Ye Zheng, PhD

Professor

NOMIS-Zentrum für Immunbiologie und mikrobielle Pathogenese

Becky und Ralph S. O'Connor Stuhl

Salk Institute for Biological Studies – Veröffentlichungen

alle Veröffentlichungen


Hu, X., Liu, Z., Li, Y., You, Y., Yue, K., Liang, Y., Loo, CS, Yu, J., Leblanc, M., Wang, D., Li, H., Zhen, Y. REV-ERB reguliert die Spezifizierung und Funktion von RORγt+ regulatorischen T-Zellen über die Bhlhe40-c-Maf-Achse. (2026) Zeitschrift für experimentelle Medizin. 223(2). DOI: 10.1084/jem.20241463

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Zhen, Y. Succinat untergräbt die Stabilität von FOXP3 und stört die T-Zell-Funktion. (2025) Naturimmunologie. DOI: 10.1038 / s41590-025-02167-x


Strutzenberg, TS, Mann, MD, Li, X., Shin, H., Kelsey, J., Aiyer, S., Yu, J., Gray, G., Zhang, Z., Shan, Z., Zhou, B., Zhen, Y., Griffin, PR, Lyumkis, D. Die Bindung von Nukleosomen reguliert die Struktur und Dynamik von RORγt. (2025) bioRxiv. DOI: 10.1101 / 2025.03.10.642251

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Yang, Q., Liang, Y., Inoue-Hatanaka, T., Koh, Z., Ilkenhans, N., Suman, E., Yu, J., Zhen, Y. PPARδ hemmt die Unterdrückungsfunktion intratumoraler Tregs, indem es die CIITA-MHC-II-Expression begrenzt. (2024) bioRxiv. DOI: 10.1101 / 2024.12.16.628819

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Liu, Z., Lee, DS, Liang, Y., Zhen, Y., Dixon, JR Foxp3 orchestriert die Neuorganisation der Chromatinarchitektur, um die regulatorische T-Zell-Identität zu etablieren. (2023) Nature Communications. 14(1):6943. DOI: 10.1038/s41467-023-42647-y

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Chen, D., Varanasi, SK, Hara, T., Traina, K., Sun, M., McDonald, B., Farsakoglu, Y., Clanton, J., Xu, S., Garcia-Rivera, L. , Mann, TH, Du, V., Chung, HK, Xu, Z., Tripple, V., Casillas, E., Ma, S., O'Connor, C., Yang, Q., Zhen, Y., Hunter, T., Lemke, G., Kaech, SM Die CTLA-4-Blockade induziert CD4-T-Zell-IFNγ-gesteuerte mikrogliale Phagozytose und Antitumorfunktion bei Glioblastomen. (2023) Immunität. DOI: 10.1016/j.immuni.2023.07.015

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Liu, Z., Lee, DS, Liang, Y., Zhen, Y., Dixon, JR Foxp3 orchestriert die Neuorganisation der Chromatin-Architektur, um die regulatorische T-Zell-Identität zu etablieren. (2023) bioRxiv. DOI: 10.1101 / 2023.02.22.529589

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Ma, S., Yang, Q., Chen, N., Zheng, A., Abbasi, N., Wang, G., Patel, PR, Cho, BS, Yee, BA, Zhang, L., Chu, H ., Evans, SM, Yeo, GW, Zhen, Y., Huang, WJM Das RNA-bindende Protein DDX5 schränkt die RORγt-T-Suppressorfunktion ein und fördert so Darmentzündungen. (2023) Fortschritte in der Wissenschaft 9(5):eadd6165. DOI: 10.1126/sciadv.add6165

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Fu, T., Li, Y., Oh, TG, Cayabyab, F., He, N., Tang, Q., Coulter, S., Truitt, M., Medina, P., He, M., Yu , RT, Atkins, A., Zhen, Y., Liddle, C., Downes, M., Evans, RM FXR vermittelt ILC-intrinsische Reaktionen auf Darmentzündungen. (2022) Proceedings der Nationalen Akademie der Wissenschaften der Vereinigten Staaten von Amerika. 119(51):e2213041119. DOI: 10.1073/pnas.2213041119

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Liu, Z., Hu, X., Liang, Y., Yu, J., Li, H., Shokhirev, MN, Zhen, Y. Glukokortikoid-Signalisierung und regulatorische T-Zellen arbeiten zusammen, um die Nische der Haarfollikel-Stammzellen aufrechtzuerhalten. [Veröffentlicht] (2022) Naturimmunologie. DOI: 10.1038/s41590-022-01244-9

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Choi, J., Oh, TG, Jung, H., Park, KY, Shin, H., Jo, T., Kang, DS, Chanda, D., Hong, S., Kim, J., Hwang, H ., Ji, M., Jung, M., Takashihoji, Matsushima, A., Kim, P., Mun, JY, Paik, MJ, Cho, SJ, Lee, IK, Whitcomb, DC, Greer, P., Blobner , B., Goodarzi, MO, Pandol, SJ, Rotter, JI, Fan, W., Bapat, SP, Zhen, Y., Liddle, C., Yu, RT, Atkins, AR, Downes, M., Yoshihara, E., Evans, RM, Suh, JM Der Östrogen-bezogene Rezeptor γ erhält die Funktion und Identität der Azinuszellen der Bauchspeicheldrüse aufrecht, indem er den Zellstoffwechsel reguliert. (2022) Gastroenterologie. DOI: 10.1053/j.gastro.2022.04.013

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Bapat, SP, Whitty, C., Mowery, CT, Liang, Y., Yoo, A., Jiang, Z., Peters, MC, Zhang, LJ, Vogel, I., Zhou, C., Nguyen, VQ, Li, Z., Chang, C., Zhu, WS, Hastie, AT, He, H., Ren, X., Qiu, W., Gayer, SG, Liu, C., Choi, EJ, Fassett, M. , Cohen, JN, Sturgill, JL, Crotty Alexander, LE, Suh, JM, Liddle, C., Atkins, AR, Yu, RT, Downes, M., Liu, S., Nikolajczyk, BS, Lee, IK, Guttman -Yassky, E., Ansel, KM, Woodruff, PG, Fahy, JV, Sheppard, D., Gallo, RL, Ye, CJ, Evans, RM, Zhen, Y., Marson, A. Fettleibigkeit verändert die Pathologie und das Ansprechen auf die Behandlung bei entzündlichen Erkrankungen. (2022) Natur. 604(7905):337-342. DOI: 10.1038/s41586-022-04536-0

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Qiu, Z., Zhao, L., Shen, JZ, Liang, Z., Wu, Q., Yang, K., Min, L., Gimple, RC, Yang, Q., Bhargava, S., Jin, C., Kim, C., Hinz, D., Dixit, D., Bernatchez, JA, Prager, BC, Zhang, G., Dong, Z., Lv, D., Wang, X., Kim, LJY, Zhu, Z., Jones, KA, Zhen, Y., Wang, X., Siqueira-Neto, JL, Chavez, L., Fu, XD, Spruck, C., Rich, JN Transkriptionsverlängerungsmaschinen sind eine medikamentöse Abhängigkeit und verstärken die Immuntherapie in Glioblastom-Stammzellen. (2021) Krebs Entdeckung. DOI: 10.1158/2159-8290.CD-20-1848

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Arnett, A., Moo, KG, Flynn, KJ, Sundberg, TB, Johannessen, L., Shamji, AF, Gray, NS, Decker, T., Zhen, Y., Gersuk, VH, Rahman, ZS, Levy, DE, Marié, IJ, Linsley, PS, Xavier, RJ, Khor, B. Der CDK8-Inhibitor DCA fördert einen tolerogenen chemischen Immunphänotyp in CD4-T-Zellen über einen neuartigen CDK8-GATA3-FOXP3-Signalweg. (2021) Molekular- und Zellbiologie.:MCB0008521 DOI: 10.1128/MCB.00085-21

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Loo, CS, Gatchalian, J., Liang, Y., Leblanc, M., Xie, M., Ho, J., Venkatraghavan, B., Hargreaves, DC, Zhen, Y. Ein genomweites CRISPR-Screening enthüllt eine Rolle des nicht-kanonischen Nukleosomen-Remodelling-BAF-Komplexes bei der Foxp3-Expression und der regulatorischen T-Zell-Funktion. (2020) Immunität. DOI: 10.1016/j.immuni.2020.06.011

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Hang, S., Paik, D., Yao, L., Kim, E., Jamma, T., Lu, J., Ha, S., Nelson, BN, Kelly, SP, Wu, L., Zhen, Y., Longman, RS, Rastinejad, F., Devlin, AS, Krout, MR, Fischbach, MA, Littman, DR, Huh, JR Gallensäuremetaboliten steuern die Differenzierung von T17- und T-Zellen. (2019) Natur. DOI: 10.1038 / s41586-019-1785-z

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Bapat, SP, Liang, Y., Zhen, Y. Charakterisierung von Immunzellen aus Fettgewebe. (2019) Aktuelle Protokolle in der Immunologie. 126(1):e86. DOI: 10.1002/cpim.86

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Chang, C., Loo, CS, Zhao, X., Solt, LA, Liang, Y., Bapat, SP, Cho, H., Kamenecka, TM, Leblanc, M., Atkins, AR, Yu, RT, Downes , M., Burris, TP, Evans, RM, Zhen, Y. Der Kernrezeptor REV-ERBα moduliert die durch Th17-Zellen vermittelte Autoimmunerkrankung. (2019) Proceedings der Nationalen Akademie der Wissenschaften der Vereinigten Staaten von Amerika. 116(37):18528-18536. DOI: 10.1073/pnas.1907563116

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Owen, DL, Mahmud, SA, Sjaastad, LE, Williams, JB, Spanier, JA, Simeonov, DR, Ruscher, R., Huang, W., Proekt, I., Miller, CN, Hekim, C., Jeschke, JC, Aggarwal, P., Broeckel, U., LaRue, RS, Henzler, CM, Alegre, ML, Anderson, MS, August, A., Marson, A., Zhen, Y., Williams, CB, Farrar, MA Die regulatorischen T-Zellen des Thymus entstehen über zwei unterschiedliche Entwicklungsprogramme. (2019) Naturimmunologie. DOI: 10.1038/s41590-018-0289-6

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Zhang, LJ, Chen, SX, Guerrero-Juarez, CF, Li, F., Tong, Y., Liang, Y., Liggins, M., Chen, X., Chen, H., Li, M., Hata , T., Zhen, Y., Plikus, MV, Gallo, RL Der altersbedingte Verlust der angeborenen antimikrobiellen Immunfunktion von Hautfett wird durch den transformierenden Wachstumsfaktor Beta vermittelt. (2018) Immunität. DOI: 10.1016/j.immuni.2018.11.003

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Klann, JE, Kim, SH, Remedios, KA, He, Z., Metz, PJ, Lopez, J., Tysl, T., Olvera, JG, Ablack, JN, Cantor, JM, Boland, BS, Yeo, G ., Zhen, Y., Lu, LF, Bui, JD, Ginsberg, MH, Petrich, BG, Chang, JT Die Integrinaktivierung steuert die regulatorische T-Zell-vermittelte periphere Toleranz. (2018) Zeitschrift für Immunologie. 200(12):4012-4023. DOI: 10.4049/jimmunol.1800112

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Cao, Q., Zhao, X., Bai, J., Gery, S., Sun, H., Lin, DC, Chen, Q., Chen, Z., Mack, L., Yang, H., Deng , R., Shi, X., Chong, LW, Cho, H., Xie, J., Li, QZ, Müschen, M., Atkins, AR, Liddle, C., Yu, RT, Alkan, S., Sagte, Zeuge Jehovas, Zhen, Y., Downes, M., Evans, RM, Koeffler, HP Kryptochromproteine ​​der zirkadianen Uhr regulieren die Autoimmunität. (2017) Proceedings der Nationalen Akademie der Wissenschaften der Vereinigten Staaten von Amerika. 114(47):12548-12553. DOI: 10.1073/pnas.1619119114

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He, N., Fan, W., Henriquez, B., Yu, RT, Atkins, AR, Liddle, C., Zhen, Y., Downes, M., Evans, RM Stoffwechselkontrolle des Überlebens und der Funktion regulatorischer T-Zellen (Treg) durch Lkb1. (2017) Proc. Natl. Acad. Sci. USA 114(47):12542-12547. DOI: 10.1073/pnas.1715363114

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Wang, J., He, N., Zhang, N., Quan, D., Zhang, S., Zhang, C., Yu, RT, Atkins, AR, Zhu, R., Yang, C., Cui, Y., Liddle, C., Downes, M., Xiao, H., Zhen, Y., Auwerx, J., Evans, RM, Leng, Q. NCoR1 hemmt die negative Selektion des Thymus, indem es die Bim-Expression unterdrückt, um Thymozyten zu schonen, die einer positiven Selektion unterliegen. (2017) Nature Communications. 8(1):959. DOI: 10.1038/s41467-017-00931-8

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Zhen, Y. Eine betrügerische Foxp3-Mutante untergräbt die Funktion von Treg-Zellen. (2017) Immunität. 47(2):211-214. DOI: 10.1016/j.immuni.2017.07.024

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Klann, JE, Remedios, KA, Kim, SH, Metz, PJ, Lopez, J., Mack, LA, Zhen, Y., Ginsberg, MH, Petrich, BG, Chang, JT Talin spielt eine entscheidende Rolle bei der Aufrechterhaltung des regulatorischen T-Zellen-Pools. (2017) Zeitschrift für Immunologie. 198(12):4639-4651. DOI: 10.4049/jimmunol.1601165

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Chinen, T., Kannan, AK, Levine, AG, Fan, X., Klein, U., Zhen, Y., Gasteiger, G., Feng, Y., Fontenot, JD, Rudensky, AY Eine wesentliche Rolle für den IL-2-Rezeptor bei der Treg-Zellfunktion. (2016) Naturimmunologie. 17(11):1322-1333. DOI: 10.1038/ni.3540

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Liu, WH, Kang, SG, Huang, Z., Wu, CJ, Jin, HY, Maine, CJ, Liu, Y., Shepherd, J., Sabouri-Ghomi, M., Gonzalez-Martin, A., Xu , S., Hoffmann, A., Zhen, Y., Lu, LF, Xiao, N., Fu, G., Xiao, C. Ein miR-155-Peli1-c-Rel-Signalweg steuert die Erzeugung und Funktion von T-Follikel-Helferzellen. (2016) Zeitschrift für experimentelle Medizin. 213(9):1901-19. DOI: 10.1084/jem.20160204

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Bapat, SP, Myoung Suh, J., Fang, S., Liu, S., Zhang, Y., Cheng, A., Zhou, C., Liang, Y., LeBlanc, M., Liddle, C., Atkins, AR, Yu, RT, Downes, M., Evans, RM, Zhen, Y. Der Abbau fetthaltiger Treg-Zellen verhindert eine altersbedingte Insulinresistenz. (2015) Natur. 528(7580):137-41. DOI: 10.1038/nature16151

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Hernandez, JB, Chang, C., LeBlanc, M., Grimm, D., Le Lay, J., Kaestner, KH, Zhen, Y., Montminy, M. Der CREB/CRTC2-Signalweg moduliert Autoimmunerkrankungen, indem er die Th17-Differenzierung fördert. (2015) Nature Communications. 6:7216. DOI: 10.1038/ncomms8216

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Li, X., Zhen, Y. Regulatorische T-Zell-Identität: Bildung und Aufrechterhaltung. (2015) Trends in der Immunologie. 36(6):344-53. DOI: 10.1016/j.it.2015.04.006

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Li, X., Liang, Y., LeBlanc, M., Benner, C., Zhen, Y. Funktion eines Foxp3-cis-Elements beim Schutz der regulatorischen T-Zell-Identität. (2014) Zelle 158(4):734-48. DOI: 10.1016/j.cell.2014.07.030

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Zhen, Y. ChIP-on-Chip für FoxP3. (2011) Methoden der Molekularbiologie. 707:71-82. DOI: 10.1007/978-1-61737-979-6_6

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Zhen, Y., Josefowicz, S., Chaudhry, A., Peng, XP, Forbush, K., Rudensky, AY Rolle konservierter nichtkodierender DNA-Elemente im Foxp3-Gen für das regulatorische Schicksal von T-Zellen. (2010) Natur. 463(7282):808-12. DOI: 10.1038/nature08750

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Zhen, Y., Chaudhry, A., Kas, A., deRoos, P., Kim, JM, Chu, TT, Corcoran, L., Treuting, P., Klein, U., Rudensky, AY Das regulatorische T-Zell-Suppressorprogramm nutzt den Transkriptionsfaktor IRF4, um T(H)2-Reaktionen zu kontrollieren. (2009) Natur. 458(7236):351-6. DOI: 10.1038/nature07674

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Wang, J., Wang, X., Hussain, S., Zhen, Y., Sanjabi, S., Ouaaz, F., Beg, AA Unterschiedliche Rollen verschiedener NF-kappa B-Untereinheiten bei der Regulierung der entzündlichen und T-Zell-stimulierenden Genexpression in dendritischen Zellen. (2007) Zeitschrift für Immunologie. 178 (11): 6777-88.

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Zhen, Y., Rudensky, AY Foxp3 kontrolliert die regulatorische T-Zelllinie. (2007) Naturimmunologie. 8(5):457-62. DOI: 10.1038/ni1455

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Zhen, Y., Josefowicz, SZ, Kas, A., Chu, TT, Gavin, MA, Rudensky, AY Genomweite Analyse von Foxp3-Zielgenen in sich entwickelnden und reifen regulatorischen T-Zellen. (2007) Natur. 445(7130):936-40. DOI: 10.1038/nature05563

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Hsieh, CS, Zhen, Y., Liang, Y., Fontenot, JD, Rudensky, AY Eine Schnittstelle zwischen dem selbstreaktiven regulatorischen und nichtregulatorischen T-Zell-Rezeptor-Repertoire. (2006) Naturimmunologie. 7(4):401-10. DOI: 10.1038/ni1318

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Prendes, M., Zhen, Y., Beg, AA Regulierung des Überlebens sich entwickelnder B-Zellen durch RelA-haltige NF-Kappa-B-Komplexe. (2003) Zeitschrift für Immunologie. 171 (8): 3963-9.

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Qu, J., Li, X., Novitch, BG, Zhen, Y., Kohn, M., Xie, JM, Kozinn, S., Bronson, R., Beg, AA, Minden, A. Die PAK4-Kinase ist für die Lebensfähigkeit des Embryos und für die ordnungsgemäße neuronale Entwicklung unerlässlich. (2003) Molekular- und Zellbiologie. 23 (20): 7122-33.

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Tao, X., Xu, Y., Zhen, Y., Beg, AA, Tong, L. Ein weitgehend assoziiertes Dimer in der Struktur der C713S-Mutante der TIR-Domäne von menschlichem TLR2. (2002) Biochemische und biophysikalische Forschungskommunikation. 299(2):216-21. DOI: 10.1016/s0006-291x(02)02581-0

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Ouaaz, F., Arron, J., Zhen, Y., Choi, Y., Beg, AA Die Entwicklung und das Überleben dendritischer Zellen erfordern unterschiedliche NF-kappaB-Untereinheiten. (2002) Immunität. 16 (2): 257-70.

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Fachwissen

BS, Biochemie und Molekularbiologie, Universität Peking, Peking, China
Ph.D., Columbia University
Postdoktorand, University of Washington
Forschungsstipendiat des Memorial Sloan-Kettering Cancer Center
Postdoktorandenstipendium des Cancer Research Institute


Mitgliedschaften & Kooperationen


Auszeichnungen & Ehrungen

  • Stipendiatenpreis der Rita Allen Foundation, 2010–2015