Tatyana Sharpee, PhD

Professor

Labor für Computational Neurobiology

Labor für Integrative Biologie

Edwin K. Hunter Stuhl

Salk Institute for Biological Studies – Veröffentlichungen

alle Veröffentlichungen


Praturu, A., Sharpee, TO Adaptive Dateneinbettung für gekrümmte Räume. (2024) iWissenschaft. 27(12):111266. DOI: 10.1016/j.isci.2024.111266

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Alvarez-Kuglen, M., Ninomiya, K., Qin, H., Rodriguez, D., Fiengo, L., Farhy, C., Hsu, WM, Kirk, B., Havas, A., Feng, GS, Roberts, AJ, Anderson, RM, Serrano, M., Adams, PD, Sharpee, TO, Terskikh, AV ImAge quantifiziert Alterung und Verjüngung. (2024) Nat Altern. DOI: 10.1038/s43587-024-00685-1

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Alvarez-Kuglen, M., Rodriguez, D., Qin, H., Ninomiya, K., Fiengo, L., Farhy, C., Hsu, WM, Havas, A., Feng, GS, Roberts, AJ, Anderson , RM, Serrano, M., Adams, PD, Sharpee, TO, Terskikh, AV Bildgebendes Chromatin und epigenetisches Alter, ImAge, quantifiziert Alterung und Verjüngung. (2023) Res. qm. DOI: 10.21203/rs.3.rs-3479973/v1

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Little, JC, Kaaronen, RO, Hukkinen, JI, Xiao, S., Sharpee, T., Farid, AM, Nilchiani, R., Barton, CM Erdsysteme zu anthropozänen Systemen: Ein evolutionäres System-von-Systems-Konvergenzparadigma für voneinander abhängige gesellschaftliche Herausforderungen. (2023) Umwelt-Sci-Technol. DOI: 10.1021/acs.est.2c06203

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Yang, JY, O'Connell, TF, Hsu, WM, Bauer, MS, Dylla, KV, Sharpee, TO, Hong, EJ Umstrukturierung olfaktorischer Repräsentationen im Fliegengehirn anhand von Geruchsbeziehungen in natürlichen Quellen. (2023) bioRxiv. DOI: 10.1101 / 2023.02.15.528627

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Zhang, H., Rich, PD, Lee, AK, Sharpee, TO Die räumlichen Darstellungen des Hippocampus weisen eine hyperbolische Geometrie auf, die sich mit der Erfahrung erweitert. (2022) Nature Neurologie. DOI: 10.1038/s41593-022-01212-4

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Ghaninia, M., Zhou, Y., Knauer, AC, Schiestl, FP, Sharpee, TO, Smith, BH Hyperbolische Duftstoffmischungen als Grundlage für eine effizientere Signalübertragung zwischen Blütenpflanzen und Bienen. (2022) Plus eins. 17(7):e0270358. DOI: 10.1371/journal.pone.0270358

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Zhou, Y., Sharpee, TO Verwendung von Global t-SNE zur Erhaltung der Intercluster-Datenstruktur. (2022) Neuronale Berechnung.:1-15 DOI: 10.1162/neco_a_01504

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Nowotny, T., van Albada, SJ, Fellous, JM, Haas, JS, Jolivet, RB, Metzner, C., Sharpee, T. Leitartikel: Fortschritte in der Computational Neuroscience. (2022) Grenzen der Computational Neuroscience. 15:824899. DOI: 10.3389/fncom.2021.824899


Shadel, GS, Adams, PD, Berggren, WT, Diedrich, JK, Diffenderfer, KE, Gage, FH, Hah, N., Hansen, M., Hetzer, MW, Molina, AJA, Manor, U., Marek, K ., O'Keefe, DD, Pinto, AFM, Sacco, A., Sharpee, TO, Shokriev, MN, Zambetti, S. Das San Diego Nathan Shock Center: Bekämpfung der Heterogenität des Alterns. (2021) Gerowissenschaften. DOI: 10.1007 / s11357-021-00426-x

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Hsu, WM, Kastner, DB, Baccus, SA, Sharpee, TO Wie hemmende Neuronen die Informationsübertragung unter Schwellenmodulation erhöhen. (2021) Zellenberichte 35(8):109158. DOI: 10.1016/j.celrep.2021.109158

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Zhou, Y., Sharpee, TO Hyperbolische Geometrie der Genexpression. (2021) iWissenschaft. 24(3):102225. DOI: 10.1016/j.isci.2021.102225

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Sharpee, TO, Berkowitz, JA Verknüpfung neuronaler Reaktionen mit Verhalten mit informationserhaltenden Populationsvektoren (2019) Aktuelle Meinung in den Verhaltenswissenschaften. 29:37-44. DOI: https://doi.org/10.1016/j.cobeha.2019.03.004

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Amatya, DN, Linker, SB, Mendes, APD, Santos, R., Erikson, G., Shokhirev, MN, Zhou, Y., Sharpee, T., Gage, FH, Marchetto, MC, Kim, Y. Die dynamische elektrische Komplexität wird während der neuronalen Differenzierung bei Autismus-Spektrum-Störungen reduziert. (2019) Stammzellberichte. DOI: 10.1016/j.stemcr.2019.08.001

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Sharpee, TO Ein Argument für hyperbolische Geometrie in neuronalen Schaltkreisen. (2019) Aktuelle Meinung in Neurobiologie. 58:101-104. DOI: 10.1016/j.conb.2019.07.008

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Berkowitz, JA, Sharpee, TO Quantifizierung der von großen neuronalen Populationen übermittelten Informationen. (2019) Neuronale Berechnung.:1-33 DOI: 10.1162/neco_a_01193

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Zhou, Y., Smith, BH, Sharpee, TO Hyperbolische Geometrie des Geruchsraums. (2018) Fortschritte in der Wissenschaft 4(8):eaaq1458. DOI: 10.1126/sciadv.aaq1458

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Zhang, Y., Kastner, DB, Baccus, SA, Sharpee, TO Optimale Informationsübertragung durch überlappende Netzhautzellmosaike. (2018) Proc Conf Inf Sci Syst. 2018. DOI: 10.1109/ciss.2018.8362310

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Sharpee, TO (2018) Oxford Research Encyclopedias, Neurowissenschaften.:1-23 DOI: doi.org/10.1093/acrefore/9780190264086.013.110

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Atencio, CA, Sharpee, TO Mehrdimensionale rezeptive Feldverarbeitung durch primäre auditorische kortikale Neuronen von Katzen. (2017) Neurowissenschaften. 359:130-141. DOI: 10.1016/j.neuroscience.2017.07.003

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Sharpee, TO Über Textur, Form und fixierende Augenbewegungen. (2017) Aktuelle Meinung in Neurobiologie. 46:228-233. DOI: 10.1016/j.conb.2017.09.002

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Kaardal, JT, Theunissen, FE, Sharpee, TO Eine Low-Rank-Methode zur Charakterisierung hochwertiger neuronaler Berechnungen. (2017) Grenzen der Computational Neuroscience. 11:68. DOI: 10.3389/fncom.2017.00068

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Sharpee, TO Optimierung der neuronalen Informationskapazität durch Diskretisierung. (2017) Neuron. 94(5):954-960. DOI: 10.1016/j.neuron.2017.04.044

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Rowekamp, ​​RJ, Sharpee, TO Querorientierungsunterdrückung im Sichtbereich V2. (2017) Nature Communications. 8:15739. DOI: 10.1038/ncomms15739

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Sharpee, TO Plastizität zur Rettung. (2016) Neuron. 92(5):935-936. DOI: 10.1016/j.neuron.2016.11.042

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Kuczala, A., Sharpee, TO Eigenwertspektren großer korrelierter Zufallsmatrizen. (2016) Phys Rev. E. 94(5-1):050101. DOI: 10.1103/PhysRevE.94.050101

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Sharpee, TO Wie invariante Merkmalsselektivität in Cortex erreicht wird. (2016) Vordere synaptische Neurosci. 8:26. DOI: 10.3389/fnsyn.2016.00026

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Sharpee, TO Ein genauer Blick auf die Elektrosensorik. (2016) Elife. 5. DOI: 10.7554/eLife.16209

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Zhang, Y., Sharpee, TO Ein robustes Feedforward-Modell des olfaktorischen Systems. (2016) PLOS Computational Biology. 12(4):e1004850. DOI: 10.1371/journal.pcbi.1004850

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Aljadeff, J., Renfrew, D., Vegué, M., Sharpee, TO Niedrigdimensionale Dynamik strukturierter Zufallsnetzwerke. (2016) Phys Rev. E. 93(2):022302. DOI: 10.1103/PhysRevE.93.022302

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Hinckley, CA, Alaynick, WA, Gallarda, BW, Hayashi, M., Hilde, KL, Driscoll, SP, Dekker, JD, Tucker, HO, Sharpee, TO, Pfaff, SL Die Schaltkreise des Bewegungsapparates der Wirbelsäule entwickeln sich nach hierarchischen Regeln, die auf der Position und Identität des Motoneurons basieren. (2015) Neuron. 87(5):1008-21. DOI: 10.1016/j.neuron.2015.08.005

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Calhoun, AJ, Tong, A., Pokala, N., Fitzpatrick, JA, Sharpee, TO, Chalasani, SH Neuronale Mechanismen zur Bewertung der Umweltvariabilität bei Caenorhabditis elegans. (2015) Neuron. 86(2):428-41. DOI: 10.1016/j.neuron.2015.03.026

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Aljadeff, J., Stern, M., Sharpee, T. Übergang zum Chaos in zufälligen Netzwerken mit zelltypspezifischer Konnektivität. (2015) Physik. Rev. Lett. 114(8):088101. DOI: 10.1103/PhysRevLett.114.088101

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Kastner, DB, Baccus, SA, Sharpee, TO Kritische und äußerst informative Kodierung zwischen neuronalen Populationen in der Netzhaut. (2015) Proceedings der Nationalen Akademie der Wissenschaften der Vereinigten Staaten von Amerika. 112(8):2533-8. DOI: 10.1073/pnas.1418092112

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Calhoun, AJ, Chalasani, SH, Sharpee, TO Maximal informative Nahrungssuche durch Caenorhabditis elegans. (2014) Elife. 3. DOI: 10.7554/eLife.04220

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Sharpee, TO Auf dem Weg zur funktionellen Klassifizierung neuronaler Typen. (2014) Neuron. 83(6):1329-34. DOI: 10.1016/j.neuron.2014.08.040

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Sharpee, TO Die Funktion bestimmt die Struktur in komplexen neuronalen Netzen. (2014) Proceedings der Nationalen Akademie der Wissenschaften der Vereinigten Staaten von Amerika. 111(23):8327-8. DOI: 10.1073/pnas.1407198111


Sharpee, TO, Calhoun, AJ, Chalasani, SH Informationstheorie der Anpassung in Neuronen, Verhalten und Stimmung. (2014) Aktuelle Meinung in Neurobiologie. 25:47-53. DOI: 10.1016/j.conb.2013.11.007

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Morris, R., Sancho-Martinez, I., Sharpee, TO, Izpisua Belmonte, JC Mathematische Ansätze zur Modellierung von Entwicklung und Neuprogrammierung. (2014) Proceedings der Nationalen Akademie der Wissenschaften der Vereinigten Staaten von Amerika. 111(14):5076-82. DOI: 10.1073/pnas.1317150111

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Aljadeff, J., Segev, R., Berry, MJ, Sharpee, TO Spike löste Kovarianz in stark korrelierten Gaußschen Reizen aus. (2013) PLOS Computational Biology. 9(9):e1003206. DOI: 10.1371/journal.pcbi.1003206

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Sharpee, TO Computergestützte Identifizierung rezeptiver Felder. (2013) Jahresrückblick der Neurowissenschaften. 36:103-20. DOI: 10.1146/annurev-neuro-062012-170253

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Sharpee, TO, Kouh, M., Reynolds, JH Kompromiss zwischen Krümmungsabstimmung und Positionsinvarianz im visuellen Bereich V4. (2013) Proceedings der Nationalen Akademie der Wissenschaften der Vereinigten Staaten von Amerika. 110(28):11618-23. DOI: 10.1073/pnas.1217479110

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Kaardal, J., Fitzgerald, JD, Berry, MJ, Sharpee, TO Identifizierung funktionaler Grundlagen für mehrdimensionale neuronale Berechnungen. (2013) Neuronale Berechnung. 25(7):1870-90. DOI: 10.1162/NECO_a_00465

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Nandy, AS, Sharpee, TO, Reynolds, JH, Mitchell, JF Die Feinstruktur des Shape-Tunings im Bereich V4. (2013) Neuron. 78(6):1102-15. DOI: 10.1016/j.neuron.2013.04.016

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Saremi, S., Sejnowski, TJ, Sharpee, TO Doppel-Gabor-Filter sind unabhängige Komponenten kleiner translationinvarianter Bildfelder. (2013) Neuronale Berechnung. 25(4):922-39. DOI: 10.1162/NECO_a_00418

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Jeanne, JM, Sharpee, TO, Gentner, TQ Assoziatives Lernen verbessert die Populationskodierung durch Umkehrung interneuronaler Korrelationsmuster. (2013) Neuron. 78(2):352-63. DOI: 10.1016/j.neuron.2013.02.023

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Eickenberg, M., Rowekamp, ​​RJ, Kouh, M., Sharpee, TO Charakterisierung der Reaktionen translationinvarianter Neuronen auf natürliche Reize: maximal informative invariante Dimensionen. (2012) Neuronale Berechnung. 24(9):2384-421. DOI: 10.1162/NECO_a_00330

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Atencio, CA, Sharpee, TO, Schreiner, CE Die Dimensionalität des rezeptiven Feldes nimmt vom auditorischen Mittelhirn bis zum Kortex zu. (2012) Journal für Neurophysiologie. 107(10):2594-603. DOI: 10.1152/jn.01025.2011

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Sharpee, TO Adaptive Schalter in Schaltkreisen des Mittelhirns. (2012) Neuron. 73(1):6-7. DOI: 10.1016/j.neuron.2011.12.017

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Fitzgerald, JD, Rowekamp, ​​RJ, Sincich, LC, Sharpee, TO Dimensionsreduktion zweiter Ordnung unter Verwendung von Minimum- und Maximum-Mutual-Information-Modellen. (2011) PLOS Computational Biology. 7(10):e1002249. DOI: 10.1371/journal.pcbi.1002249

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Sharpee, TO, Nagel, KI, Doupe, AJ Zweidimensionale Anpassung im auditorischen Vorderhirn. (2011) Journal für Neurophysiologie. 106(4):1841-61. DOI: 10.1152/jn.00905.2010

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Sharpee, TO, Atencio, CA, Schreiner, CE Hierarchische Darstellungen im auditorischen Kortex. (2011) Aktuelle Meinung in Neurobiologie. 21(5):761-7. DOI: 10.1016/j.conb.2011.05.027

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Rowekamp, ​​RJ, Sharpee, TO Analyse mehrkomponentiger rezeptiver Felder neuronaler Reaktionen auf natürliche Reize. (2011) Netzwerk. 22(1-4):45-73. DOI: 10.3109/0954898X.2011.566303

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Fitzgerald, JD, Sincich, LC, Sharpee, TO Minimale Modelle mehrdimensionaler Berechnungen. (2011) PLOS Computational Biology. 7(3):e1001111. DOI: 10.1371/journal.pcbi.1001111

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Jeanne, JM, Thompson, JV, Sharpee, TO, Gentner, TQ Entstehung erlernter kategorialer Darstellungen innerhalb eines auditorischen Vorderhirnschaltkreises. (2011) Journal of Neuroscience. 31(7):2595-606. DOI: 10.1523/JNEUROSCI.3930-10.2011

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Imaizumi, K., Priebe, NJ, Sharpee, TO, Cheung, SW, Schreiner, CE Kodierung zeitlicher Informationen nach Zeitpunkt, Geschwindigkeit und Ort im auditorischen Kortex von Katzen. (2010) Plus eins. 5(7):e11531. DOI: 10.1371/journal.pone.0011531

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Gallarda, BW, Sharpee, TO, Pfaff, SL, Alaynick, WA Definieren rhythmischer Burst-Muster des Bewegungsapparats mithilfe einer kontinuierlichen Wavelet-Transformation. (2010) Ann. NY Acad. Sci. 1198:133-9. DOI: 10.1111/j.1749-6632.2010.05437.x

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Atencio, CA, Sharpee, TO, Schreiner, CE Hierarchische Berechnung im kanonischen auditorischen Kortikaliskreislauf. (2009) Proceedings der Nationalen Akademie der Wissenschaften der Vereinigten Staaten von Amerika. 106(51):21894-9. DOI: 10.1073/pnas.0908383106

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Fitzgerald, JD, Sharpee, TO Maximal informative paarweise Interaktionen in Netzwerken. (2009) Phys Rev E Stat Nonlin Soft Matter Phys. 80(3 Pt 1):031914. DOI: 10.1103/PhysRevE.80.031914

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Liu, YS, Stevens, CF, Sharpee, TO Vorhersehbare Unregelmäßigkeiten in den rezeptiven Feldern der Netzhaut. (2009) Proceedings der Nationalen Akademie der Wissenschaften der Vereinigten Staaten von Amerika. 106(38):16499-504. DOI: 10.1073/pnas.0908926106

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Sincich, LC, Horton, JC, Sharpee, TO Bewahrung von Informationen bei der neuronalen Übertragung. (2009) Journal of Neuroscience. 29(19):6207-16. DOI: 10.1523/JNEUROSCI.3701-08.2009

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Sharpee, TO, Victor, JD Die kontextuelle Modulation der V1-Rezeptionsfelder hängt von ihrer räumlichen Symmetrie ab. (2009) Zeitschrift für Computational Neuroscience. 26(2):203-18. DOI: 10.1007/s10827-008-0107-5

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Kouh, M., Sharpee, TO Schätzung linear-nichtlinearer Modelle mithilfe von Renyi-Divergenzen. (2009) Netzwerk. 20(2):49-68. DOI: 10.1080/09548980902950891

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Atencio, CA, Sharpee, TO, Schreiner, CE Kooperative Nichtlinearitäten in auditorischen kortikalen Neuronen. (2008) Neuron. 58(6):956-66. DOI: 10.1016/j.neuron.2008.04.026

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Sharpee, TO, Miller, KD, Stryker, MP Zur Bedeutung der statischen Nichtlinearität bei der Schätzung räumlich-zeitlicher neuronaler Filter mit natürlichen Reizen. (2008) Journal für Neurophysiologie. 99(5):2496-509. DOI: 10.1152/jn.01397.2007

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Clifford, CW, Webster, MA, Stanley, GB, Stocker, AA, Kohn, A., Sharpee, TO, Schwartz, O. Visuelle Anpassung: neuronale, psychologische und rechnerische Aspekte. (2007) Sehforschung. 47(25):3125-31. DOI: 10.1016/j.visres.2007.08.023

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Sharpee, TO Vergleich von Informations- und Varianzmaximierungsstrategien zur Charakterisierung der Selektivität neuronaler Merkmale. (2007) Stat Med. 26(21):4009-31. DOI: 10.1002/sim.2931

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Sharpee, T., Bialek, W. Neuronale Entscheidungsgrenzen für maximale Informationsübertragung. (2007) Plus eins. 2(7):e646. DOI: 10.1371/journal.pone.0000646

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Sharpee, TO, Sugihara, H., Kurgansky, AV, Rebrik, SP, Stryker, MP, Miller, KD Adaptive Filterung verbessert die Informationsübertragung im visuellen Kortex. (2006) Natur. 439(7079):936-42. DOI: 10.1038/nature04519

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Victor, JD, Mechler, F., Repucci, MA, Purpura, KP, Sharpee, T. Reaktionen von V1-Neuronen auf zweidimensionale Hermite-Funktionen. (2006) Journal für Neurophysiologie. 95(1):379-400. DOI: 10.1152/jn.00498.2005

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Sharpee, T., Sugihara, H., Kurgansky, AV, Rebrik, S., Stryker, MP, Miller, KD Untersuchung der Merkmalsselektivität von Neuronen im primären visuellen Kortex mit natürlichen Reizen. (2004) Proc SPIE Int Soc Opt Eng.(5467): 212-222

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Sharpee, T., Rust, NC, Bialek, W. Analyse neuronaler Reaktionen auf natürliche Signale: maximal informative Dimensionen. (2004) Neuronale Berechnung. 16(2):223-50. DOI: 10.1162/089976604322742010

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Dykman, MI, Sharpee, T., Platzman, PM Verstärkung des Tunnelns aus einem korrelierten 2D-Elektronensystem durch einen Mehrelektronen-Rückstoß vom Mössbauer-Typ in einem Magnetfeld. (2001) Physik. Rev. Lett. 86(11):2408-11. DOI: 10.1103/PhysRevLett.86.2408

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Barabash-Sharpee, T., Dykman, MI, Platzman, PM Tunneln quer zu einem Magnetfeld und sein Auftreten in korrelierten 2D-Elektronensystemen. (2000) Physik. Rev. Lett. 84(10):2227-30. DOI: 10.1103/PhysRevLett.84.2227

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Bildung

MS, Physik, Ukrainische Nationaluniversität, Kiew, Ukraine
PhD, Physik, Michigan State University
Sloan-Swartz Postdoktorand, University of California, San Francisco


MITGLIEDSCHAFTEN


Auszeichnungen & Ehrungen

  • DeLano Award for Computational Biosciences der American Society for Biochemistry and Molecular Biology (ASBMB), 2022
  • Fellow der American Physical Society, 2018
  • Karrierepreis der National Science Foundation, 2013
  • WM Keck Foundation, Research Excellence Award, 2009
  • Mcknight Scholar Award, 2009
  • Karrierepreis der Ray Thomas Edwards Foundation, 2008
  • Searle Scholar, 2008
  • Alfred P. Sloan Forschungsstipendiat, 2008