マーティン、GD、カラギリ、R.、ベジャーニ、G.、スタンフィールド、RL、チョードリ、I.、サラ、M.、マイゼンヘルダー、J.、チェン、C.、ビスワス、A.、レヴィ、RM、 リュムキス、D.、ウィルソン、IA、ハンター、T.、シドゥ、SS ファージディスプレイを使用して、より親和性の高いヒト化 3' ホスホヒスチジン特異的抗体を合理的に設計します。 (2025) コミュニケーション化学。 8(1):381. DOI: 10.1038/s42004-025-01768-9

Jing、T.、Shan、Z.、Dinh、T.、Biswas、A.、Jang、S.、Greenwood、J.、Li、M.、Zhang、Z.、Gray、G.、Shin、HJ、Zhou、B.、Passos、D.、Strutzenberg、TS、Aiyer、S.、Andrade、L.、Zhang、Y.、Li、Z.、Craigie、R.、Engelman、 AN、クヴァラツヘリア、M.、 リュムキス、D. オリゴマー HIV-1 インテグラーゼ構造は、インタソームの組み立てと RNA 結合の機能的可塑性を明らかにします。 (2025) ネイチャーコミュニケーション 16(1):9430. DOI: 10.1038/s41467-025-64479-8

Zhao、XZ、Li、M.、Smith、SJ、Karbasi、A.、Choudhuri、I.、Jing、T.、 リュムキス、D.、クレイギー、R.、バーク、TR ウイルス DNA との Pi-pi スタッキング相互作用は、ナフチリジンベースの HIV-1 インテグラーゼ阻害剤の効力に寄与します。 (2025) NAR 分子医学 2(4):ugaf039。 DOI: 10.1093/narmme/ugaf039

Li, Z.、Burgos-Bravo, F.、Xu, K.、Li, C.、Kwan, KY、Tong, AB、Shan, Z.、Wang, H.、Takaku, M.、Li, J.、Shi, Z.、 リュムキス、D.、Bustamante、C.、Fei、J. 相分離された NDF-FACT 凝縮物はクロマチン上の転写伸長を促進します。 (2025) 自然の細胞生物学。 DOI: 10.1038/s41556-025-01778-8

ロドリゲス、ZK、アンディーノ＝モンカダ、JR、ビュート、SA、メフラニ、A.、ラナウィーラ、A.、シー、J.、アンドラーデ、LR、シン、SP、ストルッツェンベルク、TS、マリン、M.、ゲレーロ＝フェレイラ、R.、ラフマニ、H.、グロッチャン、DA、スタッグ、S.​​、メリキアン、GB、 リュムキス、D.、フランシス、AC HIV-1 カプシドの構造変化を研究するための時間分解蛍光イメージングと相関クライオ電子トモグラフィー。 (2025) ACS Nano。 DOI：10.1021 / acsnano.5c06724

Sheng, K.、Dong, X.、Aiyer, S.、Lee, J.、ジョルジェヴィッチ＝マルカルト、S.、 リュムキス、D.、ウィリアムソン、JR リボ核タンパク質複合体の組み立てを研究するための構造プラットフォームとしてのアンチセンスオリゴヌクレオチドプローブ。 (2025) ネイチャーコミュニケーション 16(1):6642. DOI: 10.1038/s41467-025-61640-1

サン、Q.、アイヤー、S.、ビスワス、A.、ハルダン、A.、チャタジー、S.、マツバヤシ、N.、 リュムキス、D.、レヴィ、RM 過剰化学ポテンシャルの分子動力学シミュレーションによる Cryo-EM 再構成の de Novo 水和。 (2025) bioRxiv。 DOI：10.1101 / 2025.05.23.655847

Biswas, A.、Choudhuri, I.、Huang, K.、Sun, Q.、Sali, A.、Echeverria, I.、Haldane, A.、Levy, RM、 リュムキス、D. HIV における薬剤耐性のエピスタシス起源の進化的配列と構造的基礎。 (2025) bioRxiv。 DOI：10.1101 / 2025.04.30.651576

Strutzenberg, TS, Mann, MD, Li, X., Shin, H., Kelsey, J., Aiyer, S., Yu, J., Gray, G., Zhang, Z., Shan, Z., Zhou, B., Zheng, Y., Griffin, PR, リュムキス、D. ヌクレオソームのエンゲージメントがRORγtの構造とダイナミクスを制御します。 (2025) bioRxiv。 DOI：10.1101 / 2025.03.10.642251

ノースカロライナ州ホートン リュムキス、D. SgrAI フィラメント形成メカニズムの構造、メカニズム、および運動学的利点。 (2024) 生化学と分子生物学の批判的レビュー。:1-39 DOI: 10.1080/10409238.2024.2440315

マーティン、GD、カラギリ、R.、ベジャーニ、G.、スタンフィールド、RL、チョードリ、I.、サラ、M.、マイゼンヘルダー、J.、チェン、C.、ビスワス、A.、レヴィ、RM、 リュムキス、D.、ウィルソン、IA、ハンター、T.、シドゥ、SS ファージディスプレイを使用して、より親和性の高いヒト化 3' ホスホヒスチジン特異的抗体を合理的に設計します。 (2024) bioRxiv。 DOI：10.1101 / 2024.11.04.621849

シャン、Z.、リベロ・ガメス、A.、 リュムキス、D.、ノースカロライナ州ホートン 活性化された糸状 SgrAI による DNA 切断の 2 つの金属イオン機構。 (2024) 生物化学のジャーナル。:107576 DOI: 10.1016/j.jbc.2024.107576

Dong、X.、Sheng、K.、Gebert、LFR、Aiyer、S.、MacRae、IJ、 リュムキス、D.、ウィリアムソン、JR 環状に置換された rRNA による細菌リボソームの組み立て。 (2024) 核酸研究。 DOI: 10.1093/nar/gkae636

Van Veen, D.、Galaz-Montoya, JG、Shen, L.、Baldwin, P.、Chaudhari, AS、 リュムキス、D.、シュミット、MF、チウ、W.、ポーリー、J. 座標ネットワークを使用した教師なし学習によるウェッジの完了の欠落。 (2024) Ｉｎｔ Ｊ Ｍｏｌ Ｓｃｉ。 25(10)． DOI: 10.3390/ijms25105473

シェン、K.、ドン、X.、アイアー、S.、リー、J.、マルクアート、SD、 リュムキス、D.、ウィリアムソン、JR アンチセンスオリゴヌクレオチドプローブにより明らかにされた細菌 50S アセンブリにおけるドメイン統合。 (2024) bioRxiv。 DOI：10.1101 / 2024.05.08.593220

Biswas、A.、Choudhuri、I.、アーノルド、E.、 リュムキス、D.、ハルデーン、A.、レヴィ、RM 速度論的共進化モデルは、薬剤選択圧力下での HIV-1 耐性変異の一時的な出現を予測します。 (2024) アメリカ合衆国国立科学アカデミーの議事録。 121(15):e2316662121。 DOI: 10.1073/pnas.2316662121

Dong、X.、Sheng、K.、Gebert、LFR、Aiyer、S.、MacRae、IJ、 リュムキス、D. 円順列変異したrRNAによる細菌リボソームの構築 (2024) bioRxiv。 DOI：https://doi.org/10.1101/2024.04.10.588894

Van Veen, D.、Galaz-Montoya, JG、Shen, L.、Baldwin, P.、Chaudhari, AS、 リュムキス、D.、シュミット、MF、チウ、W.、ポーリー、J. 座標ネットワークを使用した教師なし学習によるウェッジの完了の欠落。 (2024) bioRxiv。 DOI：10.1101 / 2024.04.12.589090

Aiyer, S.、Baldwin, P.R.、Tan, S.M.、Shan, Z.、Oh, J.、Mehrani, A.、Bowman, M.E.、Louie, G.、Passos, D.O.、チョルジェヴィッチ＝マルカルト、S.、ミーチェ、 M.、Hull、J.A.、Hoshika、S.、Barad、B.A.、Grotjahn、D.A.、McKenna、R.、Agbandje-McKenna、M.、Benner、S.A.、Noel、J.A.P.、Wang、D.、Tan、Y.Z.、 リュムキス、D. 傾斜クライオ EM データ収集中の解像度の低下を克服します。 (2024) ネイチャーコミュニケーション 15(1):389. DOI: 10.1038/s41467-023-44555-7

サン、Q.、ビスワス、A.、 リュムキス、D.、レビー、R.、デン、N. 第三世代 HIV-1 インテグラーゼ鎖転移阻害剤の結合モードの分子決定因子の解明: 側鎖と溶媒の再構成の重要性。 (2024) ウイルス。 16(1)． DOI: 10.3390/v16010076

Jing、T.、Shan、Z.、Dinh、T.、Biswas、A.、Jang、S.、Greenwood、J.、Li、M.、Zhang、Z.、Grey、G.、Shin、HJ、Zhou 、B.、パッソス、D.、アイヤー、S.、リー、Z.、クレイギー、R.、エンゲルマン、AN、クヴァラツヘリア、M.、 リュムキス、D. オリゴマー HIV-1 インテグラーゼ構造は、インタソーム構築と RNA 結合の機能的可塑性を明らかにします。 (2024) bioRxiv。 DOI：10.1101 / 2024.01.26.577436

ハーク、DB、ルドルフ、B.、チャン、C.、 リュムキス、D.、トール、N. RNA スプライシング中の分岐の構造基盤。 (2023) 自然の構造と分子生物学。 DOI: 10.1038/s41594-023-01150-0

Oh、J.、Shan、Z.、Hoshika、S.、Xu、J.、Chong、J.、Benner、SA、 リュムキス、D.、ワン、D. 統一されたワトソンクリック構造により、大腸菌 RNA ポリメラーゼによる XNUMX 文字の拡張された DNA アルファベットの転写が促進されます。 (2023) ネイチャーコミュニケーション 14(1):8219. DOI: 10.1038/s41467-023-43735-9

Xie、L.、Bowman、ME、Louie、GV、Zhang、C.、Ardejani、MS、Huang、X.、Chu、Q.、ドナルドソン、CJ、ヴォーン、JM、シャン、H.、パワーズ、ET、ケリー、JW、 リュムキス、D.、ノエル、JP、サガテリアン、A. CYREN マイクロタンパク質の生化学とタンパク質相互作用。 (2023) 生化学。 DOI: 10.1021/acs.biochem.3c00397

Sheng, K.、Li, N.、Rabuck-Gibbons, JN、Dong, X.、 リュムキス、D.、ウィリアムソン、JR 細菌の大きなリボソームサブユニットの組み立て風景。 (2023) ネイチャーコミュニケーション 14(1):5220. DOI: 10.1038/s41467-023-40859-w

リー、M.、オリベイラ・パッソス、D.、シャン、Z.、スミス、SJ、サン、Q.、ビスワス、A.、チョードリ、I.、ストルッツェンバーグ、TS、ハルダン、A.、デン、N.、リー、Z.、チャオ、XZ、ブリガンティ、L.、クヴァラツヘリア、M.、バーク、TR、レヴィ、RM、ヒューズ、SH、クレイギー、R.、 リュムキス、D. ドルテグラビルに対する HIV-1 インテグラーゼ耐性のメカニズムと薬剤耐性変異体の強力な阻害。 (2023) 科学の進歩 9(29):eadg5953。 DOI: 10.1126/sciadv.adg5953

Dong、X.、Doerfel、LK、Sheng、K.、Rabuck-Gibbons、JN、Popova、AM、 リュムキス、D.、ウィリアムソン、JR 50S リボソームの生理学に近い in vitro アセンブリには、平行した経路が関与します。 (2023) 核酸研究。 DOI: 10.1093/nar/gkad082

リュムキス、D.、ノースカロライナ州ホートン 配列特異的エンドヌクレアーゼ SgrAI の活性化および DNA 配列特異性におけるフィラメント化の役割。 (2022) 生化学会トランザクションズ。 DOI: 10.1042/BST20220547

Sheng, K.、Li, N.、Rabuck-Gibbons, JN、Ding, X.、 リュムキス、D.、ウィリアムソン、JR 教師なしボクセルベースのセグメンテーションにより、細菌のリボソーム大サブユニットの初期集合の状況が明らかに (2022) バイオRiv. DOI：https://doi.org/10.1101/2022.11.09.515851

ヨージウィク、IK、リー、W.、チャン、DW、ウォン、D.、グラウェンホフ、J.、バランドラス＝コーラス、A.、アイイヤー、S.、チェレパノフ、P.、エンゲルマン、AN、 リュムキス、D. レトロウイルス組み込み中の標的 DNA の B から A への移行。 (2022) 核酸研究。 DOI: 10.1093/nar/gkac644

ハリソン、JJEK、オリベイラ・パソス、D.、ブルーン、JF、バウマン、JD、テュバーティ、L.、デステファノ、JJ、ザビエル・ルイス、F.、 リュムキス、D.、アーノルド、E. HIV-1 Pol ポリタンパク質の Cryo-EM 構造により、ビリオンの成熟に関する洞察が得られます (2022) 科学の進歩 DOI: https://doi.org/10.1126/sciadv.abn9874

Aiyer、S.、Strutzenberg、TS、Bowman、ME、Noel、JP、 リュムキス、D. Leginon を使用したステージ傾斜による単一粒子クライオ EM データ収集。 (2022) ジョヴ。(185) DOI: 10.3791/64136

バランドラス・コーラス、A.、チヴクラ、V.、グルシュカ、DT、シャン、Z.、シン、PK、パイ、VE、マクリーン、RK、ベッドウェル、GJ、リー、W.、ナンズ、A.、クック、ニュージャージー州、ファデル、HJ、ポエシュラ、EM、グリフィス、DJ、バルガス、J.、テイラー、IA、 リュムキス、D.、ヤルディムチ、H.、エンゲルマン、AN、チェレパノフ、P. レンチウイルスのインテグラーゼ機能に不可欠な多価相互作用。 (2022) ネイチャーコミュニケーション 13(1):2416. DOI: 10.1038/s41467-022-29928-8

ホートン、N.、ガディリアン、N.、シャン、Z.、 リュムキス、D. 酵素フィラメント形成を介したSgrAIの活性化のメカニズムとDNA配列の特異性拡張のメカニズム。 (2022) FASEBジャーナル。 36 補足 1: これは単なる要約です。 DOI: 10.1096/fasebj.2022.36.S1.0R839

ニュージャージー州ラバック・ギボンズ、 リュムキス、D.、ウィリアムソン、JR リボソーム構築中間体のクライオ EM データセットにおける組成の不均一性の定量的マイニング。 (2022) 構造。 DOI: 10.1016/j.str.2021.12.005

シャン、Z.、ガディリアン、N.、 リュムキス、D.、ノースカロライナ州ホートン フィラメント形成酵素 SgrAI の遷移前状態とアポ構造は、活性化と基質特異性のメカニズムを解明します。 (2022) 生物化学のジャーナル。:101760 DOI: 10.1016/j.jbc.2022.101760

パッソス、DO、リー、M.、クレイギー、R.、 リュムキス、D. 本の章 - レトロウイルス インテグラーゼ: 構造、メカニズム、および阻害 (2021) 酵素。 50:249-300。 DOI: https://doi.org/10.1016/bs.enz.2021.06.007

リュムキス、D. 本の章: 優先方向。 悪影響をどのように認識し、対処するか。 (2021) 生体高分子の単粒子クライオ EM。 DOI: 10.1088/978-0-7503-3039-8

スミス、SJ、チャオ、XZ、パッソス、DO、パイ、VE、チェレパノフ、P.、 リュムキス、D.、バーク、TR、ヒューズ、SH 薬剤耐性インテグラーゼ変異体に対する効力に影響を与える修飾を施した HIV-1 インテグラーゼ阻害剤。 (2021) ACS Infect Dis。 DOI: 10.1021/acsinfecdis.0c00819

スミス、SJ、チャオ、XZ、パソス、DO、 リュムキス、D.、バーク、TR、ヒューズ、SH インテグラーゼ鎖転移阻害剤は効果的な抗 HIV 薬です。 (2021) ウイルス。 13(2)． DOI: 10.3390/v13020205

Aiyer、S.、Zhang、C.、ボールドウィン、PR、 リュムキス、D. クライオ EM 密度マップの局所および方向分解能の評価。 (2020) 分子生物学の方法。 2215:161-187. DOI: 10.1007/978-1-0716-0966-8_8

ヨージヴィク、IK、パッソス、DO、 リュムキス、D. HIV インテグラーゼ鎖転移阻害剤の構造生物学。 (2020) 薬理学的科学の動向 DOI: 10.1016/j.tips.2020.06.003

ボールドウィン、広報、 リュムキス、D. Cryo-EM でのフーリエ空間サンプリングを視覚化および分析するためのツール。 (2020) 生物物理学と分子生物学の進歩。 DOI: 10.1016/j.pbiomolbio.2020.06.003

Brugger、C.、Zhang、C.、Suhanovsky、MM、Kim、DD、Sinclair、AN、 リュムキス、D.、ディアコネスク、午前 転写修復共役および進化因子MfdによるdsDNA転座の分子決定因子。 (2020) ネイチャーコミュニケーション 11(1):3740. DOI: 10.1038/s41467-020-17457-1

スミス、SJ、チャオ、XZ、パソス、DO、 リュムキス、D.、バーク、TR、ヒューズ、SH 薬剤耐性インテグラーゼ変異体に対して活性を示す HIV-1 インテグラーゼ阻害剤。 (2020) 抗菌剤と化学療法。 DOI: 10.1128/AAC.00611-20

パッソス、DO、リー、M.、ジョジウィク、IK、チャオ、XZ、サントス-マルティンス、D.、ヤン、R.、スミス、SJ、ジョン、Y.、フォルリ、S.、ヒューズ、SH、バーク、TR 、クレイギー、R.、 リュムキス、D. HIV インタソームに結合する鎖転移阻害剤の構造基盤。 (2020) 科学。 DOI: 10.1126/science.aay8015

ラバック＝ギボンズ、JN、ポポバ、AM、グリーン、EM、セルバンテス、CF、 リュムキス、D.、ウィリアムソン、JR SrmB は捕らえられたリボソーム集合中間体を救出します。 (2019) 分子生物学ジャーナル。 DOI: 10.1016/j.jmb.2019.12.013

ボールドウィン、広報、 リュムキス、D. 投影分布の不均一性により、クライオ EM の解像度が低下します。 (2019) Prog。 生物物理学。 モル。 Biol。 DOI: 10.1016/j.pbiomolbio.2019.09.002

ポーリー、S. リュムキス、D.、ノースカロライナ州ホートン SgrAI エンドヌクレアーゼのフィラメント形成誘導性アロステリック活性化のメカニズム。 (2019) 構造。 27(10):1497-1507。 DOI: 10.1016/j.str.2019.08.001

ハーク、DB、ヤン、X.、チャン、C.、ヒンジー、J.、 リュムキス、D.、ベイカー、TS、トゥーア、N. DNA へのグループ II イントロン逆スプライシングのクライオ EM 構造。 (2019) セル。 178(3):612-623.e12. DOI: 10.1016/j.cell.2019.06.035

コネル、PC、フランシス、AC、デン、N.、レーベンスブルク、SV、ホイテ、AC、リンデンバーガー、J.、アドゥアンプラトゥム、D.、ラルー、RC、ヴェンペ、MF、エンゲルマン、AN、 リュムキス、D.、フックス、JR、レヴィ、RM、メリキアン、GB、クヴァラツヘリア、M. HIV-1 インテグラーゼ四量体は、ピリジンベースのアロステリック インテグラーゼ阻害剤の抗ウイルス標的です。 (2019) イーライフ。 8. DOI: 10.7554/eLife.46344

リュムキス、D. クライオ EM 単粒子分析における課題と機会。 (2019) 生物化学のジャーナル。 DOI: 10.1074/jbc.REV118.005602

Zhang, C.、Cantara, W.、Jeon, Y.、Musier-Forsyth, K.、Grigorieff, N.、 リュムキス、D. Cryo-EM と焦点を絞った分類を使用した、高分子集合体の個別の局所変動と構造共分散の分析。 (2018) 超顕微鏡検査。 DOI: 10.1016/j.ultramic.2018.11.016

Tan、YZ、Aiyer、S.、Mietzsch、M.、Hull、JA、McKenna、R.、Grieger、J.、Samulski、RJ、Baker、TS、Agbandje-McKenna、M.、 リュムキス、D. サブ 2 Å の Ewald 曲率補正された AAV2 キャプシド変異体の構造。 (2018) ネイチャーコミュニケーション 9(1):3628. DOI: 10.1038/s41467-018-06076-6

Zhang、C.、Konermann、S.、ニュージャージー州ブリドー、Lotfy、P.、Wu、X.、Novic、SJ、Strutzenberg、T.、Griffin、PR、Hsu、PD、 リュムキス、D. CRISPR-Cas13d の RNA 誘導性リボヌクレアーゼ活性の構造基盤。 [公開済み] (2018) セル。 175(1):212-223.e17. DOI: 10.1016/j.cell.2018.09.001

タン、YZ、ボールドウィン、PR、デイビス、JH、ウィリアムソン、JR、ポッター、CS、キャラガー、B.、 リュムキス、D. 傾斜による単粒子クライオ EM での好ましい試料の配向に対処します。 (2017) 自然の方法。 14(8):793-796。 DOI: 10.1038/nmeth.4347

オゾロフスキー、G.、パレセン、J.、デ ヴァル、N.、 リュムキス、D.、カリフォルニア州コットレル、JL トーレス、J.コップス、RL スタンフィールド、A. キュポ、P. プガッハ、JP ムーア、IA ウィルソン、AB 区 開いた構造と閉じた構造は、HIV-1 エンベロープ スパイクのアロステリーと柔軟性を明らかにします。 (2017) 自然。 547(7663):360-363。 DOI: 10.1038/nature23010

パッソス、DO、リー、M.、ヤン、R.、レーベンスブルク、SV、ギルランド、R.、ジョン、Y.、シュクリアバイ、N.、クヴァラツヘリア、M.、クレイギー、R.、 リュムキス、D. HIV-1 鎖転移複合体インタソームのクライオ EM 構造と原子モデル。 (2017) 科学。 355(6320):89-92。 DOI: 10.1126/science.aah5163

デイビス、JH、タン、YZ、キャラガー、B.、ポッター、CS、 リュムキス、D.、ウィリアムソン、JR 細菌の大型リボソームサブユニットのモジュールアセンブリ。 (2016) セル。 167(6):1610-1622.e15. DOI: 10.1016/j.cell.2016.11.020

ポーリー、S.、パッソス、DO、ファン、DB、ムレロ、MC、マズムダー、A.、ビスワス、T.、ヴェルマ、IM、 リュムキス、D.、ゴーシュ、G. IKK1/αの活性化の構造的基盤。 (2016) セルレポート 17(8):1907-1914。 DOI: 10.1016/j.celrep.2016.10.067

Ballandras-Colas, A.、Brown, M.、Cook, NJ、Dewdney, TG、Demeler, B.、Cherepanov, P.、 リュムキス、D.、アンゲルマン、 Cryo-EM により、ベータレトロウイルスのインタソーム機能に関する新規な八量体インテグラーゼ構造が明らかになりました。 (2016) 自然。 530(7590):358-61。 DOI: 10.1038/nature16955

パソス、DO、 リュムキス、D. 数千の非対称サブユニットからの原子に近い分解能での単一粒子クライオEM分析。 (2015) 構造生物学ジャーナル。 192(2):235-44。 DOI: 10.1016/j.jsb.2015.10.002

リー、JH、デ・ヴァル、N.、 リュムキス、D.、アリゾナ州ワード 高解像度極低温電子顕微鏡による、天然にグリコシル化された HIV-1 Env タンパク質のモデル構築と精製。 (2015) 構造。 23(10):1943-51。 DOI: 10.1016/j.str.2015.07.020

リュムキス、D.、オリベイラ・ドス・パッソス、D.、タハラ、EB、ウェッブ、K.、ベネット、EJ、ヴィンテルボ、S.、ポッター、CS、キャラガー、B.、ジョアゼイロ、カリフォルニア州 大型リボソームサブユニット関連タンパク質品質管理複合体による翻訳監視の構造基盤。 (2014) アメリカ合衆国国立科学アカデミーの議事録。 111(45):15981-6。 DOI: 10.1073/pnas.1413882111

サシタール、DG、グリーマン、カリフォルニア州、 リュムキス、D.、ポッター、CS、キャラガー、B.、ウィリアムソン、JR 大腸菌におけるリボソーム 30S サブユニット集合体の定量的質量分析と電子顕微鏡分析を組み合わせたもの。 (2014) イーライフ。 3. DOI: 10.7554/eLife.04491

リュムキス、D.、ジュリアン、JP、デ・ヴァル、N.、キュポ、A.、ポッター、CS、クラッセ、PJ、バートン、DR、サンダース、RW、ムーア、JP、キャラガー、B.、ウィルソン、IA、ウォード、AB 完全にグリコシル化された可溶性切断型 HIV-1 エンベロープ三量体の Cryo-EM 構造。 (2013) 科学。 342(6165):1484-90。 DOI: 10.1126/science.1245627

ジュリアン、JP、キューポ、A.、ソク、D.、スタンフィールド、RL、 リュムキス、D.、デラー、MC、クラッセ、PJ、バートン、DR、サンダース、RW、ムーア、JP、ウォード、AB、ウィルソン、IA 可溶性の切断された HIV-1 エンベロープ三量体の結晶構造。 (2013) 科学。 342(6165):1477-83。 DOI: 10.1126/science.1245625

リュムキス、D.、ビンテルボ、S.、ポッター、CS、キャラガー、B. Optimod -- 単一粒子電子顕微鏡用の初期モデルを構築および最適化するための自動化されたアプローチ。 (2013) 構造生物学ジャーナル。 184(3):417-26。 DOI: 10.1016/j.jsb.2013.10.009

リュムキス、D.、タリー、H.、スチュワート、A.、シャー、S.、パーク、CK、タマ、F.、ポッター、CS、キャラガー、B.、ホートン、ノースカロライナ州 ランオンオリゴマー化による DNA 切断と配列特異性のアロステリック制御。 (2013) 構造。 21(10):1848-58。 DOI: 10.1016/j.str.2013.08.012

リュムキス、D.、ブリロット、AF、テオバルド、DL、グリゴリエフ、N. FREALIGN を使用したクライオ EM 画像の尤度ベースの分類。 (2013) 構造生物学ジャーナル。 183(3):377-388。 DOI: 10.1016/j.jsb.2013.07.005

吉岡千尋 リュムキス、D.、キャラガー、B.、ポッター、CS Maskiton: 単粒子電子顕微鏡画像のインタラクティブな Web ベースの分類。 (2013) 構造生物学ジャーナル。 182(2):155-63。 DOI: 10.1016/j.jsb.2013.02.007

リュムキス、D.、ドーアメクポル、SK、ベングソン、MH、リー、JW、トロ、TB、ペトロスキー、MD、リマ、CD、ポッター、CS、キャラガー、B.、ジョアゼイロ、カリフォルニア 単一粒子 EM は、Ltn1 E3 リガーゼの広範な構造変動性を明らかにします。 (2013) アメリカ合衆国国立科学アカデミーの議事録。 110(5):1702-7。 DOI: 10.1073/pnas.1210041110

キャンベル、MG、チェン、A.、ブリロット、AF、モーラー、A.、 リュムキス、D.、ヴィースラー、D.、パン、J.、ハリソン、SC、ポッター、CS、キャラガー、B.、グリゴリエフ、N. 氷に埋め込まれた粒子の動画により、極低温電子顕微鏡の解像度が向上します。 (2012) 構造。 20(11):1823-8。 DOI: 10.1016/j.str.2012.08.026

ミラッツォ、AC、チェン、A.、モラー、A.、 リュムキス、D.、Jacovetty、E.、Polukas、J.、エリスマン、MH、Xuong、NH、キャラガー、B.、ポッター、CS 単粒子クライオ電子顕微鏡用の直接検出装置検出器の初期評価。 (2011) 構造生物学ジャーナル。 176(3):404-8。 DOI: 10.1016/j.jsb.2011.09.002

ノースカロライナ州ヴォス、 リュムキス、D.、チェン、A.、ラウ、PW、モルダー、A.、ランダー、GC、ブリニョール、EJ、フェルマン、D.、アービング、C.、ジャコヴェッティ、EL、レオン、A.、プロカス、J.、クスペ、JD 、ウィンクラー、H.、吉岡、C.、キャラガー、B.、ポッター、CS 単粒子電子顕微鏡法における ab initio 3-D 再構成のためのツールボックス。 (2010) 構造生物学ジャーナル。 169(3):389-98。 DOI: 10.1016/j.jsb.2009.12.005

リュムキス、D.、モラー、A.、チェン、A.、ヘロルド、A.、ホウ、E.、アーヴィング、C.、ジャコヴェッティ、EL、ラウ、PW、モルダー、AM、プロカス、J.、クスペ、JD、ヴォス、NR 、ポッター、CS、キャラガー、B. ピースを接続する単粒子電子顕微鏡検査の自動化。 (2010) メタ。 酵素。 483:291-338. DOI: 10.1016/S0076-6879(10)83015-0

ランダー、GC、スタッグ、SM、ヴォス、NR、チェン、A.、フェルマン、D.、プロカス、J.、吉岡、C.、アービング、C.、モルダー、A.、ラウ、PW、 リュムキス、D.、ポッター、CS、キャラガー、B. Appion: EM 画像処理を容易にする統合されたデータベース主導のパイプライン。 (2009) 構造生物学ジャーナル。 166(1):95-102。 DOI: 10.1016/j.jsb.2009.01.002