маити, С. и Куррек, Дж. (2008) Ингибирование трансляции в живых эукариотических клетках мотивом G-квадруплекса РНК. РНК, 7: 1290-6.
  • Индийский консорциум вариаций генома. (2008) Генетический ландшафт жителей Индии: холст для исследования генов болезней. Дж. Жене. 87 (1): 3-20.
  • Hariharan, M., Scaria, V., Pillai, B., и Brahmachari, SK (2005) Мишени для кодируемых человеком микроРНК в генах ВИЧ. Биохим.Биофиз.Рес.Коммун, 337: 1214-1218.