Joseph Ecker, PhD

Professor
Direktor, Labor für Genomanalyse
Labor für Pflanzenmolekular- und Zellbiologie
Forscher des Howard Hughes Medical Institute
Vorsitzender des Salk International Council für Genetik

Salk Institute for Biological Studies – Veröffentlichungen Joe Ecker

alle Veröffentlichungen


Zhang, W., Ding, W., Li, K., Chang, L., Klein, A., Báez-Becerra, CT, Rink, JA, Bartlett, A., Chen, H., Schenker, N., Johansen, N., Mollenkopf, T., Fu, Y., Yang, X., Liu, S., Seng, C., Miao, B., Liu, T., Zhu, Q., Hodge, RD, Bakken, TE, Lein, ES, Hawrylycz, M., Xu, X., Behrens, MM, Ren, B., Ecker, JR, Wang, T., Li, D. Eine integrierte Einzelzell- und Epigenomressource für die vergleichende Analyse der Basalganglien. (2026) bioRxiv. DOI: 10.64898 / 2026.01.29.702575

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Wang, Z., Zu, S., Armand, EJ, Loe, TH, Rink, JA, Wu, W., Xie, Y., Chang, L., Zhu, C., Johnson, ND, Lee, J., Willier, JK, Cho, S., Cao, S., Barcoma, AS, Emerson, N., Liu, H., Wang, K., Gibbs, ZA, Gao, X., Xu, S., Guo, D., Tu, Z., Li, YE, Ecker, JR, Behrens, MM, Ren, B. Ein integrativer Einzelzell-Epigenom-Atlas annotiert das regulatorische Genom des Gehirns adulter Mäuse. (2026) bioRxiv. DOI: 10.64898 / 2026.02.07.704075

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Chang, L., Li, K., Xie, Y., Zhong, G., Rink, JA, Báez-Becerra, CT, Lie, A., Indralingam, HS, Dong, K., Loe, T., Wang, Z., Zu, S., Kern, JC, Zhao, Z., Boone, E., Flores, J., Monell, A., Olness, J., Barragan, C., Osgood, E., Owens, W., Schenker-Ahmed, N., Zhang, W., Liu, D., Barcoma, AS, Willier, JK, Knutson, KW, Russo, KG, Liu, J., Cho, S., Arzavala, J., Young, CK, Sundaram, GV, Manning, AC, Sanchez, Y., Bikkina, A., Berry, J., Gao, X., O'Connor, C., Liem, M., Marrin, MV, Rose, C., Alt, SN, Zhu, C., Zemke, NR, Ding, W., Klein, A., Fu, Y., Johansen, N., Bakken, TE, Hodge, RD, Keene, CD, Lein, ES, Li, D., Zhu, Q., Wang, T., Xu, X., Ecker, JR, Behrens, MM, Ren, B. Einzelzell-Multiomanalyse des Chromatinstatus und des Transkriptoms in den menschlichen Basalganglien. (2026) bioRxiv. DOI: 10.64898 / 2026.02.03.703645

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Xie, Y., Chang, L., Zhong, G., Rink, JA, Báez-Becerra, T., Armand, E., Ding, W., Li, K., Bonne, E., Lie, A., Indralingam, HS, Dong, K., Loe, T., Huang, B., Wang, Z., Barcoma, AS, Willier, JK, Knutson, KW, Liu, J., Cho, S., Cao, S., Russo, KG, Young, CK, Arzavala, J., Sanchez, Y., Bikkina, A., Schenker-Ahmed, N., Kern, C., Zhao, Z., Klein, A., Flores, J., Tai, CY, Olness, J., Monell, A., Moghadami, S., Barragan, C., Chen, C., Owens, W., O'Connor, C., Liem, M., Marrin, MV, Rose, C., Alt, SN, Emerson, N., Osteen, J., Lucero, J., Li, D., Hodge, RD, Wang, T., Keene, CD, Xu, X., Zhu, Q., Ecker, JR, Behrens, MM, Ren, B. Einzelzellatlas der Transkription und Chromatinzustände enthüllt regulatorische Programme im menschlichen Gehirn. (2026) bioRxiv. DOI: 10.64898 / 2026.02.02.703166

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Ding, W., Klein, A., Báez-Becerra, C.T., Rink, J.A., Bartlett, A., Zeng, Q., Wang, R., Castanon, R.G., Nery, J.R., Osgood, E., Owens, W., Petrella, A., Chen, C., Acerbo, A.S., Barcoma, A.S., Liu, J., Russo, K.G., Knutson, K.W., Young, C.K., Willier, J.K., Barragan, C., Arzavala, J., Cho, S., Altshul, J., Chan, D., Soma, E., Luo, J., Jain, M., Velazquez, S., Schenker-Ahmed, N., Sundaram, G.V., Manning, A.C., Sanchez, Y., Bikkina, A., Fu, S., O'Connor, C., Liem, M., Marrin, M.V., Rose, C., Alt, S.N., Berry, J., Kern, C., Boone, E., Tian, W., Wu, Y., Hariharan, M., Fu, Y., Xie, Y., Li, K., Chang, L., Zhang, W., Chen, H., Johansen, N., Zhao, Z., Flores, J., Tai, C.Y., Olness, J., Zhu, Q., Hodge, R.D., Bakken, T.E., Lein, E.S., Li, D., Wang, T., Xu, X., Ren, B., Behrens, M.M., Ecker, JR A Multimodal Single-Cell Epigenomic and 3D Genome Atlas of the Human Basal Ganglia. (2026) bioRxiv. DOI: 10.64898 / 2026.02.12.705594

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Wang, W., Hariharan, M., Ding, W., Bartlett, A., Barragan, C., Castanon, R., Wang, R., Rothenberg, V., Song, H., Nery, JR, Aldridge, A., Altshul, J., Kenworthy, M., Liu, H., Tian, ​​W., Zhou, J., Zeng, Q., Chen, H., Wei, B., Gündüz, IB, Norell, T., Broderick, TJ, McClain, MT, Satterwhite, LL, Burke, TW, Petzold, EA, Shen, X., Woods, CW, Fowler, VG, Ruffin, F., Panuwet, P., Barr, DB, Beare, JL, Smith, AK, Spurbeck, RR, Vangeti, S., Ramos, I., Nudelman, G., Sealfon, SC, Castellino, F., Walley, AM, Evans, T., Müller, F., Greenleaf, WJ, Ecker, JR Genetik und Umwelt prägen das Epigenom menschlicher Immunzellen auf besondere Weise. (2026) Naturgenetik. DOI: 10.1038/s41588-025-02479-6

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He, C., Narsai, R., Liew, LC, Zhang, Y., Yin, L., Xu, J., Xie, M., Shou, H., Ecker, JR, Lewsey, MG, Wang, Y., Berkowitz, O., Whelan, J. Alternative Oxidase und Ethylen bilden eine positive Rückkopplungsschleife in der mitochondrialen retrograden Signalübertragung. (2026) Pflanzenkommun.DOI: 10.1016/j.xplc.2026.101744

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Berry, JV, Tran, BM, Wu, G., Tan, Z., Mendoza, E., Kim, M., Arat, Z., Lin, PSH, Valenzuela, L., Holmes, TC, Virovka, A., Thaxton, M., Nguyen, M., Stein, S., Sigaroudi, VR, De La Rosa, A., Gawronski, B., Silva, J., Gonzalez, L., Wright, S., Wood, K., Hui, GK, Anousaya, D., Gangeddula, VR, Gama, N., Gama, J., Gross, T., Bunney, B., Stein, R., Sequeira, PA, Mamdani, F., Cartagena, P., Bunney, WE, Lou, J., Park, HL, Wilson, A., Brooks, HM, Allhusen, V., Crawford, J., Knight, JM, Ren, B., Ecker, J., Behrens, MM, Keene, CD, Stark, C., Head, E., Yong, W., Monuki, E., Xu, X. Das Brain Procurement Program des Brain Initiative Cell Atlas Network (BICAN) der UC Irvine für das Center for Multiomic Human Brain Cell Atlas Project. (2025) bioRxiv. DOI: 10.64898 / 2025.12.23.696304

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Mukamel, EA, Liu, H., Behrens, MM, Ecker, JR Zelltypspezifische Anreicherung somatischer Aneuploidie im Säugetiergehirn. (2025) Neuron. 113(17):2814-2821.e2. DOI: 10.1016/j.neuron.2025.08.006

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Thistlethwaite, W., Vangeti, S., Cheng, WS, Agarwal, P., Cappuccio, A., Wang, W., Wei, B., Myers, R., Rubenstein, AB, Chawla, D., Hariharan, M., McClain, MT, Burke, TW, Kleinstein, SH, Ecker, JR, Woods, CW, Greenleaf, WJ, Chen, X., Ramos, I., Zaslavsky, E., Evans, TG, Troyanskaya, OG, Sealfon, SC Angeborene Immunmolekularlandschaft nach kontrollierter Infektion mit dem menschlichen Influenzavirus. (2025) Zellenberichte 44(10):116312. DOI: 10.1016/j.celrep.2025.116312

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Wang, W., Berube, P., Yang, B., Castanon, R., Bartlett, A., Komandur, K., Nery, JR, Barragan, C., Kenworthy, M., Valadon, C., Altshul, J., Petrella, A., Chan, D., Chen, C., Acerbo, AS, Luo, J., Jain, M., Soma, E., Chen, H., Liem, M., Marrin, M., O'Connor, C., Zemke, N., Oakley, D., Ren, B., Hyman, BT, Ecker, JR Hirnregionspezifische epigenomische Reorganisation und veränderte Zellzustände bei der Alzheimer-Krankheit. (2025) bioRxiv. DOI: 10.1101 / 2025.09.29.678849

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Lee, TA, Illouz-Eliaz, N., Nobori, T., Xu, J., Jow, B., Nery, JR, Ecker, JR Ein räumlicher Transkriptomatlas des Lebenszyklus von Arabidopsis für einzelne Zellen. (2025) Natur Pflanzen. DOI: 10.1038 / s41477-025-02072-z

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Illouz-Eliaz, N., Yu, J., Swift, J., Lande, K., Jow, B., Partida-Garcia, L., Tuang, ZK, Lee, TA, Yaaran, A., Gomez-Castanon, R., Owens, W., Bowman, CR, Osgood, E., Nery, JR, Nobori, T., Zait, Y., Burdman, S., Ecker, JR Die Erholung von der Dürre löst bei Pflanzen eine zellzustandsspezifische Immunaktivierung aus. (2025) Nature Communications. 16(1):8095. DOI: 10.1038/s41467-025-63467-2

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Zhang, S., Shu, H., Zhou, J., Rubin-Sigler, J., Yang, X., Liu, Y., Cooper-Knock, J., Monte, E., Zhu, C., Tu , S., Li, H., Tong, M., Ecker, JR, Ichida, JK, Shen, Y., Zeng, J., Tsao, PS, Snyder, MP Einzelzell-polygene Risikoscores analysieren die zelluläre und molekulare Heterogenität komplexer menschlicher Erkrankungen. (2025) Naturbiotechnologie. DOI: 10.1038/s41587-025-02725-6

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Johansen, NJ, Kempynck, N., Zemke, NR, Somasundaram, S., De Winter, S., Hooper, M., Dwivedi, D., Lohia, R., Wehbe, F., Li, B., Abaffyová, D., Armand, EJ, De Man, J., Ekşi, EC, Hecker, N., Hulselmans, G., Konstantakos, V., Mauduit, D., Mich, JK, Partel, G., Daigle, TL, Levi, BP, Zhang, K., Tanaka, Y., Gillis, J., Ting, JT, Ben-Simon, Y., Miller, J., Ecker, JR, Ren, B., Aerts, S., Lein, ES, Tasic, B., Bakken, TE Evaluierung von Methoden zur Vorhersage zelltypspezifischer Enhancer im Säugetierkortex. (2025) Zellgenom.:100879 DOI: 10.1016/j.xgen.2025.100879

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Amaral, ML, Mamde, S., Miller, M., Hou, N., Lee, J., Willier, J., Loe, T., Jiao, H., Zu, S., Zhu, Q., Wang, A., Ecker, JR, Behrens, MM, Ren, B. Einzelzell-Epigenomik deckt Heterochromatin-Instabilität und Transkriptionsfaktor-Dysfunktion während der Alterung des Maushirns auf. (2025) bioRxiv. DOI: 10.1101 / 2025.04.21.649585

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Lai, C., Arzavala, J., Pinto-Duarte, A., Wang, S., Li, J., Liu, H., Osteen, J., Gomez Castanon, R., Nery, J., Powell, SB, Ecker, JR, Mukamel, E., Behrens, MM Die mütterliche Immunaktivierung stört die epigenetische und funktionelle Reifung kortikaler exzitatorischer Neuronen (2025) bioRxiv. DOI: https://doi.org/10.1101/2025.04.28.651094

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Zeng, Q., Wei, T., Klein, A., Bartlett, A., Liu, H., Nery, JR, Castanon, R., Osteen, J., Johnson, ND, Wang, W., Ding, W., Chen, H., Altshul, J., Kenworthy, M., Valadon, C., Owens, W., Wu, Z., Amaral, ML, Song, Báez-Becerra, Tatiana, Cho, S., Chen, C., Willier, J., Cao, S., Rink, J., Lee, J., Barcoma, A., Arzavala, J., Emerson, N., Lu, YR, Ren, B., Behrens, Margarita, Ecker, JR Zelltypspezifische Demethylierung transponierbarer Elemente und TAD-Remodellierung im alternden Mausgehirn (2025) bioRxiv. DOI: doi: https://doi.org/10.1101/2025.04.21.648266

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Zhou, J., Wu, Y., Liu, H., Tian, W., Castanon, RG, Bartlett, A., Zhang, Z., Yao, G., Shi, D., Clock, B., Marcotte, S., Nery, JR, Liem, M., Claffey, N., Boggeman, L., Barragan, C., Drigo, RAE, Weimer, AK, Shi, M., Cooper-Knock, J., Zhang, S., Snyder, MP, Preissl, S., Ren, B., O'Connor, C., Chen, S., Luo, C., Dixon, JR, Ecker, JR Einzelzellatlas des menschlichen Körpers zur 3D-Genomorganisation und DNA-Methylierung. (2025) bioRxiv. DOI: 10.1101 / 2025.03.23.644697

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Zhou, J., Luo, C., Liu, H., Heffel, MG, Straub, RE, Kleinman, JE, Hyde, TM, Ecker, JR, Weinberger, DR, Han, S. Deep Learning ermittelt DNA-Methylierungszustände in einzelnen Zellen und verbessert die Erkennung epigenetischer Veränderungen bei Schizophrenie. (2025) Zellgenom.:100774 DOI: 10.1016/j.xgen.2025.100774

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Nobori, T., Monell, A., Lee, TA, Sakata, Y., Shirahama, S., Zhou, J., Nery, JR, Mine, A., Ecker, JR Ein seltener PRIMER-Zellzustand in der Pflanzenimmunität. (2025) Natur. DOI: 10.1038 / s41586-024-08383-z

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Miller, CN, Jarrell-Hurtado, S., Haag, MV, Sara Ye, Y., Simenc, M., Alvarez-Maldonado, P., Behnami, S., Zhang, L., Swift, J., Papikian, A., Yu, J., Colt, K., Ecker, JR, Michael, TP, Law, JA, Busch, W. Eine Einzelkern-Transkriptomzählung der reifenden Wurzel von Arabidopsis zeigt, dass MYB67 die Reifung der Phellemzellen steuert. (2025) Entwicklungszelle. DOI: 10.1016/j.devcel.2024.12.025

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Yuan, Y., Biswas, P., Zemke, NR, Dang, K., Wu, Y., D'Antonio, M., Xie, Y., Yang, Q., Dong, K., Lau, PK, Li, D., Seng, C., Bartosik, W., Buchanan, J., Lin, L., Lancione, R., Wang, K., Lee, S., Gibbs, Z., Ecker, J., Frazer, K., Wang, T., Preissl, S., Wang, A., Ayyagari, R., Ren, B. Einzelzellanalyse des Epigenoms und der 3D-Chromatinarchitektur in der menschlichen Netzhaut. (2024) bioRxiv. DOI: 10.1101 / 2024.12.28.630634

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Swift, J., Luginbuehl, LH, Hua, L., Schreier, TB, Donald, RM, Stanley, S., Wang, N., Lee, TA, Nery, JR, Ecker, JR, Hibberd, JM Die Exaptation ursprünglicher Zellidentitätsnetzwerke ermöglicht die C-Photosynthese. (2024) Natur. DOI: 10.1038/s41586-024-08204-3

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Heffel, MG, Zhou, J., Zhang, Y., Lee, DS, Hou, K., Pastor-Alonso, O., Abuhanna, KD, Galasso, J., Kern, C., Tai, CY, Garcia-Padilla, C., Nafisi, M., Zhou, Y., Schmitt, AD, Li, T., Haeussler, M., Wick, B., Zhang, MJ, Xie, F., Ziffra, RS, Mukamel, EA, Eskin, E., Nowakowski, TJ, Dixon, JR, Pasaniuc, B., Ecker, JR, Zhu, Q., Bintu, B., Paredes, MF, Luo, C. Zeitlich unterschiedliche 3D-Multi-Omic-Dynamik im sich entwickelnden menschlichen Gehirn. (2024) Natur. DOI: 10.1038/s41586-024-08030-7

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Johansen, NJ, Kempynck, N., Zemke, NR, Somasundaram, S., De Winter, S., Hooper, M., Dwivedi, D., Lohia, R., Wehbe, F., Li, B., Abaffyová , D., Armand, EJ, De Man, J., Eksi, EC, Hecker, N., Hulselmans, G., Konstantakos, V., Mauduit, D., Mich, JK, Partel, G., Daigle, TL , Levi, BP, Zhang, K., Tanaka, Y., Gillis, J., Ting, JT, Ben-Simon, Y., Miller, J., Ecker, JR, Ren, B., Aerts, S., Lein, ES, Tasic, B., Bakken, TE Bewertung von Methoden zur Vorhersage zelltypspezifischer Enhancer im Säugetierkortex. (2024) bioRxiv. DOI: 10.1101 / 2024.08.21.609075

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Denyer, T., Wu, PJ, Colt, K., Abramson, B., Pang, Z., Solansky, P., Mamerto, A., Nobori, T., Ecker, J., Lam, E., Michael, TP, Timmermans, MC Die minimalistische Wasserlinse zeichnet sich durch klare räumliche und umweltbezogene Ausdruckssignaturen aus. (2024) Genomforschung. DOI: 10.1101/gr.279091.124

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Gonzalez, S., Swift, J., Yaaran, A., Xu, J., Miller, C., Illouz-Eliaz, N., Nery, JR, Busch, W., Zait, Y., Ecker, JR Transkriptomreaktionen von Arabidopsis auf niedriges Wasserpotential unter Verwendung von Hochdurchsatz-Plattentests. (2024) Elife. 12. DOI: 10.7554/eLife.84747

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Tian, ​​W., Ding, W., Shen, J., Li, D., Wang, T., Ecker, JR BAllC und BAllCools: Effiziente Formatierung und Bedienung von Einzelzell-DNA-Methylierungsdaten. (2024) Bioinformatik . DOI: 10.1093/bioinformatics/btae404

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Zhang, S., Shu, H., Zhou, J., Rubin-Sigler, J., Yang, X., Liu, Y., Cooper-Knock, J., Monte, E., Zhu, C., Tu , S., Li, H., Tong, M., Ecker, JR, Ichida, JK, Shen, Y., Zeng, J., Tsao, PS, Snyder, MP Die Entfaltung des polygenen Risikoscores in einzelnen Zellen entschlüsselt die zelluläre und molekulare Heterogenität komplexer menschlicher Krankheiten. (2024) bioRxiv. DOI: 10.1101 / 2024.05.14.594252

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Chien, JF, Liu, H., Wang, BA, Luo, C., Bartlett, A., Castanon, R., Johnson, ND, Nery, JR, Osteen, J., Li, J., Altshul, J. , Kenworthy, M., Valadon, C., Liem, M., Claffey, N., O'Connor, C., Seeker, LA, Ecker, JR, Behrens, MM, Mukamel, EA Zelltypspezifische Auswirkungen von Alter und Geschlecht auf menschliche kortikale Neuronen. (2024) Neuron. DOI: 10.1016 / j.neuron.2024.05.013

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Cao, M., Platre, MP, Tsai, HH, Zhang, L., Nobori, T., Armengot, L., Chen, Y., He, W., Brent, L., Coll, NS, Ecker, JR, Geldner, N., Busch, W. Die räumliche IMA1-Regulierung schränkt die Aufnahme von Wurzeleisen auf die MAMP-Wahrnehmung ein. (2024) Natur. DOI: 10.1038 / s41586-023-06891-y

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Zhou, J., Luo, C., Liu, H., Heffel, MG, Straub, RE, Kleinman, JE, Hyde, TM, Ecker, JR, Weinberger, DR, Han, S. scMeFormer: Ein transformatorbasiertes Deep-Learning-Modell zur Imputation von DNA-Methylierungszuständen in einzelnen Zellen verbessert die Erkennung epigenetischer Veränderungen bei Schizophrenie. (2024) bioRxiv. DOI: 10.1101 / 2024.01.25.577200

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Zhou, J., Zhang, Z., Wu, M., Liu, H., Pang, Y., Bartlett, A., Peng, Z., Ding, W., Rivkin, A., Lagos, WN, Williams , E., Lee, CT, Miyazaki, PA, Aldridge, A., Zeng, Q., Salinda, JLA, Claffey, N., Liem, M., Fitzpatrick, C., Boggeman, L., Yao, Z. , Smith, KA, Tasic, B., Altshul, J., Kenworthy, MA, Valadon, C., Nery, JR, Castanon, RG, Patne, NS, Vu, M., Rashid, M., Jacobs, M. , Ito, T., Osteen, J., Emerson, N., Lee, J., Cho, S., Rink, J., Huang, HH, Pinto-Duartec, A., Dominguez, B., Smith, JB , O'Connor, C., Zeng, H., Chen, S., Lee, KF, Mukamel, EA, Jin, X., Margarita Behrens, M., Ecker, JR, Callaway, EM Gehirnweite Korrespondenz neuronaler Epigenomik und Fernprojektionen. (2023) Natur. 624(7991):355-365. DOI: 10.1038/s41586-023-06823-w

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Zemke, NR, Armand, EJ, Wang, W., Lee, S., Zhou, J., Li, YE, Liu, H., Tian, ​​W., Nery, JR, Castanon, RG, Bartlett, A., Osteen, JK, Li, D., Zhuo, X., Xu, V., Chang, L., Dong, K., Indralingam, HS, Rink, JA, Xie, Y., Miller, M., Krienen, FM , Zhang, Q., Taskin, N., Ting, J., Feng, G., McCarroll, SA, Callaway, EM, Wang, T., Lein, ES, Behrens, MM, Ecker, JR, Ren, B. Konservierte und divergente Genregulationsprogramme des Neokortex von Säugetieren. (2023) Natur. 624(7991):390-402. DOI: 10.1038/s41586-023-06819-6

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Zu, S., Li, YE, Wang, K., Armand, EJ, Mamde, S., Amaral, ML, Wang, Y., Chu, A., Xie, Y., Miller, M., Xu, J ., Wang, Z., Zhang, K., Jia, B., Hou, X., Lin, L., Yang, Q., Lee, S., Li, B., Kuan, S., Liu, H ., Zhou, J., Pinto-Duarte, A., Lucero, J., Osteen, J., Nunn, M., Smith, KA, Tasic, B., Yao, Z., Zeng, H., Wang, Z., Shang, J., Behrens, MM, Ecker, JR, Wang, A., Preissl, S., Ren, B. Einzelzellanalyse der Chromatinzugänglichkeit im Gehirn erwachsener Mäuse. (2023) Natur. 624(7991):378-389. DOI: 10.1038/s41586-023-06824-9

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Liu, H., Zeng, Q., Zhou, J., Bartlett, A., Wang, BA, Berube, P., Tian, ​​W., Kenworthy, M., Altshul, J., Nery, JR, Chen, H., Castanon, RG, Zu, S., Li, YE, Lucero, J., Osteen, JK, Pinto-Duarte, A., Lee, J., Rink, J., Cho, S., Emerson, N ., Nunn, M., O'Connor, C., Wu, Z., Stoica, I., Yao, Z., Smith, KA, Tasic, B., Luo, C., Dixon, JR, Zeng, H ., Ren, B., Behrens, MM, Ecker, JR Einzelzell-DNA-Methylom und 3D-Multiom-Atlas des Gehirns einer erwachsenen Maus. (2023) Natur. 624(7991):366-377. DOI: 10.1038/s41586-023-06805-y

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Mukamel, EA, Liu, H., Behrens, MM, Ecker, JR Zelltypspezifische Anreicherung somatischer Aneuploidie im Gehirn von Säugetieren. (2023) bioRxiv. DOI: 10.1101 / 2023.12.18.572285

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Raikhel, N., Ecker, JR, Coruzzi, G. Erinnerung an Philip N. Benfey: Ein visionärer Pionier der Pflanzenbiologie und ein außergewöhnlicher Mentor. (2023) Proceedings der Nationalen Akademie der Wissenschaften der Vereinigten Staaten von Amerika. 120(45):e2317677120. DOI: 10.1073/pnas.2317677120


Tian, ​​W., Zhou, J., Bartlett, A., Zeng, Q., Liu, H., Castanon, RG, Kenworthy, M., Altshul, J., Valadon, C., Aldridge, A., Nery , JR, Chen, H., Xu, J., Johnson, ND, Lucero, J., Osteen, JK, Emerson, N., Rink, J., Lee, J., Li, YE, Siletti, K., Liem, M., Claffey, N., O'Connor, C., Yanny, AM, Nyhus, J., Dee, N., Casper, T., Shapovalova, N., Hirschstein, D., Ding, SL, Hodge, R., Levi, BP, Keene, CD, Linnarsson, S., Lein, E., Ren, B., Behrens, MM, Ecker, JR Einzelzell-DNA-Methylierung und 3D-Genomarchitektur im menschlichen Gehirn. Link zum kostenlosen Volltext https://doi.org/10.1126/science.adf5357 [Veröffentlicht] (2023) Science. 382(6667):eadf5357. DOI: 10.1126/science.adf5357

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Li, YE, Preissl, S., Miller, M., Johnson, ND, Wang, Z., Jiao, H., Zhu, C., Wang, Z., Xie, Y., Poirion, O., Kern, C., Pinto-Duarte, A., Tian, ​​W., Siletti, K., Emerson, N., Osteen, J., Lucero, J., Lin, L., Yang, Q., Zhu, Q., Zemke, N., Espinoza, S., Yanny, AM, Nyhus, J., Dee, N., Casper, T., Shapovalova, N., Hirschstein, D., Hodge, RD, Linnarsson, S., Bakken, T., Levi, B., Keene, CD, Shang, J., Lein, E., Wang, A., Behrens, MM, Ecker, JR, Ren, B. Ein vergleichender Atlas der Zugänglichkeit von Einzelzellchromatin im menschlichen Gehirn. (2023) Science. 382(6667):eadf7044. DOI: 10.1126/science.adf7044

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Tian, ​​W., Ding, W., Ecker, JR BAllC und BAllCools: Effiziente Formatierung und Bedienung für Einzelzell-DNA-Methylierungsdaten. (2023) bioRxiv. DOI: 10.1101 / 2023.09.22.559047

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Xie, F., Armand, EJ, Yao, Z., Liu, H., Bartlett, A., Behrens, MM, Li, YE, Lucero, JD, Luo, C., Nery, JR, Pinto-Duarte, A ., Poirion, OB, Preissl, S., Rivkin, AC, Tasic, B., Zeng, H., Ren, B., Ecker, JR, Mukamel, EA Robuste Enhancer-Gen-Regulation, identifiziert durch Einzelzell-Transkriptome und Epigenome. (2023) Zellgenom. 3(7):100342. DOI: 10.1016/j.xgen.2023.100342

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Liu, H., Zeng, Q., Zhou, J., Bartlett, A., Wang, BA, Berube, P., Tian, ​​W., Kenworthy, M., Altshul, J., Nery, JR, Chen, H., Castanon, RG, Zu, S., Li, YE, Lucero, J., Osteen, JK, Pinto-Duarte, A., Lee, J., Rink, J., Cho, S., Emerson, N ., Nunn, M., O'Connor, C., Yao, Z., Smith, KA, Tasic, B., Zeng, H., Luo, C., Dixon, JR, Ren, B., Behrens, MM , Ecker, JR Einzelzell-DNA-Methylom und 3D-Multiom-Atlas des Gehirns erwachsener Mäuse. (2023) bioRxiv. DOI: 10.1101 / 2023.04.16.536509

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Chekanova, JA, Gregory, BD, Reverdatto, SV, Chen, H., Kumar, R., Hooker, T., Yazaki, J., Li, P., Skiba, N., Peng, Q., Alonso, J ., Brukhin, V., Grossniklaus, U., Ecker, JR, Belostotsky, DA Genomweite hochauflösende Kartierung von Exosomensubstraten enthüllt verborgene Merkmale im Arabidopsis-Transkriptom. (2007) Zelle 131(7):1340-53. DOI: 10.1016/j.cell.2007.10.056

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Clark, RM, Schweikert, G., Toomajian, C., Ossowski, S., Zeller, G., Shinn, P., Warthmann, N., Hu, TT, Fu, G., Hinds, DA, Chen, H ., Frazer, KA, Huson, DH, Schölkopf, B., Nordborg, M., Rätsch, G., Ecker, JR, Weigel, D. Gemeinsame Sequenzpolymorphismen prägen die genetische Vielfalt in Arabidopsis thaliana. (2007) Science. 317(5836):338-42. DOI: 10.1126/science.1138632

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Hazen, SP, Borevitz, JO, Harmon, FG, Pruneda-Paz, JL, Schultz, TF, Yanovsky, MJ, Liljegren, SJ, Ecker, JR, Kay, SA Schnelle Array-Kartierung der zirkadianen Uhr und Entwicklungsmutationen bei Arabidopsis. (2005) Pflanzenphysiologie. 138(2):990-7. DOI: 10.1104/pp.105.061408

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Fachwissen

BA, Biologie/Chemie, The College of New Jersey, Ewing, NJ
PhD, Mikrobiologie, Pennsylvania State University College of Medicine
Postdoktorand, Stanford University School of Medicine


Mitgliedschaften & Kooperationen


Auszeichnungen & Ehrungen

  • Barbara-McClintock-Preis für Pflanzengenetik und Genomforschung (Kooperation im Bereich Maisgenetik)
  • Arabidopsis Community Lifetime Achievement Award, 2024
  • Ilchun Molecular Medicine Award, Koreanische Gesellschaft für Biochemie und Molekularbiologie, 2024
  • Chan Zuckerberg Initiative zur Erweiterung des Human Cell Atlas, 2019
  • Amerikanische Akademie der Künste und Wissenschaften, 2015
  • Gewählt zum AAAS Fellow, 2012
  • Forscher, Howard Hughes Medical Institute und Gordon and Betty Moore Foundation, 2011
  • George W. Beadle-Preis, Genetics Society of America, 2011
  • #2 Wissenschaftliche Entdeckung des Jahres 2009 – TIME Magazine, 2009
  • Nationale Akademie der Wissenschaften, John J. Carty-Preis für die Förderung der Wissenschaft, 2007
  • Gewählt, National Academy of Sciences, 2006
  • Amerikanische Gesellschaft für Pflanzenbiologie, Martin Gibbs-Medaille, 2005
  • Scientific American 50 Forschungsleiter des Jahres, 2004
  • Preis für herausragende Forschung der International Plant Growth Substances Association, 2004
  • Kumho Science International Award für Pflanzenmolekularbiologie, 2001
  • Präsident der Internationalen Gesellschaft für Pflanzenmolekularbiologie